Elegido en 2013 a la edad de 76 años, Francisco se reportó entonces como sano a pesar de haber sufrido daño pulmonar crónico, debido en parte a la extirpación pulmonar que se le realizó en su juventud. Sus médicos habían dicho que el tejido pulmonar extirpado entonces no afectaría significativamente su salud. La única preocupación sería la disminución de la reserva respiratoria si sufría una infección respiratoria. En la década de 2020, era propenso a sufrir episodios de gripe y bronquitis en invierno. Los problemas de rodilla y la ciática lo habían obligado a usar frecuentemente silla de ruedas , andador o bastón.^[9]​

El viernes 14 de febrero de 2025, Francisco ingresó en el hospital Gemelli de Roma por una supuesta bronquitis, fue diagnosticado con una neumonía bilateral que requirió un tratamiento intensivo poniendo su vida en riesgo. Finalmente el domingo 23 de marzo fue dado de alta. ^[10]​

Su última aparición pública ocurrió el domingo 20 de abril, donde realizó la bendición Urbi et orbi en la misa de Pascua desde la basílica de San Pedro. También recibió al vicepresidente de los Estados Unidos, J. D. Vance, en la Casa de Santa Marta intercambiando con él saludos y felicitaciones por la Pascua. ^[11]​

A las 09.47 de la mañana (UTC+02:00) del 21 de abril de 2025 Kevin Farrell, camarlengo de la Iglesia católica, acompañado de los cardenales Pietro Parolin (secretario de Estado de la Santa Sede), Edgar Peña Parra (subjefe de gabinete) y Diego Giovanni Ravelli (maestro de celebraciones litúrgicas), anunció la muerte del papa Francisco, ocurrida a las 07:35 de la mañana de ese mismo día.^[12]​^[13]​ Según el acta de defunción del papa emitida por el profesor Andrea Arcangeli, director de Sanidad e Higiene del Estado de la Ciudad del Vaticano, el papa murió en su apartamento en la Domus Sanctae Marthae a consecuencia de un ictus cerebral (concretamente un derrame cerebral según Vatican News),^[14]​ un coma y un colapso cardiocirculatorio irreversible y su muerte fue determinada mediante un registro electrocardiograma tanatológico.^[14]​^[15]​

La muerte del papa Francisco ha marcado un periodo de luto en el Vaticano y marca el inicio de la elección de un nuevo pontífice: el interregno papal (período entre la muerte de un papa y la elección de otro), los cardenales decidirán cuándo se celebrará el funeral y, posteriormente, cuándo comenzará el cónclave; su muerte desencadenó el inicio de nueve días de luto conocidos como los Novendiales, y el papa será enterrado entre el cuarto y el sexto día después de su fallecimiento.^[16]​^[17]​

El cuerpo del papa será mostrado ante los fieles durante tres días en la basílica de San Pedro como muestra de luto, organizándose una misa diaria y posteriormente todos los cardenales menores de 80 años se reunirán en el Vaticano para elegir al sucesor de Francisco lo que tarda entre dos y tres semanas tras la muerte de su predecesor. ^[18]​

De acuerdo a sus disposiciones ya previamente expresadas antes de su fallecimiento, solicitó que su cuerpo sea directamente pasado a un ataud sencillo de ciprés (suprimiendo los otros dos ataudes de plomo y roble)^[19]​ el cual será expuesto sin catafalco, y simplificando drásticamente todo el ceremonial funerario, basandose en el ceremonial funerario para los obispos. La exposición en el palacio apostólico fue suprimida, en favor de la capilla ardiente en la basílica de San Pedro. Además de ello, de acuerdo a sus últimas voluntades ha solicitado ser sepultado en la basílica de Santa María la Mayor, en un espacio dispuesto de antemano^[20]​ dada su profunda devoción a la advocación mariana de la Madonna Salus Populi Romani.

• Albania  Albania: El primer ministro Edi Rama envió sus condolencias y describió al papa como «un amigo inolvidable de Albania».^[21]​
• Alemania  Alemania: El canciller Olaf Scholz expresó sus condolencias por la pérdida de «un defensor de los débiles, un reconciliador y una persona afectuoso» en una publicación en Twitter.^[22]​
• Andorra  Andorra: El copríncipe episcopal y obispo de Urgell, Joan-Enric Vives, destacó que la memoria del papa Francisco «perdurará por su servicio a los migrantes y a los pobres» y «por la ejemplaridad de su vida como obispo de Roma».^[23]​

• Argelia  Argelia: El presidente Abdelmadjid Tebboune expresó sus condolencias al Vaticano, a todas sus instituciones y a todos los cristianos del mundo.^[24]​

