Leyenda:   = Partido disputado;   = Partido suspendido;   Cesión saliente;   Cesión entrante / Regresa tras cesión;   = Fichaje;   = Traspaso;   = Jugador Lesionado;   = Jugador retirado;   = Firma / Renovación de contrato

• 5 de diciembre.   El club confirma la renovación de Luis Mejía hasta diciembre de 2026, existiendo la opción de renovarlo por un año más.^[1]​

• 18 de diciembre.   Desde Nacional se confirmó que Martín Lasarte será el DT del club hasta diciembre de 2025. Lo acompañarán en el CT, Esteban Conde, Mauricio Victorino, Sebastián Flores y Marcelo Tulbovitz.^[2]​

• 26 de diciembre.   Se confirmaron las salidas de Rubén Bentancourt^[3]​ y de Felipe Cairus del tricolor.^[4]​

• 27 de diciembre.   Desde el club confirman otras dos salidas, en primer lugar, el paraguayo Federico Santander, al cual no se le renovó el contrato.^[5]​ Y en segundo lugar, la salida del lateral Fredy Martínez, al cual tampoco se le renovó el contrato.^[6]​

• 30 de diciembre.   Nacional confirma la primera incorporación para la temporada 2025, el venezolano de 32 años, Rómulo Otero, se convierte en jugador del club. Llega procedente de   Santos, y firmó contrato hasta diciembre de 2026.^[7]​

• 30 de diciembre.   Se produce otra salida de cara a la próxima temporada, se trata del extremo uruguayo de 33 años, Diego Zabala, la directiva tomó la decisión de no renovarle el contrato.^[8]​

• 31 de diciembre.   Otras dos salidas del plantel principal se producen en el tricolor. Ambas son de dos argentinos, el primero fue Gastón González al cual se le venció el préstamo, y el tricolor no decidió renovarlo. Por otra parte, el otro es Alexis Castro quien no se le renovó contrato.^[9]​

• 2 de enero.   El club confirma la segunda incorporación para el plantel principal, se trata del lateral izquierdo uruguayo de 24 años, Diego Romero. El jugador llega procedente de   Deportivo Maldonado en calidad de préstamo hasta diciembre de 2025. El tricolor cuenta con una opción de compra no revelada.^[10]​

• 2 de enero.   Se confirma otra salida del tricolor, esta vez se trata del defensa uruguayo Emiliano Velázquez, al cual no se le renovó contrato.^[11]​

• 2 de enero.   Nacional anuncia dos salidas de jugadores en calidad de cedidos, el primero Guillermo López que hasta diciembre de 2025 jugará en   Boston River.^[12]​ El segundo fue Rodrigo Chagas quien hasta diciembre de 2025 jugará en   Juventud.^[13]​

• 3 de enero.   Se confirman dos ventas en el club. La primera fue la de Mateo Antoni quien fue transferido a   Argentinos Juniors por US$ 2 200 000. La segunda se trata de Facundo Machado quien fue vendido a   Racing, en principio no se reveló el precio de la transferencia, pero sí se comunicó que el bolso se queda con el 50 % de la ficha.^[14]​

• 3 de enero.   Nacional comunica que Antonio Galeano fue cedido en calidad de préstamo a   Ceará hasta diciembre de 2025. El bolso se queda con un 25 % de la ficha y el club brasileño deberá pagarle al bolso U$S 230 000.^[15]​

• 4 de enero.   El club confirma otra incorporación al club. Franco Catarozzi llega al tricolor desde Montevideo City en calidad de cedido hasta diciembre de 2025.^[16]​

• 6 de enero.   Se confirma un rumor que tenía varios días en la vuelta. El defensa colombiano de 26 años, Julián Millán, es nuevo refuerzo del tricolor. El jugador firma contrato hasta diciembre de 2027 y el bolso adquirió el 50 % de los derechos económicos y el 100 % de los derechos federativos.^[17]​

• 12 de enero.   El club confirma tres renovaciones de contrato. La primera fue la de Gonzalo Carneiro, quien extendió su vínculo con el tricolor hasta diciembre de 2026. La segunda renovación fue la de Diego Polenta, el cual firmó hasta diciembre de 2025. Y por último, la renovación de Christian Oliva también fue oficializada, el uruguayo firmó hasta diciembre de 2026.^[18]​

