Para el acceso al parque se puede realizar desde los poblados de Güicán (el pueblo más cercano a los nevados) desde el departamento de Boyacá. Para el acceso es necesario registrarse en la oficina de parques naturales que se encuentra en este municipio, el cual es de carácter obligatorio. Las rutas para acceder se pueden tomar desde tres puntos geográficos, el primero es la ruta Bogotá-Tunja-Duitama-Soatá-Capitanejo-El Espino (Boyacá)- Panqueba-El Cocuy y finalmente Güicán, otra ruta es Bogotá-Tunja-Duitama-Boavita-La Uvita-San mateo-El Cocuy-Panqueba y finalmente Güicán.

En el área occidental del parque, existen tres rutas de acceso, la primera de las cuales se encuentra llegando al municipio de Güicán, hasta las Cabañas Kanwara, allí se puede dividir la vía hacia la Laguna Grande de los Verdes, la otra vía que sale desde el punto Kanwara es dirigirse hasta el glaciar del RitakUwa. La otra ruta de acceso es saliendo desde el municipio de Güicán hasta la Hacienda la Esperanza, la cual pertenece al poblado de Güicán y ofrece acceso a la Laguna Grande de la Sierra, luego de pasar por un lugar denominado "La Cueva de la Cuchumba". Otro acceso desde el municipio de Güicán es dirigiéndose hacia el Alto de la Cueva, donde puede tomar el camino de Lagunillas que se encuentra en la jurisdicción de Güicán de la Sierra con frontera cercana a El Cocuy en la montaña ‘Los Molinos’ para llegar al pie del Pan de Azúcar. Es obligatorio ir acompañado por un guía y no salirse de los senderos indicados por el Sistema de Parques Nacionales. Cabe anotar que se no puede hacer cumbre ni pisar nieve, esto por presiones de la comunidad U´wa a la administración de Parques Nacionales, basándose en la creencia de que las pisadas aceleran el deshielo de los glaciares.

La Sierra Nevada del Cocuy, ubicada en la Cordillera Oriental de los Andes colombianos, alberga una de las concentraciones de glaciares más importantes del país. A continuación se presenta una lista de los picos nevados que conforman esta formación montañosa, organizada según su disposición geográfica desde los flancos extremos hacia el centro del macizo:^[5]​

El Parque Nacional Natural El Cocuy presenta una alta diversidad ecológica gracias a su amplio gradiente altitudinal, que va desde los 600 m s. n. m. en el piedemonte llanero hasta los picos glaciales que superan los 5.330 m. Esta variación altitudinal permite la existencia de múltiples zonas de vida y patrones ecológicos diferenciados. Dentro del parque se encuentran ecosistemas de gran valor ecológico y funcional, distribuidos de la siguiente manera: bosque húmedo tropical (0,56 %), bosque andino (47,47 %), páramo (51,53 %) y glaciar (0,32 %). Esta configuración convierte al Cocuy en una pieza clave del corredor biogeográfico Pisba–Cocuy–Tamá, que garantiza la conectividad ecológica entre los Andes nororientales y la Orinoquía colombiana. Además de su biodiversidad, el parque cumple funciones hidrológicas estratégicas, al regular el ciclo del agua en la región y alimentar numerosos sistemas fluviales.

Debido a la gran variedad de ecosistemas, existe diversidad de fauna, entre ellos se pueden encontrar: Tapirus pinchaque,Chelonoidis carbonaria, Cebus capucinus,Odocoileus virginianus,Mazama rufina, Dicotyles tajacu,Cuniculus taczanowskii,Tremarctos ornatus,Puma concolor, Vultur gryphus,Geranoaetus melanoleucus,Rupicola rupicola,Pauxi pauxi,Pyrrhura calliptera,Cistothorus apolinari,Stenocercus lache.

La vegetación se divide de acuerdo a los pisos térmicos existentes en el parque. Sobre los 700 m s. n. m., se encuentra el piedemonte llanero, el cual es una extensión selvática de las regiones Orinoquía y a su vez amazónica, el cual contiene una alta tasa de endemismos, lo que la hace propicia como corredor de especies dentro del territorio colombiano.

