Desde tiempos históricos ha sido conocido como Guastatoya o Huastatoya. El nombre original de este territorio se deriva de las voces provenientes de la lengua nahuatl «guaxhtl» que significa «morros» y «atoyac» que se traduce en «último», o sea el punto de «los últimos morros», lo cual se interpreta como el lugar donde termina el frío y comienza el calor. También se le conocía como Casa Guastatoya, por contar con una especie de parador donde hacían alto los viajeros, en especial los que iban en peregrinación a Esquipulas.^{[cita requerida]}

El área del departamento fue habitada desde la última fase del período preclásico mesoamericano, como lo prueban los restos arqueológicos encontrados en la zona del río Motagua donde sus antiguos habitantes construyeron bóvedas, juegos de pelota, edificios con varias cámaras y labraron estelas sencillas. Algo importante de mencionar, es el descubrimiento del Vaso Esculpido de Guastatoya, interesante cerámica maya procedente del siglo VII de la era cristiana.

Durante el período de la colonia española, el actual territorio de El Progreso, formaba parte casi en su totalidad del corregimiento de Chiquimula.

La región llamada Guastatoya fue escenario de sangrientas luchas consecutivas entre las fuerzas del gobierno de Rafael Carrera y la facción llamada Los Lucios, quienes se alzaron en armas a la caída del entonces presidente Mariano Rivera Paz. Las tropas de Guastatoya formaron parte importante del intento del General Justo Rufino Barrios por reconstruir la Unión Centroamericana por la fuerza en 1885.

Tras resultar electo como presidente en 1892, el presidente José María Reina Barrios se empeñó en el proyecto del Ferrocarril del Norte y el 19 de julio de 1895 emitió el decreto n.º 513, publicado ese mismo día en el diario oficial, en que se ordenaba la fundación de la ciudad de Puerto Barrios. El General Reyna Barrios colocó la primera piedra y declaró inaugurados los trabajos del ferrocarril, el cual pasaría por el área donde ahora se encuentra el Departamento de El Progreso.^[4]​

El 22 de noviembre de 1896 se inauguró el tramo de Zacapa a Puerto Barrios del Ferrocarril del Norte, que contaba con ciento y una millas, un poco más de la distancia total entre el puerto en el Atlántico y la Ciudad de Guatemala.^[5]​ Para entonces, el Norte de Guatemala era una región nueva, una fuente de riqueza no explorada y la construcción de la línea férrea prometía poder iniciar la explotación industrial y comercial de la región.^[5]​

El tramo hasta El Rancho de San Agustín estuvo concluido en marzo de 1897, dejando construidos un total de ciento treinta y cuatro millas y nueve décimos; sin embargo, aunque el tramo de El Rancho a Panajax no ofrecía extraordinarias dificultades debido a lo montañoso de la región, las últimas treinta y dos millas hasta la Ciudad de Guatemala sí exigían penosas condiciones de trabajo, e incluso la construcción de un alto puente a la entrada noreste de la ciudad.^[5]​ Para llegar hasta allí, se tuvieron que sortear numerosas dificultades: leguas de terreno pantanoso, trayectos de base quebradiza, carestía de jornaleros y, sobre todo, los cambios en los precios internacionales que, en los últimos dos años del gobierno del general Reina Barrios cayeron estrepitosamente, especialmente los del café y de la plata.^[6]​

El 15 de agosto de 1897, La Ilustración del Pacífico publicó un severo editorial sobre la situación económica del país, haciendo ver que el dinero que se había generado cuando el precio del café estaba alto se había despilfarrado de tal forma, que cuando este cayó en los mercados internacionales se produjo una fuerte crisis económica derivada de la devaluación de la moneda circulante.^[7]​ Por su parte, el diario opositor La República informaba que el costo de la leche, los huevos y el pescado estaba tan elevado que solamente las familias acomodadas podían adquirirlos y solicitaba que se redujeran los aranceles a la harina para no debilitar a la población.^[8]​ La crisis llegó a tal grado, que el 8 de febrero de 1898 murió asesinado el presidente Reina Barrios.^[9]​

Tras la muerte de Reina Barrios, el licenciado Manuel Estrada Cabrera llegó al poder, y en 1900 autorizó a su Ministro de Fomento, Rafael Spínola, que se encargara de realizar un contrato con la compañía estadounidense Central American Improvement Co. Inc. para terminar el tramo El Rancho a Ciudad de Guatemala, y reparar los tramos que ya estaban construidos pero que estaban abandonados.^[10]​

Este departamento fue creado por decreto del Ejecutivo número 683 del 13 de abril de 1908 durante el gobierno del licenciado Manuel Estrada Cabrera;^[11]​ el decreto de creación dice textualmente así:

Posteriormente, en el punto álgido del servilismo con el presidente Estrada Cabrera, por decreto n.º 751 del 25 de diciembre de 1919, el consejo de Ministros dispuso que el departamento se denominara Estrada Cabrera, conservando la cabecera departamental el nombre de «El Progreso».

