El patriarcado extendía su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino y de rito bizantino residentes en el Imperio latino de Constantinopla, en territorios que hoy forman parte de Grecia y de Turquía.

La sede del patriarcado se encontraba en la ciudad de Constantinopla (actual Estambul), en donde se hallaba la basílica de Santa Sofía, desde el 1 de agosto de 2020 funcionando como mezquita.

El papa Inocencio III instruyó al patriarca latino a llenar las sedes episcopales de mayoría griega con obispos griegos leales a Roma, mientras que en las sedes con población mixta griega y latina, debía poner obispos latinos con protopapas, es decir arciprestes vicarios para la población griega, a la manera usual en Sicilia y el sur de Italia. Sin embargo, la situación fue muy compleja, hubo algunos obispos griegos que enviaron su sumisión a Roma y continuaron en el cargo, tales como los de Rodosto y Negroponte. Los metropolitanos de Atenas, Corinto, Patras y Creta, sin embargo, huyeron a Nicea y sus diócesis fueron ocupadas por latinos. El número de diócesis latinas fue inferior al número de diócesis griegas precedentes.

Las Notitiae Episcopatuum de los emperadores Manuel I Comneno (circa 1170)^{[nota 1]}​ e Isaac II Ángelo (de fines del siglo XII)^{[nota 2]}​ son las fuentes principales para conocer cómo se estructuraba el patriarcado de Constantinopla al momento del establecimiento del Imperio latino. Otra fuente complementaria es una Notitia impresa como II y III por Parthey, pero en realidad una sola lista, que data de la época de Alejo I Comneno (1081-1118). La información disponible respecto a las diócesis que fueron parte del patriarcado latino es fragmentaria y basada sobre todo en la correspondencia papal y en las Provinciale Romanum (listas de provincias eclesiásticas con sus diócesis sufragáneas) de circa 1210/1212^{[nota 3]}​^[1]​ y de 1228^{[nota 4]}​^[2]​^[3]​

El patriarca Tomás Morosini buscó reducir el número de diócesis, para lo cual el papa Inocencio III lo autorizó en 1206, aunque muchos cambios fueron ejecutados posteriormente por el legado papal, cardenal Giovanni Colonna (legado pontificio entre 1217 y 1223).

• El patriacado latino de Constantinopla (Constantinopolitana): la arquidiócesis autocéfala griega de Lemnos fue unida a Constantinopla por el legado Colonna circa 1220. Fueron puestas bajo la jurisdicción del patriarca latino como sus sufragáneas (no las tenía el patriarca griego) las diócesis de:
  • Selimbria (Solumbriensem): exmetropolitanato griego sin sufragáneas, en 1207 tenía un obispo latino;
  • Atira (Naturensem): exdiócesis griega sufragánea de Heraclea;
  • Pege (Spigacensem): exmetropolitanato griego, se le menciona un obispo latino en 1225;
  • Panio (Panadensem): exdiócesis griega sufragánea de Heraclea;
  • Derkos (Derkensem): exarquidiócesis autocéfala griega;
  • Calcedonia (Calcedonensem): exmetropolitanato griego sin sufragáneas.^[4]​ Se sabe que Calcedonia tenía obispos latinos en 1215 y que circa 1220 fue unida al patriarcado por el legado Colonna, lo cual fue aprobado el 8 de abril de 1225 por el papa Honorio III.^[5]​

Además de la provincia eclesiástica de Constantinopla, el patriarcado latino comprendió también las siguientes 19 provincias eclesiásticas:^[6]​^[7]​

• La arquidiócesis de Heraclea (Iracliensis): conservó solo 5 diócesis sufragáneas de las 15 que tenía el metropolitanato de Heraclea y no se conoce nada sobre el destino de otras 5 diócesis griegas sufragáneas de Heraclea que quedaron en territorio latino: Teodorópolis, Cariópolis, Pamfilo, Sergenza y Metre. La arquidiócesis autocéfala griega de Proconeso fue rebajada a diócesis sufragánea de Pario y en 1223 unida a Heraclea por el papa Honorio III confirmando lo dispuesto por Colonna.^[8]​ Heraclea tenía 7 sufragáneas:
  • Rodosto (Redestonensem): exdiócesis griega sufragánea de Heraclea;
  • Peristasis (Peristasiensem): exdiócesis griega sufragánea de Heraclea;
  • Galípoli (Calipolensem): exdiócesis griega sufragánea de Heraclea;
  • Daonio (Danensem): exdiócesis griega sufragánea de Heraclea;
  • Zorolo (Churlotensem): exdiócesis griega sufragánea de Heraclea;
  • Arcadiópolis (Archadiopolitanum): exmetropolitanato griego;
  • Mesene (Missinensem): exarquidiócesis autocéfala griega.

