Durante la era de los descubrimientos, la Iglesia Católica estableció una serie de misiones en las Américas y otras colonias con el fin de difundir el cristianismo en el Nuevo Mundo y convertir a los pueblos indígenas. Al mismo tiempo, misioneros como Francisco Javier y otros de la Jesuitas, Agustinos, Franciscanos y Dominicos se adentraban en Asia y el Lejano Oriente. En virtud del tratado del Padroado con la Santa Sede, por el que la Vaticano delegaba en los reyes la administración de las iglesias locales, la Los portugueses enviaron misiones a África, Brasil y Asia. Mientras que algunas de estas misiones se asociaron con el imperialismo y la opresión, otras (en particular las misiones jesuitas en China de Matteo Ricci) fueron relativamente pacíficas y se centraron en la integración más que en el imperialismo cultural.

La expansión del Imperio portugués católico y del Imperio español, en la que la Iglesia católica desempeñó un papel importante, condujo a la cristianización de las poblaciones indígenas de América, como los aztecas y los incas. Olas posteriores de expansión colonial como la Lucha por África o las luchas por la India por parte de Holanda, Inglaterra, Francia, Alemania y Rusia llevaron a la cristianización de otras poblaciones nativas de todo el planeta, eclipsando la del periodo romano y convirtiéndola en una religión verdaderamente global.

El Renacimiento proporcionó a los eruditos la capacidad de leer las Escrituras en sus lenguas originales, lo que en parte estimuló la Reforma protestante. Martín Lutero, Doctor en Biblia por la Universidad de Wittenberg,^[1]​ comenzó a enseñar que la salvación es un don de la gracia de Dios, alcanzable sólo a través de la fe en Jesús, quien en humildad pagó por el pecado.^[2]​ Junto con la doctrina de la justificación, la Reforma promovió una visión más elevada de la Biblia. Como dijo Martín Lutero: "La verdadera regla es ésta: La Palabra de Dios establecerá los artículos de fe, y nadie más, ni siquiera un ángel puede hacerlo."^[3]​ Estas dos ideas promovieron a su vez el concepto del sacerdocio de todos los creyentes. Otros reformadores importantes fueron Juan Calvino, Huldrych Zwingli, Philipp Melanchthon, Martin Bucer y los Anabaptistass.

Estos reformadores se distinguen de los anteriores en que consideraban que la raíz de las corrupciones era doctrinal (y no simplemente una cuestión de debilidad moral o falta de disciplina eclesiástica), por lo que pretendían cambiar las doctrinas contemporáneas para que concordaran con lo que ellos percibían como el verdadero evangelio. La palabra protestante deriva del latín protestatio que significa declaración y hace referencia a la carta de protesta de los príncipes luteranos contra la decisión de la Dieta de Speyer en 1529, que reafirmaba el edicto de la Dieta de Worms contra la Reforma.^[4]​ Desde entonces, el término se ha utilizado en muchos sentidos diferentes, pero la mayoría de las veces como término general se refiere al cristianismo occidental que no está sujeto a la autoridad papal.^[4]​ El término "protestante" no fue utilizado originalmente por los líderes de la época de la Reforma; en su lugar, se denominaban a sí mismos "evangélicos", haciendo hincapié en el "retorno al verdadero evangelio (griego: euangelion)".^[5]​

El inicio de la Reforma Protestante se identifica generalmente con Martín Lutero y la publicación de las 95 Tesis en la iglesia del castillo de Wittenberg, Alemania, en 1517. Las primeras protestas fueron contra corrupciones como la simonía, las vacantes episcopales y la venta de indulgencias. Las tres tradiciones más importantes que surgieron directamente de la Reforma Protestante fueron el luterano, las reformadas (calvinista, presbiteriana, etc.), y el anglicano, aunque este último grupo se identifica como "reformado" y "católico", y algunos subgrupos rechazan la clasificación como "protestantes."

