En los inicios de la dominación española, el actual territorio de Nicaragua estuvo dividido entre diversas jurisdicciones antes de formar una unidad administrativa aparte.

Inicialmente, la vertiente del Caribe perteneció a la Gobernación de Veragua, creada en 1508.

Posteriormente, la vertiente del Pacífico fue asignada a la provincia de Castilla del Oro, creada en 1513.

Nicaragua dependió sucesivamente de las Reales Audiencias de:

• Santo Domingo (1526-1538)
• Panamá (1538-1543)
• Los Confines (1543-1563)
• Panamá (1563-1568)
• Guatemala (1568-1821).

Durante el siglo XVI se segregaron del territorio de Nicaragua, algunas unidades territoriales, con el carácter de Corregimientos y Alcaldías Mayores, bajo la jurisdicción de la Real Audiencia de los Confines de Guatemala y Nicaragua, como la Alcaldía Mayor de Nicoya creada en 1554, entre otros corregimientos (El Realejo, Monimbó, Matagalpa, Chontales), que tuvieron existencias accidentadas y variables, al igual que sus relaciones con los Gobernadores, que residían en la ciudad de León Viejo.

En 1527, la Corona Española creó la Provincia de Nicaragua también llamada Gobernación de Nicaragua en los territorios de la vertiente del Pacífico (aún no incluía la vertiente caribeña, dado que entonces formaba parte de la llamada gobernación de Veragua), y se solicitó establecer si el territorio de la Villa de Bruselas (actualmente en Costa Rica), pertenecía a la provincia de Nicaragua (la nueva circunscripción), o si permanecía bajo la autoridad de Castilla del Oro. Una Real Cédula de 21 de abril de 1529 resolvió el conflicto a favor de la provincia de Nicaragua, cuando ya la Villa de Bruselas había dejado de existir.

En 1576, bajo la jurisdicción de la Real Audiencia de Guatemala, la Corona Española crea la efímera Provincia de Taguzgalpa en la vertiente del Caribe de las actuales Honduras y Nicaragua, cuya zona sureste había pertenecido a la llamada Gobernación de Veragua hasta 1536, y luego a la Provincia de Nueva Cartago y Costa Rica hasta 1573.^[1]​

Cerca de 1625, en el territorio de la anterior provincia de Taguzgalpa hasta entonces bajo la autoridad de la Audiencia de Guatemala, la población indígena inicia la formación del llamado reino misquito. El territorio empieza a denominarse Costa de Mosquitos, y llegan a establecer alianzas con súbditos ingleses.

En 1687, contra la autoridad de la Real Audiencia de Guatemala sobre la Costa de Mosquitos, Inglaterra reconoce al reino misquito.

En 1740, siempre en contra de la autoridad de la Audiencia de Guatemala sobre la Costa de Mosquitos, Gran Bretaña nombra un superintendente en el reino misquito.

En 1749, Gran Bretaña instala un protectorado "de facto" en la Costa de Mosquitos, que se establece sobre el reino misquito.

En 1783, las potencia europeas firman diferentes acuerdos, donde Gran Betaña reconocerá la soberanía de España sobre la Costa de Mosquitos, aunque continuará manteniendo su protectorado "de facto" sobre el reino misquito hasta el 28 de enero de 1860, cuando Gran Bretaña reconoce la soberanía de Nicaragua sobre este territorio.

En 1787, se suprimieron los Corregimientos y Alcaldías Mayores, cuyos territorios fueron agrupados a la Provincia de Nicaragua, incluyendo la alcaldía mayor de Nicoya, para formar la Intendencia de León, subdividida en una serie de unidades menores, los partidos de El Realejo, Granada, León, Nueva Segovia, (Rivas) y Nicoya.

En 1803, referente a la Costa de Mosquitos (antigua provincia de Taguzgalpa) y las islas de San Andrés y Providencia, el rey de España dispuso mediante la Real Cédula del 20 de noviembre de 1803, que pasen desde la Capitanía General de Guatemala al Virreinato de Nueva Granada, siendo gobernadas por la Provincia de Cartagena.

El Rey ha resuelto que las islas de San Andrés, y la parte de la Costa de Mosquitos desde el cabo de Gracias a Dios inclusive hacía el río Chagres [desde 1825 el Chagres formó parte de El Istmo y así actualmente de Panamá], queden segregadas de la Capitanía General de Guatemala, y dependientes del Virreinato de Santa Fe, y se ha servido S.M. conceder al governador de las expresadas Yslas Don Tomas O. Neille el sueldo de dos mil pesos fuertes anuales en lugar de los mil y doscientos que actualmente disfruta. Lo aviso a Vuestra Excelencia de Real Orden a fin de que por el ministerio de su cargo se expidan las que corresponden al cumplimiento de esta soberana resolucion. Dios guarde a Vuestra Excelencia muchos años, Sn Lorenzo 20 de noviembre de 1803.