• La arquidiócesis de Pario (Pariensis): el patriarca Morosini le agregó la diócesis griega de Pegai circa 1209. Pario fue una exarquidiócesis autocéfala griega convertida en metropolitana con 3 diócesis sufragáneas:
  • Lámpsaco (Lapsacensem): exdiócesis griega sufragánea de Cícico;
  • Lentiana (Lindinensem): diócesis de erección latina;
  • Dascilio (Destillaria o Stillaria): diócesis de erección latina.

• La arquidiócesis de Cícico (Squisicensis): se supone que tuvo al frente obispos bizantinos católicos, conservó como sufragánea solo a una exdiócesis griega de las 12 que tenía el metropolitanato de Cícico. La arruinada ciudad de Cícico estuvo en manos latinas desde 1204 hasta 1228. No se conoce nada sobre sus otras sedes sufragáneas que quedaron en territorio latino: Adrianothera, Dardanelos, Ilio, Skamandros (o Adriania),^[9]​ Pemaneno y Scepsi (también llamada San Cornelio). Lámpsaco, que previamente era su sufragánea, aparece atestiguada como sufragánea de Pario. Sus sufragáneas eran:
  • Tróade (Troianum): exdiócesis griega sufragánea de Cícico, tenía un cabildo catedralicio latino en 1222 y un obispo latino en 1223;
  • Adramitio (Andrimitanum): exdiócesis griega sufragánea del metropolitanato de Éfeso (que permaneció en manos bizantinas), en 1222 se menciona que el papa Honorio III le hizo un encargo a su obispo;
  • Achirao (Lacorensem): diócesis de erección latina;
  • Nicomedia (de Nicomedia): el metropolitanato de Nicomedia tenía 11 diócesis sufragáneas griegas antes de 1204 y se conoce que en 1208 y 1211 le fueron elegidos obispos latinos rebajados a sufragáneos de Cícico, en 1223, sin embargo, su titular es referido como arzobispo, aunque no aparece así en la Provincialia Romana de 1228. No se conoce nada sobre sus sufragáneas que quedaron en territorio latino: Preneto, Helenópolis y Dafnusia;
  • Antioquía del Meandro (Kantimoneia o de Candimonia): diócesis de erección latina, aparece en la Provincialia Romana de 1228 como sufragánea de Cícico;
  • Lupudiensem;
  • Palea (de Palea): diócesis de erección latina;
  • Pionia (de Epygonia): diócesis de erección latina;
  • Baris de Helesponto (Libariensem): diócesis de erección latina.

• La arquidiócesis de Brisis (Verisiensis): exarquidiócesis autocéfala griega, que recibió como sufragáneas a las diócesis de:
  • Rusio (Russoniensem): exmetropolitanato griego sin sufragáneas;
  • Apros (Aprensem): exmetropolitanato griego sin sufragáneas;
  • Cipsela (Kypsalensem): exarquidiócesis autocéfala griega.

• La arquidiócesis de Madito (Maditensis): había sido el metropolitanato de Madito sin sufragáneas griegas. La arquidiócesis autocéfala de Abido fue unida por el legado Colonna a la arquidiócesis de Madito circa 1220. En 1222 tenía un cabildo catedralicio latino. No tenía diócesis sufragáneas latinas.

• La arquidiócesis de Adrianópolis de Hemimonto (Adrinopolitanum): fue el metropolitanato de Adrianópolis con 11 diócesis sufragáneas griegas. No se sabe nada sobre sus sufragáneas que quedaron en territorio latino: Agatópolis y Trapovizye. Aparece sin sufragáneas latinas en 1228.

• La arquidiócesis de Trajanópolis de Ródope (Traianopolitanus): perdió las 11 diócesis sufragáneas griegas que tenía el metropolitanato de Trajanópolis. No se conoce si el arzobispo era latino. Tenía una única diócesis sufragánea latina:
  • Eno (Aniensem): atestiguada en 1217, había sido un exmetropolitanato griego sin sufragáneas.

• La arquidiócesis de Macri (Makrensis): exdiócesis griega sufragánea de Trajanópolis. Está atestiguada como sufragánea de Trajanópolis en 1217, pero en la Provincialia Romana de 1228 figura como arquidiócesis metropolitana, teniendo solo una sufragánea:
  • Maronea (Maroniensem): exarquidiócesis autocéfala griega.

