Tras ser suprimidos los corregimientos en 1784 por el rey Carlos III, se crearon las intendencias y los partidos en el Virreinato del Perú.^[2]​

El 12 de febrero de 1821 José de San Martín dictó un Reglamento Provisional, en donde dispuso la creación del departamento de Trujillo y suprimió la intendencia así como los partidos que lo formaban:^[3]​

1. El territorio que actualmente se halla bajo la protección del ejército libertador, se dividirá en cuatro departamentos, comprehendidos en estos términos: los partidos del Cercado de Trujillo, Lambayeque, Piura, Cajamarca, Huamachuco, Pataz, y Chachapoyas, forman el Departamento de Trujillo con las doctrinas de su dependencia: (...)
2. En cada sección de estas, habrá un presidente de departamento: la residencia de los dos primeros, será en Trujillo, y Tarma; la del tercero en Huaráz, y la del cuarto en Huaura.

El naturalista alemán Haenke que participó de la Expedición Malastina (1789-1794), una expedición científica hecha por la corona española a sus dominios, en su Obra Descripción del Perú, recoge las cifras étnicas y demográficas (con la terminología de la época) del censo hecho a finales del siglo XVIII en el Virreinato del Perú para cada intendencia con sus partidos indicando que la población del Partido de Chachapoyas es de 25378 almas (personas) tanto hombres como mujeres, número que le parece pequeño para la región, que se distribuyen en la zona de Chachapoyas con sus doctrinas, y las 3 provincias anexas que son Luya, Moyobamba y Lamas junto con sus doctrinas y pueblos respectivos como por ejemplo tenemos, las localidades de Santiago de los Valles (Moyobamba), Santa Cruz de los Lamas y la doctrina de Soritor con 4 pueblos anexos y 1 asiento. La capital San Juan de la Frontera, actualmente llamada Chachapoyas, cuenta con varias iglesias. Por otro lado, la distribución étnica de la población total mencionada es la siguiente: 1532 blancos españoles (peninsulares y criollos), 12508 indios (nativo americano), 10954 mestizos, 487 pardos (afroperuano) y 13 negros, sobre la etiqueta de los pardos no aclara si son libres o esclavos junto con los negros como si lo hace en otras menciones de partidos. Sobre las cifras dadas por Haenke, podemos ver que la distribución étnica de este partido muestra un gran porcentaje de mestizos (43,16%) que se acercan a la mitad, así como de indígenas que conforman la otra mitad (49.29%); los otros grupos son minorías en esta entidad .^[4]​

• Intendencia de Trujillo
• Provincia de Chachapoyas
• Chachapoyas
• Departamento de Amazonas
• Provincia de Moyobamba
• Provincia de Luya
• Provincia de Lamas
• Departamento de San Martín