La Reforma protestante puede dividirse en dos movimientos distintos pero básicamente simultáneos, la Reforma Magisterial y la Reforma Radical. La Reforma Magisterial supuso la alianza de ciertos maestros de teología (latín: magistri) como Lutero, Zwinglio, Calvino y Cranmer, con magistrados seculares que cooperaron en la reforma de la Cristiandad. Los reformadores radicales, además de formar comunidades al margen de la sanción estatal, a menudo emplearon cambios doctrinales más extremos, como el rechazo de los postulados del Concilios de Nicea y del Calcedonia. A menudo, la división entre reformadores magisteriales y radicales fue tan o más violenta que las hostilidades generales entre católicos y protestantes.

La Reforma protestante se extendió casi por completo dentro de los confines de Europa del Norte, pero no arraigó en ciertas zonas septentrionales como Irlanda y partes de Alemania. La respuesta católica a la Reforma protestante se conoce como Contrarreforma, que dio lugar a una reafirmación de las doctrinas tradicionales y a la aparición de nuevas órdenes religiosas orientadas tanto a la reforma moral como a una nueva actividad misionera. La Contrarreforma reconvirtió aproximadamente el 33% del norte de Europa al catolicismo e inició misiones en Sur y Centroamérica, África, Asia e incluso China y Japón. La expansión protestante fuera de Europa se produjo a menor escala a través de la colonización de Norteamérica y la áreas de África.

La Contrarreforma, o Reforma católica, fue la respuesta de la Iglesia católica a la Reforma protestante. La esencia de la Contrarreforma fue una convicción renovada en las prácticas tradicionales y la defensa de la doctrina católica como fuente de la reforma eclesiástica y moral, y la respuesta para detener la expansión del protestantismo. Así, experimentó la fundación de nuevas órdenes religiosas, como la Jesuitas, el establecimiento de seminarios para la adecuada formación de los sacerdotes, una renovada actividad misionera mundial y el desarrollo de nuevas aunque ortodoxas formas de espiritualidad, como la de los místicos españoles y la escuela francesa de espiritualidad. Todo el proceso fue encabezado por el Concilio de Trento, que aclaró y reafirmó la doctrina, emitió definiciones dogmáticas y produjo el Catecismo Romano.

La contrarreforma y desarrolló un segundo escolasticismo, que se enfrentó a la escolástica luterana. El resultado global de la Reforma fue, por tanto, resaltar distinciones de creencia que antes habían coexistido de forma incómoda.

Aunque Irlanda, España y Francia tuvieron un papel destacado en la Contrarreforma, su núcleo fue Italia y los diversos papas de la época, que establecieron el Index Librorum Prohibitorum, (la lista de libros prohibidos) o simplemente el "Índice", y la Inquisición romana, un sistema de tribunales jurídicos que perseguía la herejía y los delitos relacionados. El papado de Pío V (1566-1572) fue conocido por su empeño en detener la herejía y los abusos mundanos dentro de la Iglesia y por su interés en mejorar la piedad popular en un decidido esfuerzo por frenar el atractivo del protestantismo. Pío comenzó su pontificado dando grandes limosnas a los pobres, a la caridad y a los hospitales, y el pontífice era conocido por consolar a los pobres y enfermos y por apoyar a los misioneros. Las actividades de estos pontífices coincidieron con el redescubrimiento de las antiguas catacumbas cristianas de Roma. Como afirma Diarmaid MacCulloch, "Justo cuando estos antiguos mártires eran revelados una vez más, los católicos empezaban a ser martirizados de nuevo, tanto en los campos de misión de ultramar como en la lucha por recuperar el norte de Europa protestante: las catacumbas resultaron ser para muchos una inspiración para la acción y el heroísmo"."^[6]​.

El Concilio de Trento (1545-1563), iniciado por el papa Pablo III, abordó las cuestiones de ciertas corrupciones eclesiásticas como la simonía, el nepotismo y otros abusos, así como la reafirmación de las prácticas tradicionales y la articulación dogmática de las doctrinas tradicionales de la Iglesia, como la estructura episcopal, el celibato clerical, los siete sacramentos, la transubstanciación (la creencia de que durante la misa el pan y el vino consagrados se convierten realmente en el cuerpo y la sangre de Cristo), la veneración de reliquias, iconos y santos (especialmente la Santísima Virgen María), la necesidad tanto de la fe como de las buenas obras para la salvación, la existencia del purgatorio y la emisión (pero no la venta) de indulgencias, etc. En otras palabras, todas las objeciones y cambios doctrinales protestantes fueron rechazados sin concesiones. El concilio también fomentó el interés por la educación de los párrocos para aumentar la atención pastoral. El arzobispo de Milán, san Carlo Borromeo, dio ejemplo visitando las parroquias más remotas e inculcando un alto nivel. Al concilio siguió un debate prolongado sobre si la enseñanza de los Padres de la Iglesia coincidía más con Trento o con los evangélicos.

