Santos FC se clasificó para este torneo al consagrarse campeón del Campeonato Brasileño de 2002, obteniendo así su séptimo título nacional. Su participación en 2003 fue la 6.ª en la historia del club en la Copa, marcando el regreso luego de 19 años.

En la fase de grupos, Santos se destacó en el Grupo 3, acumulando 14 puntos en 6 partidos, con 4 victorias, 2 empates y ninguna derrota. Sus victorias fueron sobre 12 de Octubre (3-1 como local y 1-4 en Paraguay) y América de Cali (1-5 en Colombia y 3-0 como local), además de dos empates con El Nacional. Esto le permitió liderar su grupo con una diferencia de goles de +12.

En los octavos de final, Santos se enfrentó a Nacional. Tras un empate 4-4 en el primer partido y otro empate 2-2 en la vuelta, el equipo brasileño avanzó gracias a su victoria en la tanda de penales (3-2), dejando atrás a los uruguayos. En los cuartos de final, Santos se encontró con Cruz Azul. Después de un empate 2-2 en la ida, Santos logró una victoria 1-0 en la vuelta, avanzando a semifinales con un global de 3-2.

Las semifinales fueron igualmente reñidas, con Santos enfrentando a Independiente Medellín. Después de una victoria 1-0 en el primer partido y una victoria 2-3 en la vuelta jugada en Colombia, el conjunto brasileño avanzó a la final con un global de 4-2, superando a su rival.

El segundo finalista fue Boca Juniors, el xeneize se clasificó para este torneo al obtener al ubicarse como el mejor equipo no campeón ubicado en la tabla de posiciones del Campeonato de Primera División 2001-02 del fútbol argentino. Esta participación marcó la 17.ª vez que Boca Juniors disputaba la Copa Libertadores.

Boca fue parte del Grupo 7, donde acumuló 11 puntos en 6 partidos, con 3 victorias, 2 empates y 1 derrota que lo posicionó como segundo clasificado. Tuvo un rendimiento irregular que inició con tres victorias consecutivas ante Independiente Medellín, Colo-Colo y Barcelona pero que finalizó con tres partidos sin ganar que incluyeron dos empates y una derrota.

En los octavos de final, Boca enfrentó a Paysandú SC. A pesar de una derrota 0-1 en el primer partido como local, Boca logró revertir la serie en Brasil con una victoria 2-4 en la vuelta, avanzando con un global de 4-3. En los cuartos de final, Boca se enfrentó a Cobreloa. Consiguió una doble victoria por 2-1 tanto en Chile como en Argentina por lo que avanzó a la semifinal con un global de 4-2.

Finalmente, en las semifinales, Boca se midió con América de Cali. Con una clara victoria 2-0 en la ida, y un empate 0-4 en la vuelta, el conjunto argentino selló su pase a la final con un global de 6-0, demostrando su superioridad en la serie.

• Copa Libertadores 2003
• Copa Intercontinental 2003
• Recopa Sudamericana 2004

• Página web oficial de Conmebol.
• Web de la Copa Libertadores por Bridgestone.
• Página web oficial de Pasión Fútbol.