Los incas entraron en contacto con los ese'ejja durante el reinado de Sinchi Roca y Yahuar Huaca en las riveras del río Beni. El contacto con la cultura europea ocurre hacia 1567 con la expedición de Maldonado a la región del Alto Madre de Dios; posteriormente Domingo Álvarez de Toledo llegó hasta territorio habitado por los ese'ejja.^[1]​

Existe una publicación de Nicolás Armendia en 1887, en la cual menciona una expedición de 1770 que ubica a los ese'ejja en las cabeceras de los ríos Madre de Dios y Madidi. Hacia 1900 la población de esta etnia se encontraba ubicada en las cabeceras de los ríos Heath y Tambopata.

Durante el período del apogeo del caucho, los ese'ejja tuvieron enfrentamientos con los "patrones" , estos conflictos ocasionaron una fuerte baja demográfica.

La población que se auto-reconoció como ese'ejja en el censo boliviano de 2001 fue de 396 personas. Este número aumentó a 1687 en el censo de 2012.^[2]​^[3]​

Los ese'ejja se organizan en dos mitades patrilineales exogámicas, en donde se da el intercambio de mujeres entre estas dos mitades. Esto está reglamentado, de tal manera que se da preferencia a la prima cruzada (hija del hermano de la madre o hija de la hermana del padre). Siendo la filiación patrilineal y la residencia de la nueva pareja matrilocal o uxorilocal, es decir, con la familia de la esposa. Practican la endogamia y en ocasiones la poligamia relativa. Cultura patriarcal y reserva el derecho al liderazgo a los hombres.^[4]​^[5]​

Las actividades económicas realizadas por los ese'ejja son la agricultura de roza y quema, la pesca, la caza y la recolección de castañas, madera y caucho. La pesca es una actividad diaria que forma parte de su cotidianeidad.

Según la tradición oral ese'ejja, los primeros habitantes del mundo fueron el saltamontes y el tatú, quienes habitaron la Tierra antes de que los humanos la poblaran. Se dice que el tatú fue la madre de Edosiquiana, una deidad que creó a las plantas y los animales y que se considera dueña de los animales. Para los ese'ejja, toda la fauna le pertenece a Edosiquiana, los animales son parientes suyos y, por tanto, al cazar se estaría cazando a la familia de esta deidad.^[6]​

Otras fuentes dicen que el tatú solía ser una persona llamada Tehui y que un día se encontró con una canasta y un cuchillo en la casa de su hermana y que, a manera de juego se puso la canasta en la nariz y el cuchillo entre los dedos. Después se escondió en un hueco de la casa, en donde su sobrina solía jugar, pero quedó atrapado allí. A pesar de los esfuerzos, no pudo salir. Fue así como Téhui se convirtió en el tatú actual.^[6]​

Bahuajja es el nombre de la montaña a la que descendieron los dioses por primera vez, colgados de hilos de algodón. Esta montaña es el punto de conexión entre lo terrestre y lo celestial y se dice que allí se dirigen los espíritus de los muertos. Según algunas versiones, a Bahuajja bajan los eyákuiñaji (hombres y mujeres que habitan el cielo) cuando quieren pasear por la tierra. Otras fuentes dicen que ya no se puede pasar del eya (mundo del cielo) al meshi (mundo de la tierra) porque se incumplió una orden y el hilo se rompió, aunque todavía hay quienes logran pasar de un espacio a otro. Se dice que para los ese'ejja visitar esta montaña al menos una vez en la vida es algo importante. Su ubicación exacta no está clara. Hay quienes dicen que se encuentra entre las nacientes del río Colorado y el río Madidi, en Bolivia; otros dicen que se ubica en la cabecera del río Tampobata, en Perú.^[7]​

• Etnografía del Perú

• INEI. Perú: I Censo de Comunidades Indígenas de la Amazonía (información preliminar). Lima: Dirección Nacional de Estadísticas Regionales y Locales, 1993.
• BAMONTE Gerardo, KOCIANCICH Sergio (agosto de 2007). Los Ese Ejja: el mundo de los hombres y el mundo de los espíritus entre los indios del río (N°1 edición). La Paz, Bolivia: Plural editores. p. 213. ISBN 978-99954-1-085-8. Consultado el 1 de setiembre2010.