La persona nombrada Corregidor de Guayaquil hasta mediados del siglo XVII aparece su nombramiento ligado a la tradicional vinculación histórica con la ciudad de San Gregorio de Puerto Viejo, incluyéndose textualmente esto en las provisiones originales que se refieren al título como Corregidor de Guayaquil y Puerto Viejo. Aunque en la realidad administrativa los corregidores nunca gobernaron físicamente la dirigencia político-judicial de la ciudad de Puerto Viejo sino que esto quedaba en la manera simbólica de uso, puesto que estos tenían sus representantes oficiales ante el cabildo de la referida ciudad que fueron denominados Teniente de Corregidor o Lugarteniente del Corregidor y Puerto Viejo era reconocido con la categoría de Tenencia o Tenientazgo. Guayaquil y Puerto Viejo en primera instancia desde sus respectivas fundaciones fueron Tenencias que estuvieron supeditadas a la autoridad de la Gobernación de Nueva Castilla.

• Mariscal don Diego de Almagro Lugarteniente de Capitán General, Fundador de Santiago de Quito el 15 de agosto de 1534.
• Don Diego de Daza, Teniente de Corregidor de Santiago de Quito (1534-1535) durante las estancias inestables de la ciudad entre la laguna de Colta y las llanuras de Riobamba hasta el Estero de Dimas.
• Capitán Hernando de Zaera (1536), Teniente de Corregidor de Santiago de Guayaquil en Chaday a orillas del Río Yaguachi.
• Capitán Francisco de Orellana, Teniente de Corregidor de Santiago de La Culata (1537) durante la estancia de esa ciudad entre la desembocadura del Río Babahoyo y el Río Daule.
• Capitán don Diego de Urbina, Teniente de Corregidor de Santiago de Guayaquil durante la estancia de la ciudad a orillas del margen izquierdo del Río Daule (1538-1542), nombrado por el virrey Blasco Núñez Vela.
• Capitán Rodrigo de Vargas y Guzmán, Teniente de Corregidor y Justicia Mayor (1543).
• Capitán Manuel de Estacio, Teniente de Corregidor en la ubicación definitiva del Cerro Santa Ana o Cerrito Verde (1547-1550), nombrado por Gonzalo Pizarro.
• Don Cristóbal de Villalta, Teniente de Corregidor (1551).

El Corregidor por orden del Rey tendría un sueldo de mil pesos ensayados.

• Don Jorge de Alvarado, Corregidor y Justicia Mayor de Santiago de Guayaquil (1552-1557), con nombramiento del rey Carlos I.
• Don Jerónimo Ramírez Rico, Corregidor y Justicia Mayor de Santiago de Guayaquil (1558-1562), nombramiento del Gobernador de Quito y Capitán General Don Gil Ramírez Dávalos.
• Licencidado Salazar de Villasante Oidor de la Real Audiencia de Quito, Corregidor y Justicia Mayor al mismo tiempo de Guayaquil, Quito, Puerto Viejo y Cuenca (6 de abril de 1563 - ? ) nombrado provisionalmente por el Virrey Don Diego López de Zúñiga y Velasco el 9 de febrero de 1563.
• Martín Ramírez de Guzmán, Teniente de Corregidor encargado del Corregimiento (1563-27 de abril de 1564)
• Alonso Manuel de Anaya, Corregidor, Justicia Mayor y Juez de Residencia al mismo tiempo de Guayaquil, Quito, Puerto Viejo y Cuenca (27 de abril de 1564 - ? )
• Capitán Andrés Contero, Corregidor y Justicia Mayor (1564-1568)
• Don Hernando de Zúñiga, Corregidor y Justicia Mayor (1570-1577)
• Capitán Jerónimo de Reinoso y Piedrola Caballero de la Orden de Santiago, Corregidor y Justicia Mayor (1579-158?)

