Según su Estatuto, la UNDEF tiene como propósito abarcar las llamadas "ciencias militares", en sus tres dominios (argentina): tierra, mar y aire, incluyendo la Ingeniería, la Tecnología, las Ciencias de la Salud, la Navegación, y las Ciencias Sociales abocadas al estudio de las Políticas de Defensa y del pensamiento estratégico.

El sistema educativo que compuso la Defensa Nacional en Argentina, hasta el 2014 se encontraba fuertemente atomizado. Cada una de las Fuerzas Armadas, contaba con un Instituto Universitario, los cuales realizaban cursos de grado y posgrado generalmente reservados a militares y/o con poca difusión y poca movilidad académica.

Así mismo, el Ministerio de Defensa tenía en su órbita administrativa a la Escuela de Defensa Nacional, una institución heredera de la Escuela de Guerra fundada por Juan D. Perón hace más de medio siglo. En esta escuela se dictaba el "Curso Superior en Defensa Nacional" y la "Maestría en Defensa Nacional", ambos cursos de posgrado, ahora incorporados en el espacio de la FaDeNa en la UNDEF.

La gestión de la presidenta Cristina Fernández de Kirchner, con el ministro Agustín Rossi llevaron adelante el proyecto de creación de la UNDEF. En diciembre del 2014 se creó la Universidad por ley nacional aprobada en el Congreso de la Nación, y promulgada por el Poder Ejecutivo.^[2]​^[3]​ A partir de esa fecha se comenzó a redactar el Estatuto de la Universidad que fue aprobado por el Ministerio de Educación, el 19 de mayo del 2015.

Ese mismo año, fue designado como Rector de la Universidad el exsecretario de Asuntos Internacionales del Ministerio de Defensa, el Dr. Jorge Fernández, cuyo mandato de "Rector Organizador" pretendía resolver las gestiones necesarias para el normal funcionamiento de la Universidad. Asimismo en la FADENA se designó al exdirector de la Escuela de Defensa Nacional, Dr. Tomás Várnagy como "Decano Organizador".

Durante el año 2015 se dictó también la "Especialización en Gestión para la Defensa"^[4]​^[5]​ mediante un convenio con la UNTREF, el cual se dio de baja a finales del 2015, lo cual impidió su renovación y el curso de posgrado no se dictó en una segunda ocasión.

Entre 2015 y 2016, la universidad enfrentó dificultades presupuestarias, las cuales se superaron al otorgarle autonomía. Posteriormente, fue liderada por Gonzalo Álvarez (2016-2020) y Jorge Battaglino (2020-2024). Desde enero de 2024, el rector es el Dr. Julio César Spota, destacado por su trayectoria en antropología, estrategia y geopolítica.^[6]​

En diciembre de 2015 asume como presidente de la Nación Mauricio Macri y nombra a Julio Martínez como Ministro de Defensa, quien se había mostrado en contra de la creación de la UNDEF durante su mandato como legislador nacional. En febrero del 2016, se publicó una nota crítica a la creación de la UNDEF y su funcionamiento en Infobae.^[7]​ En ella se critica que hasta ese momento la universidad no tenía presupuesto propio ni funciones claras.^[7]​

En marzo, congresistas de la oposición denunciaron que la institución se hallaba en estado de “paralización institucional” y que de facto se estaba interviniendo una universidad pública, esta situación motivó a un pedido de informes al Poder Ejecutivo, en el que denuncian “una intervención velada a una institución educativa superior”.^[8]​ El Poder Ejecutivo, mediante un decreto, nombra a un nuevo director de la Escuela de Defensa Nacional (EDENA), pese a que se consideraba extinta al ser incorporada en la UNDEF como FADENA. Esta confrontación directa entre Escuela/Facultad, y Director/Decano, llevó a su punto culmine cuando el Director Dr. Julio César Augusto Spota, anunciara la creación de la Maestría en Defensa Nacional, programada para abril de 2016, superponiéndose a la Maestría en Defensa Nacional que la UNDEF dictaba, en el ciclo 2016, desde marzo. La autonomía universitaria^[9]​ vino a impedir el intento de interferencia en la Universidad, dejando de lado el alto costo político de una intervención o supresión mediante un decreto presidencial.

