En 2012 el senador Iván Cepeda realiza un debate ante la comisión segunda de la cámara sobre las investigaciones que debían realizarse por los crímenes de lesa humanidad cometidos en los municipios del nordeste antioqueño.^[13]​Más adelante, en mayo, Cepeda le informa al fiscal general encargado ese mismo año incidentes relacionados con la seguridad de Juan Guillermo Monsalve, administrador de la hacienda Guacharacas, propiedad del expresidente Álvaro Uribe.^[13]​

En septiembre de ese mismo año, Monsalve declara ante las autoridades que el bloque Metro de los paramilitares o AUC, se conforma en dicha hacienda entre 1996 y 1997 con la participación del expresidente Álvaro Uribe y su hermano Santiago Uribe, el ganadero Luis Alberto Villegas y su hermano Juan Guillermo Villegas, entre otros ganaderos.^[13]​

En 2014, Cepeda radica un escrito informando una situación de riesgo de los testigos del exparamilitar Pablo Hernán Sierra y del mismo Monsalve ante la CIDH en relación con la vinculación del expresidente Uribe con el grupo armado ilegal AUC. Sin embargo, el expresidente denuncia a Cepeda por una supuesta manipulación de testigos.

La Corte Suprema de Justicia, competente para judicializar a los altos funcionarios del gobierno, recibe la denuncia de Álvaro Uribe junto con varios audios de prueba. Sin embargo, cuatro años después, el 16 de febrero de 2018, esta anuncia que no investigará a Cepeda por presunta manipulación de testigos y, ese mismo año, el apoderado de Cepeda, Reinaldo Villalba, le informa a la corte que uno de los testigos ha señalado estar recibiendo mensajes y visitas de personas con el fin de que estos cambiaran su testimonio en referencia a los nexos que tendría el expresidente Uribe con grupos paramilitares.

El 22 de febrero de 2018, la corte ordena una indagación preliminar para corroborar las denuncias y, finalmente, halla elementos para iniciar el proceso a los congresistas Álvaro Uribe Vélez y Álvaro Prada. Durante estos días, el abogado de Uribe, Diego Cadena, y Prada habrían realizado una visita a la Penitenciaría La Picota para entrevistarse con el exparamilitar Juan Guillermo Monsalve. Debido a los elementos encontrados, el 24 de julio la corte inicia investigación formal a Álvaro Uribe Vélez por los delitos de fraude procesal y soborno.^[13]​El 15 de septiembre, la corte intercepta, por error, el teléfono de Álvaro Uribe, iniciándose una investigación en la Cámara de Representantes contra el magistrado José Luis Barceló; por esto, el 2 de noviembre el caso pasa a la Sala Especial de Instrucción, en cabeza de la magistrada Cristina Lombana. Once días después, el 18 de febrero, la corte rechazó la petición de Uribe de anular la investigación debido a las irregularidades de las interceptaciones del magistrado Barceló.

El 7 de febrero de 2019, la Suprema Corte admitió a Iván Cepeda como parte civil dentro del caso y para el 10 de mayo la Sala Especial de Instrucción acepta la petición de Cepeda para que Cristina Lombana no quede a cargo del proceso, siendo relevada por el magistrado César Augusto Reyes Medina. El 9 de julio la Sala llama a Uribe y a Hernán Prada a indagatoria el 8 y 9 de octubre, respectivamente. Dos meses después, el 3 de septiembre, empieza la fase de recopilación de testimonios con el exparamilitar Carlos Enrique Vélez Ramírez. El 8 de octubre, como estaba previsto, se lleva a cabo la indagatoria de Álvaro Uribe, donde es sindicado de cometer soborno y fraude procesal.

