La historia inicia con una narración sobre la princesa Moanna, hija del rey del mundo subterráneo, el reino de los seres mágicos e inmortales. Guiada por su curiosidad, la princesa salió a la superficie para ver el mundo humano, al salir la luz del sol la cegó y borró su memoria. Convertida en una mortal, la princesa sufrió una vida dura y murió, pero su padre creía que eventualmente su espíritu renacería, por lo que construyó laberintos alrededor del mundo que fuesen portales a su reino, en preparación para su regreso.

En el norte de España, 1944. Ofelia (Ivana Baquero), una niña de 13 años muy inteligente amante de los cuentos, viaja con su madre Carmen (Ariadna Gil), quien se halla en un avanzado estado de gestación, hacia un antiguo molino, donde se encontrarán con el capitán Vidal (Sergi López), el nuevo esposo de Carmen y jefe del destacamento de la Policía Armada, encargado de eliminar los últimos indicios de la guerrilla republicana escondida en los montes después de la guerra civil.

En el camino, Ofelia se topa con un insecto extraño con forma de mantis, que la sigue. Al llegar al campamento, Ofelia conoce al capitán y se hace visible que es un hombre desagradable. En este campamento, localizado al lado de un molino, Ofelia conoce a Mercedes (Maribel Verdú), una de las trabajadoras en este lugar, quien, junto con el doctor Ferreiro (Álex Angulo), suministra a escondidas medicinas y alimentos a los rebeldes de las montañas. Al lado del molino se hallan las ruinas de un viejo y extraño laberinto que intriga a Ofelia.

Durante la primera noche, el insecto visita a Ofelia revelándose como un hada y la guía hacia el laberinto. Allí, se encuentra con un fauno (Doug Jones), que le revela un gran secreto; ella es en realidad la reencarnación de Moana y su padre la busca desesperadamente. Pero para regresar, debe pasar tres pruebas y demostrar que su esencia está intacta. El fauno le da un libro en blanco que le permitirá terminar las pruebas; con este libro, el fauno también le da tres piedras de ámbar para su primera misión.

Esa noche, Ofelia ve a Mercedes pedirle medicinas al doctor Ferreiro para curar la pierna de uno de los integrantes de la partida guerrillera. Poco antes, Vidal asesina a un cazador y a su hijo cuando se quejaban de una requisa que hizo sospechar al capitán que eran guerrilleros, aunque solo estaban cazando conejos en las montañas.

La primera prueba se lleva a cabo al siguiente día. Consiste en entrar en una cueva situada en las raíces de un árbol moribundo y encontrar a un sapo que está matando a la planta lentamente. Después de encontrarlo, debe darle de comer las tres piedras y extraer una llave dorada de su vientre. Ofelia completa esta tarea, pero al hacerlo, arruina el vestido que le hizo su madre para la cena de esa noche. Esto decepciona a Carmen, quien castiga a Ofelia impidiéndole cenar. Durante la cena, los comensales comentan a Carmen que el padre de Vidal fue un héroe admirado por todos no solo por sus hazañas, sino también porque al momento de morir en el campo de batalla dio un discurso dedicado a su hijo y pidió que le entregaran su reloj para que lo recordase.

Al siguiente día, Ofelia abre el libro para saber de su nueva tarea, pero en vez de revelársela, el libro se llena de sangre. Carmen grita de dolor en la habitación y Ofelia se apresura a entrar. Allí se encuentra a su madre sangrando terriblemente. Llama al doctor inmediatamente, que seda a Carmen y le prescribe reposo absoluto. Ofelia es trasladada desde la habitación de su madre a otra habitación para que Carmen pueda descansar. Esa noche el fauno aparece ante Ofelia preguntándole por qué no ha cumplido la segunda tarea, Ofelia le explica al fauno sus razones y este le regala una raíz de mandrágora que debe poner en un cuenco de leche, alimentarla con dos gotas de su propia sangre cada día y situarla debajo de la cama de su madre para hacerla sentir mejor. Así lo hace Ofelia al siguiente día logrando que su madre mejore poco a poco. Antes de marcharse, el fauno advierte a Ofelia que su misión será muy peligrosa y le entrega un estuche que alberga tres hadas mágicas que la ayudarán en su misión, un pedazo de tiza y un reloj de arena para saber el tiempo exacto que debe durar su misión. El fauno le indica que no debe comer nada en ese lugar, porque allí habita un ser que no es humano.

Al llegar la noche, Mercedes y el doctor Ferreiro suben a escondidas al escondite de los guerrilleros, para atender a un herido, revelándose que el líder guerrillero, Pedro, es hermano de Mercedes y teme que su hermana sea descubierta por el capitán, pero ella se mantiene firme en seguir en su papel, especialmente porque ha desarrollado un fuerte cariño por Ofelia y teme dejarla sola. Al guerrillero herido, francés, se le ha gangrenado la pierna y el doctor Ferreiro, sin más anestesia que aguardiente, se ve en la necesidad de amputarle la pierna.