Tras el derrocamiento de Estrada Cabrera en abril de 1920, el departamento se suprimió por el decreto gubernativo n.º 756 del 9 de junio de 1920 del gobierno de Carlos Herrera y Luna, por no llenar las aspiraciones que el gobierno tuvo en mira para su creación, volviendo los municipios que lo conformaban a los departamentos a que pertenecían, con excepción de Guastatoya que formó parte de Guatemala.^[12]​ Este departamento se restableció el 3 de abril de 1934, por medio del decreto 1965 de la Asamblea Legislativa.

Por su configuración geográfica que es bastante variada, sus alturas oscilan entre los 245 y 1240 m s. n. m. (metros sobre el nivel del mar), con un clima generalmente cálido.

La principal fuente de agua que irriga el departamento es el Río Grande o Motagua, el cual durante su recorrido permite formar acequias para irrigar terrenos para la siembra de algunos productos agrícolas; además existen otros ríos: Plátanos, Hato, Morazán, Sanarate, Las Ovejas, Huyús y Huija.

El principal accidente geográfico que presenta el departamento es la Sierra de las Minas, que lo atraviesa al norte del río Grande o Motagua, aunque por la diferencia de sus alturas se encuentran algunos cerros y hondonadas que le dan una característica de terreno irregular.

Las colindancias del departamento de El Progreso son:

• Norte: Alta Verapaz y Baja Verapaz
• Sur: Departamento de Guatemala y Jalapa
• Este: Zacapa y Jalapa
• Oeste: Baja Verapaz y Guatemala^[13]​

En general en el departamento de El Progreso existen cinco zonas de vida vegetal, según la clasificación propuesta por Holdridge en 1978, las cuales se detallan a continuación:

• me-S, que es la zona de Monte Espinoso Subtropical.
• bs-S, que es la zona Bosque Seco Subtropical.
• bh-S (t), que es la zona de Bosque Húmedo Subtropical Templado.
• bmh-S (f), que es la zona de Bosque Muy Húmedo Subtropical Frío.
• bp-MB, que es la zona de Bosque Pluvial Montano Bajo Subtropical.

En el departamento de El Progreso se encuentra la Reserva de la Biósfera de la Sierra de las Minas con 96 000 ha, la cual es administrada por los Defensores de la Naturaleza,^[14]​ y el parque nacional Cerro El Reformador.

El departamento de El Progreso cuenta con dos vías de comunicación importantes que son: la carretera Interoceánica CA-9 que lo atraviesa, hacia el norte conduce a Puerto Barrios y hacia el sur a la capital.

Cuenta también con carreteras que lo comunican con otros departamentos y municipios, como la que partiendo de El Rancho se desvía hacia el Municipio de Morazán y los Departamentos de Alta y Baja Verapaz y la que conduce a Zacapa y Chiquimula; así como caminos de terracería que une a algunos municipios y aldeas.

La otra vía de comunicación es la vía férrea del Norte, que cruza el departamento y une a la capital con Puerto Barrios.

Según datos obtenidos en la Dirección General de Caminos,^[15]​ hasta el año 1997, este departamento cuenta con 130 km de asfalto, 103 km de terracería y 12 km de caminos rurales.

Por lo general los suelos han sido considerados pobres, calizos y arcillosos, poco profundos que han ido formándose sobre matorrales sedimentarios metamórficos, serpentina y esquistos.

Para evidenciar con que capacidad productiva de terreno se cuenta en este departamento, en Guatemala, de acuerdo con el Departamento de Agricultura de los Estados Unidos, existen 8 clases de clasificación de capacidad productiva de la tierra, en función de los efectos combinados del clima y las características permanentes del suelo. De estas 8 clases agrológicas la I, II, III y IV son adecuadas para cultivos agrícolas con prácticas culturales específicas de uso y manejo; las clases V, VI, y VII pueden dedicarse a cultivos perennes, específicamente bosques naturales o plantados; en tanto que la clase VIII se considera apta solamente para parques nacionales, recreación y para la protección del suelo y la vida silvestre.

En El Progreso prevalece el nivel VII que son las tierras no cultivables, aptas solamente para fines de uso o explotación forestal, de topografía muy fuerte y quebrada, con pendiente muy inclinada.

Otro nivel que sobresale en este territorio es el VIII, que también son tierras no aptas para el cultivo, siendo aptas solamente para parques nacionales, recreación y vida silvestre, así como para protección de cuencas hidrográficas con topografía muy quebrada, escarpada o playones inundables.

Cuenta con 8 municipios que son: