Después de una cirugía de rodilla y seis meses de ausencia y recuperación, Wawrinka regresó al circuito en el Abierto de Australia, pero no al 100% listo físicamente. Le resulta difícil imponerse en su primer partido ante Ričardas Berankis por 6-3, 6-4, 2-6 y 7-6^(7-2)[1]​ y después cae eliminado en la segunda ronda al caer bruscamente ante la revelación del torneo Tennys Sandgren por 2-6, 1-6 y 4-6.^[2]​ A pesar de la derrota, se muestra feliz y satisfecho con su regreso durante la Rueda de prensa, con el simple placer de jugar al tenis de nuevo. Tras el fin del torneo, sale del top 10 (al decimoquinto lugar del ranking mundial) por primera vez desde el 27 de mayo de 2013.

En febrero, participó en el Torneo de Sofía de Bulgaria como cabeza de serie número 1. Donde vence a Martin Kližan 4-6, 6-2, 6-3 y a Viktor Troicki 6-1, 7-6,^(7-3) pero cae en semifinales ante la sorpresa y campeón del torneo Mirza Bašić por 7-6^(8-6) y 6-4. En Róterdam, cae sorpresivamente ante el joven holandés Tallon Griekspoor (259.º del mundo) por 4-6, 6-3 y 6-2 en la primera ronda. Su siguiente torneo fue el de Marsella, en el que se retiró durante su primer partido, perdiendo ante Ilya Ivashka por 4-6 y 1-1 en la segunda ronda debido a una lesión en la rodilla.^[3]​

Regresó al circuito tres meses después en la gira de tierra batida en mayo en el quinto Masters 1000 del año, el Masters de Roma, donde —al no ser cabeza de serie— tuvo que jugar desde la primera ronda contra Steve Johnson, cayendo por doble 4-6. Luego jugó en el ATP 250 de Ginebra donde era dos veces campeón defensor, pero su defensa del título terminó con una derrota ante Marton Fucsovics en los cuartos de final por un claro 6-4 y 6-0.^[4]​ Su siguiente torneo fue Roland Garros siendo 23.º cabeza de serie, donde había sido subcampeón el año anterior; al perder en primera ronda frente a Guillermo García López, en cinco sets por 6-2, 3-6, 4-6, 7-6^(7-5) y 6-3, Wawrinka cayó más de 200 puestos en el ranking ATP, desde el puesto No. 30 que ocupaba hasta quedar fuera de los primeros 250 jugadores del ranking a partir del 11 de junio de 2018, quedando situado en el puesto No. 263, su posición más baja desde agosto de 2003, además de que estuvo dentro de los primeros 50 durante casi 11 años.^[5]​

Ingresó a Queen's como Will Card, perdiendo ante el cabeza de serie Sam Querrey en la segunda ronda por 7-5, 6-7^(3-7) y 6-1.^[6]​ Entró en el cuadro principal de Eastbourne con otro Will Card, donde fue sorteado a la par de Andy Murray en primera ronda, quien también se encontraba fuera del top 100, quien estaba jugando su segundo torneo después de una ausencia de un año del tenis, perdiendo en sets corridos por un claro 6-1 y 6-3.^[7]​

Wawrinka no fue cabeza de serie en Wimbledon pero causó la sorpresa en la primera ronda, ya que venció al sexto cabeza de serie, Grigor Dimitrov por 1-6, 7-6,^(7-3) 7-6,^(7-5) y 6-4.^[8]​ Además esta fue su primera victoria sobre un jugador del top 10 durante más de un año. La última había sido ante Andy Murray en las semifinales de Roland Garros 2017. En segunda ronda cayó ante el clasificado italiano Thomas Fabbiano por 7-6,^(9-7) 6-3 y 7-6^(8-6) en 2 horas y 39 minutos en un partido de dos días.

Comienza la gira de cemento estadounidense con el ATP 500 de Washington donde recibe un Wild Card, perdió por poco ante Donald Young en la primera ronda por 4-6, 7-6,^(7-5) 6-7^(3-7). También recibió un Wild Card para disputar el Masters de Toronto, en primera ronda derrotó a Nick Kyrgios por 1-6, 7-5 y 7-5,^[9]​ en segunda ronda venció a Márton Fucsovics en otro partidazo por 1-6, 7-6^(7-2) y 7-6^(12-10) tras salvar cuatro bolas de partido, antes de caer en los octavos de final contra el eventual campeón y número 1 del mundo Rafael Nadal por un cerrado 7-5 y 7-6^(7-4).^[10]​ En el Masters de Cincinnati derrotó a Diego Schwartzman, Kei Nishikori y Márton Fucsovics antes de caer ante Roger Federer en los cuartos de final por 7-6,^(7-2) 6-7,^(6-8) y 2-6.^[11]​

Recibe nuevamente un Wild Card para el jugar el US Open, venció en la primera ronda al N°8 del mundo Grigor Dimitrov por 6-3, 6-2 y 7-5 en 2 horas y 24 minutos,^[12]​ después vence a Ugo Humbert por 7-6,^(7-5) 4-6, 6-3, 7-5 en la segunda ronda y luego perdió en la tercera ronda ante Milos Raonic por 7-6,^(8-6) 6-4 y 6-3. Obtuvo muy buenas actuaciones en Canadá, Cincinnati y el US Open, lo que le permitió volver a estar entre los 100 primeros por primera vez desde Roland Garros 2018. Por lo tanto, quedará situado en el lugar 88 una vez finalizado el US Open.^[13]​

Wawrinka recibió otro Wild Card para entrar de manera directa al Torneo de San Petersburgo donde vence a Aljaz Bedene, Karen Jachánov y Damir Džumhur antes caer ante Martin Klizan en tres sets en las semifinales.

Recibió una invitación en el Masters de Shanghái perdiendo en la primera ronda frente al finalista Borna Ćorić por 4-6, 6-4 y 6-3.^[14]​ Tras esto termina su temporada tras bajarse del ATP 500 de Basilea debido a una lesión en la espalda tras un entrenamiento con Roger Federer.^[15]​

A continuación se muestran los torneos que disputó Stan Wawrinka durante el 2018:

A continuación se muestra la relación de torneos en la rama de dobles durante el 2018:

Ordenado por el número de victorias.