Esa misma noche, Ofelia se dispone a cumplir su segunda misión. Dibuja una puerta en la pared con la tiza. Al abrir esta puerta, ve otra habitación muy extraña. Antes de descolgarse a la habitación, gira el reloj de arena (debe regresar antes de que la arena del reloj terminase de caer) y libera a las hadas, quienes la dirigen hacia unas pequeñas puertas en la pared, como cajas fuertes. En esta habitación también hay una gran mesa llena de apetitosa comida y, sentado a la cabecera, un monstruo sin ojos (el Hombre Pálido) que se alimenta de niños y ahora duerme. Ofelia elige una puerta y utiliza la llave del sapo para abrirla, encontrando en su interior una daga. Al dirigirse a la salida, Ofelia no puede resistir la tentación de comer algunas uvas, razonando que es muy poco para que tenga consecuencias por lo que desestima la advertencia del fauno y los intentos de las hadas de detenerla. Esto causa que el Hombre Pálido se despierte y se disponga a atacar a Ofelia. Las hadas intentan defenderla, pero el monstruo mata a dos de ellas. Ofelia se apresura a la salida, pero su tiempo se agota antes de llegar y la puerta desaparece. Asustada, logra dibujar otra puerta en el techo y escapar junto a la última hada instantes antes de que el monstruo la alcance.

Después de atender a su madre al día siguiente, Ofelia escucha una conversación donde el capitán señala al doctor que la vida de Carmen le es irrelevante y solo le preocupa su hijo nonato para así demostrar que es igual o mejor que su padre. Mientras tanto, el capitán Vidal se encamina a las montañas para atacar a los rebeldes pero no los encuentra; aun así, descubre envases de las medicinas que el doctor les dio.

La mañana siguiente se desata un tiroteo en las montañas y el capitán captura a uno de los rebeldes malherido. Dándose cuenta de que es tartamudo, el capitán le da la oportunidad de irse si cuenta hasta tres sin tartamudear, pero el rebelde no lo logra y es brutalmente torturado por el capitán.

Por la noche, el fauno visita a Ofelia para saber el resultado de la segunda misión. Con lágrimas en los ojos, Ofelia empieza a explicar que tuvo un accidente, pero antes de que pueda continuar, el hada que sobrevivió a esta travesía se apresura a contarle al fauno lo sucedido. El fauno, furioso, le dice a Ofelia que cometió un error y que no es la elegida. Al desobedecer las reglas, Ofelia agotó sus posibilidades de volver a su reino junto a sus padres y debería seguir viviendo como humana. El fauno desaparece en las sombras y deja a Ofelia llorando.

Al día siguiente, Vidal le pide al doctor que ayude al prisionero torturado, quien pide al doctor que termine su sufrimiento y lo mate. El doctor se lo concede. Al mismo tiempo, Vidal compara el envase que encontró con el de la medicina del maletín del doctor, descubriendo que son similares y , enfurecido por la traición del doctor, lo asesina.

Mientras Ofelia alimenta la mandrágora, que alivia el dolor de su madre, el capitán la sorprende y grita enfurecido al darse cuenta de lo que estaba debajo de la cama. Carmen despierta y pide hablar con Ofelia a solas. Le explica que la vida es dura y que la magia no existe. Carmen lanza la mandrágora a la chimenea encendida, donde se retuerce con un agudo chillido, hasta morir. Al instante, Carmen se encuentra sangrando en el suelo. Llaman al encargado del botiquín del puesto, pero Carmen muere durante el parto. La única preocupación de Vidal es su hijo, que se encuentra bien. Después de esto, los rebeldes atacan un tren y lo hacen descarrilar. Vidal se dirige al paraje al instante, pero tan pronto como llega se da cuenta de que todo era una trampa para atacar el campamento y apropiarse de los alimentos para el pueblo que Vidal retiene en una bodega bajo llave a fin de impedir que los campesinos ayudasen a los guerrilleros. Esto le hace sospechar de Mercedes, pues el candado de la bodega no estaba forzado y ella le había asegurado que la llave que le dio al capitán era la única.

Mercedes decide huir con Ofelia, quien le ruega incesantemente que la lleve con ella, pero no logran llegar muy lejos cuando Vidal las atrapa. Encierra a Ofelia en su habitación y lleva a Mercedes a la bodega para torturarla, pero esta se defiende con un cuchillo hiriéndolo en el pecho, espalda y rostro; tras lo cual huye a las montañas, donde los rebeldes la salvan.

Ofelia es visitada una vez más en su habitación por el fauno, quien le ofrece una segunda oportunidad con la condición de que ella todo lo que le diga sin hacer preguntas. Ofelia acepta y el fauno le pide que lleve a su hermano recién nacido al laberinto. Ella obedece, se escapa con la tiza mágica de su habitación después de echar láudano en la bebida del capitán para dormirle; aún así Vidal despierta. la descubre y, aunque débil y atontado, la sigue mientras los guerrilleros atacan el campamento.

