La carrera se disputó por primera vez en 1967 en el Fuji Speedway, estableciéndose desde sus inicios como un evento de resistencia relevante en el automovilismo japonés. Durante sus primeros años, el circuito fue escenario de extraordinarias batallas entre los gigantes japoneses Toyota y Nissan en las carreras de resistencia, una rivalidad que marcó la época dorada del automovilismo deportivo japonés a finales de los años 1960 y que impulsó importantes avances técnicos como el uso pionero de la turboalimentación en coches deportivos. En 1977, la carrera se integró formalmente en la nueva Fuji Long Distance Series, marcando su consolidación como una prueba de resistencia estructurada.^[1]​

El punto de inflexión llegó en 1982, cuando se estableció una carrera de 1000 kilómetros como parte del Campeonato Mundial de Sport Prototipos, convirtiéndose en la primera carrera japonesa inscrita en un campeonato mundial de resistencia. Esta edición inaugural duró 6 horas y también se celebró como parte del WEC-JAPAN. Al año siguiente, en 1983, se sumó el recién creado Campeonato Japonés de Sport Prototipos (JSPC), que coautorizó el evento junto con el campeonato mundial, y se adoptó definitivamente la duración de 1000 kilómetros.

Durante la década de 1980, la carrera experimentó su época dorada como parte del Campeonato Mundial de Resistencia. El Mundial de Resistencia corrió en Fuji por última vez en 1988, marcando el fin de una era, aunque la carrera continuó disputándose bajo el Campeonato Japonés de Sport Prototipos hasta que este tuvo su última temporada en 1992. Entre 1990 y 1997, las 6 Horas de Fuji también se celebraron como carrera de resistencia N1, añadiendo otra categoría a su palmarés.

Tras un período de inactividad, en 1999 el Automobile Club de l'Ouest organizó los 1000 km Le Mans de Fuji como primer experimento para instalar en Japón un torneo similar a la recién reformulada American Le Mans Series, combinando las clases del ACO con las del Campeonato Japonés de Gran Turismos. Sin embargo, el proyecto no prosperó debido a la retirada de Nissan y Toyota de la resistencia en 2000, dejando el mercado japonés sin el interés manufacturero necesario.

Los 1000 km de Fuji retornaron en 2007 para la segunda y última temporada del Japan Le Mans Challenge, un nuevo intento del ACO de establecerse en Japón. Esta iniciativa se sumaba a carreras de igual duración en otros circuitos japoneses como Motegi, Okayama y Sugo, pero tampoco logró consolidarse a largo plazo.

El renacimiento definitivo llegó en 2012, cuando el recién creado Campeonato Mundial de Resistencia de la FIA incluyó las 6 Horas de Fuji en su calendario inaugural. Esta fue la primera vez que una carrera de un Campeonato Mundial se disputaba en Fuji desde el Gran Premio de Japón de Fórmula 1 de 2008, y la primera vez que una carrera de resistencia se celebraba en el circuito desde el WEC-JAPÓN de 1988. También marcó el retorno de las carreras de resistencia mundiales a Japón después de los 1000 km de Suzuka de 1992, durante la era del Campeonato Mundial de Sport Prototipos.

La edición de 2013 quedó marcada por las condiciones meteorológicas adversas. El mal tiempo en la mañana de la carrera provocó la salida del coche de seguridad, y tres banderas rojas impidieron que se disputara con normalidad. La carrera se decidió tras apenas 16 vueltas, con la victoria del piloto local Satoshi Motoyama y su equipo Toyota, en lo que se convirtió en una de las carreras más cortas de la historia del WEC.

Las ediciones de 2020 y 2021 se cancelaron debido al impacto de la pandemia de COVID-19, interrumpiendo la continuidad de la carrera por primera vez desde su regreso al calendario mundial. ^[2]​

El regreso de la carrera tras la pandemia ha estado marcado por la intensa competencia entre los diferentes fabricantes en la era de los Le Mans Hypercars y LMDh. La edición de 2022 resultó especialmente dramática para el desarrollo del campeonato, cuando Toyota logró un doblete en casa con la victoria del coche #8 de Brendon Hartley, Ryō Hirakawa y Sébastien Buemi, que partió desde la pole position conseguida por el #7 de Kamui Kobayashi. Esta victoria permitió al Toyota #8 empatar a puntos con el Alpine #36 en la clasificación general, estableciendo un final de temporada apretado para las 8 Horas de Baréin. La carrera también marcó un hito para Peugeot, que en su segunda participación en el WEC consiguió sus primeros puntos con el #93 al terminar en cuarta posición, por delante del mejor LMP2.^[3]​

La edición de 2024 fue particularmente notable cuando Alex Lynn logró la primera pole position en el WEC para Cadillac, con un tiempo de 1m29.801s en su Cadillac V-Series.R LMDh del equipo Ganassi. Lynn superó por cuatro centésimas de segundo al piloto local Ryō Hirakawa en el Toyota GR010 Hybrid, privando así a la marca japonesa de una pole position en casa en la penúltima ronda de la temporada 2024. Esta pole position representó un hito importante para Cadillac en su primera temporada completa en el WEC.^[4]​

Desde entonces, las 6 Horas de Fuji han mantenido su formato de 6 horas sin límite de distancia, consolidándose como una de las citas más esperadas del Campeonato Mundial de Resistencia y como el evento de resistencia más importante de Asia.