El torneo consistirá en una fase de liga, conocida como "fase uno", y una fase de eliminación directa. Durante la fase uno, los equipos jugarán tres partidos contra equipos de la otra liga (es decir, todos los partidos serán entre la MLS y la Liga MX). Los cuatro mejores equipos de cada liga avanzarán a la fase de eliminación directa, que constará de cuartos de final, semifinales y una final. Al igual que en ediciones anteriores de la Leagues Cup, los tres mejores clubes clasificarán a la Copa de Campeones de la CONCACAF.^[3]​

El proceso de clasificación en esta edición será distinto para los clubes estadounidenses, anteriormente clasificaban todos los miembros de la MLS, a partir de esta edición solo participaran 18 equipos (equiparando la cantidad a los de la liga mexicana) siendo aquellos los clasificados a la post-temporada de la Major League Soccer, los equipos mexicanos seguirán siendo todos los miembros y clasifican todos a la disputa de la competencia.^[4]​

Para determinar los enfrentamientos, todos los equipos fueron ubicados en una clasificación combinada que utilizó la tabla del Supporters' Shield 2024 para los equipos de la MLS y los últimos 34 partidos de las temporadas Clausura y Apertura 2024 para los equipos de la Liga MX. Luego, estos equipos se dividieron en una región Este y una región Oeste según criterios geográficos y de rendimiento. Dentro de cada región, los equipos fueron asignados a niveles según la clasificación combinada, con la restricción de que cada nivel incluyera tres equipos de cada liga.

     – Clasificados a la fase eliminatoria.

Durante la fase de liga, cada equipo se enfrentara a tres rivales de la liga opuesta a la que pertenece, cada conjunto de la MLS enfrentará a tres de la Liga MX y viceversa, los puntos obtenidos se sumaran a una tabla generalizada asignada a los equipos estadounidenses y otra para los mexicanos, los cuatro mejores pertenecientes a cada liga avanzaran a la siguiente fase.^[5]​