Las catacumbas se construyeron a finales del siglo II,^[9]​ con algunos subterráneos cristianos privados y de un área funeraria directamente dependiente de la iglesia romana.^[2]​^[8]​^[10]​ Toman nombre del diácono Calixto I, propuesto por el papa Ceferino a la administración del cementerio mismo.^[11]​ Subió a su vez al trono pontificio, Calixto amplió el complejo funerario, que bien pronto se convirtió en una iglesia oficial.^[9]​^[11]​^[2]​

La catacumbas cayeron en desuso tras el entierro del Papa Cornelio en el año 253 d. C. y en siglos posteriores solo eran conocidas por un pequeño grupo de frailes locales que solían visitar las catacumbas períodicamente para realizar servicios religiosos y rezar sus oraciones (sobre todo durante el siglo XV),^[12]​ aunque nunca trataron de mantener la existencia de las catacumbas en secreto ni de resguardarlas para evitar la entrada de otras personas y por tanto varios locales curiosos e incluso turistas llegaron a visitarlas a lo largo de los siglos;^[12]​ por ejemplo, cuando se redescubrieron las catacumbas en 1852, se encontró grabado el nombre "Johannes Lonck" con la fecha de 1432, grabado por algún visitado del norte de Europa.^[13]​^[14]​

No sería hasta 1848 cuando el afamado arqueólogo italiano Giovanni Battista de Rossi las redescubrió, las reportó de manera oficial a todo el mundo y dio comienzo a las investigaciones científicas y arqueológicas formales.^[12]​^[13]​

Las catacumbas son parte de un complejo funerario más grande conocido como el Complesso Callistiano que tiene una extensión de unas treinta hectáres.^[7]​^[15]​

Las Catacumbas de San Calixto en sí tienen un área de unas 15 hectáreas y tienen 5 niveles y residen en ella alrededor de medio millón de cuerpos;^[5]​^[16]​ las galerías, donde dieron sepultura más de cincuenta mártires y dieciséis pontífices, fueron parte de un complejo mortuorio que ocupa quince hectáreas y alcanzan unas dimensiones de casi veinte kilómetros. Los núcleos más antiguos son las criptas de Lucina y la región conocida como de los Papas y de Santa Cecilia, donde se conservan algunas entre las memorias más sagradas del lugar (las criptas de los Papas y de Santa Cecilia, y los cubículos de los Sacramentos); las otras regiones son denominadas de San Cayo y de San Eusebio (de finales del siglo III d. C.), Occidentales (citados en la primera mitad del siglo IV d. C.), con grandiosas arquitecturas subterráneas.^[6]​^[15]​

Una escala moderna, mandada a construir sobre la antigua tumba del papa Damaso I,^[17]​ da acceso a la región de los papas, en el cual se visita la homónima cripta, donde fueron sepultados nueve pontífices y, quizás, ocho exponentes de la jerarquía eclesiástica: a lo largo de las paredes están las inscripciones originales en griego de los pontífices Ponciano, Antero, Fabián, Lucio I y Eutichiano. El papa Sixto II^[18]​ también fue sustituido en las paredes del fondo, asesinado durante la persecución de Valeriano. La inscripción métrica frente al sepulcro del Papa Dámaso está grabado en caracteres ideados por el calígrafo Furio Dionisio Filocalo.^[6]​^[19]​

En la cripta contigua está la tumba de Santa Cecilia, en la cual algunas reliquias fueron trasladadas por el Papa Pascual I en 821 d. C.: los frescos de principios del siglo IX d. C. poseen unas paredes que representan a Santa Cecilia orante, el busto del Redentor y papa Urbano I.^[15]​^[20]​ Poco lejos, una galería de finales del siglo II d. C. da acceso a los cubículos de los sacramentos, que albergan frescos de la primera mitad del siglo III d. C.^[21]​ que aluden al bautismo, a la eucaristía y a la resurrección de la carne.^[15]​^[6]​^[14]​

En la vecina región de San Melquíades, el sarcófago del niño tiene la parte superior esculpida de episodios bíblicos. En la región de los Santos Cayo y Eusebio hay algunas criptas distintas, una opuesta a la otra, que acogen los sepulcros de los papas Cayo, con una inscripción, y Eusebio, fallecido en Sicilia donde había estado exiliado por Majencio y trasladado a Roma durante el pontificado de Melquíades; en una copia en mármol de finales del siglo IV, en el cual sobre el lado opuesto están los fragmentos originales, se lee una inscripción del papa Damasco con el recuerdo del cisma suscitado por Heraclio por la cuestión de los lapsos.^[11]​^[19]​

A lo largo de la galería se encuentran, en sucesión, la cripta de los mártires Calocero y Partenio y el doble cubículo de Severo, que contiene una inscripción rítmica, no posterior al 304, donde el obispo de Roma Marcelino es nombrado por primera vez papa y se profesa la fe en la resurrección final. En una región más remota está la deposición del papa Cornelio, en el cual el sepulcro conserva la inscripción original el conteniente título de mártir y, a los lados, espléndidas pinturas,^[22]​^[20]​ con caracteres estilísticos bizantinos de los siglos VII y VIII, que representa a los papas Sixto II y Cornelio y los obispos africanos Cipriano y Ottato.^[1]​^[20]​

En un cercano cubículo están algunos entre los más antiguos frescos de las catacumbas romanas (fin del II – inicios del siglo III): en el techo, un Buen Pastor con orantes, y en las paredes de fondo dos peces con una cesta de pan sobre la espalda, símbolo de eucaristía.^[23]​^[15]​^[20]​^[14]​

Las catacumbas de San Calixto han alojado la sepultura de 16 papas, también si no es cierto el lugar de inhumación de San Ceferino: San Urbano I, San Ponciano, San Antero, San Fabián, San Cornelio, San Lucio I, San Esteban I, San Sixto III, San Dionisio, San Felipe I, San Eutiquiano, San Cayo, San Eusebio, San Melquíades y San Dámaso I.

Por el momento ya no existen restos humanos en las catacumbas, por lo menos en la zona ya excavada, puesto que la superintendencia ha decidido trasladar todos los restos a la basílica de Santa Práxedes para evitar que los turistas pudiesen profanar las sepulturas eliminando fragmentos y reliquias.^[24]​

A continuación se listan todos los Papas que se conoce están enterrados en las catacumbas, agrupados por siglo:

• Catacumba de los santos Marcos y Marceliano

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• Catacumbas de San Calixto