En 1696, Magdalena Augusta contrajo matrimonio con su primo hermano, el duque Federico II de Sajonia-Gotha-Altemburgo, quien se convirtió en duque de 1691.

Tuvieron veinte hijos:

1. Sofía (Gotha, 30 de mayo de 1697-m. de viruela, ibidem, 29 de noviembre de 1703).
2. Magdalena (Altemburgo, 18 de julio de 1698-13 de noviembre de 1712).
3. Federico III (Gotha, 14 de abril de 1699-ib., 10 de marzo de 1772), sucedió a su padre como duque de Sajonia-Gotha-Altemburgo.
4. Niño nacido muerto (Gotha, 22 de abril de 1700).
5. Guillermo (Gotha, 12 de marzo de 1701-Gräfentonna, 31 de mayo de 1771), desposó el 8 de noviembre de 1742 a Ana de Holstein-Gottorp. Su matrimonio no tuvo hijos.
6. Carlos Federico (Gotha, 20 de septiembre de 1702-m. [¿de viruela?] ib., 21 de noviembre de 1703).
7. Niña nacida muerta (n. y m. Gotha, 8 de mayo de 1703).
8. Juan Augusto (Gotha, 17 de febrero de 1704-Stadtroda, 8 de mayo de 1767).
9. Cristián (Gotha, 27 de febrero de 1705-m. de viruela, ib., 5 de marzo de 1705).
10. Cristián Guillermo (Gotha, 28 de mayo de 1706-Stadtroda, 19 de julio de 1748), desposó el 27 de mayo de 1743 a Luisa de Reuss-Schleiz. Su matrimonio no tuvo hijos.
11. Luis Ernesto (Gotha, 28 de diciembre de 1707-ib., 13 de agosto de 1763)
12. Emanuel (Gotha, 5 de abril de 1709-ib., 10 de octubre de 1710).
13. Mauricio (Altemburgo, 11 de mayo de 1711-ib., 3 de septiembre de 1777).
14. Sofía (Altemburgo, 23 de agosto de 1712-ib., 12 de noviembre de 1712).
15. Carlos (Gotha, 17 de abril de 1714-ib., 10 de julio de 1715).
16. Federica (Gotha, 17 de julio de 1715-Langensalza, 12 de mayo de 1775), desposó el 27 de noviembre de 1734 al duque Juan Adolfo II de Sajonia-Weissenfels.
17. Niño nacido muerto (Gotha, 30 de noviembre de 1716).
18. Magdalena Sibila (Gotha, 15 de agosto de 1718-ib., 9 de noviembre de 1718).
19. Augusta (Gotha, 30 de noviembre de 1719-Carlton House, 8 de febrero de 1772), desposó el 8 de mayo de 1736 al príncipe Federico de Gales. Tuvieron 9 hijos, el segundo de los cuales más tarde se convirtió en el rey Jorge III del Reino Unido.
20. Juan Adolfo (Gotha, 18 de mayor de 1721-Friedrichstanneck, 29 de abril de 1799).

• Carl Eduard Vehse: Geschichte der deutschen Höfe seit der Reformation, Vol. 30, Hoffmann und Campe, 1854, p. 27 f.
• David Voit: Das Herzogthum Sachsen-Meiningen, Storch & Klett, 1844, p. 92