Fue el último de los ocho hijos del duque Juan II de Braganza -luego rey Juan IV de Portugal- y de Luisa Francisca de Guzmán. Por parte de madre era un segundo bisnieto del santo Francisco de Borja y, consiguientemente, descendiente directo del papa Alejandro VI (Rodrigo Borja o Borgia); y se expresaba en castellano con soltura.^[2]​

El 27 de enero de 1668 fue nombrado regente y heredero de su hermano, Alfonso VI, ya que éste presentaba signos de demencia; pocos días después -el 13 de febrero de ese mismo año- firma con los Habsburgo españoles la paz que reconoce la independencia de Portugal (Tratado de Lisboa de 1668), hecho que le valió el apodo de «el Pacificador». A la muerte de su hermano en 1683, a quien había enviado al destierro, Pedro se hace con la titularidad del trono. En esa época, el descubrimiento de minas de plata en Brasil permitió aumentar el tesoro de Pedro, que se vio capaz de disolver las Cortes en 1697 y gobernar sin los ingresos que éstas le proporcionaban durante todo su reinado.

En un principio, Pedro apoyó a Francia durante la Guerra de sucesión española (1701-1715), pero el 16 de mayo de 1703, Portugal firmó una tratado con Gran Bretaña. Este tratado garantizaba los privilegios comerciales portugueses sobre el vino y los intereses británicos sobre el comercio de textiles. En diciembre de 1703, una alianza formada por Portugal, Gran Bretaña y Austria invadió España. Las tropas aliadas a los británicos capturaron Madrid, de la que poco después fueron expulsados.

Pedro no solo se quedó con el trono de su hermano sino que terminó casándose con su esposa, María Francisca de Saboya-Nemours. Tuvieron una hija:

• Isabel Luisa (1669-1690), conocida como la eterna novia ya que sus proyectos de matrimonio nunca llegaban a buen fin.

La reina murió poco después de nacer Isabel y, al ser su hija una niña enfermiza, el rey decidió casarse de nuevo. La elegida fue María Sofía del Palatinado-Neoburgo, hija de Felipe Guillermo de Neoburgo. El matrimonio tuvo siete hijos:

• Juan (1688 *+), príncipe de Brasil, duque de Braganza.
• Juan (1689-1750), que sucedió a su padre en el trono en 1706 con el nombre de Juan V;
• Francisco (1691-1742), duque de Beja y condestable de Portugal, conocido como Francisco Javier. Gran Prior de Crato, duque de Beira, Gran Prior de los Caballeros de Malta; nunca se casó pero tuvo como amante a Mariana da Silveira, que acabó siendo monja y con la que tuvo dos hijos.
• Antonio Francisco (1695-1757);
• Teresa María (1696-1704);
• Manuel Bartolomé (1697-1766), conde de Ourém.
• Francisca Josefa (1699-1736).

Pedro también tuvo tres hijos naturales:

Con María da Cruz Mascarenhas:

• Luisa (1679-1732), que se casó primero con Luis Ambrosio Pereira de Melo, II duque de Cadaval, y posteriormente con su cuñado Jaime Álvares Pereira de Melo, III duque de Cadaval.

Con Ana Armanda du Verger:

• Miguel (1699-1724), reconocido por su hermano Juan V, se casó con Luisa Casimira de Ligne y Sousa, heredera de la Cámara de Arrochar, nieta del IV conde de Miranda, D. Diogo Lopes de Sousa.

Con Francisca Clara da Silva:

• José (1703-1756), arzobispo de Braga, doctor en teología.