La organización multicelular ya estaba presente en el ancestro común de los apoikozoos, el grupo presenta las siguientes apomorfías:

• Agregación de arqueocitos o su derivado: las células madre, por la cual se forman las otras células, posiblemente el estado ancestral del clado sea un aglomerado de "arqueocitos", que a lo largo de su evolución originaría otros tipos de células.
• Multicelularidad facultativa u obligada no agregada, en cambio esta es clonal las colonias de craspédidos, las larvas de ctenóforos, las germinaciones de los petalonamos, y los embriones de esponjas y parahoxozoos presentan el mismo clonamiento celular durante el desarrollo.
• Los grupos que no suelen ser considerados animales (Choanoflagellatea y Petalonamae) tienen varias características que los unen con ellos, los coanoflagelados de hecho recientemente fueron propuestos para ser colocados dentro del subgrupo Zoomorfo del sistema de clasificación material dispersa.
• Se suele presentar al complejo de collar como una apomorfía dentro de Apoikozoa, (o por lo menos por un subgrupo de Apoikozoa, denominado Choanozoa por Thibaut Brunet y Nicole King, no confundir con Choanozoa de Cavalier Smith) así como una sinapomorfía de Metazoa, las células de collar están ausentes en Ctenophora y Cryptovermes. Los Petalonamos tentativamente quedan fuera de Choanozoa (a partir de ahora referido como Choanodermata para evitar la confusión), debido a que su morfología y estrategia de alimentación difiere de los portadores de coanodermo, aunque quedan dentro de Apoikozoa debido a los puntos antes mencionados.