En marzo se designó Gonzalo Álvarez como Rector, un académico del derecho universitario, de larga trayectoria en la Universidad de Buenos Aires, ligado con la Unión Cívica Radical, así como sus secretarios. El Dr. Spota dejó su cargo como Director para reemplazar al Dr. Várnagy como Decano de la FADENA. Luego acontecieron naturales ordenamientos académico-administrativos, que tuvieron en favor a la UNDEF, incorporando espacios, oficinas y empleados.

En 2017 el presidente Macri anuncia la terminación de los convenios que muchos ministerios nacionales sostenían con universidades,^[10]​ entre los cuales existía un convenio por el uso del edificio de Maipú 262, CABA, que actuaba como sede del Rectorado de la UNDEF, según su Estatuto. Las autoridades ministeriales entendieron el convenio como "terminado", invitando al desalojo de la parte correspondiente a las gestiones académicas y administrativas de la UNDEF.

En septiembre del 2018 surgió la investigación sobre movimientos financieros irregulares de la gestión universitaria; se sugirieron compras indebidas, registros impropios, cuentas bancarias irregulares, y una operación financiera con LEBACs por más de $20.000.000,-, operados desde fondos destinados a desarrollos académicos.^[11]​ La SIGEN desarrolló una detallada auditoría en la que señaló estas irregularidades, y el Ministerio de Defensa prometió realizar la propia.

En 2017 incluyeron la actualización de sus planes de estudios, el financiamiento de proyectos de investigación y extensión, la creación de la escuela de oficios, la implementación de sistemas de información académica y administrativa, la organización de seminarios y jornadas, la promoción de intercambios internacionales, la divulgación a través de su propia editorial, la implementación de programas específicos y el impulso de debates sobre temas de Defensa Nacional, así como la continuidad en la ejecución de los proyectos transversales UNDEF y UNDEX.

También se puso en marcha la Escuela de Oficios de la UNDEF (ESCOUNDEF) que es un programa que articula esfuerzos entre la UNDEF, las FF. AA., diferentes organismos del Estado y el sector privado, con el objetivo de formar ciudadanos en distintos oficios. En su planificación general, la ESCOUNDEF se desarrolló en sedes ubicadas en distintos puntos de la Argentina, involucrando a las tres Fuerzas Armadas y poniendo a disposición de la sociedad civil recursos humanos altamente calificados, infraestructura edilicia y una amplia distribución geográfica.

Durante la gestión del rector Dr. Jorge Battaglino (2020-2023), la UNDEF consolidó su desarrollo institucional y académico, ampliando su oferta educativa, fomentando la investigación en defensa y modernizando su estructura. Este período estuvo marcado por desafíos significativos, como la pandemia de COVID-19, que requirió una rápida adaptación a la educación virtual y la reorganización de programas académicos para garantizar la continuidad de la formación.

Ante la emergencia sanitaria de 2020, la UNDEF implementó la virtualización de emergencia, asegurando la continuidad de más de 130 programas de estudio. Esto implicó la digitalización de materiales, la capacitación docente en nuevas tecnologías y el fortalecimiento de plataformas virtuales para la enseñanza. Asimismo, se promovieron instancias de formación complementaria en línea y seminarios adaptados a la modalidad remota.

Durante este período, la UNDEF amplió su estructura institucional con la creación de nuevas unidades académicas y la incorporación de instituciones clave al sistema universitario. Entre las principales iniciativas se destacan:

• Creación de la Facultad Militar Conjunta, con el objetivo de fortalecer la formación integral de los oficiales de las Fuerzas Armadas.
• Fundación del Instituto de Ciberdefensa de las Fuerzas Armadas, orientado al desarrollo de capacidades estratégicas en seguridad informática y protección de infraestructuras críticas.
• Reincorporación de la Escuela de Suboficiales de la Armada, fortaleciendo la formación del personal subalterno dentro del sistema universitario.

En el marco de la modernización educativa, la UNDEF lanzó 16 nuevas carreras de grado y posgrado, incluyendo:

• Doctorado en Defensa, el primero en su tipo en América Latina, orientado a la investigación estratégica en defensa y seguridad.
• Licenciaturas y maestrías en áreas clave, como gestión de defensa, estudios estratégicos y logística militar.
• Ciclo de Formación del Oficial de Estado Mayor, diseñado para mejorar la capacitación de los altos mandos de las Fuerzas Armadas.