• La arquidiócesis de Mosinópolis (Messinopolitanus): exdiócesis griega sufragánea de Trajanópolis. Solo tenía una sufragánea latina:
  • Xante (Xanthiensem): exdiócesis griega sufragánea de Trajanópolis.

• La arquidiócesis de Filipos (Philippensis): exmetropolitanato griego, conservó a 2 de sus sufragáneas:
  • Cristópolis (Christopolitanum): exdiócesis griega sufragánea de Filipos;
  • Draginensem: diócesis de erección latina;
  • Cesarópolis (Chrisopolitanum, nombre que aparece en las dos Provincialias): exdiócesis griega que se supone sufragánea de Filipos.

• La arquidiócesis de Serres (Serrensis): exmetropolitanato griego sin sufragáneas, tampoco las tuvo latinas.

• La arquidiócesis de Tesalónica (Thessalonicensis): de las 11 que tenía el metropolitanato de Tesalónica conservó solo dos diócesis sufragáneas:
  • Citro (Citrensem): exdiócesis griega sufragánea de Tesalónica;
  • Berrea (Verisiensem): exdiócesis griega sufragánea de Tesalónica.

• La arquidiócesis de Larisa (Larissenus): el metropolitanato de Larisa tenía 28 sufragáneas griegas, de las que conservó 6:
  • Demetriade (Dimitriensem): exdiócesis griega sufragánea de Larisa;
  • Tebas de Ftiótide (Almirensem): exdiócesis griega sufragánea de Larisa;
  • Cardicio (Cardisensem): exdiócesis griega sufragánea de Larisa;
  • Sidoniensem: exdiócesis griega sufragánea de Larisa;
  • Ezero (Nazarocensem): exdiócesis griega sufragánea de Larisa;
  • Taumaco (Dimicensem): exdiócesis griega sufragánea de Larisa.

• La arquidiócesis de Neopatras (Neopatrensis): fue el metropolitanato de Neopatras con un número confuso de sufragáneas griegas. Solo tenía una sufragánea latina:
  • Lavacensem, diócesis de erección latina.

• La arquidiócesis de Tebas (Thebanus): el metropolitanato de Tebas conservó solo 2 sufragáneas de las 5 griegas que tenía:
  • Castoria (Castoriensem): exdiócesis griega sufragánea de Tebas;
  • Zaratovio (Zaratoviensem): exdiócesis griega sufragánea de Tebas.

• La arquidiócesis de Atenas (Atheniensis): de las 8 diócesis sufragáneas griegas que tenía el metropolitanato de Atenas conservó como sufragáneas solo a 4. Tenía 8 sufragáneas latinas:
  • Termopilensem: diócesis de erección latina;
  • Daulia (Davaliensem): exdiócesis griega sufragánea de Atenas;
  • Negroponte o Caristo (Nigripontensem): exdiócesis griega sufragánea de Atenas;
  • Salona (Salonensem): diócesis de erección latina;
  • Aulon (Abelonensem): exdiócesis griega sufragánea de Atenas;
  • Oreo (Reonensem): exdiócesis griega sufragánea de Atenas;
  • Megara (Megarensem): diócesis de erección latina;
  • Egina (Eginensem): exarquidiócesis autocéfala griega.

• La arquidiócesis de Corinto (Cotinthiensis): perdió a las 10 sufragánea que tenía el metropolitanato de Corinto. Solo tenía una sufragánea latina:
  • Argos (Argolicensem): el emperador Isaac II Ángelo la había promovido a metropolitanato sin sufragáneas, siendo previamente sufragánea de Corinto.

• La arquidiócesis de Patras (Patracensis): metropolitanato de Patras conservó 4 sufragáneas de las 5 diócesis griegas que tenía. Aunque en abril de 1207 el papa Inocencio III había confirmado que la arquidiócesis de Patras pertenecía al patriarcado latino, el legado Colonna en junio de 1222 la declaró excedente de él, lo que confirmó el papa Honorio III en julio de 1222. Sus sufragáneas latinas eran:
  • Oleno (Olenensem): exdiócesis griega sufragánea de Patras;
  • Modona (Mothonensem): exdiócesis griega sufragánea de Patras;
  • Corone (Coronensem): exdiócesis griega sufragánea de Patras;
  • Amicle (Amiclensem): exdiócesis griega sufragánea de Patras;
  • Cefalonia (Cephaluniensem): exdiócesis griega sufragánea de Corinto:
  • Zante (Jacinthensem): exdiócesis griega sufragánea de Corinto:
  • Andravilla (Andrevillensem): diócesis de erección latina.

