A principios de siglo Jacobo I de Inglaterra se opuso al poder de deposición papal en una serie de obras polémicas,^[2]​ y el asesinato de Enrique IV de Francia provocó una intensa atención a las doctrinas teológicas relacionadas con el tiranicidio.^[3]​ Tanto Enrique como Jacobo, de diferentes maneras, persiguieron una política pacífica de conciliación religiosa, destinada a sanar finalmente la brecha causada por la Reforma protestante. Aunque el progreso en esta línea parecía más posible durante la Tregua de los Doce Años, los conflictos posteriores a 1620 cambiaron el panorama; y la situación de Europa occidental y central tras la Paz de Westfalia dejó una polarización más estable pero arraigada de estados territoriales protestantes y católicos, con minorías religiosas.

Los conflictos religiosos en la Francia católica en torno al jansenismo y Port-Royal dieron lugar a la polémica obra Lettres provinciales de Blaise Pascal. En ella arremetía contra el clima imperante en la teología moral, especialidad de la orden jesuita y la actitud del Collège de Sorbonne. Pascal argumentó contra la casuística de la época desplegada en los "casos de conciencia", en particular las doctrinas asociadas al probabilismo.

A finales del siglo XVII, el Dictionnaire Historique et Critique de Pierre Bayle representaba los debates actuales en la República de las Letras, una red mayoritariamente laica de eruditos y sabios que comentaban en detalle tanto las cuestiones religiosas como las científicas. Los partidarios de una mayor tolerancia religiosa —y de una línea escéptica respecto a muchas creencias tradicionales— defendieron con creciente éxito cambios de actitud en muchos ámbitos (como el descrédito de las Falsas Decretales y la leyenda de la papisa Juana, la magia y la brujería, el milenarismo y los extremos de la propaganda anticatólica, y la tolerancia de los judíos en la sociedad).

Las disputas entre católicos y protestantes dieron lugar a una importante literatura polémica, escrita tanto en latín para atraer a la opinión internacional entre los cultos, como en lenguas vernáculas. En un clima en el que se pensaba que la opinión estaba abierta a la discusión, la producción de literatura polémica formaba parte del papel de los prelados y otros eclesiásticos prominentes, académicos (en universidades) y seminaristas (en colegios religiosos); e instituciones como el Chelsea College en Londres y el Arras College en París se crearon expresamente para favorecer este tipo de escritos.

Los grandes debates entre protestantes y católicos resultaron inconclusos, y las cuestiones teológicas dentro del protestantismo fueron divisorias, también se produjo un retorno al Irenismo: la búsqueda de la paz religiosa. David Pareus fue un destacado Teólogo reformado que favoreció un enfoque basado en la conciliación de puntos de vista.^[4]​ Otras figuras destacadas como Marco Antonio de Dominis, Hugo Grocio y John Dury trabajaron en esta dirección.

La última persona en ser ejecutada en el fuego por herejía en Inglaterra fue Edward Wightman en 1612. De hecho, la legislación relativa a esta pena no se modificó hasta 1677, fecha a partir de la cual los condenados por herejía sufrirían como máximo excomunión.^[5]​ Las acusaciones de herejía, ya fueran el resurgimiento de debates de la Antigüedad Tardía como los del pelagianismo y el arrianismo o puntos de vista más recientes como el socinianismo en teología y el copernicanismo en filosofía natural, siguieron desempeñando un papel importante en la vida intelectual.

Al mismo tiempo que la persecución judicial de la herejía se hacía menos severa, el interés por la demonología era intenso en muchos países europeos. Los argumentos escépticos contra la existencia de la brujería y la posesión demoníaca seguían siendo rebatidos en la década de 1680 por los teólogos. La Gangraena de Thomas Edwards utilizó un marco que equiparaba herejía y posesión para llamar la atención sobre la variedad de opiniones protestantes radicales vigentes en la década de 1640.

En 1610, Galileo Galilei publicó su Sidereus Nuncius, en el que describía las observaciones que había realizado con el nuevo telescopio. Estos y otros descubrimientos pusieron de manifiesto dificultades en la comprensión de los cielos vigentes desde la antigüedad y despertaron el interés por enseñanzas como la teoría heliocéntrica de Copérnico.