Los monasterios también sirvieron de refugio a los enfermos de la vida terrenal, como Carlos V, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, que se retiró a Yuste en sus últimos años, y su hijo Felipe II de España, que era funcionalmente lo más parecido a un monástico que le permitían sus responsabilidades regias.

La cuestión provocó una crisis de conciencia en la España del siglo XVI.^[7]​^[8]​ Una oleada de autocrítica y reflexión filosófica entre los teólogos católicos, sobre todo Francisco de Vitoria, condujo al debate sobre la naturaleza de los derechos humanos^[8]​ y al nacimiento del derecho internacional moderno.^[9]​^[10]​

En 1521, gracias al liderazgo y la predicación del explorador portugués Fernando de Magallanes, se bautizaron los primeros católicos en lo que se convirtió en la primera nación cristiana del sudeste asiático, las Filipinas.^[11]​ Al año siguiente, misioneros franciscanos llegaron a lo que hoy es México, e intentaron convertir a los indios y procurar su bienestar estableciendo escuelas y hospitales. Enseñaron a los indios mejores métodos de cultivo y formas más sencillas de tejer y hacer cerámica. Debido a que algunas personas cuestionaron si los indios eran realmente humanos y merecían el bautismo, el Papa Pablo III en la bula papal Veritas Ipsa o Sublimis Deus (1537) confirmó que los indios eran personas merecedoras.^[12]​^[13]​ Posteriormente, el esfuerzo de conversión cobró impulso.^[14]​

Durante los siguientes 150 años, las misiones se expandieron por el suroeste de Norteamérica.^[15]​ Los nativos fueron definidos legalmente como niños, y los sacerdotes asumieron un papel paternalista, a menudo impuesto con castigos corporales.^[16]​ En la India, los misioneros portugueses y el jesuita español Francisco Javier evangelizaron entre los no cristianos y una comunidad cristiana que afirmaba haber sido establecida por Tomás el Apóstol.^[17]​

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En Europa, el Renacimiento marcó un periodo de renovado interés por el saber antiguo y clásico. También supuso un replanteamiento de las creencias aceptadas. Las catedrales e iglesias habían servido durante mucho tiempo como libros de ilustraciones y galerías de arte para millones de personas sin educación. Las vidrieras, frescoses, estatuas, pinturas y paneles volvían a contar las historias de los santos y de los personajes bíblicos. La Iglesia patrocinó a grandes artistas del Renacimiento como Miguel Ángel y Leonardo da Vinci, que crearon algunas de las obras de arte más famosas del mundo.^[18]​ La aceptación del humanismo tuvo sus efectos en la Iglesia, que también lo abrazó. En 1509, un conocido erudito de la época, Erasmo, escribió Elogio de la locura, una obra que recogía un malestar generalizado sobre la corrupción en la Iglesia.^[19]​

El papado fue cuestionado por el conciliarismo expresado en los concilios de Constanza y el Basilea. Las verdaderas reformas durante estos concilios ecuménicos y el V Concilio de Letrán se intentaron varias veces pero se frustraron. Se consideraban necesarias, pero no tuvieron éxito en gran medida debido a las disputas internas dentro de la Iglesia,^[20]​ los continuos conflictos con el Imperio Otomano y los sarracenos^[20]​ y la simonía y el nepotismo practicados en la Iglesia renacentista del siglo XV y principios del XVI.^[21]​ Como resultado, hombres ricos, poderosos y mundanos como Roderigo Borgia (Papa Alejandro VI) pudieron ganar la elección al papado.^[21]​^[22]​