• Don Ordoño de Aguirre; Corregidor y Justicia Mayor (1602-1607)
• Maestre de Campo Don Antonio de Arce, Corregidor y Justicia Mayor (1607-1609) nombrado por Felipe III.
• Don José de Castro y Guzmán, Corregidor y Justicia Mayor provisional (1609 - 1610)
• Capitán Cristóbal de Arístegui, Corregidor y Justicia Mayor (1613-1616) nombrado por Felipe III.
• Maestre de Campo Don Toribio de Castro y Guzmán, Corregidor y Justicia Mayor (1616) con nombramiento del virrey Francisco de Borja y Aragón desde el 5 de marzo de 1616.
• Capitán don Andrés Morán de Butrón, Corregidor y Justicia Mayor (1617).
• Maestre de Campo don Antonio de Salinas, Corregidor y Justicia Mayor (1618-1623) con nombramiento de Felipe III.
• Maestre de Campo Diego de Portugal, Corregidor y Justicia Mayor (1624-1627).
• Maestre de Campo Francisco Pérez Navarrete (1627-1629) con nombramiento de Felipe IV.
• Don Francisco de Noboa y Sotelo, Corregidor y Justicia Mayor (1630-1633).
• Don Pedro Alfonso Casco, Teniente de Corregidor (1634- 13 de febrero de 1635, fecha en que falleció).
• Maestre de Campo don Baltazar Malo de Molina; Corregidor y Justicia Mayor (17 de octubre de 1635 – 16 de enero de 1640) con nombramiento de Felipe IV.
• Maestre de Campo Juan de Hinojoza y Chávez Caballero de la Orden de Santiago, Corregidor y Justicia Mayor (16 de enero de 1640- 1642) con nombramiento de Felipe IV.
• General Martín de Valenzegui, Corregidor y Justicia Mayor (1643)
• Maestre de Campo don Miguel Navarro Goyenete, Corregidor y Justicia Mayor (28 de abril de 1644 – tras su fallecimiento el 3 de marzo de 1649) con nombramiento de Felipe IV.
• Capitán don Matías de Bárcena Callejas, Teniente de Corregidor y Gobernador de las Armas (4 de marzo de 1649 – 20 de abril de 1649) nombrado provisionalmente por el cabildo de Guayaquil hasta la llegada de su sucesor.
• Capitán Francisco Díaz Bravo, Corregidor y Justicia Mayor (20 de abril de 1649 – 10 de mayo de 1649) nombrado por el presidente de la Real Audiencia de Quito don Martín de Arriola.
• Don Pedro Gonzales del Castillo, Corregidor y Justicia Mayor (junio de 1649 – julio de 1649) con nombramiento del Virrey del Perú don García Sarmiento de Sotomayor.
• Sargento Mayor y Ayudante Real Don Francisco Vásquez de Silva, Corregidor y Justicia Mayor (7 de agosto de 1649- tras su fallecimiento el 2 de julio de 1653) con nombramiento de Felipe IV.
• Don José de Verganzo y Gamboa, Corregidor y Justicia Mayor (28 de julio de 1653 – 23 de septiembre de 1653) con nombramiento de la Real Audiencia de Quito.
• Don Jorge de Rivera Caballero de la Orden de Santiago, Corregidor y Justicia Mayor (13 de septiembre de 1653 – 5 de agosto de 1655)
• General don Manuel de la Torre y Berna Caballero de la Orden de Alcántara, Corregidor y Justicia Mayor (5 de agosto de 1655 – 1 de enero de 1657).
• General Francisco de Abad y Quiroga, Corregidor y Justicia Mayor (1 de enero de 1657 – 15 de abril de 1660).