Sobre los 700 m s. n. m. y hasta los 2300 m s. n. m. se encuentra la selva subandina con temperaturas promedio de 16 a 23 °C y precipitaciones entre 2000 y 4000 mm al año; esta selva se encuentra como intermedio entre la selva andina y las selvas del piedemonte llanero, debido la alta tasa de humedad, es propicia para la generación de epifitas y helechos arbóreos, además de ciertos tipos de árboles como yopo, chusque (Chusquea tesallata), amarillo (Oreopanax bogotense), cedro (Cedrela montana), totumo (Aegiphila grandis) y moho (Cordia alliodora)m alcanzando un techo arbóreo entre 25 a 35 metros de altura.

A partir de los 2300 m s. n. m. y hasta los 3200 m s. n. m. se desarrolla la selva andina, los tipos de vegetación se destacan los bosques ricos en especies de encenillo (Weinmannia sp.), además de canelos o ajíes de páramo, abundantes en todo el piso frío de la vertiente, palmas, bosques de Weinmannia y algunos robles dominan el estrato.

A partir de los 3200 m s. n. m. y hasta los 4200 m s. n. m. se encuentra la franja de páramos del parque, donde se encuentra las especies de frailejón, como el Frailejón arbóreo ramificado (Libanothanenues tamanus), además se encuentra 5 de las 7 especies conocidas de frailejones, los cuales pueden alcanzar los 5 m de altura, así como de pajonales y puyas.

Aparte de las mencionadas existen varios tipos de plantas, especialmente de la familia de las crucíferas y compuestas. Hacia la zona de la vertiente occidental se encuentran páramos más secos donde están representadas especies de plantas como alisos (Agnus acuminata), colorado (Polylepis cuadriguja), paja de páramo (Calamagrostis efusa) y un número elevado de angiospermas pertenecientes a 22 familias y 42 géneros.^[6]​

El Parque Nacional Natural El Cocuy es un enclave biocultural en el que coexisten tres formas de ocupación del territorio: la ancestral del pueblo indígena U’wa, las comunidades campesinas altoandinas y las del piedemonte llanero. El área se traslapa con cinco resguardos indígenas, cubriendo aproximadamente el 47 % del parque, e incluye comunidades U’wa en los departamentos de Boyacá y Arauca. Como parte del reconocimiento de sus derechos, Parques Nacionales participa en la Mesa de Concertación y Diálogo Permanente con el pueblo U’wa y promueve el cumplimiento de la sentencia de la Corte Interamericana de Derechos Humanos en su favor. Asimismo, se trabaja con comunidades campesinas en procesos de saneamiento predial e implementación de Sistemas Sostenibles para la Conservación, mediante acuerdos con las familias que habitan el territorio.

El clima del Parque Nacional Natural El Cocuy varía significativamente debido a su amplio rango altitudinal, que va desde los 600 hasta los 5.330 m s.n.m. Esta variación genera múltiples microclimas, con temperaturas que oscilan entre los -4 °C en las zonas altas y hasta 24 °C en las partes bajas. En la alta montaña predomina un clima frío y seco, con nevadas ocasionales, fuerte radiación solar diurna y presencia frecuente de niebla. Las precipitaciones son moderadas y se distribuyen en temporadas lluviosas y secas típicas de la región andina. Estas condiciones climáticas influyen directamente en la distribución de los ecosistemas, desde páramos fríos hasta bosques más cálidos en el piedemonte llanero.

El Parque Nacional Natural El Cocuy desempeña una función clave en la regulación hídrica regional, al ser fuente de numerosos cuerpos de agua que nacen en su interior y alimentan tres grandes cuencas hidrográficas: la del Río Arauca (con afluentes como el río Cusay y el río Cobugón), la del Río Casanare (que incluye el río Nevado y el río Tame) y la subzona del Río Chicamocha, donde destacan afluentes como el río Playitas y el río Orozco. Esta red hídrica abastece de agua a municipios y veredas en los departamentos de Boyacá, Arauca y Casanare. Además, el parque contribuye significativamente a la regulación climática, actuando como un sumidero de carbono gracias a sus ecosistemas de páramo y bosque andino, lo que ayuda a mitigar los efectos del cambio climático. Su capacidad para captar, almacenar y liberar agua, sumada a su influencia sobre la temperatura y la humedad regional, convierte al parque en un pilar ecológico esencial para la sostenibilidad ambiental y el bienestar de las comunidades de su zona de influencia.