• 13 de enero.   Nacional enfrentó en el primer amistoso de la temporada a San Lorenzo en el Gran Parque Central. El partido finalizó con una derrota para el tricolor por 0-1, el gol lo anotó Ezequiel Herrera.^[19]​

• 14 de enero.   Leandro Lozano abandona Nacional para convertirse en nuevo jugador de   Argentinos Juniors. El club argentino pagó un monto de US$ 1 000 000, pero de esto a Nacional solo le quedan US$ 350 000 por un convenio con el jugador.^[20]​

• 15 de enero.   Se hace oficial la llegada de Yonathan Rodríguez al tricolor. El mediocampista de 31 años firmó contrato hasta diciembre de 2025.^[21]​

• 16 de enero.   Nacional confirmó que Facundo de León no seguirá en el club, tras no renovar su contrato.^[22]​

• 17 de enero.   Nacional comunica que dos jugadores se van cedidos. El primero, Axel Frugone, el lateral de 19 años jugará en   Cerro. Por otro lado, Luciano Inverso jugará en   River Plate.^[23]​

• 17 de enero.   Se confirmó la salida de Ramiro Brazionis del tricolor. Su nuevo club es   Racing y Nacional seguirá siendo el dueño de su ficha.^[24]​

• 17 de enero.   Nacional hace oficial la llegada de Emiliano Ancheta procedente de   Danubio. El lateral derecho de 25 años, firmó contrato hasta diciembre de 2027. Además Nacional adquirió el 50 % de su ficha por U$S 350 000.^[25]​

• 17 de enero.   Nacional disputa ante Olimpia su segundo partido amistoso de la temporada. El resultado final fue una victoria por 2-0 para los paraguayos con goles de Alex Franco y Hugo Benítez.^[26]​

• 20 de enero.   El bolso confirmó otro refuerzo. Se trata de Lucas Villalba. El extremo derecho de 23 años, llega procedente de Montevideo City. El tricolor pagó US$ 800 000 por el 60 % de la ficha y firmó contrato hasta diciembre de 2027.^[27]​

• 20 de enero.   Nacional disputa ante Peñarol el primer Superclásico del fútbol uruguayo del año. El resultado fue 3-1 para los tricolores. El gol de Peñarol fue anotado por Eduardo Darias, mientras que los goles de Nacional fueron anotados por Nicolás Rodríguez, Diego Herazo y Lucas Villalba.^[28]​

• 22 de enero.   Nacional confirmó la llegada del chileno Eduardo Vargas. El delantero de 35 años, llegó libre desde   Atlético Mineiro y firmó contrato hasta diciembre de 2026.^[29]​

• 26 de enero.   Nacional se consagra campeón de la Supercopa Uruguaya 2025 tras vencer a su tradicional rival por 2 a 1, con goles de Nicolás López de penal y Jeremía Recoba. Es el tercer título de Supercopa Uruguaya, empatando a Liverpool como equipos más ganadores.^[30]​

• 30 de enero.   El club tricolor confirmó la salida de Lucas Sanabria, el jugador de 21 años fue traspasado a Los Angeles Galaxy por U$S 5 000 000, además de U$S 1 800 000 en bonus y un 20 % de plusvalía en una futura transferencia.^[31]​

• 30 de enero.   Nacional confirmó la renovación hasta el 31 de diciembre de 2027 de Bruno Damiani.^[32]​

• 30 de enero.   Mateo Rivero, juvenil del club, fue traspasado a   Boston River por una suma de U$S 450 000 y un 15 % de plusvalía en futura transferencia.^[33]​

• 2 de febrero.   En el debut por la Liga AUF Uruguay, Nacional visitó a Montevideo City Torque en el Estadio Centenario. El partido finalizó con una sorprendente victoria por el ciudadano por 1-0 con gol de Nahuel Leivas.^[34]​

• 3 de febrero.   Nacional confirmó la incorporación de Luciano Boggio, el tricolor pagó US$ 950.000 por el 80% de la ficha.^[35]​

• 9 de febrero.   Por la fecha Nº2 de la Liga AUF Uruguay, Nacional se enfrentó a Peñarol por una nueva edición del superclásico uruguayo. El partido, disputado en el Gran Parque Central, finalizó con un empate 1-1. El gol tricolor fue anotado por Jeremía Recoba, mientras que el gol del carbonero fue anotado por Maximiliano Silvera.^[36]​