• General don Manuel de la Torre y Berna Caballero de la Orden de Alcántara (segundo Periodo), Corregidor y Justicia Mayor (11 de abril de 1660 – 2 de enero de 1662).
• General Diego de Torres Altamirano, Corregidor y Justicia Mayor (2 de enero de 1662 – hasta su fallecimiento el 27 de mayo de 1666) con nombramiento de Felipe IV.
• Don Isidro Ramírez, Teniente de Corregidor y Justicia Mayor (27 de mayo de 1666 – 3 de julio de 1666).
• Capitán Martín Martínez de Toda, Corregidor y Justicia Mayor (3 de julio de 1666 – 2 de noviembre de 1666) nombrado por la Real Audiencia de Quito con fecha del 13 de junio de 1666.
• General Álvaro Miguel Vallejo, Corregidor y Justicia Mayor (2 de noviembre de 1666 – 3 de diciembre de 1667) con nombramiento de la Real Audiencia de Lima con fecha del 30 de agosto de 1666.
• Capitán de Caballería Don Antonio de Paz Duque de Estrada y Caballero de la Orden de Alcántara, Corregidor y Justicia Mayor (3 de diciembre de 1667 – 22 de julio de 1674) con nombramiento de Carlos II.
• Don Gaspar de Argandoña, Corregidor y Justicia Mayor (22 de julio de 1674 – hasta su muerte el 20 de marzo de 1675) con nombramiento de Carlos II.
• General Tomás Félix de Argandoña (hijo del corregidor anterior), Corregidor y Justicia Mayor (1675 – 22 de julio de 1680) con nombramiento del presidente de la Real Audiencia de Quito.
• General don Domingo de Iturri Castello, Corregidor y Justicia Mayor (1681 – 25 de julio de 1686) con nombramiento de Carlos II.
• General Fernando Ponce de León, Corregidor y Justicia Mayor (25 de julio de 1686 – hasta su muerte el 8 de mayo de 1694) con nombramiento de Don Carlos II.
• Don Cristóbal Cevallos Morales y Borja, Corregidor y Justicia Mayor (8 de mayo de 1694 – 2 de julio de 1694) con nombramiento del Presidente de la Real Audiencia de Quito Don Mateo de la Mata Ponce de León.
• General Luis López de Haro, Corregidor y Justicia Mayor (2 de julio de 1694 – 21 de julio de 1696) con nombramiento del Virrey del Perú don Melchor Portocarrero Lasso de la Vega. Posiblemente fue el último Corregidor que sesionó los cabildos en los edificios de Ciudad Vieja a la intemperie localizada en la ladera principal del Cerro Santa Ana ya que las Casas de Cabildo fueron descocupadas en 1697 y enviadas a derribar el 18 de julio de 1698 por el nuevo cabildo.
• General Juan Ignacio de Álava y Barrientos, Corregidor y Justicia Mayor (21 de julio de 1696 – 4 de marzo de 1699) con nombramiento de Carlos II. Fue el primer Corregidor que sesionó los cabildos alrededor de la Plaza de Armas en el nuevo establecimiento neurálgico de la urbe conocido originalmente como Puerto de Cazones del sitio La Sabaneta, que posteriormente se denominó de manera oficial Ciudad Nueva según el cabildo celebrado el 11 de octubre de 1697.
• General Blas García de la Peña, Corregidor y Justicia Mayor (4 de marzo de 1699 – 4 de febrero de 1701).

