Presidente de la República: Álvaro Uribe en funciones desde las elecciones presidenciales de 2002. Reelegido en las elecciones presidenciales de 2006

• 1 de enero: Atentado a festividades en Atanquez, durante fiesta de fin de año, se desconocen autores. 5 personas muertas y decenas de heridos.^[1]​

• 2 de enero: La senadora colombiana Piedad Córdoba, anuncia que las FARC-EP le ha anunciado que pronto darán las coordenadas para liberación de seis secuestrados; tres agentes de la Policía Nacional de Colombia, un soldado del Ejército de Colombia, y los políticos Alan Jara y Sigifredo López.^[2]​
• 2 de enero: La ex congresista Eleonora Pineda, procesada por el escándalo de la "parapolítica", es puesta en libertad condicional por haber cumplido las tres quintas partes de su pena.^[3]​

• 8 de enero: El presunto narcotraficante Leonidas Vargas, llamado "el rey de la coca "en el departamento del Caquetá fue asesinado a tiros en el Hospital Doce de Octubre de Madrid, España.^[4]​
• 8 de enero: El representante a la Cámara Germán Navas Talero, denuncia por presunto fraude procesal a miembros del comité promotor del referendo reeleccionista, del que es vocero Luis Guillermo Giraldo.^[5]​
• 8 de enero: Es ascendido al rango de General, el Coronel Luis Mendieta, secuestrado por las FARC-EP durante la toma de Mitú.^[6]​
• 8 de enero: la Fiscalía General de la Nación acusa a Daniel Ángel de ser testaferro de David Murcia Guzmán.^[7]​
• 8 de enero: El delegado del Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR) en Colombia, Christophe Beney, y la congresista Piedad Córdoba se reúnen para analizar los detalles de la misión para recibir a seis secuestrados en poder de las FARC-EP.^[8]​

• 9 de enero: Gobierno colombiano levanta el Estado de Conmoción Interior que había sido decretado el 9 de octubre de 2008 por del paro judicial que superó los 40 días.^[9]​

• 9 de enero: Las autoridades colombianas capturan a alias "Comandante Romel" de las FARC-EP; carcelero de secuestrados como Íngrid Betancourt.^[10]​

• 9 de enero: Álvaro Uribe recibe el "Premio a la libertad Cortes de Cádiz" por su labor contra el terrorismo, en su primera edición y que concede el Ayuntamiento de esta ciudad del sur de España.^[11]​ Este premio fue retirado en 2020.^[12]​

• 9 de enero: Después de varios meses de negociación la Comisión Nacional de Televisión y los canales RCN y Caracol firmaron la renovación de sus contratos como canales de operación privada de televisión.^[13]​

• 15 de enero: La senadora Gina Parody anuncia su renuncia a su escaño en el senado, al uribismo y al Partido de la U por no sentirse identificada con el rumbo que había tomado el proyecto político del Gobierno Uribe.^[14]​ Su reemplazo será el santandereano Marco Alirio Cortés, también del Partido de la U.^[15]​

• 17 de enero: William Suárez, uno de los hombres de confianza de David Murcia Guzmán, es capturado en el corregimiento de Arauca, municipio de Palestina, departamento de Caldas.^[16]​^[17]​

• 22 de enero: Dagoberto Charry, abogado defensor de David Murcia Guzmán, renunció a seguir su defensa por motivos aún desconocidos dentro del proceso judicial en contra de Murcia y D.M.G. Grupo Holding S.A.^[18]​

• 25 de enero: Caimanes de Barranquilla se corona campeón de la temporada 2008-2009 de la Liga de Béisbol Profesional.^[19]​

• 27 de enero: Dos personas murieron en una explosión al norte de Bogotá, se presume que obedece a extorsiones.^[20]​

• 27 de enero: El presidente colombiano Álvaro Uribe y el recién posesionado presidente estadounidense Barack Obama, entablan por primera vez una conversación telefónica para tratar una agenda en común.^[21]​

• 27 de enero: La Fiscalía ordenó capturar 14 militares de la XVI brigada del Ejército, con sede en Yopal (Casanare) por su presunta participación en los "Falsos Positivos".^[22]​

