En 1378 algunos miembros del colegio cardenalicio, no contentos con la elección de Urbano VI, decidieron elegir un nuevo papa, el antipapa Clemente VII, causando la división de la cristiandad occidental en dos obediencias papales, período conocido como el Cisma de Occidente. En 1409 se intentó solucionar la situación por medio de la convocación de un concilio ecuménico en Pisa, creyendo que solo una reunión general de la Iglesia podía poner fin al cisma. Los dos pontífices de entonces, Gregorio XII de Roma y Benedicto XIII de Aviñón, se negaron a participar del concilio, por lo que este les depuso y en su lugar eligieron a Alejandro V. El papa de Pisa, Alejandro V, murió al año siguiente de ser elegido. Inmediatamente le sucedió el antipapa Juan XXIII. De esa manera, Pisa complicó el problema, ahora la Iglesia se encontraba dividida en tres obediencias.

Con la celebración del Concilio de Constanza (entre 1414 y 1418) y la elección de Martín V como único papa se puso fin al gran cisma, pero en el debate teológico cobró fuerza la doctrina conciliarista. Las discusiones eclesiológicas del tiempo debatían entre dos conceptos fundamentales sobre la Iglesia: el primero definía a la Iglesia como una organización monárquica, cuya cabeza era el papa, sucesor de san Pedro; mientras que el segundo planteaba que la Iglesia era una comunidad de fieles, representada en el concilio, cuya presidencia ostentaba el papa. El concilio emanó el decreto Frequens^[4]​ por medio del cual se ordenaba la celebración de otro concilio cinco años después del de Constanza y la frecuencia de un concilio cada diez años.^[5]​

Siguiendo el decreto Frequens, el papa Martín V, aunque si estaba preocupado por el avance de la teoría conciliarista, cinco años después del concilio de Constanza convocó un nuevo concilio en Pavía, el cual inició en abril de 1423, pero por causa de la peste fue trasladado a Siena. Al no asistir un número considerable de representantes de toda la Iglesia y al no emanar ningún decreto, dicho concilio se cerró sin ser considerado un concilio ecuménico.

El decimoséptimo concilio ecuménico fue convocado el 1 de febrero de 1431 por el papa Martín V. Su localización inicial en Basilea (Suiza), acordada en el anterior Concilio de Siena,^[6]​ se debió al deseo de los participantes de desarrollar las sesiones fuera de los territorios dominados por las grandes potencias de la época para evitar influencias externas al propio concilio. El papa designó para presidir el concilio al cardenal Giuliano Cesarini mediante las bulas Dum onus universalis gregis y Nuper siquidem cupientes. Veinte días después murió el papa Martín V y en el cónclave que siguió a su muerte fue elegido Eugenio IV.

El concilio debía abrirse en marzo de 1431, pero para esa fecha sólo el abad de Vézelay se había presentado en Basilea; un mes después llegaron un obispo, un abad y tres representantes de la Universidad de París, y el 23 de julio se celebró la sesión inaugural presidida por Juan de Ragusa y Juan de Palomar, vicarios del presidente Cesarini, quien en agosto consiguió escapar de la derrota de Domažlice contra los husitas y no llegó a Basilea hasta el 9 de septiembre.^[7]​^[8]​

Eugenio IV temía que en Basilea se desarrollaran los decretos revolucionarios de Constanza y recelaba de que incluso pudiera ser impugnada su elección, por haber sido excluido del cónclave de 1431 Domenico Capranica.^[9]​ El 12 de noviembre de 1431 envió a Cesarini la bula Quoniam alto en la que dejaba a su criterio transferir el concilio a Bolonia para dieciocho meses más tarde, pero informado de que los de Basilea habían invitado a una libre discusión a los husitas (condenados como herejes en Constanza), el 18 de diciembre publicó una segunda versión de la bula en la que ordenaba incondicionalmente la disolución del concilio. Ignorantes de la decisión del papa, los padres conciliares ya habían tenido su primera sesión el 14 de diciembre, en la que habían declarado como sus objetivos combatir la herejía, restaurar la paz entre cristianos y acometer la reforma. El elocuente escrito que Cesarini dirigió a Eugenio IV^[10]​ para convencerle de retirar la bula de disolución fue desoído, y el 15 de febrero de 1432 los conciliares se negaron a obedecer al papa apelando al decreto Haec sancta de 1415 en el que se afirmaba la supremacía del concilio en asuntos de fe, cisma o reforma.^[11]​ Pronto se entrometieron también los poderes seculares: el Sacro Imperio Romano Germánico, Francia, Inglaterra, Escocia, Castilla, Borgoña y Milán dieron su apoyo al concilio, al igual que quince de los veintiun cardenales del Colegio Cardenalicio.^[12]​