• La arquidiócesis de Creta (Cretensis): conservó como sufragáneas a 5 de las 11 diócesis que tenía el metropolitanato de Creta:
  • Kántanos (Cantisensem): exdiócesis griega sufragánea de Creta;
  • Ario o Subrita (Arianensem): exdiócesis griega sufragánea de Creta;
  • Milopótamo o Eleuterna (Milopotamiensem): exdiócesis griega sufragánea de Creta;
  • Lappa, Calamona o Rétimo (Calamonensem): exdiócesis griega sufragánea de Creta;
  • Cidonia (Kyrothomissiensem): exdiócesis griega sufragánea de Creta.

Existían además 3 arquidiócesis no metropolitanas, inmediatamente sujetas al patriarcado:

• La arquidiócesis de Corfú (Corfiriensis): aparece inicialmente como sufragánea de Patras. En la época bizantina previa era un metropolitanato sin sufragáneas.
• La arquidiócesis de Durrës (Duracensis): en la época bizantina previa era un metropolitanato sin sufragáneas.
• La arquidiócesis de Rodas o de Colosas (Colosensis): había sido el metropolitanato de Rodas con diócesis sufragáneas.

En 1206 el papa Inocencio III rechazó la pretensión del patriarca de incorporar a la Iglesia de Chipre a la jurisdicción del patriarcado latino.

Antes del cisma de Oriente de 1054 la Iglesia cristiana dentro de las fronteras del antiguo Imperio romano fue efectivamente liderada por cinco patriarcas (la pentarquía): en orden descendente de precedencia: Roma por el papa de Roma (que rara vez usaba el título de patriarca) y los de Constantinopla, Alejandría, Antioquía y Jerusalén. En Occidente se reconoció que el patriarca de Roma tenía superioridad sobre los otros patriarcas, mientras que en Oriente, el patriarca de Constantinopla gradualmente llegó a ocupar una posición de liderazgo. En el este, el papa generalmente se consideraba primero entre iguales, pero no un superior directo. Las sedes de Roma y Constantinopla a menudo estaban en desacuerdo entre sí, así como las Iglesias griegas y latinas en su conjunto a menudo estaban en desacuerdo tanto en lo político como en lo eclesiástico. Hubo corrientes culturales complejas subyacentes a estas dificultades, incluido el hecho de que en Occidente los modelos feudales comenzaron a influir en la forma de ver las relaciones dentro de la Iglesia. Las tensiones condujeron en 1054 a una seria ruptura entre el este griego y el oeste latino llamado cisma este-oeste, que aunque no es absoluto en muchos lugares, todavía domina el paisaje eclesiástico.

Como consecuencia del cisma de 1054, la Iglesia latina y la Iglesia oriental se separaron lanzando anatemas y excomuniones mutuas y considerándose cada una como el custodio de la ortodoxia cristiana. El contraste, no solo religioso, había llevado a enfrentamientos cada vez más frecuentes entre los dos mundos opuestos: el mundo feudal cada vez más agresivo de Occidente y el Imperio bizantino en decadencia.

Indicador del deterioro progresivo de estas relaciones fue la relación particular que unió a Bizancio con Venecia, su antigua provincia, que se independizó en varias ocasiones y había brindado apoyo militar con su poderosa flota contra ella hasta que se ganó, con la bula de oro de Alejo I Comneno de 1082, importantes privilegios comerciales que la hicieron subir al rango de entidad mercantil principal en el Imperio: fue el premio por defender a Grecia del asalto de los normandos por Roberto Guiscardo. Posteriormente, los sucesivos emperadores confirmaron y ampliaron las concesiones iniciales, con nuevos monopolios, privilegios y exenciones cada vez más amplias, lo que hizo que el mercado griego dependiera cada vez más de Venecia y al final se volvió tan insoportable como para provocar la reacción violenta de Manuel I Comneno, que en 1171 hiciera arrestar a los 10 000 venecianos de la colonia de Constantinopla y a todos los demás residentes del Imperio, confiscando sus bienes y desencadenando un conflicto que se resolvió a favor del Imperio y obligó a Venecia a llegar a un acuerdo. En mayo de 1182 el emperador Andrónico I Comneno permitió la Masacre de los Latinos, en la cual unos 60 000 occidentales que vivían en Constantinopla fueron afectados, vendiéndose a muchos sobrevivientes como esclavos a los musulmanes. El legado papal fue decapitado. La masacre deterioró aún más las relaciones entre las Iglesias de Oriente y Occidente. El 8 de noviembre de 1202 zarpó de Venecia la flota de la Cuarta Cruzada a pesar del desagrado del papa, que desautorizó esta expedición. Dos días después los cruzados atacaban Zadar, que fue conquistada el día 15 del mismo mes. El papa Inocencio III optó por excomulgar a todos los expedicionarios, aunque en febrero de 1203 rectificó y perdonó a los cruzados, manteniendo la excomunión solo para los venecianos.

