• La final se define por diferencia de goles en partidos de ida y vuelta. El equipo con más goles es campeón.
• Si hay empate en diferencia de goles tras los 180 minutos, la final se define por tiros penales.

El primer finalista, Palmeiras^[2]​, clasificó a la Copa Libertadores 1999 al consagrarse campeón de la Copa do Brasil 1998. En la final, disputada en dos partidos contra Cruzeiro, el equipo paulista perdió 1-0 en el primer encuentro en el Mineirao. Sin embargo, en el partido de vuelta en el Morumbi, Palmeiras ganó 2-0 con goles de Paulo Nunes y Oséas, logrando así su primer título en la Copa do Brasil. Este triunfo le otorgó el derecho a participar por 9.ª ocasión en el torneo continental.

El Verdão comenzó su participación en la fase de grupos con un rendimiento destacado, aunque no sin dificultades. Terminó en el segundo lugar del Grupo 3 con 10 puntos, resultado de 3 victorias, 1 empate y 2 derrotas. En su primer partido, venció 1-0 a Corinthians y luego logró una gran victoria por 5-2 ante Cerro Porteño en Paraguay. Sin embargo, también sufrió sendas derrotas contra Olimpia en Paraguay y contra Corinthians como visitante. El Verdão cerró su participación con una victoria frente a Cerro Porteño como local. Fue en uno de esos partidos, precisamente contra Corinthians, donde el arquero suplente Marcos asumió la titularidad tras la lesión de Velloso, puesto que mantendría hasta el final del torneo.

En los octavos de final, Palmeiras se enfrentó a Vasco da Gama, vigente campeón de la Copa. El primer encuentro terminó en empate 1-1, pero en la vuelta, Palmeiras logró una victoria por 4-2 en Rio de Janeiro, lo que dejó la serie a favor del Verdão con un global de 5-3.

En la siguiente instancia, el rival fue Corinthians, que venía de eliminar a Jorge Wilstermann. Ambos encuentros se jugaron en el Estadio Morumbi. Palmeiras tomó ventaja en la ida con un 2-0, en un partido donde el gran protagonista fue Marcos, quien mantuvo su arco invicto con varias intervenciones decisivas. En la vuelta, Corinthians igualó la serie con un 2-0, llevando la definición a los penales. Fue allí donde nuevamente brilló Marcos, atajando un disparo de Vampeta y asegurando la clasificación del equipo a semifinales.

En la antesala de la final, Palmeiras se encontró con River Plate. En el partido de ida, disputado en el Monumental de Núñez, el equipo brasileño cayó 1-0 en un encuentro donde sufrió constantes ataques de un River con figuras como Juan Pablo Sorín, Marcelo Gallardo, Javier Saviola y Juan Pablo Ángel. Sin embargo, otra noche espectacular de Marcos evitó una derrota más abultada. En la vuelta, en el Palestra Itália, Palmeiras logró revertir el resultado con una victoria contundente por 3-0, con una actuación destacada de Alex. Así, el equipo avanzó a la tercera final de Libertadores en su historia, 31 años después de su última presencia en la definición del torneo.

Por otro lado, el Deportivo Cali^[3]​ clasificó a la Copa Libertadores 1999 al consagrarse campeón del Campeonato Colombiano 1998, logrando su séptimo título nacional. En la final, disputada en una serie de dos partidos contra el Once Caldas, asegurando el título con un marcador global de 4-0.

En la Primera Fase logró clasificar con 9 puntos, igualado en puntos con Vélez Sarsfield, líder del Grupo 2. A lo largo de la fase de grupos, obtuvo 3 victorias y 3 derrotas. Ganó los tres juegos como local ante Once Caldas, Vélez y River Plate por 1-0, pero cayó en todos los juegos como visitante.

En octavos de final, Deportivo Cali se enfrentó a Colo-Colo. Después de una victoria por 2-0 en el primer partido y una derrota por 1-0 en el segundo encuentro, logró avanzar con un global de 2-1, mostrando solidez defensiva y eficacia en ataque. En los cuartos de final, el rival fue Bella Vista de Uruguay. Deportivo Cali ganó 2-1 en el primer partido y empató 1-1 en el segundo, asegurando su lugar en las semifinales con un global de 3-2.

Las semifinales fueron decisivas para el equipo colombiano, que se enfrentó a Cerro Porteño. En la ida, Deportivo Cali logró una victoria contundente por 4-0 como local, y aunque perdió 3-2 en la vuelta, su global de 6-3 le permitió asegurar el pase a la final tras 21 años.

1. ↑ «Copa Libertadores 1999». www.rsssf.org. Consultado el 3 de febrero de 2025. 
2. ↑ «Como foi a campanha do Palmeiras na Copa Libertadores de 1999? Artilheiros, elenco e mais | Goal.com Brasil». www.goal.com (en portugués de Brasil). 16 de junio de 2021. Consultado el 11 de junio de 2025. 
3. ↑ Balonazos (7 de enero de 2021). «Rafael Dudamel: Primer venezolano en jugar una final de Copa Libertadores». Balonazos. Consultado el 11 de junio de 2025.