A finales de febrero de 1432 el concilio se organizó en cuatro comisiones o "diputaciones", cada una de las cuales abordó uno de los objetivos previstos en la convocatoria. Así, una diputación se ocupó de los problemas de la fe, con los objetivos principales de la herejía husita y la unión con la Iglesia ortodoxa; otra trabajó en la consecución de la paz entre los reinos cristianos, sobre todo en los conflictos entre Francia e Inglaterra, por un lado, y entre los reinos ibéricos, por otro; una tercera comisión se dedicó a la reforma de la Iglesia; y la cuarta a los asuntos generales. Cada una de estas diputaciones estaba formada por un número aproximadamente igual entre obispos, abades, doctores y naciones representadas;^[c]​ se intentó de esta manera evitar las rivalidades nacionales y los grupúsculos que habían tenido lugar en Pisa, Siena y Constanza.^[8]​^[13]​^[14]​

En las siguientes sesiones mantenidas a lo largo de 1432 el concilio comenzó abiertamente a atribuirse una autoridad por encima de la del pontífice: se invitó a Eugenio IV a comparecer en Basilea en el plazo de tres meses, amenazando con iniciar un proceso por rebeldía en caso contrario; se resolvió que en caso de sede vacante, el cónclave para elegir al nuevo papa debía celebrarse en el lugar del concilio; se nombró a un legado para Aviñón y el Condado Venaissin , prerrogativa que hasta entonces había sido exclusiva del pontífice; y se dispuso que ninguno de los conciliares podría ser juzgado por el papa. El 26 de septiembre se permitió la numerosa participación del clero de menor rango, con lo que el poder que el alto clero había mantenido en anteriores concilios quedó muy diluido.^[15]​

Inmediatamente comenzaron a tomarse decisiones, como la obligación de celebrar dos concilios provinciales por año y sobre todo el acuerdo con los husitas a los que se les permitió, mediante la publicación del decreto Compactata, recibir la comunión en ambas especies (pan y vino) en las zonas donde esa costumbre se hubiera implantado.^[5]​

El 15 de diciembre de 1433, el papa, presionado por el emperador del Sacro Imperio, numerosos monarcas y con el colegio cardenalicio en su contra, se vio obligado a anular la bula de disolución y reconocer el concilio de Basilea como legítimo mediante la bula Dudum sacrum.^[16]​

El 9 de junio de 1435 el concilio decretó la suspensión de las anatas,^[d]​ derechos de palio,^[e]​ tasas y otros impuestos eclesiásticos.^[17]​^[18]​^[19]​ La medida era imposible de poner en práctica, pues estos ingresos eran la principal fuente de financiación de la Santa Sede y sin ellos el papado habría quedado reducido a la más completa pobreza; cabe suponer que lo que el concilio pretendía era someter al papa por la vía económica u obligarle a transgredir el decreto provocando así nuevas fuentes de discordia.^[20]​

Eugenio IV dirigió a los príncipes de Europa en 1436 el Libellus apologeticus,^[21]​ en el que calificaba los procedimientos de Basilea de desordenados y confusos y criticaba la organización por diputaciones, que privilegiaba la opinión de la "democracia eclesiástica" contra la de los altos cargos de la Iglesia y la de los príncipes seculares.^[22]​^[23]​

Uno de los asuntos pendientes de la cristiandad era lograr la unión entre la Iglesia católica latinai y la Iglesia oriental griega: separadas por el Cisma de Oriente y Occidente de 1054, la unidad de ambas era un objetivo perseguido desde el Concilio de Lyon de 1274, y tanto el papa como el concilio habían enviado sus legados a Constantinopla y habían recibido a los de los griegos, intentando cada uno ganar el prestigio de materializar la reunión en su terreno.^[24]​

Sin embargo Basilea, en el interior del continente y al norte de los Alpes, no era un lugar accesible para recibir a varios cientos de prelados griegos llegados desde Bizancio, y se hacía necesario trasladar el concilio a otra ciudad mejor comunicada, y en la necesidad del traslado Eugenio IV vió una oportunidad para concluir un concilio que pretendía acabar con el absolutismo pontificio. Los conciliares propusieron como ciudades candidatas la propia Basilea, Aviñón o algún lugar en Saboya; los pontificios ofrecieron Údine, Florencia u otra ciudad en Italia; los griegos declararon que elegirían la sede después de haber desembarcado en Italia.^[25]​