El 27 de julio de 2020, la fiscalía imputó cargos a Diego Cadena, en su propio proceso, por los delitos de soborno y fraude procesal.^[13]​El 4 de agosto, la Corte Suprema de Justicia ordenó la detención domiciliaria contra Uribe luego de escuchar una serie de conversaciones, más de 27.000 pruebas de audio, y revisar un documento de más de 1500 páginas que resume las investigaciones en cabeza del magistrado César Augusto Reyes.^[14]​El domingo 9 de agosto se hizo pública una conversación que sostuvo el abogado Cadena con el periodista Julio Sánchez Cristo, causando controversia.^[15]​^[16]​^[17]​ El martes, 11 de agosto, se venció el plazo que tenían sus abogados para interponer el recurso de reposición contra la detención; según Uribe, este no fue presentado por la falta de garantías que tendría en su proceso.^[18]​^[19]​ Al día siguiente, Uribe es reseñado con el número 1087985, otorgado por el INPEC.

Siete días después, el 18 de agosto, Uribe renunció a su curul en el Senado,^[20]​^[21]​ por lo que el caso pasó a un juzgado civil y la investigación pasó a estar a cargo de la Fiscalía General de la Nación, esto debido a que la Corte Suprema solo podría conocer del caso en tanto Uribe estuviese aforado como congresista.^[22]​El expediente se remitió el 2 de septiembre de 2020, mediante comunicado de prensa de la sala de instrucción de la Corte, reconociendo que no hay elementos para concluir que el Caso Uribe debía permanecer en la Corte Suprema. Es asignado dos días después, como fiscal a cargo de la investigación, el delegado ante la corte Gabriel Jaimes.^[23]​ Sus otros procesos por presuntas masacres en 1997 también fueron remitidos a la Fiscalía.

El 10 de octubre y tras 66 días en arresto domiciliario, el fiscal pide al juez 30 de control de garantías dejar en libertad al ahora exsenador Álvaro Uribe Vélez y, el 6 de noviembre, el juez 4 de conocimiento ratificó que podía quedar en libertad mientras se adelantaba el proceso.

El 15 y 20 de enero de 2021 los abogados de Uribe radican tutela por considerar que hay una violación al debido proceso; siete días después, el Tribunal Superior del Distrito Judicial de Bogotá declara improcedente la tutela. El fiscal Jaimes solicitó al juez a cargo, el 5 de marzo, la preclusión del proceso, aduciendo falta de pruebas.

El 6 de abril de 2022, el Juzgado 28 Penal de Circuito inicia la audiencia de preclusión de Uribe, en la cual es negada la solicitud, por lo que el fiscal Javier Fernando Cárdenas pasó a estar a cargo de la investigación; el abogado Miguel Ángel del Río pidió que Deyanira Gómez, pareja de Monsalve, fuese vinculada como víctima dentro del proceso mientras que Roberto Rodríguez, también abogado, solicita que su prohijado, el periodista Gonzalo Guillén, también fuese vinculado de igual forma; ante esto, la fiscalía respondió la solicitud negativamente y pidió a la jueza revisión de la petición. La audiencia fue postergada para la revisión de la solicitud. El 9 de abril la juez Carmen Helena Ortiz Rassa reconoce a Deyanira Gómez como víctima provisional dentro del primer proceso, Guillén no fue admitido.

El 29 de julio de 2022, tras pasar el caso a otro fiscal, se presentó la segunda solicitud de preclusión; el 23 de mayo de 2023, tras varias audiencias, la juez 41 de conocimiento de Bogotá decidió no precluir el proceso argumentando que la fiscalía no logró probar sus motivos para ello; Uribe respondió señalando la politización de la justicia.^[24]​El 6 de octubre la sala penal del Tribunal Superior de Bogotá confirmó la no preclusión.

Fue asignado a cargo del proceso el fiscal delegado ante la corte Andrés Palencia, esto por designación especial del fiscal general Francisco Barbosa; el 9 de enero de 2024, renuncia al proceso argumentado motivos personales. Aceptada la renuncia de Palencia, siete días después es asignado Víctor Salcedo quien se declara impedido argumentando haber expresado opiniones políticas cuando era columnista. El caso es finalmente delegado por reparto ese mismo día al fiscal primero delegado ante la corte Gilberto Villareal.