La Cuarta Cruzada fue desviada a Constantinopla para apoyar los reclamos dinásticos de Alejo IV Ángelo, quien junto con su padre fue puesto en el trono imperial con ayuda de los cruzados. Ante el no pago de la totalidad del dinero convenido por la ayuda y el ataque a la flota cruzada por los bizantinos, los cruzados y venecianos hicieron un tratado en marzo de 1204 por el cual acordaron repartirse el Imperio bizantino. Un emperador latino sería elegido por ellos, mientras que la Iglesia de Constantinopla quedaría para la parte que no ganara la elección imperial y tendría derecho a elegir un patriarca. Los cruzados invadieron y saquearon la ciudad el 12 de abril de 1204, eligiendo el 9 de mayo de 1204 un emperador latino del partido cruzado. Esto no fue obra del obispo de Roma, el papa Celestino III, quien inicialmente habló en contra de la Cuarta Cruzada. Al escribirle a su legado, el papa dijo: ¿Cómo, en efecto, la Iglesia griega será devuelta a la unión eclesiástica y a la devoción por la Sede Apostólica cuando ha sido acosada con tantas aflicciones y persecuciones que ella ve que los latinos son solo un ejemplo de perdición y de obras de oscuridad, de modo que ahora, y con razón, detesta a los latinos más que a los perros?^[10]​^[11]​

Siguiendo los acuerdos previos entre los cruzados y los venecianos, inmediatamente después de la creación del Imperio latino fueron designados 15 canónigos venecianos en el cabildo de la catedral de Santa Sofía. El subdiácono veneciano Tomás Morosini fue elegido por unanimidad patriarca por el cabildo, que además dispuso que solo podían integrarlo venecianos. El papa Inocencio III no fue consultado para la erección del patriarcado. Luego de enterarse, el 7 de diciembre de 1204 escribió una carta a los obispos y abades latinos en ejercicio cristiano en Constantinopla recomendándoles nombrar sacerdotes latinos en las iglesias abandonadas por los griegos, ignorando al patriarca, como si su elección no hubiera ocurrido.

El 21 de enero de 1205 el papa Inocencio III envió otra carta a los clérigos latinos de Constantinopla, explicándoles que su consistorio había declarado inválida y no canónica la elección de Morosini por los canónigos venecianos excomulgados. Sin embargo, el papa teniendo en cuenta su preocupación por la cruzada, la necesidad de establecer el orden en el nuevo Imperio latino y el deseo de unión de las Iglesias, había decidido confirmar el nombramiento de Morosini como patriarca de Constantinopla.^[12]​ Levantó también la excomunión a los venecianos. Su cambio de opinión se debió a la necesidad de congraciarse con el emperador latino y con los venecianos. Además, los obispos ortodoxos que mantuvieron sus sedes debieron jurar lealtad al papa.^[13]​ Inocencio III reconoció al patriarca latino todas las prerrogativas tradicionales que tenían los patriarcas griegos de la ciudad. Los venecianos habían establecido un patriarcado subordinado de la manera occidental al papa, de manera similar a lo que ya había ocurrido en los estados cruzados de Tierra Santa. Morosini, quien residía en Italia, fue consagrado personalmente por el papa como diácono, sacerdote y obispo, e investido con el palio de arzobispo entre el 5 y el 20 de marzo de 1205. Además de sus poderes como metropolitano, Morosini recibió el derecho a ungir reyes.^[14]​

Al menos unas 20 iglesias y monasterios bizantinos fueron tomados para el culto latino, entre ellas, además de Santa Sofía, la iglesia de los Santos Apóstoles, San Anastasio, San Pablo, Cuarenta Mártires, el monasterio Pantocrator, etc.

