Nació en una familia multilingüe: su abuelo materno Yáakov (1908-1975) hablaba alemán, yiddish y ruso; su madre Svetlana (Sophia, 1937-2018) solo hablaba ruso, pero su abuela Alexandra era bilingüe ruso-francesa^[2]​. Alexandra pasó siete años en el GULAG^[2]​. La identidad de su padre no está confirmada^[2]​.

En su infancia aprendió inglés, francés y griego antiguo; posteriormente dominó por sí mismo latín y hebreo^[2]​. Inicialmente planeaba estudiar persa y árabe en la Facultad Oriental de la Universidad de Leningrado en 1978, pero no pudo ingresar debido a su origen judío; luego, por la misma razón, fue rechazado en el departamento de filología clásica^[2]​. Finalmente, gracias a la influencia de su tío materno, el psiquiatra jefe de Leningrado Ruslán Vovin, ingresó al departamento de lingüística estructural y lingüística aplicada de la Facultad de Filología^[2]​. Los estudiantes debían elegir, además del inglés obligatorio, un segundo idioma: japonés o francés, y Vovin escogió japonés^[2]​. También estudió lenguas indoiranias antiguas con Leonard Guerzenberg, quien lo introdujo a Serguéi Yajontov y lo animó a estudiar lenguas de Asia Oriental^[2]​. Se graduó en 1983 especializándose en lingüística general e historia lingüística del japonés, con una tesis sobre transcripciones japonesas de palabras sánscritas^[2]​.

Tras graduarse, trabajó un año en la Sede de Leningrado del Instituto de Estudios Orientales, luego ingresó al posgrado; su supervisora fue Irina Zógraf, además estudió con el indólogo Eduard Tiómkin, chino clásico con Serguéi Yajontov, chino del periodo Tang con Lev Menshikov, japonés clásico con Vladislav Goreglyad, y paleografía india con Margarita Vorobiova-Desiátovskaya^[2]​. En 1986, tras asistir a la Conferencia Internacional Permanente de Altaística, se interesó por las lenguas túrquicas y conoció al coreanista Ross King, quien luego lo ayudaría a emigrar^[2]​.

En 1987, a los 26 años y en su segundo año de posgrado, defendió su tesis doctoral sobre lingüística histórica japonesa y literatura antigua: "El lenguaje de la prosa japonesa de la segunda mitad del siglo XI"^[2]​. Posteriormente completó una tesis de habilitación sobre el Cuento del Consejero de Hamamatsu, que amplió pero no pudo publicar en la URSS^[2]​. Más tarde apareció con Routledge como A Reference Grammar of Classical Japanese Prose^[2]​. Entre 1987-1990 fue investigador junior en el Instituto de Estudios Orientales de Leningrado.

En esos años comenzó trabajo de campo, estudiando izhorio, chuvasio y el coreano koryo-mar, pero no logró viajar a Japón ni Corea del Norte^[2]​. Esto, junto con rechazos editoriales, lo decidió a emigrar. En 1990, Ross King lo ayudó a obtener un puesto en la Universidad de Míchigan (1990-1994); en 1992 visitó Japón por primera vez^[2]​. Luego trabajó en EE.UU.: Universidad de Miami (1994-1995) y Universidad de Hawái (1995-2014), donde fue profesor desde 2003^[2]​.

Fue profesor visitante en el Centro Internacional de Investigación de Estudios Japoneses en Kioto (2001-2002, 2008-2009), Universidad del Ruhr (Alemania, 2008-2009) y el Instituto Nacional de la Lengua Japonesa y Lingüística en Tokio (2012)^[2]​.

En 2014 se trasladó a Europa como director de investigación en la Escuela de Estudios Superiores en Ciencias Sociales de París^[2]​. Al año siguiente fue elegido miembro de la Academia Europaea y recibió un premio del Instituto Nacional de Humanidades, además de una beca de 2.47 millones de euros para su Diccionario Etimológico^[2]​.

Editó la serie Languages of Asia y cofundó la revista International Journal of Eurasian Linguistics^[2]​.

Dirigió la traducción académica completa del Manyōshū (759 d.C.), la antología poética más antigua en japonés antiguo, en 20 volúmenes con comentarios críticos^[2]​. Escribió la gramática más detallada del japonés antiguo occidental: A Descriptive and Comparative Grammar of Western Old Japanese^[2]​.

Identificó el idioma de la estela de Hui Tolgoi como cercano al mongol medio, y la inscripción de Bugut como rouran^[2]​.

Investigó el ainu en peligro, lenguas de Asia Interior y lenguas tai-kadai, especialmente aquellas documentadas solo en chino, incluyendo la lengua de los xiongnu (que consideró yeniseica), y textos antiguos y medievales coreanos^[2]​.

Criticó la |hipótesis puyo y la propuesta de Serguéi Stárostin sobre una macrofamilia sino-caucásica^[3]​.

Inicialmente apoyó la relación genética de las lenguas altaicas (túrquicas, mongólicas, tunguses, coreanas y japónicas), pero entre 1999-2003 rechazó esta teoría y se convirtió en su principal crítico^[2]​^[4]​^[5]​. Para 2021 consideraba esta hipótesis refutada^[2]​.

Sus últimos proyectos estudiaron paleografía: la inscripción del 753 en la estela Bussokuseki del templo Yakushi-ji, y textos antiguos mongoles, túrquicos y chinos^[2]​. En 2021 trabajaba en sus memorias Reminiscences^[2]​.

Su primera esposa fue Varvara Lebedeva-Vovina (Churakova), con quien tuvo en 1982 a su hijo Alexéi, historiador^[2]​^[6]​. En 2000 se casó con Sambi Ishisaki-Vovin, con quien tuvo dos hijos: Jacob (Tomotatsu, 2003) y Alexandra (Marie, 2008)^[2]​.

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• Vovin, Alexander; Ishisaki-Vovin, Sambi (2021). The Eastern Old Japanese Corpus and Dictionary. Handbook of Oriental Studies, Section 5 Japan, Volume 17. Brill. ISBN 978-90-04-47119-1. doi:10.1163/9789004471665. 
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• Kupchik, John; Alonso de la Fuente, José; Miyake, Marc Hideo, eds. (2021). «List of Publications by Alexander Vovin». Studies in Asian Historical Linguistics, Philology and Beyond: Festschrift Presented to Alexander V. Vovin in Honor of his 60th Birthday. Leiden: Brill. pp. XV-XXIX. ISBN 978-90-04-44855-1.