En la tumultuosa sesión del 7 de mayo de 1437 se redactaron dos decretos contradictorios sobre el traslado de la asamblea.^[26]​ La mayoría de los conciliares, dirigidos por Louis Aleman, decidieron reabrirla en Avignon o en algún lugar en Saboya, mientras una minoría fiel al papa, encabezada por Juan de Cervantes y Niccolò Albergati, optó por la transferencia a Italia. La noche del 13 de junio de 1437 varias personas del entorno del presidente Cesarini junto con un espía florentino desfondaron el cofre que contenía la bula conciliar, sellaron con ella el decreto de la minoría y lo enviaron con un emisario para ser presentado en Grecia como auténtico. La autoría intelectual del fraude apuntaba al nuncio papal Giovanni Berardi, quien acusado de falsificación, abandonó la ciudad antes de que se completara el proceso contra él y se unió a la corte de Eugenio.^[27]​^[28]​^[29]​^[30]​^[31]​^[32]​^[f]​

El 29 de mayo el papa confirmó el decreto de la minoría por la bula Salvatoris et Dei nostri. El 31 de julio el concilio publicó un monitorio contra el papa en el que se denunciaban sus infracciones contra los decretos de reforma, sus maniobras contra la autoridad del concilio y la seguridad de sus integrantes, y la mala administración de los estados de la Iglesia, y se le conminaba a comparecer en el plazo de sesenta días.^[33]​ El 18 de septiembre el papa publicó la bula Doctoris gentium, en la que reprochaba la inacción del concilio durante sus seis años de vida y ordenaba su traslado a Ferrara.^[34]​

En agosto una embajada dirigida por el obispo de Viseu Luís do Amaral y por el de Lausana Louis de la Palud zarpó en las galeras rumbo a Constantinopla con la misión de conducir a Basilea al emperador Juan VIII Paleólogo y a los prelados bizantinos para tratar de la unión de las dos iglesias, pero cuando en octubre llegó a su destino encontró qie se le había adelantado la delegación que el papa había enviado bajo el mando del legado Marco Condulmer, el obispo de Oporto Antão Martins de Chaves, el de Digne Pierre de Versailles, el de Corone Cristoforo Garatone y el preboste Nicolás de Cusa con el objetivo de llevarles a Ferrara. El mismo emperador tuvo que intermediar para que la discusión entre las dos embajadas no terminara en un enfrentamiento armado. En noviembre los bizantinos embarcaron en las galeras de Condulmer rumbo a Italia.^[35]​

Cesarini abandonó Basilea junto con una minoría de prelados obedientes al papa para unirse al concilio de Ferrara, que se abrió el 8 de enero de 1438 presidido por Niccolò Albergati. El 4 de febrero Louis Aleman (el único cardenal en Basilea) fue proclamado presidente del concilio, con el apoyo de la mayoría de conciliares y de los príncipes europeos. Quedaban así establecidas dos asambleas distintas, mutuamente desautorizadas, disputándose el título de concilio.

El 24 de enero de 1438 se decretó en Basilea la suspensión del pontífice de su dignidad eclesiástica, y el 28 de abril comenzó el proceso canónico contra él. Tras la muerte del emperador Segismundo, Alberto II del Sacro Imperio Romano Germánico y los príncipes electores declararon su neutralidad entre los dos concilios y propusieron el traslado de ambos al Sacro Imperio, mientras en Francia se publicaba la Pragmática Sanción de Bourges.^[36]​

El 10 de enero de 1439, mediante la bula Decet oecumenici concilii, Eugenio IV mandó transferir el concilio a Florencia. La versión oficial fue que el traslado era debido a un brote de peste que había azotado Ferrara durante el invierno y amenazaba agravarse en el verano, aunque el motivo principal era que los 80.000 florines que hasta esa fecha había costado el viaje desde Constantinopla y el mantenimiento en Ferrara de tantos prelados habían dejado vacías las arcas de la Cámara Apostólica, mientras en Florencia el signore Cosme de Médici y su hermano Lorenzo se comprometían a darles alojamiento gratis y a entregarles una cantidad mensual durante ocho meses, bajo palabra de reembolso por el papa. Igualmente preocupante era la cercanía de Niccolò Piccinino, condotiero a sueldo del duque de Milán Filippo Maria Visconti, que había tomado Imola y Forlì y alentaba la revolución en Bolonia, peligrosamente cercanas a Ferrara.^[37]​

Reunido con los delegados de la Iglesia ortodoxa y con el emperador bizantino Juan VIII Paleólogo se alcanzó, mediante el decreto de unión bula Laetentur Caeli el 6 de julio de 1439, la reunificación de ambas Iglesias. Los ortodoxos aceptaron que la incorporación del Filioque al credo niceno era una explicitación de la fe y no una herejía; cada Iglesia debía seguir su tradición respecto al pan fermentado o sin fermentar en la eucaristía; se aceptó la existencia del purgatorio; y la primacía del papa sobre toda la Iglesia.^[38]​

Posteriormente se firmaron actas de unión con las Iglesias: armenia: bula Exultate deo el 22 de noviembre de 1439 y copta: bula Cantate Domino el 4 de febrero de 1442.^[39]​

En la sesión del 24 de abril de 1439 el concilio de Basilea aprobó como dogmas las tres veritates, venciendo la oposición de los embajadores de los príncipes seculares y apelando a la independencia del poder espiritual sobre los príncipes temporales y a la integridad de la fe y salvaguarda de la Iglesia:

• Que la autoridad del concilio era superior a la del papa;
• Que el papa no tenía autoridad para disolver el concilio;
• Que contradecir cualquier de los dos puntos anteriores era herejía.

