El territorio que hoy comprende Honduras se mantuvo intacto desde su descubrimiento (1502) hasta marzo de 1524, cuando Gil González Dávila se convirtió en el primer español en arribar con propósitos de conquista. Este fundó la villa de San Gil de Buena Vista y se internó en territorio pacificando a los aborígenes y luchando contra los españoles que le disputaban el territorio.

Luego, Hernán Cortés, movido por los informes que había recibido sobre la gran riqueza del territorio —entonces conocido por los españoles como "Hibueras" o "Higueras"—, envió dos expediciones: una por tierra a cargo de Pedro de Alvarado y otra por mar a cargo de Cristóbal de Olid. Este último lo traicionó, por lo que Cortés salió de México, a la cabeza de una expedición que duró cerca de dos años y terminó en Trujillo. Cortés fundó la ciudad de Natividad de Nuestra Señora, cerca de Puerto Caballos.

• Hernando de Saavedra: (5 de abril de 1526-26 de octubre de 1526): nombrado por Hernán Cortés antes de regresar a México. Con instrucciones de darle buen trato a los indígenas.
• Diego López de Salcedo: (26 de octubre de 1526-3 de enero de 1530): nombrado por la Real Audiencia de Santo Domingo el 26 de octubre de 1526, como gobernador de Honduras, al asumir el cargo, expulsa hacia a México a Hernando de Saavedra (nombrado por Hernán Cortés). Actuó como segundo gobernador de Nicaragua con jurisdicción sobre la actual costa pacífica de Nicaragua, de facto e interino al imponerse ante los Cabildos de la Villa de Bruselas, Granada y León, sin ser autorizado por la Corona española, que solo lo reconoce como gobernador de Honduras hasta 1530. Envió a Gabriel de Rojas y Córdova a explorar y poblar el territorio de la "Mar Dulce", fundando Nueva Jaén, en el punto de origen del río "El Desaguadero", abandonada y refundada como San Carlos, en el siglo XVII. Tuvo serios enfrentamientos con Pedrarias, gobernador y capitán general de Castilla del Oro, quien quería conquistar el territorio, hasta que en 1528, fue expulsado por Pedrarias hacia Trujillo.
  • Francisco Cisneros (por depósito): Diego López de Salcedo lo dejó a cargo de Honduras para apoderarse del territorio de la gobernación de Nicaragua.

Periodo de conflictos (3 de enero de 1530 -1532)

• Andrés de Cereceda y Vasco Herrera: Cereceda fue nombrado por Salcedo como su sucesor, pero los colonos querían a Vasco Herrera; mediante un acuerdo, ambos gobernaron.
  • Andrés de Cereceda y Diego Méndez: Méndez asesinó a Vasco Herrera y exigió a Cereceda compartir la gobernación.
  • Andrés de Cereceda: 35 días después llegó el capitán Juan Ruano, quien se entrevistó con Cereceda y decidieron deshacerse de Diego Méndez, quien fue finalmente capturado y ejecutado.
• Diego de Alvítez (5 de noviembre de 1532-14 de noviembre de 1532): llegó a Honduras con una orden del Rey para no esclavizar a los indios, pero murió 9 días después.
• Andrés de Cereceda (14 de noviembre de 1532-21 de mayo de 1536): cometió actos de crueldad contra la población indígena. Trasladó la colonia al valle de Naco debido a una peste de viruela. Renunció a su cargo.
• Pedro de Alvarado (21 de mayo de 1536-julio de 1536): siendo gobernador de Guatemala, los colonos le solicitaron poner orden en el territorio. A su llegada fundó el poblado de Gracias a Dios y lo repartió entre los colonos. Fundó además San Pedro Sula (27 de junio de 1526) y partió a España para arreglar sus asuntos legales.

• Francisco de Montejo (1537-1539): nombrado por el Rey, tomó el mando de la provincia. Anuló la repartición de tierras hechas por Alvarado. Su capitán, Alonso de Cáceres, sofocó la revuelta india de 1537 y 1538 al mando del cacique Lempira. Fundó Nueva Valladolid de Comayagua. En 1539 tuvo serios desacuerdos con Alvarado sobre la región.

• Pedro de Alvarado (1539): Alvarado intercambió su territorio de Chiapas por el de Honduras, de modo que Montejo partió a Ciudad Real de Chiapa y Alvarado se convirtió en gobernador de Honduras. Le escribió al Rey exponiéndole la conveniencia de que la gobernación de Honduras se uniera a la de Guatemala, el cual accedió.

• Diego García de Celis (1539-1543).

• Francisco de Montejo y Álvarez (9 de abril de 1543-1544): Alcalde mayor de Comayagua.
• Álvaro de Paz (1545-1549): teniente de alcalde mayor.

• Juan Pérez de Cabrera (como segundo alcalde mayor de la provincia de Comayagua u Honduras): 1549-1555.
• Pedro de Salvatierra: 1555-1556.
• Juan Vázquez de Coronado (interino): 1556.
• Pedro de Salvatierra: 1557-1559.
• Juan Vázquez de Coronado (interino): 1560.
• Pedro de Salvatierra: 1561-1562.
• Juan Vázquez de Coronado (interino): 1563.

La Capitanía General de Guatemala —una entidad política autónoma del Virreinato de Nueva España— y la Real Audiencia de los Confines fueron suprimidas en 1565, según real cédula de 1563, pasando la jurisdicción de Honduras oriental, Nicaragua y la provincia de Nueva Cartago y Cosa Rica a depender en esos años de la Real Audiencia de Panamá y de la gobernación de Tierra Firme —que era una entidad autónoma dentro del Virreinato del Perú— y la de las provincias de Tabasco, de Yucatán y de Guatemala con Soconusco, San Salvador y la región occidental de Honduras, que incluía el territorio de la villa de Gracias a Dios hasta el río Ulúa y el golfo de Fonseca, a la Real Audiencia de México hasta 1570, año en que fueran aquellas restablecidas pero sin las provincias de Tabasco ni Yucatán, cumpliendo la real cédula de 1568.

La Intendencia de Comayagua fue creada por real cédula el 23 de diciembre de 1786 y se dividía en dos territorios: el de Santa María de la Nueva Valladolid de Comayagua y la de la Tegucigalpa.^[4]​

• Juan Nepomuceno de Quesada y Barnuero: 26 de junio de 1787-1789.
• Alejo García Conde: 7 de mayo de 1789-1796.
• Ramón de Anguiano y Ruiz:^{[n 1]}​ junio de 1796-1808.
• Antonio Norberto Serrano y Polo: 1804-1810, actuando en ausencia de Ramón de Anguiano.
• Carlos Castañón: 1810-1812.

• José María Píñol y Muñoz (enero de 1812-4 de febrero de 1812), actuando en ausencia de Carlos Castañón.
• Juan Francisco Marqués (4 de febrero de 1812-1 de marzo de 1812).
• Pedro Gutiérrez (1 de marzo de 1812-abril de 1812).
• Juan Antonio de Tornos (abril de 1812-1818).
• José Gregorio Tinoco de Contreras (1818-21 de septiembre de 1821): estando como jefe político, se proclamó la independencia de los Estados centroamericanos de España, en la ciudad de Guatemala, el 15 de septiembre de 1821.
• Juan Nepomuceno Fernández Lindo y Zelaya (21 de septiembre de 1821-28 de noviembre de 1821).

El 15 de septiembre de 1821 se declara la independencia de Centroamérica de la Corona española. Los Estados Centro Americanos se unen brevemente al Primer Imperio Mexicano de Agustín de Iturbide, hasta que se promulga la Declaración de Independencia absoluta de Centroamérica (1 de julio de 1823). Se forman así las Provincias Unidas de Centro América, que pasarían a ser la República Federal de Centro América (1824-1839), con Honduras como Estado miembro, gobernada por Jefes de Estado.

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