• Nintendo Entertainment Planning and Development — Es la mayor división dentro de Nintendo, fue creada el 16 de septiembre de 2015, tras la fusión de Nintendo EAD y Nintendo SPD.
• 1-UP Studio, Inc., anteriormente llamada Brownie Brown, — Creado con miembros de la antigua Squaresoft. Creadores de Magical Starsign y Sword of Mana.
• iQue — es una empresa con sede en China ubicada en Suzhou. Fue fundada como una empresa conjunta entre Wei Yen y Nintendo en 2002.
• Monolith Soft — es un estudio de desarrollo de software con sede en Tokio y Kioto, Japón. Este estudio era propiedad de Namco Bandai, hasta 2007, cuando Namco-Bandai transfirió el 80% de su participación del 96% de Nintendo.
• Nintendo Software Technology — Es una empresa estadounidense que desarrolla videojuegos, actualmente este estudio se ha dedicado a desarrollar ports de los juegos de WiiU para la Nintendo Switch.
• Nintendo Licensing Division — Produce (y licencia) juegos first-party creados por desarrolladores independientes.
• Retro Studios — Equipo con sede en Austin, Estados Unidos. Son los creadores de la saga Metroid Prime para Nintendo Gamecube.
• NDcube — Creadores de F-Zero: Maximum Velocity, Wii Party y Mario Party 9.
• Next Level Games — Son los desarrolladores de la serie Luigi's Mansion, la serie Super Mario Strikers, Punch-Out!!, entre otros

Aunque la mayor parte de la investigación y el desarrollo está haciendo en Japón, hay algunos I + D en los EE. UU. y Europa, que se centran en el desarrollo de tecnologías de software y hardware utilizados en los productos de Nintendo. Aunque todos ellos son divisiones de Nintendo (y por lo tanto 'first-party' o "primera-parte"), a menudo se denominan recursos externos cuando la participación en los procesos de desarrollo conjunto con los desarrolladores de Nintendo 'internos' de los japoneses involucrados. Esto se puede ver en una variedad de "Iwata pregunta ..." entrevistas.

• Nintendo TD, Redmond, Washington, Estados Unidos América.
• Nintendo STC, ha desarrollado juegos y tecnología de software, responsable de Metroid Prime: Hunters o Wave Race: Blue Storm, entre otros.
• NERD, en el momento centrado en la tecnología de vídeo, con sede en Francia.

• Nintendo Research & Development 1 — Fue el más importante de los grupos de desarrollo de Nintendo en los primeros años de desarrollo de software. Fueron los creadores de juegos como Metroid, Kid Icarus, y Super Mario Land.
• Nintendo Research & Development 2 - Conocido por el desarrollo de la pistola Nintendo Zapper y el Super Scope.
• Nintendo Entertainment Analysis and Development (Originalmente "Nintendo Research & Development 4") — Fue equipo de desarrollo interno más grande de Nintendo. Estaba dirigido por Shigeru Miyamoto. Son los responsables de las grandes sagas de Nintendo: Mario, Zelda, F-Zero...
• Nintendo Software Planning and Development
• Nintendo Integrated Research & Development (Originalmente "Nintendo Research & Development 3") — En la década de los 80 creaba juegos arcade. Con el paso de los años pasó a desarrollar hardware, estaba dirigido por Genyo Takeda, desarrollaban las consolas de la compañía, desapareció en septiembre de 2015, tras la reestructuración de la compañía, para formar Nintendo Platform Technology Development.

Las siguientes compañías tienen contratos firmados con Nintendo para desarrollar juegos en exclusiva para sus sistemas.

• Ambrella - Desarrolladores de Hey You, Pikachu!, Pokémon Channel, y Pokémon Dash, adquirido por Creatures Inc.
• Creatures, Inc. - Colabora con Game Freak y Nintendo en la creación de los juegos Pokémon. También crearon la Game Boy Camera y la saga Mother/Earthbound.
• Camelot Software Planning - Desarrolladores de las sagas Mario Golf, Mario Tennis y Golden Sun.
• Fuse Games — Compañía británica de juegos de Pinball creadores de Mario Pinball Land y Metroid Prime Pinball.
• Game Freak — Desarrolladores de la saga Pokémon y Drill Dozer.
• Genius Sonority — Responsable de Pokémon Colosseum y Pokémon XD.
• HAL Laboratory — La desarrolladora más íntimamente relacionada con Nintendo y la más antigua y conocida. Responsables de la saga Kirby y Super Smash Bros.. Satoru Iwata fue presidente de la misma antes de haber sido dirigente de Nintendo.
• Intelligent Systems — Fundada en 1986 con miembros del equipo Nintendo Research & Development 1. Son los responsables de sagas como Metroid, Fire Emblem o Paper Mario.
• N-Space — El Primero Desarrollador de Geist.
• Nexon Corporation - Desarrolladora de juegos multijugador masivos en línea.
• Noise - Desarrolladores de la saga Custom Robo.
• skip Ltd. - Desarrolladores de la saga Chibi-Robo.
• Sora Ltd. - Sus trabajos actuales son: Super Smash Bros. Brawl, *Kid Icarus Uprising, Super Smash Bros. WiiU/3DS y Super Smash Bros Ultimate

• Clever Trick - Desarrollaban Echo Delta para N64, proyecto que nunca vio la luz.
• Param - Desarrolladores de Doshin the Giant.
• Saru Brunei - Cubivore fue su único título desarrollado.
• AlphaDream — Desarrolladores de la serie Mario & Luigi.