Garrapato, Culebras, Orozco, Chuscal, La Unión, Rifles, Cabugón, Derrumbado, Támara, Cobaría, Royata, Bojabá.

Laguna de la Plaza, Laguna Grande de la Sierra, Laguna de Los Verdes, Laguna del Avellanal, Laguna de los Témpanos, Laguna de La Isla.

Para el año 2020, el área de la Sierra Nevada El Cocuy o Güicán se calculó en 13.19 ±0,27 Km2. Está compuesta por 24 fragmentos de hielo mayores a una hectárea, el más grande tiene una superficie de 4.94 Km2 (glaciares Picacho, Ritacuba Blanco, Ritacuba Negro y Ritacuba Norte).^[7]​ El indicador ambiental "balance de masa glaciar", que mide el estado de los glaciares fue negativo en el sector Ritacuba Blanco con -964 mm e. a. en el año 2023.^[8]​

Dentro del parque se encuentran comunidades de colonos, que provienen de las partes altas que limitan al occidente del parque y que lo utilizan como zonas de pastoreo y cultivo, en las zonas bajas existen así mismo comunidades de colonos que provienen de la región de los llanos orientales. También existe una comunidad de indígenas U'wa o tunebos, los cuales se encuentran dentro de un resguardo que traslapa dentro del área del parque y se dedican al cultivo, pastoreo caza y pesca.

El parque tiene varios problemas de índole ambiental en parte a la presión, tanto de comunidades campesinas como de grupos indígenas por la utilización de los recursos naturales, generando presión sobre la fauna y la flora a conservar. La zona del piedemonte llanero se encuentra deteriorada por la actividad de colonos que se internan desde la región de los llanos orientales en busca de madera, igual ocurre en la zona de bosque alto andino, el cual se encuentra mejor conservado en las zonas del parque en que se traslapa con el resguardo indígena u'wa, en algunas áreas altas del parque se siguen presentando el pastoreo así como la quema del suelo por parte de comunidades u’wa que siguen el mismo proceso que los colonos de tierras altas generando grandes deterioros y deslizamientos de tierra, como parte para la utilización de ciertas áreas del parque como zonas de pastoreo de ovejas y ganado vacuno que ha deteriorado esta región.^[9]​

Otra de las problemáticas ambientales, se debe a la sobreexplotación turística del parque debido a que no existe una política integral de explotación ecoturística, esto genera entre otros problemas, sobre carga de personas que acceden al parque, vertimientos de basuras sobre senderos por parte de visitantes y degradamiento de fuentes de agua por la utilización de animales de carga que dañan las fuentes de agua en las partes altas del páramo, dejando como problemática, grandes cantidades de basura dentro de los senderos , contaminación hídrica, destrucción de flora lo cual genera tanto un daño ambiental, de conservación y visual al parque.^[9]​

El Parque Nacional Natural El Cocuy alberga el mayor sistema glaciar de Colombia: la Sierra Nevada del Cocuy, Güicán y Chita, que ha sido objeto de constante monitoreo por parte del IDEAM (Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales). Esta entidad realiza un seguimiento científico del retroceso glaciar, uno de los más acelerados en la región tropical del planeta.^[10]​

El sistema de monitoreo incluye estaciones automáticas de registro climático e hidrológico, que permiten observar variables críticas como el balance de masa glaciar, la temperatura del aire, la precipitación, la radiación solar, la humedad relativa y la presión atmosférica. Estas mediciones son fundamentales para determinar la evolución de los glaciares y prever los impactos hidrológicos y ecosistémicos que su desaparición podría ocasionar.

En el Informe sobre el estado de los glaciares colombianos del IDEAM se destaca que desde mediados del siglo XX, los glaciares del Cocuy han perdido más del 60 % de su superficie.

