La competencia cuenta con tres fases clasificatorias de eliminación directa, en las que participan diecinueve equipos, de los cuales cuatro lograrán la clasificación para la fase de grupos donde se sumarán a los veintiocho ya clasificados.^[8]​

Los dos primeros de cada zona de la fase de grupos accederán a las cuatro fases finales (octavos y cuartos de final, semifinales y final), también de eliminación directa, hasta determinar al campeón. Además, 12 equipos serán transferidos a la Copa Sudamericana 2025 (los 4 perdedores de la fase 3 pasan a la fase de grupos de ese torneo, y los terceros de la fase de grupos lo harán en el repechaje para los octavos de final contra los segundos de la fase de grupos de esa misma competición).^[8]​

El calendario está planificado de la siguiente manera.^[9]​^[8]​

Originalmente, las candidaturas para albergar la final de la Copa Libertadores 2025 incluían al estadio Mané Garrincha de Brasilia y al estadio Centenario de Montevideo. La Confederación Brasileña de Fútbol había confirmado mediante un comunicado que postulaba al Mané Garrincha, con el apoyo formal del gobernador del Distrito Federal, Ibaneis Rocha. Por su parte, el Centenario también aspiraba a ser sede, destacando que ya había albergado una final de Libertadores bajo el régimen de estadio único (Flamengo vs. Palmeiras en 2021), aunque su capacidad —60 235 espectadores— es inferior a la del estadio brasileño.^[10]​^[11]​
Finalmente, el 28 de abril, Alejandro Domínguez, presidente de la CONMEBOL, anunció a través de sus redes sociales que la final de la Copa Libertadores 2025 se disputará en Lima, Perú. De esta manera, la capital peruana albergará la segunda final bajo el formato de partido único instaurado en 2019, año en que el Estadio Monumental recibió la final entre River Plate y Flamengo.^[12]​^[13]​

Distribución geográfica de las sedes de los equipos participantes:

El sorteo de la Fase preliminar se realizó el 19 de diciembre de 2024, a las 12:00 (UTC-3), en la sede de la Conmebol, ubicada en la ciudad de Luque, Paraguay. Ese mismo día, se sortearon también los cruces de la primera fase de la Copa Sudamericana 2025.^[14]​ Los bombos fueron distribuidos de acuerdo con el ranking Conmebol al 16 de diciembre de 2024. No se podían emparejar equipos de un mismo país, excepto si ese equipo venía de las fases anteriores.^[15]​ Al momento del sorteo no se conocían las identidades de Bolivia 3, Bolivia 4 y el segundo representante de Colombia, por lo tanto fueron directamente asignados a los últimos bombos de cada fase.

Fase 1

Fase 2

El sorteo de la fase de grupos se realizó el 17 de marzo de 2025, junto con el sorteo de la fase de grupos de la Copa Sudamericana 2025.^[16]​

Los bombos son distribuidos según el ranking Conmebol al 16 de diciembre de 2024.^[15]​ Dos equipos de un mismo país no pueden compartir el mismo grupo, a excepción de que uno de ellos provenga de la fase preliminar.^[16]​

Nota: En cada cruce, el equipo que ocupa la primera línea es el que define la serie como local.

• La localía se determinó mediante el ranking Conmebol al 16 de diciembre de 2024, siendo local en la vuelta el mejor ubicado.
• Nota: Los cuatro perdedores de esta fase fueron transferidos a la fase de grupos de la Copa Sudamericana 2025.

Los participantes se distribuyen en ocho grupos de cuatro equipos cada uno. Los dos primeros de cada uno se clasifican a los octavos de final, y los terceros serán transferidos a la Copa Sudamericana.

Criterios de desempate

1. Puntos obtenidos.
2. Diferencia de goles.
3. Mayor cantidad de goles marcados.
4. Mayor cantidad de goles marcados como visitante.
5. Ubicación en el ranking Conmebol 2025.

Los cuatro perdedores de la fase 3 son transferidos a la fase de grupos de la Copa Sudamericana 2025 y los ocho terceros de la fase de grupos serán transferidos a los play-off de octavos de final del mismo torneo.

Las fases finales estarán compuestas por cuatro etapas: octavos, cuartos, semifinales y final. Se disputarán por eliminación directa, en partidos de ida y vuelta con excepción de la final que se jugará a partido único. A partir de esta edición no se tendrá en cuenta el gol de visitante como método de desempate.

A los fines de establecer las llaves de la primera etapa, los dieciséis equipos serán ordenados en dos tablas, una con los clasificados como primeros (numerados del 1 al 8 de acuerdo con su desempeño en la fase de grupos, determinada según los criterios de clasificación), y otra con aquellos clasificados como segundos (numerados del 9 al 16, con el mismo criterio), enfrentándose en octavos de final un equipo de los que terminó en la primera posición contra uno de los que ocupó la segunda posición.

Nota: En las series a dos partidos, el equipo con el menor número de orden es el que define como local.

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