El Concilio de Trento generó un renacimiento de la vida religiosa y de las devociones marianas en la Iglesia católica. Durante la Reforma, la Iglesia había defendido su creencias marianas frente a las opiniones protestantes. Al mismo tiempo, el mundo católico estaba inmerso en las Guerras otomanas en Europa contra Turquía, que se libraron y ganaron bajo los auspicios de la Virgen María. La victoria en la Batalla de Lepanto en 1571 fue acreditada a ella y significó el comienzo de un fuerte resurgimiento de las devociones marianas, centrándose especialmente en María, la Reina de los Cielos y de la Tierra y su poderoso papel como mediadora de muchas gracias.^[23]​ El Colloquium Marianum, un grupo de élite, y la Sodalidad de Nuestra Señora basaban sus actividades en una vida virtuosa, libre de pecados cardinales.

Poco después de la conquista turca de Belgrado en 1521 y de la victoria en la Batalla de Mohacs en 1526, el metropolita serbio Pablo de Smederevo^[24]​ realizó una serie de intentos para restaurar el Patriarcado serbio, y durante un breve periodo de tiempo consiguió apoderarse del trono de Peć, proclamándose nuevo arzobispo de Peć y Patriarca serbio.^[25]​ Hacia 1541, su movimiento fue aplastado por las fuerzas conjuntas del Arzobispado de Ohrid y el Patriarcado Ecuménico de Constantinopla.^[26]​. A pesar de ello, los líderes de la Iglesia serbia siguieron esperando una nueva oportunidad para renovar su antiguo Patriarcado.^[27]​

El Patriarcado serbio de Peć fue finalmente restaurado en 1557^[28]​^[29]​ gracias a la mediación de algunos dignatarios muy influyentes de la Corte turca.

En 1575, el Patriarcado Ecuménico de Constantinopla concedió al monte Sinaí el estatuto de autonomía.

El movimiento uniato dentro de Europa centro-oriental se inició con la Unión de Brest de 1598–1599, por la que la "Metropolia de Kiev-Halych y toda Rus'" entró en relación con la Iglesia católica. Las iglesias católicas orientales consideran que han reconciliado el Cisma de Oriente al mantener sus oraciones y rituales similares a los de la ortodoxia oriental, al tiempo que aceptan la primacía del obispo de Roma.

Algunos ortodoxos orientales denuncian que unirse en esta unidad se hace a costa de ignorar diferencias doctrinales críticas y atrocidades del pasado. Desde la perspectiva de muchos ortodoxos orientales, el catolicismo oriental es una estratagema del catolicismo para socavar y, en última instancia, destruir su Iglesia, minando su legitimidad y absorbiéndola en la Iglesia católica. Se teme que esta estratagema restaría poder a los Patriarcas orientales originales de la iglesia y exigiría la aceptación de doctrinas rechazadas y Escolasticismo por encima de la fe.^[30]​^[31]​

En 1547, Iván IV asumió el título de "zar y gran duque de toda la Rus'" (Царь и Великий князь всея Руси) y fue coronado el 16 de enero,^[32]​ convirtiendo así el Gran Ducado de Moscú en el Zarato ruso, como se denominaba en el documento de coronación.^[33]​ El creciente poderío del Estado ruso contribuyó también a la creciente autoridad de la autocéfala Iglesia Rusa. Al darse cuenta de la necesidad de fortalecer la autoridad eclesiástica en Rusia, Borís Godunov logró persuadir al Patriarca Ecuménico de Constantinopla Jeremías II para que estableciera un patriarcado en Rusia. En 1589, el metropolita Job de Moscú se convirtió en el primer Patriarca de Moscú y de todas las Rusias, con lo que la Iglesia rusa pasó a formar parte de los patriarcados ortodoxos.

• Historia del cristianismo
• Historia de la Iglesia católica#Renacimiento y reformas
• Cronología del cristianismo#Reforma
• Historia de las misiones#Las misiones católicas a partir de 1500
• Cronología de la Iglesia Católica#1454–1599
• Relaciones católico-protestantes
• Anexo: Santos y beatos del siglo XVI

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