• Factor 5 - Desarrollaron la saga Star Wars: Rogue Squadron. Hoy están al servicio de Sony.
• Rare — Su 49% perteneció a Nintendo hasta que fue totalmente vendida a Microsoft. Fueron los creadores de la saga Donkey Kong Country, GoldenEye 007, Banjo-Kazooie, Battletoads, Perfect Dark, Jet Force Gemini, Conker's Bad Fur Day, y Killer Instinct. Sin embargo, sacaban juegos para portátiles de Nintendo, por ejemplo Sabrewulf o Banjo-Pilot para Game Boy Advance. Para la Nintendo DS desarrollaron un juego de Viva Piñata y un remake de Diddy Kong Racing ambos publicados por THQ.
• Silicon Knights - Crearon Eternal Darkness y junto a Konami lanzaron Metal Gear Solid: Twin Snakes.

• Fall Line - Fundada por Disney para crear juegos exclusivos para los sistemas Nintendo.
• Jet Black Games - Creado por antiguos trabajadores de EA Canada. Han anunciado que desarrollarán juegos en exclusiva para los sistemas Nintendo.
• Jupiter — Desarrolladora de Spectrobes, la serie Pokémon Pinball y Kingdom Hearts: Chain of Memories, entre otros.
• Kuju Entertainment London - Desarrolladora de la serie Battalion Wars; el estudio de Londres se dedica en exclusiva a Nintendo.
• Nibris - Está desarrollando en exclusiva para Wii y Nintendo DS juegos como Sadness y Raid over the River.
• TOSE — Responsable de la saga Starfy (inédita fuera de Japón).
• Seta - Desarrolladora desde tiempos de la NES que solo ha creado juegos para sistemas Nintendo, aunque la mayoría de ellos desconocidos o limitados a Japón.
• Shin'en - Desarrolladores de la saga Fast Racing exclusiva de Nintendo
• WayForward Technologies — Desarrolla juegos basados en licencias conocidas para Game Boy y Nintendo DS.

• Artoon — Creadores de Yoshi's Island DS y Flingsmash
• Atlus — Responsable de la serie Trauma Center.
• Grasshopper Manufacture — Con Goichi Suda a la cabeza, son los responsables de Killer 7 y No More Heroes, además de Contact para Nintendo DS.
• Hudson Soft — Desarrolladora de la serie Mario Party.
• iNiS - Creadores de Osu! Tatakae! Ouendan y Elite Beat Agents.
• Midway Games — Colaboró con Nintendo en las versiones arcade de Killer Instinct y Cruis'n USA.
• Mitchell Corporation - Desarrolladores de Polarium y Magnética.
• Namco Bandai — Junto a Nintendo han desarrollado juegos como Star Fox: Assault, Mario Superstar Baseball, y la serie Donkey Konga. Nintendo tiene acciones en esta empresa.
• Paon -Responsables de juegos de la franquicia Donkey Kong, como , Donkey Kong Bongo Blast y DK Jungle Climber.
• Sega — La antigua rival creó F-Zero GX/AX. También las sagas Sonic y Super Monkey Ball. En Wii lanzan juegos de sus antiguos sistemas (Master System y Mega Drive) para la Consola Virtual, además de crear juegos como NiGHTS: Journey of Dreams y Mario & Sonic en los Juegos Olímpicos.
• Treasure Co. Ltd — Formado por exmiembros de Konami. Trabajaron junto a Nintendo en Wario World y Mischief Makers.
• Ubisoft- Son los desarrolladores y distribuidores de videojuegos que tienen una estrecha relación con Nintendo, creando juegos exclusivos para la consola Wii U y Nintendo 3DS, como: ZombiU, Tom Clancy's Ghost Recon Online y Raymand Legends. Nintendo y Ubisoft recientemente se han fusionado creativamente para la creación de títulos con personajes exclusivos de Nintendo y Ubisoft , Mario + Rabbids: Kingdom Battle es el primer título como resultado de la fusión.
• Vicarious Visions — A veces desarrollan las versiones Nintendo de las licencias de películas adquiridas por Activision (Spiderman 3: The Game).

• Flagship — Nintendo, Capcom y Sega fundaron este estudio que cerró sus puertas en junio de 2007. Desarrollaron The Legend of Zelda: Oracle of Ages, The Legend of Zelda: Oracle of Seasons, The Legend of Zelda: The Minish Cap, y Kirby and the Amazing Mirror.