Morosini fracasó en reconciliar a los griegos bizantinos ortodoxos, tanto clérigos y laicos, al dominio católico, quienes transfirieron su lealtad al antiguo patriarcado ortodoxo que sobrevivió en el Imperio de Nicea. En agosto de 1206 Morosini prohibió todos los servicios griegos en la ciudad, debido a que no lo conmemoraban. El patriarca griego Juan X de Constantinopla salió de Constantinopla después de su caída en 1204 y se refugió en Didimótico en Tracia, aunque fuentes occidentales aseguran que reconoció la primacía del papa, al parecer no se sometió ni se opuso al patriarcado latino. Tampoco aceptó refugiarse en Nicea y murió en abril o mayo de 1206. Los griegos de Constantinopla solicitaron al papa la elección de un nuevo patriarca griego, pero les fue negado y en 1208 Miguel IV de Constantinopla fue entronizado en Nicea en oposición papal.^[15]​ Después de la muerte de Morosini en junio o julio de 1211 en Tesalónica, la sede quedó vacante. A fines de 1213 el nuevo legado papal Pelagio (obispo de Albano) llegó a Constantinopla. Su llegada marcó el final de la política más suave que Morosini había llevado con los griegos, pues Pelagio se embarcó en una serie de persecuciones contra los monjes ortodoxos y fieles griegos de la capital, generando una reacción que hizo que muchos de los que habían aceptado la dominación latina pasaran a oponerse a ella. En noviembre de 1215 fue elegido patriarca el obispo Gervasio de Heraclea.

Ante la debilidad del Imperio latino, el papa buscó afianzar sus vínculos con la República de Venecia y el 15 de febrero de 1253 designó como patriarca al veneciano Pantaleón Justiniani. Sin embargo, el Imperio latino en Constantinopla fue finalmente derrotado y desposeído por un resurgente Bizancio en 1261. En la noche entre el 24 y el 25 de julio de 1261 el patriarca latino Justiniani logró escapar a Negroponte (Calcis, en la isla de Eubea). En la sede patriarcal permaneció en calidad de vicario, Antonio, capellán de Justiniani y archidiácono de Torcello, aunque Santa Sofía volvió a la ortodoxia. A partir de este momento, los patriarcas, aunque privados de su sede, continuaron residiendo en Negroponte o Venecia, ya que Justiniani vivió en la esa ciudad al menos desde 1268 hasta en 1274 y participó en el Concilio de Lyon II. Continuó así supervisando las restantes diócesis católicas latinas en varias partes de la Grecia latina todavía existente,^[16]​ en las provincias eclesiásticas de Atenas, Tebas y Neopatras.

Cuando el último emperador latino Balduino II huyó de Constantinopla, fue muy bien recibido en Roma por el papa Urbano IV, quien le prometió apoyo para recuperar el trono. Esta amenaza de apoyo continuo llevó al nuevo emperador griego a buscar una reunión entre las Iglesias de Oriente y Occidente.^[17]​ Para terminar con el cisma el papa Gregorio X envió una embajada al emperador Miguel VIII Paleólogo, que había reconquistado Constantinopla. Buenaventura de Fidanza por parte de la Iglesia católica y el patriarca Juan XI Beco en representación de la ortodoxa, lograron un acuerdo sobre las diferencias que separaban ambas Iglesias en el Concilio de Lyon II en 1274. El aparente éxito de la unión fue sin embargo muy efímero ya que se encontró, desde el primer momento, sin la aceptación del bajo clero y del pueblo griego. Juan XI Beco fue reconocido como patriarca católico griego de Constantinopla en 1275, pero eso no afectó la posición de Pantaleón Justiniani. Juan XI Beco fue depuesto en 1282 por la jerarquía ortodoxa oriental, terminando así una unión de corta duración.

El patriarcado mantuvo en el exilio su propio clero, incluido un capítulo de 11 canónigos al que el papa le encomendó la elección del sucesor de Justiniani. En 1286 fue elegido Pedro Correr, confirmado por el papa Honorio IV, aunque es posible que no haya salido de Venecia. A la muerte de Correr el 7 de febrero de 1302, el papa unió el patriarcado a la arquidiócesis de Candia en Creta y el 31 de marzo de 1302 fue elegido patriarca Leonardo Falier.