Como reacción, eruditos como Cosimo Boscaglia^[6]​ sostenían que el movimiento de la Tierra y la inmovilidad del Sol eran heréticos, ya que contradecían algunos relatos de la Biblia tal y como se entendía en aquella época. La participación de Galileo en las controversias sobre teología, astronomía y filosofía culminó con su juicio y condena en 1633, bajo sospecha de herejía.

El Caso Galileo —el proceso por el que Galileo entró en conflicto con la Iglesia Católica por su apoyo a la astronomía copernicana— se ha considerado a menudo un momento decisivo en la historia de la relación entre ciencia y religión.

Las tierras protestantes a principios del siglo XVII se concentraban en el norte de Europa, con territorios en Alemania, Escandinavia, Inglaterra, Escocia, y zonas de Francia, Países Bajos, Suiza, Reino de Hungría y Polonia. Se vieron fuertes luchas, en algunos casos continuación de los conflictos religiosos de los siglos anteriores, sobre todo en los Países Bajos y en el Electorado del Palatinado (que vio el estallido de la guerra de los Treinta Años). En Irlanda hubo un intento concertado de crear "plantaciones" de colonos protestantes en lo que era un país predominantemente católico, y las luchas con una dimensión religiosa fueron graves en las décadas de 1640 y 1680. En Francia, el asentamiento propuesto por el Edicto de Nantes se fue reduciendo, en perjuicio de la población hugonote, y el edicto fue revocado en 1685.

La Europa protestante se dividió en gran parte en Luteranos y Reformados (calvinistas), con la Iglesia de Inglaterra manteniendo una posición separada. Los esfuerzos por unificar a luteranos y calvinistas tuvieron poco éxito; y la ambición ecuménica de superar el cisma de la Reforma protestante siguió siendo casi totalmente teórica. La Iglesia de Inglaterra bajo William Laud se acercó seriamente a figuras de la Iglesia ortodoxa, buscando un terreno común.

Dentro del calvinismo se produjo una importante escisión con el auge del arminianismo; el Sínodo de Dort de 1618-19 fue una reunión nacional pero con repercusiones internacionales, ya que la enseñanza de Arminio fue firmemente rechazada en una reunión a la que fueron invitados teólogos protestantes de fuera de los Países Bajos. La Asamblea de Westminster de la década de 1640 fue otro gran concilio que se ocupó de la teología reformada, y algunas de sus obras siguen siendo importantes para las denominaciones protestantes.

En la década de 1640, Inglaterra, Escocia, Gales e Irlanda sufrieron luchas religiosas comparables a las que habían padecido sus vecinos algunas generaciones antes. El rencor asociado a estas guerras se atribuye en parte a la naturaleza del movimiento puritano, una descripción admitida como insatisfactoria por muchos historiadores. En sus primeras etapas, el movimiento puritano (finales del siglo XVI-XVII) defendía la reforma de la Iglesia de Inglaterra, dentro de la tradición calvinista, con el objetivo de que ésta se asemejara más a las iglesias protestantes de Europa, especialmente Ginebra. Los puritanos se negaron a respaldar completamente todas las indicaciones y fórmulas rituales del Libro de Oración Común; la imposición de su orden litúrgico por la fuerza legal y la inspección agudizaron el puritanismo hasta convertirlo en un movimiento de oposición definido.

La guerra civil inglesa fue una serie de conflictos armados y maquinaciones políticas entre Parlamentarios y Realistas. La primera (1642-46) y la segunda (1648-49) enfrentaron a los partidarios del rey Carlos I contra los partidarios del Parlamento Largo, mientras que la tercera guerra (1649-51) vio la lucha entre los partidarios del rey Carlos II y los partidarios del Parlamento Rump. Las guerras terminaron con la victoria parlamentaria en la Batalla de Worcester el 3 de septiembre de 1651.

La guerra condujo al juicio y ejecución de Carlos I, al exilio de su hijo, Carlos II, y a la sustitución de la monarquía inglesa por, primero, la Commonwealth de Inglaterra (1649-53) y, después, por un protectorado (1653-59) bajo el gobierno personal de Oliver Cromwell. En Irlanda la victoria militar de las fuerzas parlamentarias estableció la Ascendencia Protestante.

Tras llegar al poder político como resultado de la Primera guerra civil inglesa, el clero puritano tuvo la oportunidad de establecer una iglesia nacional siguiendo las líneas del presbiteriano; por razones que también fueron en gran medida políticas, no lograron hacerlo con eficacia. Tras la Restauración Inglesa de 1660, la Iglesia de Inglaterra fue purgada en pocos años de sus elementos puritanos. Los sucesores de los puritanos, en cuanto a sus creencias, se denominan disidentes y no conformistas, e incluyen a los que formaron varias denominaciones.