Ofelia lleva al niño hasta el laberinto, donde la espera el fauno con la daga del hombre pálido. Este le pide al niño explicando que para abrir el portal a su reino se debe derramar sangre inocente. Ofelia rehúsa hacerle daño a su hermano a pesar de las constantes demandas del fauno. Este, muy molesto, da un paso hacia atrás y le dice que haga lo que quiera. En ese momento llega Vidal quien, incapaz de ver al fauno, le quita a Ofelia al bebé de las manos, le dispara y la abandona desangrándose sobre la entrada del mundo subterráneo.

Al salir del laberinto, los guerrilleros, con Pedro al frente y Mercedes a su lado, están esperando a Vidal. Al verse derrotado, Vidal aprovecha para imitar a su padre y les entrega al niño e intenta dar discurso indicando que deben narrarle a su hijo sobre él y su valentía, pero Mercedes lo interrumpe y le asegura que "él no sabrá ni tu nombre", antes que Pedro lo ejecute de un disparo en el rostro. Los rebeldes entran en el laberinto y encuentran a Ofelia en el suelo moribunda sin poder ayudarla y tras algunos instantes muere en brazos de una destrozada Mercedes.

De pronto Ofelia se ve de pie en medio del salón del trono del reino subterráneo en presencia de los reyes. El rey dice que la última prueba realmente consistía en estar dispuesto a derramar la propia sangre antes que la de un inocente, siendo felicitada por el Fauno por haber elegido bien. Ofelia es reconocida como la princesa Moanna y admitida a vivir eternamente en su palacio.

El narrador entonces dice que reinó con justicia por muchos siglos y que fue amada por todos sus súbditos. Dice también que todo indicio de su existencia en este mundo fue borrado, con excepción de los pequeños detalles (una flor blanca retoña sobre el árbol antes moribundo) visibles solo para aquellos que saben dónde mirar.

Guillermo del Toro se inspiró en la película Sleepy Hollow (1999) y los cuentos de los hermanos Grimm para escribirla y dirigirla. Fue la película rodada en español más taquillera de la historia, hasta que No se aceptan devoluciones (2013) le arrebató el título. Fue estrenada en España el 11 de octubre de 2006, en México el 20 de octubre, y el 29 de diciembre fue el estreno general en los Estados Unidos.

Guillermo del Toro al ser cuestionado sobre si el mundo de Ofelia era fantasía o realidad ha declarado: Para mí, por supuesto… realidad.^[3]​

El "Hombre Pálido" de ojos en las manos es una referencia al monstruo mitológico japonés Tenome (un nombre que significa "ojos de mano").

La película fue rodada en los pinares de San Rafael, localidad de la provincia de Segovia (España), entre julio y septiembre de 2005. Ese mismo año, la finalización del rodaje de la película coincidió con las Fiestas Patronales de San Rafael, donde Guillermo del Toro fue pregonero de dichas fiestas.^[4]​ Otros exteriores fueron grabados en las ruinas del pueblo viejo de Belchite.

Entre los festivales internacionales en los que se ha exhibido la película figuran el Festival Internacional de Cine de Cannes, donde se estrenó, el Festival de cine fantástico de Sitges, el festival Buenos Aires Rojo Sangre y el Festival de cine de Toronto.

La película fue elegida como candidata oficial de México al Premio Óscar en la categoría de Mejor película en lengua no inglesa. Esto fue posible gracias a que España, que tenía derecho preferente a presentarla, no lo hizo, presentando otra película.

Este filme ocupa el lugar 23 dentro de la lista de las 100 mejores películas mexicanas, según la opinión de 27 críticos y especialistas del cine en México, publicada por el portal Sector Cine en junio de 2020.^[5]​

Premios Óscar

Premios BAFTA

Premios Goya 2007

Premios Ariel 2006^[6]​

62.ª edición de las Medallas del Círculo de Escritores Cinematográficos^[7]​

51.ª edición de los Premios Sant Jordi^[8]​

Globos de Oro

Fue estrenada en Telecinco el 5 de enero de 2010. La película fue coproducida por dicha cadena de televisión.

• Películas de monstruos
• El Anti-Edipo

• El laberinto del Fauno - Pan's labyrinth, Ministerio de cultura de España.
• Web oficial para España
• Ensayo publicado en Letras Libres sobre El Laberinto del Fauno
• El laberinto del fauno: críticas y votaciones de usuarios en FilmAffinity
• Reseña de la película Archivado el 10 de junio de 2008 en Wayback Machine. en Ochoymedio.info
• El Laberinto del Fauno: Ficha técnica, crítica, fotos y tráiler.
• AlfonsoyAmigos: Fotos del decorado y localización.
• Crítica en Latinpedia