Durante esta fase de liga, los equipos jugaron tres partidos contra equipos de la liga opuesta (es decir, todos los partidos serán entre la MLS vs la Liga MX). Los cuatro mejores equipos de cada liga avanzaron a la fase de eliminación directa, que constará de cuartos de final, semifinales y una final.

Esta fase de esta competición no dispone de empates, por lo que si un partido terminaba empatado en los 90 minutos reglamentarios, se procedió a romper la igualdad directamente con una tanda de penaltis. Los puntos se repartieron de la siguiente manera: 3 por victoria en el tiempo reglamentario, 2 por victoria en penaltis, 1 por derrota en los penaltis y 0 si se pierde en los 90 minutos.^[2]​^[3]​

1. En caso de que dos equipos terminaran empatados en puntos, el resultado del enfrentamiento directo entre ambos clubes determina las posiciones (aclarando, una victoria en los penaltis es considerada como victoria para propósito de este desempate);
2. En caso de que los tres equipos terminaran empatados en puntos, los siguientes criterios aplicarían (si, después de aplicar un criterio, hay un empate solo entre dos clubes, el resultado de su enfrentamiento directo sería el desempate):
   1. Resultado del enfrentamiento directo entre los equipos empatados (aclarando, una victoria en los penaltis es considerada como victoria para propósito de este desempate);
   2. Mejor diferencia de goles entre anotados y recibidos durante la fase de grupos;
   3. Mayor cantidad de goles anotados durante la fase de grupos;
   4. Menor cantidad de goles recibidos durante la fase de grupos;
   5. Tabla de juego limpio de los clubes
      • Tarjeta amarilla: –1 punto.
      • Segunda tarjeta amarilla (Tarjeta roja indirecta): –3 puntos (sin considerar la primera tarjeta amarilla)
      • Tarjeta roja directa: –3 puntos
      • Tarjeta amarilla seguida de una tarjeta roja directa: –4 puntos;
   6. Sorteo por parte de los organizadores de la competencia.

De acuerdo a la tabla de clasificación para esta edición de Leagues Cup, tanto el campeón de la Liga MX como los otros cinco clubes mexicanos con mejor rendimiento recibieron como privilegio tener el derecho de una "localía" que les permitirá realizar menos viajes, quedarse en una región definida y con prioridad por encima de los clubes de la MLS.^[4]​ En esta edición:

• América (campeón absoluto del 2024), tuvo privilegios de local hasta las semifinales, que luego de su partido inaugural contra el Real Salt Lake, jugó de local en Texas, siendo en la fase de liga un partido en Houston y el segundo en Austin.
• Cruz Azul (mejor equipo del ranking) tuvo privilegios de local hasta los cuartos de final y jugando dos partidos de local en el Dignity Health Sports Park de Carson, California.
• Toluca (segundo mejor equipo del ranking) jugó dos partidos de local de la fase de liga en el área de Nueva York y Nueva Jersey, uno en el Sports Illustrated Stadium y otro en el Yankee Stadium.
• Tigres UANL (tercer mejor equipo del ranking) jugó dos partidos de local de la fase de liga en el sur de California, uno en el Snapdragon Stadium de San Diego y el otro en el BMO Stadium de Los Ángeles.
• Monterrey (cuarto mejor equipo del ranking) jugó dos partidos de local de la fase de liga en el TQL Stadium de Cincinnati.
• Pumas UNAM (quinto mejor del ranking) jugó sus tres partidos de la fase de liga como local en Florida, dos en el Inter&Co Stadium de Orlando, y el tercero en el Chase Stadium de Fort Lauderdale.

Los horarios de los partidos son respecto al tiempo del Este de los Estados Unidos durante horario de verano (UTC-4) de acuerdo a la Concacaf, aunque se muestra también la hora local (entre paréntesis).

• Fase eliminatoria de la Leagues Cup 2025
• Final de la Leagues Cup 2025