• 2 de febrero: Tras una Operación humanitaria son liberados los policías Walter José Lozano Guarnizo, Juan Fernando Galicia Uribe y Alexis Torres Zapata, y el soldado profesional William Giovanni Domínguez, secuestrados por la guerrilla de las FARC-EP
• 3 de febrero: Un autobús de pasajeros cayó a un abismo en la carretera entre Medellín y Quibdó, con saldo de 28 muertos.^[23]​
• 3 de febrero: En marco de la Operación humanitaria, las FARC-EP liberaron al exgobernador del Meta Alan Jara.
• 4 de febrero: Las FARC-EP Masacran 17 indígenas Awá en el departamento de Nariño.
• 5 de febrero: Como la última fase de la Operación humanitaria, las FARC-EP liberaron al diputado del Valle del Cauca Sigifredo López.
• 6 de febrero: Con el partido América de Cali vs. Cúcuta Deportivo comenzó el Torneo Apertura del Fútbol Profesional Colombiano.^[24]​
• 7 de febrero: Andrés Felipe Arias renunció a su cargo como Ministro de Agricultura y desarrollo rural para aspirar a la Presidencia de la República en 2010.^[25]​

• 20 de febrero: La Organización del Tratado del Atlántico Norte (OTAN) aprobó el ofrecimiento que hizo el gobierno del presidente Uribe de enviar un contingente de entre 120 y 150 uniformados a Afganistán, con lo que se convierte en el único país latinoamericano en la Fuerza Internacional de Asistencia para la Seguridad (en inglés, International Security Assistance Force, ISAF) y sus tropas se integrarían a la base que maneja España en la ciudad de Herat, este de Afganistán.^[26]​

• 21 de febrero: la Revista Semana revela documentos que prueban que el Departamento Administrativo de Seguridad (DAS), ha estado grabando de manera ilegal conversaciones de magistrados, políticos, periodistas y funcionarios.^[27]​

• 25 de febrero: El canciller colombiano Jaime Bermúdez y el ministro de defensa Juan Manuel Santos se reunieron con la Secretaria de Estado norteamericana Hillary Clinton, el jefe de la CIA, Leon Panetta, el secretario de Defensa, Robert Gates y otros funcionarios de la administración de Barack Obama para discutir sobre las políticas de terrorismo, narcotráfico y TLC.^[28]​

• El 27 de febrero: Operación Fuerte, en el páramo de Sumapaz contra las FARC-EP en el departamento de Cundinamarca, denominada Plan Renacer, para bloquear a la capital, Bogotá.

• 28 de febrero: Tropas del Ejército de Colombia encuentran cuevas utilizadas por el "Mono Jojoy" de las FARC-EP, en las selvas del Meta.^[29]​

• 2 de marzo: Se inicia el juicio contra Guillermo León Valencia, exdirector de Fiscalías de Medellín por presuntas relaciones con el narcotraficante Daniel Rendón alias "Don Mario".^[29]​

• 13 de marzo: El gobierno de Álvaro Uribe se enfrenta en un choque de poderes con la Corte Suprema de Justicia de Colombia por la extradición de un narcotraficante a los Estados Unidos.^[29]​

• El virus de la Gripe AH1N1 entra a Colombia.
• 15 de abril: es capturado por la policía nacional Daniel Rendon Herrera alias Don Mario que era considerado hasta entonces como el narcotraficante más buscado del país.
• 19 de abril: el periodista Daniel Coronell pública en su columna dominical en la revista Semana los supuestos negocios que habrían favorecido patrimonialmente a Tomás y Jerónimo Uribe hijos del presidente Álvaro Uribe, por decisiones de subalternos del presidente. Los Uribe negaron dicho favorecimiento.^[30]​

• 18 de mayo: renuncia el ministro de defensa Juan Manuel Santos, en su lugar sería nombrado Gabriel Silva Luján.^[31]​

• 27 de mayo: La empresa petrolera colombiana Ecopetrol adquiere la mayoría accionaria de la Refinería de Cartagena, la cual pertenecía a la multinacional Glencore.^[29]​

• 18 de junio : Se inaugura la exposición Andy Warhol Mr. América en el Museo de Arte del Banco de la República de Bogotá.^[32]​
• 28 de junio: Once Caldas campeón del torneo apertura 2009 del Fútbol Colombiano.

