Fundado el 31 de octubre de 1962, San Antonio obtuvo su primer título en la AFC Primera A sólo en 2021.^[4]​ Aparecieron por primera vez en la Copa Simón Bolívar en ese año, siendo eliminado en cuartos de final por el García Agreda.^[5]​

Tras volver a ganar el título de Primera A en 2022, el club se clasificó a la Copa Simón Bolívar 2023. En esa competición llegó a la final, enfrentándose al Club Gualberto Villarroel de Oruro,^[6]​ pero perdió el título en penales.^[7]​ Sin embargo, seis días después, lograron el ascenso a la Primera División por primera vez en su historia, después de ganar el ascenso indirecto contra Libertad Gran Mamoré.^[8]​

En el Torneo Apertura fue emparejado en el grupo A, donde enfrentó a los equipos de The Strongest, Real Santa Cruz, Real Tomayapo y FC Universitario.

El equipo, con una gran base del que logró el ascenso, debutó en la máxima categoría el 20 de febrero, por la segunda jornada, empatando 2 - 2 ante Real Tomayapo. El equipo logró superar la fase de grupos en segundo lugar, clasificando a los cuartos de final.

En cuartos de final eliminó al Bolívar, al que venció 1 a 0 de local y empató 1 a 1 en La Paz, clasificándose a las semifinales.

En la semifinal, se enfrentó a Independiente Petrolero, a quien superó contundentemente por 6 a 1 en la ida. El partido de vuelta en Sucre lo perdió por 1 a 3, lo que derivó en la clasificación de San Antonio a la final.

En la final se enfrentó a Universitario de Vinto, con quien había empatado y perdido en los interzonales. El 1 de mayo, ante los pronósticos, San Antonio logró un inesperado triunfo de visitante por 2 a 1, con goles de Passira y Pasadore; el descuento de Magallanes para los locales dejaba la serie abierta para el partido definitivo. El 5 de mayo se disputó el último partido, donde Pasadore se encargo de abrir el marcador para los locales a los 15 minutos del primer tiempo. Pero a los 28 minutos del segundo tiempo, llegó el empate de Monteiro para mantener la serie abierta hasta el final del partido. Finalmente, con el 1 a 1, San Antonio se consagró campeón del Torneo Apertura de la Primera División boliviana y se clasificó a la Copa Libertadores 2025, en lo que será su primer experiencia internacional.

• Temporadas en Primera División: 2 (2024-presente).
• Participaciones en Copa Simón Bolívar: 2 (2021 y 2023).
• Mayor goleada a favor:
  • En Primera División: 6 - 1 ante Independiente Petrolero (22 de agosto de 2024).
• Mayor goleada recibida:
  • En Primera División: 0 - 8 ante The Strongest (18 de diciembre de 2024).
• Debut en Primera División: 20 de febrero de 2024, Real Tomayapo 2 - 2 San Antonio.
• Primer partido en torneos internacionales: 3 - 2 con Olimpia (2 de abril de 2025), Copa Libertadores 2025.
• Participaciones internacionales:

• Los equipos bolivianos están limitados por la FBF a tener en su plantel un máximo de seis futbolistas extranjeros.
• Por disposición de la FBF, se debe considerar la participación obligatoria de un futbolista de la categoría sub-20 y otro de la categoría sub-23 por partido.

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