El 31 de julio de 1308 fue elegido patriarca y arzobispo de Creta Nicolás de Tebaida. El 8 de febrero de 1314 el papa Clemente V separó el patriarcado de la arquidiócesis de Creta y lo unió con la sede episcopal de Negroponte, hasta entonces sufragánea del arzobispado latino de Atenas, para que los patriarcas pudieran una vez más tener una diócesis territorial en suelo griego y ejercer un papel directo como jefe del clero latino en lo que quedaba de la Grecia latina.^[18]​

En 1342 el patriarca Enrique de Asti organizó la primera Cruzada de Esmirna contra el Beylicato de Aydın. Los cruzados lograron capturar el puerto y la ciudadela de Esmirna el 28 de octubre de 1344. Cuando el 17 de enero de 1345 el patriarca trató de celebrar la misa en una estructura abandonada que creía que había sido la catedral del metropolitanato de Esmirna, fuerzas turcas los atacaron, mataron al patriarca y masacraron a los demás, entre ellos el comandante veneciano Pietro Zeno. La ciudad de Esmirna permaneció en manos cristianas hasta 1402.^[19]​ En octubre de 1365 el patriarca Pedro Tomás participó en la cruzada contra Alejandría, que fue tomada pero inmediatamente abandonada. La tradición dice que en uno de los asaltos, el patriarca fue herido con una flecha y murió en Chipre el 6 de enero de 1366. Por eso era tenido como mártir, aunque su muerte fue por otro motivo, y es considerado santo de la Iglesia católica.

Desde 1379 el patriarcado se vio envuelto en el Cisma de Occidente con dos patriarcas rivales respondiendo a los papas de Roma y de Avignon, a los que se sumó un tercer rival el 22 de agosto de 1409 en obediencia al papa nombrado por el Concilio de Pisa. Desde el 9 de junio de 1417 solo quedaron los patriarcas en obediencia romana y pisana. El patriarcado quedó reunificado a partir del 26 de diciembre de 1427, con Juan Contarini como único patriarca. Sin embargo, Contarini nunca tomó posesión del patriarcado en Negroponte, enviando solo vicarios y murió en Venecia en 1451.^[20]​

El 6 de julio de 1439 en el Concilio de Florencia se logró la unión de la Iglesia ortodoxa con la Iglesia católica, por lo que hubo un patriarca latino y otro católico griego. El 12 de diciembre de 1452 en la Santa Sofía fue proclamada solemnemente la unión en presencia del emperador Constantino XI y del legado papal Isidoro de Kiev. El 29 de mayo de 1453 el Imperio otomano capturó Constantinopla poniendo fin al Imperio bizantino y a la unión de las Iglesias de Oriente y Occidente. El legado papal vistió a un muerto con su ropa y logró engañar a los otomanos, que decapitaron al cadáver y lo ultrajaron, fue enviado como esclavo a Asia Menor y en septiembre de 1453 logró escapar y regresó a Roma. El papa lo nombró patriarca latino de Constantinopla el 20 de abril de 1458, reteniendo su título de arzobispo de Nicosia. Murió el 27 de abril de 1463, siendo decano del Sacro Colegio de Cardenales. Tanto Isidoro de Kiev como su sucesor (desde abril de 1463) Basilio Besarión eran de origen ortodoxo y fuertes partidarios de la unión de las Iglesias. Al conquistar la ciudad los otomanos, transformaron en mezquitas o destruyeron iglesias y monasterios ortodoxos. Las iglesias latinas no siguieron la misma suerte que las griegas, solo fue confiscada la de San Antonio porque los frailes observantes habían apoyado a los imperiales y se cerró temporalmente la veneciana de Santa María. La comunidad genovesa de Pera (o Gálata), ubicada fuera de las murallas, se había mantenido neutral y los otomanos les permitieron continuar allí como extranjeros con nuevas condiciones según las normas islámicas de un firmán del sultán.^[21]​

Después de que los venecianos perdieron Negroponte a manos otomanas el 12 de julio de 1470, el patriarcado perdió su jurisdicción territorial y permaneció como titular en Venecia. El 23 de noviembre de 1472 fue elegido patriarca Pedro Riario.

Como se mantuvo la comunidad genovesa de Pera, el patriarca conservó el derecho de nombrar anualmente un vicario patriarcal que residía en Constantinopla, aunque los genoveses asistían a la iglesia de San Miguel, bajo control del arzobispo de Génova y con clero genovés, por lo que el vicario patriarcal tenía escaso poder.^[21]​ A mediados del siglo XVI la población católica latina de Constantinopla se había reducido a unas 1600 personas libres y 6000 esclavos, permaneciendo 9 iglesias en Gálata y 3 en la capital.^[22]​