• 16 de febrero.   Nacional, en su visita al Estadio Abraham Paladino, ganó 5-1 cuando le tocó enfrentar al local Progreso. Los goles tricolores fueron anotados por Jeremía Recoba, Diego Herazo, Bruno Arady y Nicolás López, este último con doblete. Por otro lado, el gol del gaúcho fue anotado por Nicolás Fernández. Con esto, el tricolor consiguió su primra victoria en el campeonato. ^[37]​

• 22 de febrero.   Por la fecha 4 del Torneo Apertura, Nacional visitó en el Estadio Campeones Olímpicos a Boston River. El partido finalizó con una victoria por 3-2 del conjunto tricolor. Los goles del bolso fueron anotados por Julián Millán, Christian Oliva y Eduardo Vargas. Por otro lado, los goles del sastre fueron anotados por Alexander González y Gustavo Viera. ^[38]​

• 8 de marzo.   Nacional haciendo de local en el Estadio Luis Franzini, por reformas en el césped del GPC, y sin su público por sanción, jugó por la fecha Nº5 del Apertura ante River Plate. El partido finalizó con un empate 3-3, los goles tricolores fueron anotados dos por Nicolás López y el otro por Lucas Villalba, por otro lado, los goles darseneros fueron anotados por Juan Cruz de los Santos, Inti López y Christian Almeida.^[39]​

• 16 de marzo.   El tricolor visitó en el Parque Viera a Racing por la fecha Nº6 del Torneo Apertura. El partido finalizó con una victoria tricolor por 1-0 con gol de Diego Herazo.^[40]​

• 22 de marzo.   Por la fecha Nº7 del Torneo Apertura, Nacional recibió en el Gran Parque Central a Plaza Colonia. El partido finalizó con un empate 1-1. El gol patablanca fue anotado por Diogo de Oliveira, mientras que el gol tricolor fue anotado por Sebastián Coates. ^[41]​

• 26 de marzo.   Nacional visitó a Liverpool en el Belvedere por la fecha Nº8 del torneo apertura. El partido finalizó con un empate 2-2. Los goles tricolores fueron anotados por Jeremía Recoba y Bruno Arady, mientras que los goles del negro de la cuchilla, fueron anotados por Abel Hernández y Nicolás Vallejo. ^[42]​

• 30 de marzo.   En el último partido del mes, Nacional recibió en el Gran Parque Central a Juventud. El partido finalizó con una derrota por 1-2 para el conjunto tricolor. El gol tricolor fue en contra de Emmanuel Mas, por otro lado, los goles del pedrense, fueron anotados por Agustín Rodríguez y Rodrigo Chagas. ^[43]​

• 30 de marzo.   El tricolor confirmó la salida del DT, Martín Lasarte. Mientras se consigue un nuevo DT, estará de forma interina, Martín Ligüera. ^[44]​

• 2 de abril.   Por la fecha n.º 1 de la fase de grupos de la Copa Libertadores, Nacional visitó a   Atlético Nacional en el Atanasio Girardot. El partido finalizó con una derrota tricolor por 0-3. Los goles del conjunto colombiano fueron anotados por Marino Hinestroza, Kevin Viveros y Alfredo Morelos. ^[45]​

• 4 de abril.   A sus 33 años Diego Polenta comunicó oficialmente que se retiraba del fútbol profesional. El patrón ganó 8 títulos con el club y disputó 252 partidos, anotando 13 goles. ^[46]​

• 5 de abril.   Nacional confirma a su nuevo DT para la temporada. El elegido fue Pablo Peirano, uruguayo de 50 años con pasado en Uruguay, Perú y Colombia. Lo acompañará el PF. Javier Carballo, padre del exjugador de Nacional Felipe Carballo. Firmó contrato hasta diciembre de 2025. ^[47]​

• 6 de abril.   Nacional visitó en el Estadio Ubilla a Cerro Largo. El partido finalizó con una goleada tricolor por 4-0. Los goles fueron repartidos entre tres jugadores, Luciano Boggio y Lucas Villalba anotaron uno cada uno, mientras que Rómulo Otero anotó un doblete. ^[48]​