Tres años después, mediante la Real Orden del 13 de noviembre de 1806, enviada al Capitán General de Guatemala, Antonio González Mollinedo y Saravia, el rey Carlos IV de España, dispuso lo siguiente:

"Ha resuelto Su Majestad, el Rey de España, que Vuestra Señoría, es quien debe entender en el conocimiento absoluto de todos los negocios, que ocurran en la colonia de Trujillo (Honduras) y demás puestos militares de la Costa de Mosquitos, concernientes á las cuatro causas referidas, justicia, policía, hacienda y guerra."

Entre 1812 y 1814, y entre 1820 y 1821, fueron unificadas la Intendencia de León y la Provincia de Costa Rica (que estaba bajo un gobierno militar dependiente de la Capitanía General de Guatemala, con las mismas facultades de una Intendencia pero con un rango menor, ya que en lo hacendario dependía de la Intendencia de León), para formar la Provincia de Nicaragua y Costa Rica, dependiente en lo político y hacendario, directamente de las autoridades de Madrid, con un Jefe político superior en lugar de un Gobernador, y sin depender de la Provincia de Guatemala, al haberse extinguido el Reino de Guatemala, puesto que solamente dependían de Guatemala, en lo judicial (bajo la Real Audiencia de Guatemala), y en lo militar (bajo la Capitanía General de Guatemala).

En 1814, al restablecerse el absolutismo, se volvieron a separar en la intendencia de León y en la provincia de Costa Rica, pero fueron nuevamente reunidas en 1820, en la Provincia de Nicaragua y Costa Rica, como consecuencia de haber entrado nuevamente en vigor la Constitución de Cádiz. La provincia de Nicaragua y Costa Rica se mantuvo como unidad hasta 1821, y estaba dividida en siete partidos: El Realejo, Granada, León, Nueva Segovia, (Rivas), Nicoya y Costa Rica.

(Gobernación de Veragua con jurisdicción sobre la actual costa caribeña de Nicaragua)

• 1508-1511 Diego de Nicuesa, gobernador
• 1511-1514 Vasco Núñez de Balboa, gobernador de facto
• 1534-1536 Felipe Gutiérrez y Toledo, gobernador

(Gobernación de Castilla del Oro con jurisdicción sobre la actual costa pacífica de Nicaragua)

• 1514-1526 Pedro Arias Dávila, gobernador
• 1522-1524 Gil González Dávila llega en 1522 con licencia real para explorar y descubrir en calidad de empresa estatal de poblamiento más allá de la Mar del Sur y empieza la conquista de Nicaragua, visitó con el contador Andrés de Cereceda, el dominio de Nicarao a orillas del lago Cocibolca (La Mar Dulce). Avanzó más al norte, pero enfrentó el ataque de Diriangén (17 de abril de 1523), que los obligó a retirarse hacia el golfo de Nicoya. En 1526 fue nombrado gobernador de Nicaragua por el Consejo de Indias, cargo que no llegó a asumir porque falleció el 21 de abril en su natal Ávila, España.
• 1523-1526 Francisco Hernández de Córdoba enviado en septiembre de 1523 con una orden de poblamiento del territorio explorado por Gil González Dávila y Andrés Niño, por Pedro Arias de Ávila, gobernador y capitán general de Castilla del Oro con jurisdicción de facto sobre la actual costa pacífica de Nicaragua, fundó Granada (21 de abril de 1524) y León (15 de junio de 1524). Ese mismo año, ordenó a Ruy Díaz, la fundación de la Villa de Bruselas en Orotina, al este del golfo de Nicoya. En 1526 asume como primer gobernador, "de facto", siendo enjuiciado y decapitado por Pedrarias en junio de 1526.
• 1526-1529 Pedro de los Ríos y Gutiérrez de Aguayo, gobernador nombrado por el Consejo de Indias el 14 de mayo de 1526, tomó posesión en julio del mismo año en León reconocido por los cabildos de la Villa de Bruselas, Granada y León