• General Juan Ignacio de Álava y Barrientos (segundo periodo), Corregidor y Justicia Mayor (4 de febrero de 1701 – hasta su muerte el 14 de mayo de 1701).
• Capitán don Antonio Cuadrado, Regidor, Corregidor y Justicia Mayor (14 de mayo de 1701 – 4 de junio de 1701).
• General don Fernando de la Lastra y Riva Agüero, Corregidor y Justicia Mayor (4 de junio de 1701 – hasta su muerte el 27 de junio de 1701) con nombramiento de la Real Audiencia de Quito fechado el 18 de mayo de 1701.

• Capitán Juan de Zozaya y Lecuberria, Corregidor y Justicia Mayor (27 de junio de 1701 – 20 de agosto de 1701) con nombramiento del Virrey del Perú Conde de la Monclova.
• General don Pedro Tello de Meneses, Corregidor y Justicia Mayor (20 de agosto de 1701 – tras su muerte el 3 de agosto de 1705) nombrado por Felipe V.
• Capitán Francisco de la Torre (Corregidor Provisional por muerte del corregidor anterior y elegido por el cabildo con privilegio por ser el Alcalde Ordinario más antiguo), alcalde Ordinario, Corregidor y Justicia Mayor (3 de agosto de 1705 – 14 de agosto de 1705).
• Capitán Tomás Coello del Castro, Corregidor y Justicia Mayor (14 de agosto de 1705 – 28 de noviembre de 1705) nombrado por la Real Audiencia de Quito.
• Don Francisco Tirado de Cuenca, Corregidor y Justicia Mayor (28 de noviembre de 1705 – 8 de febrero de 1707) nombrado por el Virrey del Perú Conde de la Monclova.
• Sargento Mayor y Maestre de Campo don Jerónimo de Boza y Solís y Pacheco (Caballero de la Orden de Santiago desde 1714 y primer Marqués de Casa Boza desde el 11 de julio de 1736) Corregidor y Justicia Mayor (8 de febrero de 1707 – 27 de enero de 1708) con nombramiento de Felipe V. Contrajo nupcias en Guayaquil con doña Petronila de Villamar y Tomalá del Castillo, descendiente directa del cacique principal de la Isla Puná Diego de Tomalá quien recibió Escudo de Armas, del conquistador don Sebastián de Benalcázar y Gabriel Rojas.
• Don Fernando Bravo de Laguna, Corregidor y Justicia Mayor (27 de enero de 1708 – hasta su muerte el 2 de mayo de 1708) fue elegido por el cabildo porteño de forma provisional.
• Capitán Nicolás de Herrera y Campusano, Alcalde Ordinario, Corregidor y Justicia Mayor (2 de mayo de 1708 – 19 de junio de 1708) fue elegido por el cabildo en sustitución tras la muerte del anterior en la forma provisional por tener privilegio de ser el Alcalde Ordinario más antiguo.
• General don Agustín de Buitrón, Teniente de Capitán General y Justicia Mayor (19 de junio de 1708 – 20 de agosto de 1708) nombrado por el entonces presidente de la Real Audiencia de Quito y ex corregidor de Guayaquil Capitán Juan de Zozaya y Lecuberria.
• Capitán don Antonio de Boza y Solís (hijo del Maestre de Campo Don Jerónimo de Boza y Solís y Pacheco), Corregidor y Justicia Mayor (20 de agosto de 1708 – 25 de noviembre de 1708) nombrado por el Virrey del Perú Don Manuel de Oms y de Santa Pau.
• Sargento Mayor y Maestre de Campo Don Jerónimo de Boza y Solís y Pacheco (segundo periodo), Corregidor y Justicia Mayor (25 de noviembre de 1708 – 23 de junio de 1710).
• General don Pablo Sáez y Durón, Corregidor y Justicia Mayor (23 de junio de 1710 - 1715)
• Don José Crespo y Lozano, Corregidor y Justicia Mayor (1716 - 1719)
• General Juan Miguel de Oteiza y Ubiria, Corregidor y Justicia Mayor (1719 – 3 de marzo de 1721)
• General don José de Frías, Corregidor y Justicia Mayor (3 de marzo de 1721 – 20 de junio de 1722) nombrado por el Virrey del Perú Fray Diego Morcillo Rubio de Auñón.
• General y Teniente de Capitán General don Diego Francisco de Echarri y Xavier, Corregidor y Justicia Mayor (20 de junio de 1722 – 9 de octubre de 1727) nombrado por Felipe V.
• General Juan Roque de Ahumada, Corregidor y Justicia Mayor (9 de octubre de 1727 – 1 de diciembre de 1729) nombrado por el Virrey del Perú José de Armendáriz y Perurena
• Don Juan Miguel de Vera y Gastelú Caballero de la Orden de Santiago, Corregidor y Justicia Mayor (19 de diciembre de 1729 – 1 de enero de 1737) nombrado por el Virrey del Perú Marqués de Castelfuerte.
• General don Joaquín de Mendizaña, Corregidor y Justicia Mayor (1 de enero de 1737 – 21 de julio de 1737) nombrado por el Virrey del Perú Antonio José de Mendoza Caamaño y Sotomayor.
• General, Capitán de Mar y Tierra y Teniente de Capitán General don Pedro de Echevers y Zubiza, Corregidor y Justicia Mayor (21 de julio de 1737 – 10 de febrero de 1747) nombrado por Felipe V.
• Sargento Mayor don José Clemente de Mora y León, Corregidor y Justicia Mayor (10 de febrero de 1747 – 18 de noviembre de 1748) nombrado por Fernando VI.
• Don Manuel Moreno y Ollo, Corregidor y Justicia Mayor (18 de noviembre de 1748 – 24 de febrero de 1754) nombrado por el Virrey del Perú don José Antonio Manso de Velasco.
• General y Teniente de Capitán General don Manuel Fernández de Avilés, Corregidor y Justicia Mayor (24 de febrero de 1754 – 17 de junio de 1762) nombrado por Fernando VI.
• General don José Ruiz de Cortázar, Corregidor y Justicia Mayor (17 de junio de 1762 – 11 de octubre de 1763) fue el último Corregidor de Guayaquil con titulación de dicha entidad para ser sustituido después por la merced del Rey Carlos III que por disposición elevó el corregimiento en mayor jerarquía a Gobernación Civil y Militar por medio de la cual su máxima autoridad pasó a titularse ahora como Gobernador.

