Para esta edición se seguirá el formato de la anterior, con un partido único en la fase nacional y con una fase previa a los octavos de final, donde los transferidos de fase de grupos de la Copa Libertadores jugarán contra los segundos de fase de grupos de la Copa Sudamericana.^[5]​ Los participantes se distribuirán de la siguiente manera:^[6]​

• En la primera fase, los equipos de todas las federaciones, excepto Argentina y Brasil, jugarán contra otro de su mismo país, en llaves a partido único, con la localía determinada para el primer equipo del cruce que salga sorteado. Los ganadores clasificarán a la fase de grupos, asegurando que al menos dos equipos de cada federación participen en esta instancia.^[5]​
• Se incluirán en la fase de grupos los equipos de Argentina y Brasil, así como los cuatro equipos eliminados en la tercera fase clasificatoria de la Copa Libertadores 2025. Los ganadores de cada grupo se clasificarán a los octavos de final.^[5]​
• Los ocho equipos clasificados segundos en la fase de grupos y los ocho terceros de la fase de grupos de la Copa Libertadores 2025, disputarán la eliminatoria de octavos, en partidos de ida y vuelta.^[7]​
• Los ocho ganadores de la eliminatoria de octavos, clasificarán directamente a la fase eliminatoria, donde enfrentarán a los ocho ganadores de la fase de grupos.^[7]​

El calendario de partidos está planificado de la siguiente manera.^[5]​

El 10 de abril de 2024, la ciudad de Santa Cruz de la Sierra fue designada como sede de la final, con estadio a ser confirmado,^[8]​ es la primera ocasión en que esa ciudad alberga una final única de un torneo continental.

Los cuatro equipos perdedores de la fase 3 de la Copa Libertadores 2025 pasaron a la fase de grupos de este torneo y los ocho que ocuparon el tercer puesto, en la fase de grupos del mismo torneo, disputarán las eliminatorias preliminares de octavos de final.

Distribución geográfica de las sedes de los equipos participantes:

El sorteo de la fase preliminar se realizó el 19 de diciembre de 2024, a las 12:00 (UTC-3), en la sede de la Conmebol, ubicada en la ciudad de Luque, Paraguay. Ese mismo día, se sortearon los cruces de la fase eliminatoria de la Copa Libertadores 2025.^[9]​ Por cada asociación miembro, hubo un bombo donde fueron ubicados los cuatro equipos pertenecientes a dichas federaciones. En los cruces ejerce la localía en el partido único aquel haya sido sorteado en posición impar. El cruce de los dos primeros equipos sorteados en cada bombo recibió la asignación 1 de cada país para la fase de grupos; el siguiente cruce con los dos equipos restantes recibió la asignación 2.^[10]​ Al momento del sorteo no se conocían las identidades de los equipos Bolivia 2, Bolivia 3, Bolivia 4 y Colombia 1.

El sorteo de la fase de grupos se realizó el 17 de marzo a las 20:00 (UTC-3), junto con el sorteo de la fase de grupos de la Copa Libertadores 2025.^[11]​

Los bombos fueron distribuidos según el ranking Conmebol al 16 de diciembre de 2024.^[10]​ Dos equipos de un mismo país no podían encontrarse en el mismo grupo.^[11]​

Se constituyó como primera fase y se disputó por eliminación directa a partido único, entre equipos de la misma federación.

Los participantes se distribuyeron en ocho grupos de cuatro equipos cada uno. Los cuatro perdedores de la fase 3 de la Copa Libertadores ingresaron en esta etapa. Los primeros de cada grupo pasan a los octavos de final, los segundos avanzan a la eliminatoria de octavos de final. Los criterios de clasificación son los siguientes:

1. Puntos obtenidos.
2. Diferencia de goles.
3. Mayor cantidad de goles marcados.
4. Mayor cantidad de goles marcados como visitante;
5. Ubicación en el ranking Conmebol.

Las fases finales estarán compuestas por cinco etapas: eliminatoria de octavos, octavos y cuartos de final, semifinales y final. Se disputarán por eliminación directa en partidos de ida y vuelta, excepto la final, que se jugará a partido único. Los ocho terceros de la Fase de grupos de la Copa Libertadores 2025 ingresarán en esta fase.

Los equipos se numeran con el fin de establecer los enfrentamientos y las localías en los cruces a dos partidos, según su desempeño anterior, ocupando los primeros clasificados en la fase de grupos los ocho primeros lugares, los segundos de grupo los ocho siguientes y los transferidos de la Copa Libertadores los ocho últimos. Los de menor numeración serán locales en los partidos de vuelta.

• La definición del cruce de   Alianza Lima está pendiente de decisión de los Órganos Judiciales de la Conmebol.