Además, se promovió la actualización de planes de estudio y la incorporación de enfoques interdisciplinarios en la enseñanza de la defensa.

La UNDEF potenció la producción científica mediante el financiamiento de proyectos de investigación aplicada a la industria de la defensa, con énfasis en áreas como:

• Desarrollo de tecnología militar avanzada y sistemas de defensa nacional.
• Aplicaciones de la inteligencia artificial y big data en operaciones militares.
• Innovación en ciberseguridad y protección de infraestructuras críticas.

También se promovió la vinculación con organismos científicos nacionales e internacionales, facilitando la transferencia de conocimientos y tecnología.

La UNDEF consolidó su proyección internacional mediante la firma de convenios con universidades y centros de defensa de países como Estados Unidos, China, Francia, Italia, India, Ecuador y Bolivia. Estas alianzas permitieron el intercambio académico, la realización de programas conjuntos y la participación en foros internacionales sobre defensa y seguridad.

Uno de los ejes estratégicos de la gestión fue la promoción de la cultura de defensa en la sociedad civil. Para ello, la UNDEF impulsó:

• Cursos y capacitaciones para legisladores y funcionarios sobre defensa y seguridad.
• Jornadas de divulgación científica sobre el rol de las Fuerzas Armadas en el desarrollo nacional.
• Publicaciones y material audiovisual para difundir conocimientos sobre la defensa nacional.

Además, se promovió la participación de la UNDEF en debates sobre política de defensa y seguridad regional.

En términos de gestión institucional, se implementaron reformas para agilizar procesos administrativos, mejorar la certificación de títulos y fortalecer la transparencia en la gestión universitaria.

También se avanzó en la aplicación de políticas de género y equidad, con programas de capacitación y sensibilización dentro de la comunidad universitaria.

El período 2020-2023 representó un hito en la consolidación de la UNDEF como una institución clave dentro del sistema universitario argentino y en el ámbito de la defensa. La expansión académica, el fortalecimiento de la investigación, la cooperación internacional y la modernización institucional sentaron las bases para el crecimiento futuro de la universidad en su misión de formar profesionales para la defensa nacional.^[12]​^[13]​

La UNDEF posee actualmente siete (7) Facultades:^[14]​

La sede de la UNDEF es en la calle Maipú 262, Ciudad Autónoma de Buenos Aires, en Argentina. El edificio en el cual se dictan las clases, es propiedad del Ministerio de Defensa. Comparten el espacio las oficinas del Rectorado y la FADENA, ya que éste el antiguo edificio de la EDENA.

La UNDEF cuenta con dos salones principales para eventos, seminarios y disertaciones. El "Salón San Martín", con una capacidad máxima de 100 personas, se encuentra en la planta baja, suele ser el espacio de las clases los cursos de posgrado de la FADENA, cuando no ocurre algún evento especial organizado por la Universidad .

El "Salón Alte. Guillermo Brown", con capacidad para 250 personas, es el salón más grande, utilizado para los eventos de mayor envergadura, como el cierre de cursos de posgrado, la asunción de autoridades, o jornadas de amplia concurrencia.

La UNDEF cuenta con una Biblioteca con una colección de más de 5.000 volúmenes en la temática de la Defensa Nacional. Su consulta es libre y gratuita. En 2023, fue presentado el libro "Fondef: una política de Estado", dónde se destaca la importancia del Fondef, una ley destinada a reequipar a las Fuerzas Armadas Argentinas.^[17]​

Posee un repositorio de tesis de maestría, para libre consulta. Forma parte de REBIFA,^[18]​ a través de su web, se accede a parte del catálogo de la biblioteca UNDEF.

El actual rector de la UNDEF es el Dr. Julio César Spota.

La UNDEF cuenta con cuatro Secretarías y dos Subsecretarías. Cada una de ellas organiza y coordina las vastas áreas de gestión de la Universidad.

• Secretaría General
• Seccretaría de Ciencia y Tecnología
• Secretaría Académica
• Secretaría de Administración
• Secretaría de Extensión

• Clasificación académica de universidades de Argentina
• Extensión universitaria (UBA)
• Sistema educativo de Argentina
• Anexo:Universidades nacionales de Argentina