En 1623 la recién creada Congregación de Propaganda Fide, para reducir aún más los poderes remanentes del patriarca titular, decidió nombrar un obispo auxiliar para la sede de Constantinopla. Se nombraron sucesivamente dos obispos: Livio Lilio el 19 de agosto de 1625 y Jacinto Subiano el 14 de noviembre de 1644. Sin embargo, los conflictos de jurisdicción entre los obispos auxiliares y los vicarios patriarcales eran inevitables. Así, el 5 de marzo de 1652, el papa Inocencio X aprobó el decreto de la Propaganda fide super union vicariatus constantinopolitani cum suffraganeatu eiusdem.^[23]​ El 15 de abril del mismo año, la decisión fue comunicada al vicario patriarcal Severoli y al obispo auxiliar Subiano, quien simultáneamente se convirtió en el primer vicario apostólico. Así, la Santa Sede puso bajo su propia autoridad al vicario apostólico de Constantinopla, que desde ese momento asumió la dignidad episcopal y el patriarcado pasó a ser completamente titular (in partibus infidelium). Tomó el nombre de vicariato apostólico de Estambul el 30 de noviembre de 1990.

Luego de la muerte del patriarca Antonio Anastasio Rossi el 29 de marzo de 1948, la sede titular permaneció vacante y finalmente fue abolida en 1964 por el papa Pablo VI durante el Concilio Vaticano II, para mejorar las relaciones con la ortodoxia en momentos en que el patriarca católico y el patriarca ortodoxo Atenágoras I llevaban adelante pasos de reconciliación entre las Iglesias.

1. ↑ Publicada por Heinrich Gelzer a partir de un manuscrito de Atenas (cod. 1371). Gelzer, sin embargo, imprime solo la última parte de la última sección de la Notitia, los metropolitanos del número 50 al 86, con sus obispados correspondientes. Los obispados correspondientes de los primeros 49 metropolitanos, dice, simplemente repiten las listas proporcionadas por Notitiae publicadas previamente. Estas publicaciones previas son: 1) una Notitia, número X en la edición de Gustav Parthey (Hieroclis Synecdemus et notitiae graecae episcopatuum), que imprimió a partir de un manuscrito de Leipzig; 2) porciones del manuscrito de Ginebra (los metropolitanos desde el número 81 hasta el 100 y la lista completa de 47 arquidiócesis, pero ningún obispado relacionado (ambas impresas por Gelzer); 3) una versión de la misma Notitia de un manuscrito vaticano (griego 640), impresa íntegramente por Benesevic.
2. ↑ Publicada por H. Gelzer en Analecta byzantina I, Ordo Ecclesiasticus ab Isaacio Angelo Imperatore constitutus a partir de dos manuscritos parisinos, graec. 396 y 560, que contiene únicamente las listas de metropolitanatos y arquidiócesis autocéfalas, pero carece de la lista de obispados sujetos a cada metropolitano.
3. ↑ En el manuscrito Cod. Colleg. Hispan. Bononien. 275, que data de alrededor de 1280, pero que representa la organización de la Iglesia latina tal como era alrededor de 1210-1212.
4. ↑ Versión actualizada bajo el papa Gregorio IX y hallada en el manuscrito florentino Riccar dianus 228.

• (en italiano) Fedalto, Giorgio (1981). La Chiesa latina in Oriente, II ed., Verona, Mazziana.
• (en francés) Louis de Mas Latrie, "Les Patriarches latins de Constantinople", en Revue de l'Orient latin, tomo III, París, 1895, pp. 433-456
• (en latín) Leonardus Lemmens, Hierarchia latina Orientis, mediante S. Congregatione de propaganda fide instituita (1622-1922), en Orientalia Christiana, vol. I, nº 5 (1923), pp. 270-290
• Gustav Parthey (1866). Hieroclis synecdemus et notitiae Graecae episcopatuum (en latín). Consultado el 2 de diciembre de 2018. 
• Jean Darrouzès (1981). Notitiae episcopatuum Ecclesiae Constantinopolitanae. Critique de texte, introduction et notes. Peeters Publishers. ISBN 9789042931183. Consultado el 2 de diciembre de 2018. 
• (en francés) François Alphonse Belin, Histoire de la latinité de Constantinople, París, A. Picard, primera edición 1872, segunda edición 1894
• Frazee, Charles A. (2006), Cambridge University Press, ed., Catholics and Sultans: The Church and the Ottoman Empire 1453-1923 (en inglés), Londres .
• (en italiano) Hofmann, Georg (1935). Il vicariato apostolico di Costantinopoli, 1453-1830, Roma, Pont. institutum orientalium studiorum.
• (en inglés) Wolff, Robert Lee, The organization of the latin patriarchate of Constantinople 1204-1261, «Traditio» VI (1948), pp. 33-60

• (en inglés) Ficha del patriarcado en www.gcatholic.org
• (en inglés) Ficha del patriarcado en www.catholic-hierarchy.org