• 9 de abril.   Por la fecha n.º 2 de la fase de grupos de la Copa Libertadores, Nacional recibió en el Gran Parque Central a   Bahia. El partido finalizó con una derrota para el tricolor por 0-1. El gol del conjunto brasileño fue anotado por Erick Pulga. ^[49]​

• 13 de abril.   Nacional recibió en el Gran Parque Central a Danubio por la fecha Nº11 del Apertura. El partido finalizó con una victoria tricolor por 2-0, con goles de Jeremía Recoba y de Nicolás López, este último de penal. ^[50]​

• 18 de abril.   Por la fecha Nº12 del Apertura, Nacional visitó a Miramar Misiones. El partido finalizó con una victoria tricolor por 3-1. El gol cebrita fue anotado por Pablo López, por otro lado los goles tricolores fueron anotados por Nicolás López, Lucas Villalba y Gonzalo Petit. ^[51]​

• 22 de abril.   Por la fecha n.º 3 de la fase de grupos de la Copa Libertadores, Nacional visitó en el Estadio Beira-Rio a   Internacional. El partido finalizó con un empate 3-3. Los goles tricolores fueron anotados por Julián Millán, Luciano Boggio y Sebastián Coates. Por otro lado los goles del equipo brasileño, fueron anotados por Alan Patrick, Alexandro Bernabei y Fernando Reges. ^[52]​

• 26 de abril.   Por la fecha Nº13 del Apertura, Nacional recibió a Wanderers. El partido finalizó con una victoria tricolor por 3-1. Los goles tricolores fueron anotados por Nicolás López y Luciano Boggio. Mientras que el gol del bohemio, fue anotado por Rodrigo Rivero. ^[53]​

•   Actualizado al último partido jugado el 26 de abril de 2025.

•   Actualizado al último partido jugado el 26 de abril de 2025.

• En Amistosos: Nicolás Rodríguez contra Peñarol (20 de enero de 2025)
• En Torneo Apertura: Jeremía Recoba contra Peñarol (9 de febrero de 2025)
• En Torneo Intermedio:
• En Torneo Clausura:
• En Copa Libertadores: Julián Millán contra Internacional (22 de abril de 2025)
• En Copa Uruguay:
• En Supercopa Uruguaya: Nicolás López contra Peñarol (26 de enero de 2025)

• En Amistosos: Lucas Villalba contra Peñarol (20 de enero de 2025)
• En Torneo Apertura:
• En Torneo Intermedio:
• En Torneo Clausura:
• En Copa Libertadores:
• En Copa Uruguay:
• En Supercopa Uruguaya: Jeremía Recoba contra Peñarol (26 de enero de 2025)

• En Amistosos: 38 minutos y 42 segundos Nicolás Rodríguez contra Peñarol (20 de enero de 2025)
• En Torneo Apertura: 7 minutos y 28 segundos Luciano Boggio contra Cerro Largo (6 de abril de 2025)
• En Torneo Intermedio:
• En Torneo Clausura:
• En Copa Libertadores: 5 minutos y 53 segundos Julián Millán contra Internacional (22 de abril de 2025)
• En Copa Uruguay:
• En Supercopa Uruguaya: 38 minutos y 12 segundos Nicolás López contra Peñarol (26 de enero de 2025)

• En Amistosos: 94 minutos y 3 segundos Lucas Villalba contra Peñarol (20 de enero de 2025)
• En Torneo Apertura: 85 minutos y 31 segundos Sebastián Coates contra Plaza Colonia (22 de marzo de 2025)
• En Torneo Intermedio:
• En Torneo Clausura:
• En Copa Libertadores: 42 minutos y 13 segundos Sebastián Coates contra Internacional (22 de abril de 2025)
• En Copa Uruguay:
• En Supercopa Uruguaya: 43 minutos y 24 segundos Jeremía Recoba contra Peñarol (26 de enero de 2025)

• Los horarios corresponden al huso horario de Uruguay (UTC-03:00).

• Los horarios corresponden al huso horario de Uruguay (UTC-3).

• Los horarios corresponden al huso horario de Uruguay (UTC-3).

• Los horarios corresponden al huso horario de Uruguay (UTC-03:00).

• Los horarios corresponden al huso horario de Uruguay (UTC-03:00).

• Los horarios corresponden al huso horario de Uruguay (UTC-03:00).