La emigración a Norteamérica de los protestantes, en lo que se convirtió en Nueva Inglaterra, fue liderada por un grupo de separatistas puritanos con base en los Países Bajos ("los peregrinos"). Establecieron una colonia en Plymouth en 1620, y recibieron una carta del Rey de Inglaterra. Esta exitosa colonia, aunque inicialmente bastante difícil, marcó el inicio de la presencia protestante en América (los asentamientos anteriores franceses, españoles y portugueses eran católicos). A diferencia de los españoles y franceses, los colonos ingleses hicieron pocos esfuerzos iniciales por evangelizar a los nativos.^[7]​

El papa Pablo V y Gregorio XV dictaminaron en 1617 y 1622 que no era válido afirmar que María fue concebida no inmaculada. Alejandro VII declaró en 1661 que el alma de María estaba libre del pecado original. La piedad mariana popular fue aún más colorida y variada que nunca: Numerosas peregrinaciones marianas, devociones marianas, nuevas letanías marianas, obras de teatro marianas, himnos marianos, procesiones marianas. Las cofradías marianas, hoy desaparecidas en su mayoría, contaban con millones de miembros.^[8]​

Hacia finales del siglo XVII, el papa Inocencio XI consideró que los crecientes ataques turcos contra Europa, que contaban con el apoyo de Francia, eran la principal amenaza para la Iglesia. Creó una coalición polaco-austriaca para la derrota turca en Viena en 1683. Los estudiosos le han calificado de papa santo porque reformó los abusos de la Iglesia, entre ellos la simonía, el nepotismo y los fastuosos gastos papales que le habían hecho heredar una deuda papal de 50 000 000  escudos italianos. Mediante la eliminación de ciertos cargos honoríficos y la introducción de nuevas políticas fiscales, Inocencio XI pudo recuperar el control de las finanzas de la Iglesia.^[9]​

En 1685, galicanista el rey Luis XIV de Francia promulgó la Revocación del Edicto de Nantes, poniendo fin a un siglo de tolerancia religiosa. Francia obligó a los teólogos católicos a apoyar el conciliarismo y negar la infalibilidad papal. El rey amenazó al papa Inocencio XI con un Concilio Ecuménico Católico y la toma militar del estado pontificio.^[10]​ El absoluto Estado francés utilizó el galicanismo para hacerse con el control de prácticamente todos los nombramientos eclesiásticos importantes, así como de muchas de las propiedades de la Iglesia.^[9]​^[11]​

La expansión de la Iglesia católica, el Imperio portugués y el Imperio español, con un importante papel desempeñado por la Iglesia católica, condujo a una cristianización de los pueblos indígenas de América como los aztecas e incas. Olas posteriores de expansión colonial, como la lucha por las India, por parte de Holandeses, Inglaterra, Francia, Alemania, Rusia y España, llevaron a la cristianización más allá de Asia, como Filipinas.

Durante la Era de los Descubrimientos, la Iglesia Católica estableció una serie de Misiones en las Américas y otras colonias con el fin de difundir el cristianismo en el Nuevo Mundo y convertir a los pueblos indígenas. Al mismo tiempo, misioneros como Francisco Javier y otros de la Jesuitas, Agustinos, Franciscanos y Dominicos se adentraban en Asia y Extremo Oriente. Los portugueses enviaron misiones a África.

El fracaso más significativo de la labor misionera católica se produjo en Etiopía. Aunque su gobernante, el emperador Susenyos, había declarado públicamente su conversión al catolicismo en 1622, la declaración del catolicismo como religión oficial en 1626 condujo a una creciente guerra civil. Tras la abdicación de Susenyos, su hijo y sucesor Fasilides expulsó al arzobispo Afonso Mendes y a sus hermanos jesuitas en 1633, y en 1665 ordenó quemar los escritos religiosos restantes de los católicos. Por otra parte, otras misiones (en particular la misión jesuita de Matteo Ricci a China) fueron relativamente pacíficas y se centraron en la integración más que en el imperialismo cultural.

