Intelligent Systems se forma con miembros salido del Nintendo R&D1 para crear su propia desarrolladora. Desde sus inicios, mantienen una estrecha relación con Nintendo, y más concretamente con Gunpei Yokoi, director del R&D1, con el que trabajan codo con codo en muchos de sus juegos, haciendo difícil saber qué juegos han sido desarrollados por Intelligent Systems y cuales por el R&D1.

A lo largo de los años, esta desarrolladora ha creado grandes franquicias para la marca Nintendo como son Metroid, Fire Emblem, Paper Mario, WarioWare o Advance Wars.

Pero no solo crea videojuegos, sino que además a lo largo de estos años ha creado diferentes herramientas para la programación en todas las consolas Nintendo, además de productos como Super Game Boy o Game Boy Player.

1983

• Mario Bros (NES)^[1]​

1984

• Tennis (NES)^[1]​
• Wild Gunman (NES)^[1]​
• Duck Hunt (NES)^[1]​
• Hogan's Alley (NES)^[1]​
• Donkey Kong 3 (NES)^[1]​
• Devil World (NES)^[1]​

1985

• Soccer (NES)^[1]​
• Wrecking Crew (NES)^[1]​
• Stack-Up (NES)^[1]​
• Gyromite (NES)^[1]​

1986

• Metroid (NES)^[1]​

1988

• Famicom Wars (NES)^[1]​

1989

• Alleyway (GB)
• Baseball (GB)
• Yakuman (GB)
• Golf (GB)

1990

• Fire Emblem: Ankoku Ryū to Hikari no Tsurugi (NES)

1991

• Game Boy Wars (GB)
• Metroid II: Return of Samus (GB)

1992

• Fire Emblem Gaiden (NES)
• Kaeru no Tame ni Kane wa Naru (GB)
• Battle Clash (SNES)

1993

• Metal Combat: Falcon's Revenge (SNES)

1994

• Fire Emblem: Monshō no Nazo (SNES)
• Super Metroid (SNES)

1995

• Galactic Pinball (VB)
• Panel de Pon (SNES)

1996

• Fire Emblem: Seisen no Keifu (SNES)
• Tetris Attack (SNES, GB)

1997

• Game & Watch Gallery 2 (GB)

1998

• Super Famicom Wars (SNES)

2000

• Pokémon Puzzle League (N64)
• Pokémon Puzzle Challenge (GBC)
• Paper Mario (N64)
• Trade & Battle: Card Hero (GBC)
• Fire Emblem: Thracia 776 (SNES)

2001

• Advance Wars (GBA)
• Mario Kart: Super Circuit (GBA)
• Napoleon (GBA)

2002

• Fire Emblem: Fūin no Tsurugi (GBA)
• Metroid Fusion (GBA)

2003

• Advance Wars 2: Black Hole Rising (GBA)
• WarioWare, Inc.: Minigame Mania (GBA)
• Wario Ware, Inc.: Mega Party Game$ (NGC)
• Fire Emblem (GBA)

2004

• Game Boy Wars Advance 1+2 (GBA)
• Paper Mario: The Thousand-Year Door (NGC)
• WarioWare: Touched! (NDS)
• Fire Emblem: The Sacred Stones (GBA)
• WarioWare: Twisted! (GBA)

2005

• Advance Wars: Dual Strike (NDS)
• Dr. Mario & Puzzle League (GBA)
• Fire Emblem: Path of Radiance (NGC)

2006

• Kanji Sonomama: DS Rakuhiki Jiten (NDS)
• WarioWare: Smooth Moves (Wii)

2007

• Fire Emblem: Radiant Dawn (Wii)
• Planet Puzzle League (NDS)
• Super Paper Mario (Wii)

2008

• Advance Wars: Days of Ruin (NDS)
• Fire Emblem: Shadow Dragon (NDS)
• WarioWare: Snapped! (NDS)

2009

• WarioWare: D.I.Y. (NDS)

2010

• Fire Emblem: Shin Monshō no Nazo ~Hikari to Kage no Eiyū~ (NDS)

2011

• Pullblox (N3DS)

2012

• Paper Mario: Sticker Star (N3DS)
• Fire Emblem: Awakening (N3DS)
• Fallblox (N3DS)

2013

• Game & Wario (Wii U)

2014

• Pullblox World (Wii U)

2015

• Code Name: S.T.E.A.M. (N3DS)
• Fullblox (ND3DS)
• Tokyo Mirage Sessions #FE (Wii U)
• Fire Emblem Fates (N3DS)

2016

• Paper Marioː Color Splash (Wii U)

2017

• Fire Emblem Heroes (iOS y Android)
• Fire Emblem Echoes: Shadows of Valentia (N3DS)

2018

• WarioWare Gold (N3DS)

2019

• Fire Emblem: Three Houses (Nintendo Switch)

2020

• Paper Mario: The Origami King (Nintendo Switch)

2021

• WarioWare: Get It Together (Nintendo Switch)

2023

• Fire Emblem: Engage (Nintendo Switch)

2024

• Paper Mario: The Thousand-Year Door (Nintendo Switch)

• Página oficial de Intelligent Systems (en japonés)

1. ↑ ^{a b c d e f g h i j k l m} Co-desarrollado por Nintendo R&D1.