El 9 de abril se presentó el escrito formal de acusación contra Álvaro Uribe Vélez, debiendo ser llevada la primera audiencia el día 17 de mayo y la segunda el día 24; el proceso es competencia de la juez 44 de conocimiento de Bogotá, Sandra Heredia.^[25]​Álvaro Hernán Prada, vinculado al caso desde la investigación realizada por la Corte Suprema de Justicia, es llamado a juicio por este mismo tribunal el día 15 de mayo, esto tras haberse negado el traslado a la fiscalía en 2021 y habiéndose posesionado como magistrado del Consejo Nacional Electoral.^[26]​

El partido de gobierno de Colombia, el Centro Democrático, manifestó a través de una de sus congresistas, Paloma Valencia, el mismo día de conocida la orden de detención domiciliaria contra Uribe, la intención de su partido de promover una reforma a la justicia a través de una asamblea nacional constituyente, que le diera a Colombia una nueva constitución, y que permitiera la eliminación de los intereses políticos en las decisiones judiciales y creara una súper corte, es decir, un solo órgano judicial que conociera todos los asuntos de las actuales altas cortes de Colombia.^[27]​^[28]​^[29]​^[30]​

Los detractores de Uribe y su partido han manifestado que esta propuesta busca únicamente favorecer al expresidente.

Contrario a la creencia arraigada, el Caso Uribe no es el primero ni el único donde un expresidente es procesado por la justicia colombiana, con resultados perjudiciales para el procesado, ya que en el siglo XIX le sucedió a Francisco de Paula Santander, en 1959 al exdictador Gustavo Rojas Pinilla y en 1997 a Ernesto Samper quien quedó precluido.

En el caso del segundo (Rojas P.) se le procesó luego de renunciar a la presidencia, y se le condenó a perder todos sus derechos políticos. Sin embargo, su sentencia fue revisada y revocada en 1966, por lo que el político pudo volver a las arenas electorales en 1970.^[31]​^[8]​

Varios expresidentes iberoamericanos expresaron su solidaridad con Uribe, afirmando su honorabilidad, entre los firmantes se encuentran Andrés Pastrana, Mauricio Macri, Felipe Calderón y José María Aznar, de Colombia, Argentina, México y España respectivamente.^[32]​ Sin embargo, el director para las Américas de la ONG, Human Rights Watch, señaló que la declaración firmada por los diferentes expresidentes "está plagada de errores fácticos y fomenta los actuales ataques del expresidente Uribe y su partido político a la independencia judicial en el país".^[33]​^[34]​^[35]​

El exvicepresidente de los Estados Unidos, Mike Pence, calificó a Uribe como un "héroe" y exigió su pronta liberación, para que "pueda defenderse en libertad".^[36]​^[37]​^[38]​

El mismo Álvaro Uribe, en su primera entrevista luego de conocerse su detención, el 16 de agosto de 2020, afirmó a Semana en vivo, con las perodistas Vicky Dávila y María Isabel Rueda, que se sentía "secuestrado" por la Corte y pidió a sus adversarios y partidarios estar muy atentos de "las elecciones del 2022".^[39]​^[40]​^[41]​^[42]​

Uribe anunció que inició acciones legales contra el exmagistrado de la Corte Suprema de Justicia, el abogado penalista José Luis Barceló, quien abrió la investigación contra Uribe en el 2018.^[43]​ Uribe acusa a Barceló de estar interfiriendo en su proceso a través de la escogencia de sus sucesores en la corte, quienes actualmente son el juez natural del expresidente, es decir, los jueces constitucionalmente competentes para el caso.^[44]​^[45]​

Días antes de la medida de aseguramiento, los partidarios de Uribe, y algunos testigos a favor del senador también declararon que Barceló tenía serias intromisiones en el proceso.^[46]​^[47]​^[48]​

Los ciudadanos colombianos afines a Uribe interpusieron 260 tutelas en favor del expresidente, solicitando su libertad por violación de procedimientos y otros motivos de índole política.^[49]​