• 1527-1528 Diego López de Salcedo y Rodríguez, nombrado por la Real Audiencia de Santo Domingo el 26 de octubre de 1526, como gobernador de Honduras, al asumir el cargo, expulsa hacia a México a Hernando de Saavedra (nombrado por Hernán Cortés). Segundo gobernador de Nicaragua con jurisdicción sobre la actual costa pacífica de Nicaragua, de facto e interino al imponerse ante los Cabildos de la Villa de Bruselas, Granada y León, sin ser autorizado por la Corona española, que solo lo reconoce como gobernador de Honduras hasta 1530. Envió a Gabriel de Rojas y Córdova a explorar y poblar el territorio de la "Mar Dulce", fundando Nueva Jaén, en el punto de origen del río "El Desaguadero", abandonada y refundada como San Carlos, en el siglo XVII. En 1528, fue expulsado por Pedro Arias de Ávila hacia Trujillo.
• 1528-1531 Pedro Arias Dávila, designado de iure el 16 de mayo de 1527, por Real Cédula, como gobernador de la Provincia de Nicaragua comprendida por la costa del océano Pacífico, entre el Golfo de Fonseca y la Península de Nicoya, así como la región central del actual territorio nicaragüense y el territorio del río El Desaguadero (no incluía la costa Caribe de la actual Nicaragua). Asumió oficialmente en 1528 con jurisdicción sobre la actual costa pacífica de Nicaragua. Primer gobernador nombrado por la Corona Española, siendo una gobernación regida por la Real Audiencia de Santo Domingo.
• 1531-1535 Francisco de Castañeda, cuarto gobernador, interino por los cabildos.
• 1535 Diego Álvarez de Osorio, quinto gobernador, interino por los cabildos.
• 1536-1542 Rodrigo de Contreras y de la Hoz, sexto gobernador, último gobernador regido por la Real Audiencia de Santo Domingo hasta 1540, que pasa a ser una provincia regida por la Real Audiencia de Panamá.

• 1542-1544 Rodrigo de Contreras y de la Hoz, primer gobernador provincial (desde 1540, la gobernación de Nicaragua es regida por la Real Audiencia de Panamá hasta 1542, año que esta fue suprimida, pasando a ser regida por la Real Audiencia de los Confines de Guatemala y Nicaragua, formando parte de la Capitanía General de Guatemala desde 1542).
• 1544 Diego de Herrera, segundo gobernador provincial interino, delegado por la Real Audiencia de los Confines de Guatemala y Nicaragua.
• 1545-1548 Alonso de Maldonado, tercer gobernador provincial interino y presidente de la Real Audiencia de los Confines de Guatemala y Nicaragua.
• 1548-1552 Alonso López de Cerrato, cuarto gobernador provincial interino y presidente de la Real Audiencia de los Confines de Guatemala y Nicaragua.

(por supresión de la provincia por parte de la Real Audiencia de Guatemala)

• 1552-1553 Alonso Ortiz de Argueta
• 1553 Nicolás López de Zárraga
• 1553-1555 Juan de Cavallón y Arboleda
• 1555 Juan Márquez
• 1555-1556 Álvaro de Paz
• 1556-1557 Nicolás López de Zárraga
• 1558 Andrés López Moraga
• 1558-1560 Francisco de Mendoza
• 1560-1561 Juan de Cavallón y Arboleda
• 1561-1564 Juan Vázquez de Coronado
• 1564-1567 Bernardo Bermejo

(Restablecimiento provincial)