• 1 de septiembre: La Cámara de Representantes aprueba el referendo que permitiría la tercera elección consecutiva de Álvaro Uribe como presidente.^[33]​

• 23 de septiembre: El presidente Álvaro Uribe, en visita oficial a los Estados Unidos se reúne con el presidente Barack Obama.
• 24 de septiembre: la revista Cambio publica un informe sobre abuso de recursos públicos en el programa del Ministerio de Agricultura denominado Agro Ingreso Seguro, dicho informe y sucesivas investigaciones desataron un escándalo que afectó la imagen del gobierno y del exministro de agricultura y precandidato presidencial Andrés Felipe Arias.^[34]​
• 29 de septiembre: se llevan a cabo las consultas internas de candidatos presidenciales dando como ganadores a Rafael Pardo del Partido Liberal Colombiano y a Gustavo Petro del Polo Democrático Alternativo.^[35]​

• 7 de octubre: el cabecilla guerrillero del ELN, Gustavo Aníbal Giraldo Quinchía, alias ‘Carlos Marín Guarín’ o ‘Pablito’ escapa de la Cárcel de Arauca mientras era trasladado a una diligencia judicial. Tres sicarios que se movilizaban en dos motos abrieron fuego en contra ocho agentes del Inpec que lo custodiaban.^[36]​

• 10 de octubre: La Selección de fútbol de Colombia perdió contra Chile 4 a 2 en el Estadio Atanasio Girardot de Medellín y quedó eliminado de la clasificación para la Copa Mundial de Fútbol de 2010 a falta de una fecha para finalizar las clasificatorias terminando séptimo en la tabla de posiciones, sería la tercera vez consecutiva que Colombia se pierde un mundial de futbol 6 días después el entrenador Eduardo Lara renunció.

• 25 de octubre: Alias "James Patamala", de la Columna Móvil Teófilo Forero de las FARC-EP es dado de baja por la Policía Nacional en la Operación Redentor.

• 30 de octubre: Se firma un acuerdo militar entre Colombia y Estados Unidos que permitirá a Estados Unidos utilizar siete bases colombianas para la cooperación contra el narcotráfico y el terrorismo. los gobiernos de Venezuela, Ecuador y Bolivia rechazaron el convenio al considerar que pone en peligro la soberanía de sus países y la paz en la zona.^[37]​

• 17 de noviembre: Guerrilleros del Frente 6 de las FARC-EP atacaron el cerro La Cruz en Corinto (Cauca). 9 soldados son dados de baja.
• 18 de noviembre: Independiente Santa Fe campeón de la Copa Colombia 2009.

• 3 de diciembre: con ayuda del FBI las autoridades colombianas detienen a Nicolás Castro un joven universitario de 23 años que había creado un grupo en la red social Facebook que se titulaba: "Me comprometo a matar a Jerónimo Uribe hijo de Álvaro Uribe". Dicho grupo fue catalogado por las autoridades como una amenaza al hijo del Presidente de la República.^[38]​

• 7 de diciembre: La Columna Móvil Teófilo Forero de la guerrilla de las FARC-EP perpetra un atentado contra el Club Los Andaquíes de Neiva (Huila).^[39]​
• 20 de diciembre: Independiente Medellín Campeón del Torneo Finalización del Fútbol Colombiano.

• 22 de diciembre: El gobernador del departamento del Caquetá, Luis Francisco Cuéllar fue asesinado por miembros de la Columna Móvil Teófilo Forero de las FARC-EP.

• 30 de diciembre: el Ministerio de la Protección Social informó que como consecuencia de la gripe AH1N1 murieron en el país 196 personas, de las 3.405 a las que en 2009 se les detectó la enfermedad.

• 19 de enero: Víctor Renán Barco, senador de la República.^[40]​
• 23 de febrero: Roberto Posada García-Peña "D'Artagnan", periodista.
• 18 de marzo: Meira Delmar, poetisa.
• 12 de abril: Mario Rivero, poeta.^[41]​
• 13 de mayo: Rafael Escalona, compositor.
• 18 de septiembre: Manuel H. Rodríguez, fotógrafo.
• 20 de septiembre: Hernán Córdoba, futbolista.
• 21 de diciembre: Jaime Agudelo "El Flaco", humorista.
• 31 de diciembre: Alfonso Cano Isaza, exgerente y excopropietario del diario El Espectador (Colombia).^[42]​