El sistema glaciar de la Sierra Nevada del Cocuy, una de las formaciones montañosas más destacadas de la cordillera Oriental de Colombia, ha sido objeto de observación científica desde el siglo XIX. Los primeros registros documentados sobre la extensión de sus glaciares se remontan a alrededor de 1850, y desde entonces se han realizado diversos estudios que permiten comparar la evolución de la masa glaciar hasta reportes recientes, incluyendo los datos disponibles para el año 2022.^[5]​

Al igual que muchos glaciares colombianos no fue sino hasta la primera década del siglo XXI que el estudio, seguimiento y preservación de los glaciares en Colombia adquirió un carácter prioritario, impulsado por la creciente preocupación ante su acelerado retroceso y el riesgo de desaparición. En este contexto, desde 2004, el Programa Hidrológico Internacional de la Unesco ha respaldado las iniciativas del Grupo de Trabajo de Nieves y Hielos de América Latina (GTNH). Posteriormente, en 2006, el Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (IDEAM) puso en marcha el Programa de Monitoreo de Glaciares, con el propósito de establecer una vigilancia técnica y sistemática de los glaciares colombianos. Aunque el programa se centró inicialmente en nevados como el Ruiz, Tolima, Santa Isabel, Huila y la Sierra Nevada de Santa Marta, la Sierra Nevada del Cocuy también ha sido incorporada en estudios posteriores, dada su relevancia ecológica, hidrológica y su significativa pérdida de masa glaciar en las últimas décadas.^[11]​

El retroceso glaciar en la Sierra Nevada del Cocuy, provocado tanto por el calentamiento global asociado al incremento de gases de efecto invernadero como por las variaciones climáticas regionales, ha generado un aumento en el caudal de agua proveniente del deshielo. Estas aguas alimentan ríos y quebradas que constituyen una parte fundamental del sistema hídrico local. La escorrentía glaciar cumple un rol esencial en el mantenimiento de los ecosistemas de alta montaña, así como en el abastecimiento de comunidades que dependen de estos recursos hídricos en las zonas medias y bajas de la cordillera.

Debido a su fragilidad ecológica y al avance del cambio climático, el Parque Nacional Natural El Cocuy cuenta con medidas estrictas de conservación. La zonificación del parque permite actividades turísticas solamente en el 1.5 % del área total, dejando el resto del territorio como zona intangible o de preservación absoluta.^[13]​

La administración del parque, en coordinación con autoridades locales y organizaciones indígenas como la comunidad U’wa, promueve el respeto por los ecosistemas de alta montaña y páramo. Están totalmente prohibidas actividades como la caza, la recolección de especies vegetales, el ascenso a los glaciares, la apertura de nuevos caminos, y el uso de animales de carga (caballos o mulas) fuera de las zonas designadas.

Estas restricciones tienen como objetivo proteger especies endémicas, conservar los ecosistemas de frailejones y páramos, y evitar el deterioro de los glaciares restantes, cuya desaparición podría poner en riesgo los recursos hídricos de la región.

El turismo en El Cocuy se desarrolla bajo un enfoque de ecoturismo comunitario y sostenible, promovido por Parques Nacionales Naturales de Colombia. Esto implica una estrecha colaboración entre autoridades ambientales, comunidades campesinas, operadores turísticos locales y pueblos indígenas.

Existen tres senderos autorizados para el ingreso de visitantes, los cuales están delimitados y señalizados. Todos los turistas deben registrarse con anterioridad, contar con seguro médico y contratar un guía local certificado. El ingreso de menores de 10 años está prohibido por motivos de seguridad y conservación.

Adicionalmente, los visitantes deben asistir a una charla de inducción obligatoria sobre comportamiento en ecosistemas de alta montaña, manejo de residuos, respeto a las zonas de amortiguamiento y principios de mínimo impacto. Esta estrategia educativa y de regulación ha sido clave para reabrir el parque de manera gradual, luego de varios cierres ocasionados por conflictos con comunidades indígenas y por afectaciones ambientales.

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