• 1565 Juan Vázquez de Coronado, gobernador nominal por no tomar posesión al haber muerto
• 1567-1575 Alonso de Casaos, quinto gobernador provincial
• 1575-1576 Francisco del Valle Marroquín, gobernador interino
• 1576-1583 Diego de Artieda Chirino y Uclés, gobernador
• 1583-1589 Hernando Casco, gobernador
• 1589-1592 Carlos de Arellano, gobernador interino
• 1592-1593 Bartolomé de Lences, gobernador interino
• 1593-1603 Bernardino de Obando, gobernador
• 1603-1622 Alonso Lara de Córdoba, gobernador
• 1622 Cristóbal de Villagrán, gobernador interino
• 1622-1623 Alonso Lazo, gobernador
• 1623-1625 Santiago Figueroa, gobernador
• 1625-1627 Lázaro de Arbizúa, gobernador
• 1627-1630 Juan de Agüero, gobernador
• 1630-1634 Francisco de Azagra y Vargas, gobernador
• 1634-1641 Pedro de Velasco, gobernador
• 1641-1653 Juan de Bracamonte, gobernador
• 1653-1659 Juan de Chaves y Mendoza, gobernador
• 1659-1661 José Portal de Artavia, gobernador interino
• 1661-1665 Diego de Castro, gobernador
• 1665-1669 Juan Fernández de Salinas y de la Cerda, gobernador
• 1669-1675 Antonio de Temiño y Dávila, gobernador
• 1675-1681 Pablo de Loyola, gobernador
• 1681-1682 Antonio Coello de Portugal, gobernador
• 1682-1692 Pedro Álvarez Castrillón, gobernador
• 1692-1696 Gabriel R. Bravo de Hoyos, gobernador
• 1696-1705 Luis de Colmenares, gobernador
• 1705-1706 Miguel de Camargo, gobernador
• 1706-1720 José Calvo de Lara, gobernador
• 1720-1722 Sebastián de Arancibia, gobernador
• 1722-1727 Antonio de Poveda, gobernador; asesinado
• 1727-1728 Pedro Martínez de Uparrio, gobernador interino
• 1728-1730 Tomás Duque de Estrada , gobernador
• 1730-1739 Bartolomé González Fitoria, gobernador
• 1739-1740 Antonio de Ortiz, gobernador
• 1740-1745 José Antonio Lacayo de Briones y Palacios, gobernador
• 1745 Francisco Antoniode Cáceres y Molinedo, gobernador
• 1745 Juan de Vera, gobernador
• 1745-1746 José Antonio Lacayo de Briones y Palacios, gobernador interino
• 1746-1752 Alonso Fernández de Heredia, gobernador
• 1759-1761 Pantaleón Ibáñez, gobernador
• 1761-1766 Melchor Vidal de Lorca y Villena, gobernador interino
• 1766-1776 Domingo Cabello y Robles, gobernador
• 1776-1779 Manuel de Quiroga, gobernador
• 1779-1783 José de Estachería, gobernador
• 1783-1787 Juan de Ayssa, gobernador
• 1811 Nicolas Buitrago Sandoval, Defensor de la real Haciendo 1801, Gobernador Intendente de la provincia de Nicaragua 1811, presidente del tribunal de justicia, y unos de los fundadores de la Universidad de Leon

• 1787-1793 Juan de Ayssa, Intendente
• 1794-1811 José Salvador y Antoli, Intendente
• 1811-1814 Nicolás García Jerez, Intendente

• 1812-1814 Juan Bautista Gual y Curvelo, Jefe Político Superior

• 1814-1816 Juan Bautista Gual y Curvelo, Intendente
• 1816-1818 Manuel de Beltranena, Intendente
• 1818-1820 Miguel González Saravia y Colarte, Intendente

• 1820-1821 Miguel González Saravia y Colarte, Jefe Político Superior

(provincia creada por la Real Audiencia de Panamá en 1539, con jurisdicción sobre la actual costa caribeña de Nicaragua; decisión desautorizada por la Corona española en 1540)^[2]​

• 1540-1541 Hernán Sánchez de Badajoz, gobernador

(provincia creada por la Corona española en 1540, con jurisdicción sobre la actual costa caribeña de Nicaragua hasta 1573;^[3]​ denominada Costa Rica a partir de 1565)

• 1543-1544 Diego Gutiérrez y Toledo, gobernador
• 1561-1562 Juan de Cavallón y Arboleda, alcalde mayor
• 1562 Juan de Estrada Rávago y Añez, teniente de gobernador
• 1562-1565 Juan Vázquez de Coronado, alcalde mayor
• 1566-1568 Pedro Venegas de los Ríos, alcalde mayor
• 1568-1573 Pero Afán de Ribera y Gómez, gobernador
• 1573-1574 Juan Solano y Díaz de Tapia, teniente de gobernador

(provincia creada por la Corona española en 1576, con jurisdicción sobre la actual costa caribeña de Nicaragua)^[4]​

• 1576 Diego López, gobernador

(reino creado por indígenas misquitos cerca de 1625, con jurisdicción sobre la actual costa caribeña de Nicaragua; no reconocido por la Corona española, aunque reconocido por la Corona inglesa en 1687; posteriormente fue protectorado británico "de facto" entre 1749 y 1860)^[5]​

• 1625–1687 — Oldman
• 1687–1718 — Jeremy I, Rey de la Nación Misquita
• 1718–1729 — S.M. Jeremy II, Rey de la Nación Misquita
• 1729–1739 — S.M. Peter I, Rey de la Nación Misquita
• 1739–1755 — S.M. Edward I, Rey de la Nación Misquita
• 1755–1776 — S.M. George I, Rey de la Nación Misquita
• 1776–1801 — Rey George II Frederic, Rey de la Nación Misquita
• 1801–1824 — S.M. George Frederic Augustus I, Rey de la Nación Misquita
• 1824–1842 — S.M. Robert Charles Frederic, Rey de la Nación Misquita
• 1842–1865 — S.M. George Augustus Frederic II, Rey de la Nación Misquita

• Cronología histórica de Nicaragua