Zagros Airlines se fundó en 2005 en Abadán, Irán. La aerolínea utiliza los aeropuertos internacionales de Mehrabad y Mashhad como bases de operaciones. En 2007, Zagros Airlines inició su primera ruta internacional desde Teherán a Damasco, la capital siria.

En septiembre de 2013, la aerolínea recibió un Airbus A320-200. En enero de 2016, Zagros Airlines adquirió el primer A319 de Irán.^[1]​ El 14 de marzo de 2017, la aerolínea adquirió su primer A321-200 mediante arrendamiento con tripulación de Khors Aircompany.^[2]​

En junio de 2017, se anunció que la aerolínea había firmado un memorando de entendimiento con Airbus para un pedido de veinte aviones A320neo y ocho A330neo.^[3]​ Sin embargo, el pedido nunca se pudo concretar debido a las nuevas sanciones impuestas.

En julio de 2019, Neshat Jahandari se convirtió en la primera mujer piloto iraní en operar un avión de pasajeros desde la Revolución iraní de 1979 en un avión de pasajeros en Irán y en la capitana más joven del McDonnell Douglas MD-80 de Zagros Airlines.^[4]​ El mismo año, en octubre de 2019, exactamente tres meses después de la introducción de Jahandari en Zagros Airlines, formó parte del primer vuelo exclusivamente femenino en Irán, así como en la región del Medio Oriente.^[5]​

A partir de mayo de 2023, Zagros Airlines opera vuelos a los siguientes destinos:

La flota de Zagros Airlines incluye las siguientes aeronaves:^[6]​