Tras crear la Universidad de la Defensa Nacional (UNDEF) el 2 de diciembre de 2014, se resolvió crear las unidades académicas y la unidad académica de formación militar conjunta (UAFMC) el 21 de octubre de 2014 con la Escuela Superior de Guerra Conjunta (ESGC) y el Instituto de Inteligencia de las Fuerzas Armadas (IIFA).^[1]​^[2]​

El 10 de diciembre de 2020 fue resuelto crear la Facultad Militar Conjunta (FMC), con esos dos institutos para la formación del personal militar y civil de las Fuerzas Armadas. En 2021 fue creado el Instituto de Ciberdefensa de las FF. AA.^[1]​^[2]​