La primera misión católica en Sichuan fue llevada a cabo por Ludovico Buglio en 1640.^[12]​ La primera iglesia católica se construyó en Pekín en 1650.^[13]​ El emperador concedió libertad religiosa a los católicos. Ricci había modificado la fe católica al pensamiento chino, permitiendo entre otras cosas la veneración de los muertos. El Vaticano no estuvo de acuerdo y prohibió cualquier adaptación en la llamada controversia de los ritos chinos en 1692 y 1742.

En una disputa con el Patriarca Nicéforo de Alejandría, el Patriarca Ecuménico Partenio I de Constantinopla se puso de parte de los jerarcas de la Iglesia del Sinaí concediéndoles permiso para celebrar servicios religiosos en El Cairo cuando Nicéforo se encontraba de visita en Moldavia. Cuando Nicéforo regresó a Alejandría, sus protestas hicieron que Partenio revocara el permiso. Aun así, las tensiones por este asunto continuaron entre las dos Iglesias.^[14]​

En el año 1641 Parthenius convocó un sínodo en Constantinopla, en el que estuvieron presentes ocho prelados y cuatro dignatarios de la Iglesia. Se dice que en este sínodo se autorizó el término Transubstanciación. Al año siguiente Parthenius organizó el más importante Concilio de Iași.^[15]​ El propósito de esta asamblea era contrarrestar ciertos errores doctrinales católicos y protestantes que se habían infiltrado en la teología ortodoxa y ofrecer una declaración ortodoxa completa sobre la verdad de la fe.^[16]​ Incluidos representantes de las Iglesias griega y eslava, condenó las enseñanzas calvinistas atribuidas a Cirilo Lukaris y ratificó (un texto algo modificado de) la Expositio fidei (Declaración de fe, también conocida como Confesión ortodoxa) de Peter Mogila, una descripción de la ortodoxia cristiana en un formato de preguntas y respuestas.^[17]​^[18]​^[19]​ La Declaración de Fe se convirtió en fundamental para establecer la actitud del mundo ortodoxo hacia el pensamiento de la Reforma. La mayor contribución del sínodo fue el reforzamiento del sentido de unidad en la Iglesia Ortodoxa Oriental a través de la promulgación de una declaración autorizada acordada por todas las sedes principales.^[16]​

En 1672, el patriarca Dositeo II de Jerusalén convocó el Sínodo de Jerusalén que rechazó todas las doctrinas calvinistas y reformuló las enseñanzas ortodoxas de manera que se distinguieran tanto del catolicismo como del protestantismo.

Al Sínodo asistieron la mayoría de los representantes destacados de la Iglesia Ortodoxa Oriental, incluidos seis metropolitanos, además de Dositeo y su predecesor retirado, y sus decretos recibieron aceptación universal como expresión de la fe de la Iglesia Ortodoxa Oriental.

Contra la Iglesia católica y la mayoría de los protestantes, el Sínodo afirmó que el Espíritu Santo procede únicamente de Dios Padre y no tanto del Padre como del Hijo.^[20]​

En los decretos del Sínodo, llamados Confesión de Dositeo, se reafirmaron las creencias ortodoxas existentes incompatibles con las doctrinas calvinistas, reafirmando que la sucesión apostólica de los obispos es necesaria, que las buenas obras hechas con fe son necesarias para la salvación, que hay siete sacramentos, que la Eucaristía es a la vez sacramento y sacrificio, ofrecida tanto por los muertos como por los vivos.

La caída de Constantinopla en Oriente, en 1453, supuso un importante desplazamiento de gravedad hacia el naciente Estado de Rusia, la "Tercera Roma". El Renacimiento también estimuló un programa de reformas de los libros de oración por parte de los patriarcas. En consecuencia, surgió un movimiento denominado "Viejos creyentes" que influyó en la teología ortodoxa rusa en dirección al conservadurismo y al erastianismo.

• Esler, Philip F. The Early Christian World. Routledge (2004). ISBN 0-415-33312-1.
• White, L. Michael. From Jesus to Christianity. HarperCollins (2004). ISBN 0-06-052655-6.
• Freedman, David Noel (Ed). Eerdmans Dictionary of the Bible. Wm. B. Eerdmans Publishing (2000). ISBN 0-8028-2400-5.
• Pelikan, Jaroslav Jan. The Christian Tradition: The Emergence of the Catholic Tradition (100–600). University of Chicago Press (1975). ISBN 0-226-65371-4.

• Schaff's The Seven Ecumenical Councils