Y a continuación exponía los hechos: Eugenio IV había decretado la disolución del concilio en 1431; tras la rectificación de 1433, la había repetido en 1437 con contumacia, y finalmente había convocado el de Ferrara, con lo cual su actitud se amoldaba a las tres cuestiones antedichas.

En la sesión del 25 de junio de 1439 se leyó el decreto que disponía la deposición de Eugenio IV por hereje, cismático, rebelde contra la Iglesia, infractor de los decretos emitidos por el conciio, simoníaco, perjuro y contumaz.^[40]​ El 9 de septiembre de 1439 desde Florencia Eugenio IV respondió con la promulgación de la bula Moyses vir Dei, en la que a su vez calificaba a los de Basilea de herejes, cismáticos, ignorantes, vagabundos, indisciplinados, tránsfugas, apóstatas y criminales.^[41]​

Depuesto el papa reinante, en Basilea quedaba elegir a su sucesor. A finales de octubre una comisión del concilio nombró a los participantes del cónclave que reunidos en la Haus zur Mücke^[g]​ debían elegir al papa; además de Aleman, que era el único cardenal presente en Basilea, fueron designados treinta y dos electores (ocho de cada "nación"), entre ellos once obispos, siete abades, cinco teólogos y nueve canonistas:

Durante los ocho días que duró el cónclave surgieron como papables Amadeo de Saboya, los cardenales De Foix y Cervantes, el arzobispo de Lyon Amédée de Talaru, el de Colonia Dietrich von Moers, el obispo de Vic Jordi d'Ornos, el teólogo Juan de Segovia y el jurista Thomas de Courcelles, pero Aleman intervino para inducir a los conclavistas a decantarse por el duque de Saboya, que resultó elegido el 5 de noviembre.^[42]​^[43]​^[44]​ En junio de 1440 Félix V acudió a Basilea, donde fue coronado por Louis Aleman y Louis de La Palud el 24 de julio.^[45]​

Con la aceptación de los decretos de unión de las iglesias griega y armenia, podía darse por terminado el concilio en Florencia, sin embargo, como en Basilea persistían con su reunión y el pequeño cisma, Eugenio IV quiso mantener el concilio abierto. El 7 de enero de 1443 hizo otro traslado, esta vez al corazón del centro de la Iglesia, Roma, en donde aún se mantuvieron dos sesiones: una en septiembre de 1444 y otra en agosto de 1445.^[25]​ Consta que en ese tiempo se unieron nuevas Iglesias orientales: la siria por medio de la bula Multa et admirabilia del 30 de noviembre de 1444; y los caldeos y coptos con la bula Benedictus sit Deus del 7 de agosto de 1445.^[39]​

En Basilea las sesiones se extendieron hasta el 25 de abril de 1449, fecha en que se disolvió espontáneamente el concilio tras la abdicación del antipapa Félix.

• Bula Laetentur caeli (6 de julio de 1439), sobre el Espíritu Santo, la Eucaristía y los Novísimos.
• Bula Exultate Deo (22 de noviembre de 1439), sobre los Sacramentos.
• Bula Cantate Domino (4 de febrero de 1442), sobre la Trinidad y la Encarnación.

El resultado principal fue el reconocimiento por parte de la Iglesia ortodoxa de que la cabeza de la Iglesia era el papa, opción apoyada por el emperador Juan VIII Paleólogo, el Patriarca latino de Constantinopla (Basilio Bessarión) y el Patriarca ortodoxo de Constantinopla (Gregorio III). Sin embargo, la oposición de los monjes griegos, que tenían un gran poder en la Iglesia de oriente, y la conquista de Constantinopla por los otomanos acabó con el acuerdo, restableciéndose la separación de ambas Iglesias en 1472.^[38]​

La victoria de Eugenio IV sobre los que persistían con el concilio en Basilea, si bien no significó el fin de las doctrinas conciliaristas, significó el reconocimiento del romano pontífice como la más alta autoridad eclesiástica en la cristiandad.^[46]​

La unión parcial con otras Iglesias orientales permanece hasta hoy, ya que estas constituyen Iglesias sui iuris y están en plena comunión con la Iglesia de Roma, es decir el papa es la cabeza de esas Iglesias pero ellas mantienen cierta autonomía y sobre todo en sus usos litúrgicos y tradiciones.

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