El 5 de abril de 1764 por órdenes del Rey Don Carlos III de España territorios que formaban parte del Corregimiento de Guayaquil sirvieron para la creación del Gobierno de Guayaquil, estableciéndose que el gobernador debería tener al menos el grado de teniente coronel y durar 5 años en su puesto.^[1]​

• Juan Antonio Zelaya y Vergara (1763-1771)
• Francisco de Ugarte (13 de enero de 1772-1776) falleció en la ciudad el 13 de septiembre de 1781.^[2]​
• Ramón de Carvajal (1776-1778)
• Ramón García de León y Pizarro (1779-1789)
• José de Aguirre e Irrisarri (7 de marzo de 1790-1795)
• Juan de Mata y Urbina (5 de febrero de 1796-1803)
• Bartolomé Cucalón (1804-1810)
• Juan Y. Pascual (1811-1816)
• Juan Manuel de Mendiburu y Medrano (1817-1820) falleció en la ciudad el 15 de junio de 1820.^[3]​
• Pascual Vivero (1820-8 de octubre de 1820)

El Municipio de Guayaquil reconoce como burgomaestres oficiales de la ciudad a partir de la Independencia de la Provincia Libre de Guayaquil en adelante. Se denomina coloquialmente a la alcaldía como el Sillón de Olmedo en honor al Presidente de la Provincia de Guayaquil, José Joaquín de Olmedo, prócer ecuatoriano, de la independencia de Guayaquil.

Después de la Independencia de la Provincia Libre de Guayaquil, bajo el Reglamento Provisorio de Gobierno, la administración de la capital, Guayaquil, estaría presidida por el presidente de la Junta de Gobierno de la Provincia.

Después de la Independencia de la Provincia de Guayaquil, el territorio completo de la antigua Presidencia y Real Audiencia de Quito pasó a regirse por las leyes de la Gran Colombia primero, desde 1822 hasta 1830 y de la República del Ecuador después; de acuerdo a las constituciones de ambos períodos. Los Municipios no tenían un ejecutivo autónomo, ejerciendo estas funciones el gobernador Provincial y Jefe Político designados por el presidente de la República. Fueron Presidentes del Concejo Municipal de la ciudad:

Al fundarse la Provincia Libre de Guayaquil, el presidente de la Junta de Gobierno ejerció como el ejecutivo cantonal autónomo.

A partir de la constitución de 1945, la figura del presidente del concejo municipal cambia a la de alcalde, adquiriendo mayores facultades y convirtiéndose en la autoridad ejecutiva cantonal autónoma, además de ser electo por votación popular.