•   Argentina: El presidente Javier Milei decretó 7 días de duelo nacional.^[25]​ Desde el comunicado de Casa Rosada se lo describió como «una figura única en la historia de nuestra nación y del mundo».^[26]​
•   Australia: El primer ministro Anthony Albanese describió al papa Francisco como «un defensor devoto y un padre amoroso» para todos los católicos, y añadió que su fallecimiento será lamentado por los australianos de todas las confesiones.^[27]​
• Bangladés  Bangladés: El gobierno interino expresó sus condolencias por Francisco y dijo que el asesor principal Muhammad Yunus trabajó junto con él para defender sus valores compartidos en materia de derechos humanos.^[28]​
• Bolivia  Bolivia: El presidente Luis Arce describió al papa Francisco como «no solo el líder de la Iglesia católica, sino también un fiel amigo de la Patria Grande y un ferviente defensor de los más vulnerables».^[29]​
• Brasil  Brasil: El presidente Luiz Inácio Lula da Silva afirmó que el papa Francisco «buscó incansablemente traer amor donde había odio. Unidad donde había discordia. Y la comprensión de que todos somos iguales, viviendo en la misma casa, nuestro planeta, que necesita urgentemente nuestro cuidado».^[30]​^[31]​
• Chile  Chile: El presidente chileno Gabriel Boric lamentó la muerte del papa Francisco y decretó 3 días de duelo nacional.^[32]​^[33]​
• Cuba  Cuba: El presidente y primer secretario del Partido Comunista, Miguel Díaz-Canel, lamentó el fallecimiento del papa Francisco, le agradeció su cercanía al país y expresó sus condolencias a la comunidad católica internacional y a la familia de Francisco.^[34]​
• Dinamarca  Dinamarca: El rey Federico X expresó sus condolencias y describió a Francisco como una persona dedicada a promover la paz, la justicia y siempre defensora de las personas que viven en situaciones vulnerables.^[35]​
• Ecuador  Ecuador: El presidente Daniel Noboa declaró: «Hoy el mundo ha perdido a un líder espiritual que marcó nuestra era con su valentía para hacer las cosas de manera diferente, su sencillez y su fe». Añadió: «Desde Ecuador, nos unimos en oración a toda la Iglesia y a los millones de fieles que hoy lloran el fallecimiento del papa Francisco».^[36]​
• España  España: El presidente español Pedro Sánchez publicó en su cuenta de X: Lamento el fallecimiento del papa Francisco. Su compromiso con la paz, la justicia social y los más vulnerables deja un legado profundo.^[37]​
•   Estados Unidos: El presidente Donald Trump escribió en Truth Social: «¡Descanse en paz, papa Francisco! ¡Que Dios lo bendiga a él y a todos los que lo amaron!».^[38]​ Más tarde ese mismo día, Trump anunció la firma de una orden ejecutiva que solicitaba que todas las banderas federales y estatales ondearan a media asta en honor al pontífice, a la vez que confirmo su asistencia al funeral de Francisco.^[39]​^[40]​ Los predecesores de Trump, Joe Biden y Barack Obama, también rindieron homenaje. Biden, quien se reunió con el papa durante su vicepresidencia y presidencia, dijo que Francisco «será recordado como uno de los líderes más importantes de nuestro tiempo, en un reconocimiento a su labor humanitaria de décadas en su natal Argentina».^[41]​
•   Francia: El presidente Emmanuel Macron (también copríncipe de Andorra) rindió homenaje al papa Francisco, calificándolo de «hombre humilde, del lado de los más vulnerables y frágiles».^[42]​
• Guatemala  Guatemala: El presidente Bernardo Arévalo dijo: «Gracias por todo, Papa Francisco. Que el papa de la misericordia y la sencillez descanse en paz».^[43]​
•   India: El primer ministro Narendra Modi declaró estar profundamente consternado por la muerte del papa Francisco.^[44]​
• Italia  Italia: El presidente Sergio Mattarella afirmó que la muerte del papa despertó «dolor y conmoción en los italianos y en todo el mundo».^[45]​ La primera ministra Giorgia Meloni describió al papa como «un gran hombre, un gran pastor» y expresó su pesar.^[27]​
• Líbano  Líbano: El presidente Joseph Aoun lamentó la pérdida de un «querido amigo» del Líbano y expresó sus condolencias a la Santa Sede. El primer ministro Nawaf Salam también calificó al papa como un firme defensor del Líbano.^[46]​
• México  México: La presidenta Claudia Sheinbaum describió al papa Francisco como un «humanista que apostó por los pobres, la paz y la igualdad».^[47]​
• Panamá  Panamá: El presidente José Raúl Mulino expresó sus condolencias y afirmó que «su paso por el Vaticano dejó una huella imborrable y llenó de compasión, aprecio y reconocimiento los corazones de personas de todo el mundo. Paz a su gran alma».^[48]​
• Papúa Nueva Guinea  Papúa Nueva Guinea: El primer ministro James Marape elogió al papa Francisco como «un padre espiritual para más de mil millones de católicos en todo el mundo y una voz moral de conciencia en tiempos de incertidumbre global».^[49]​
• Perú  Perú: La presidenta Dina Boluarte ofreció sus condolencias a través de la cuenta verificada de la Presidencia en Twitter y afirmó que «el Papa supo guiar el rumbo de la Iglesia con compasión, conocimiento y optimismo».^[50]​ Horas después, el Estado peruano declaraba 3 días de luto a nivel nacional.^[51]​
• Reino Unido  Reino Unido: El rey Carlos III del Reino Unido se mostró «profundamente entristecido, con mi corazón apesadumbrado, aunque algo aliviado por el hecho de que el papa haya podido compartir un mensaje de Pascua con la Iglesia y el mundo al que sirvió con devoción durante toda su vida» ante la muerte del Papa Francisco.^[52]​
• República Dominicana  República Dominicana: El presidente Luis Abinader expresó su profundo pesar por el fallecimiento de Su Santidad y añadió: «Nos unimos a las oraciones de la Iglesia católica y sus fieles, así como a las de millones de personas en todo el mundo que reconocen su liderazgo, su legado de paz, la promoción y defensa de los derechos humanos y su noble servicio a los más necesitados. Su memoria perdurará por siempre».^[53]​
• Rusia  Rusia: El presidente Vladimir Putin expresó sus condolencias al Vaticano, afirmando que el papa Francisco «promovió activamente el desarrollo del diálogo entre las Iglesias ortodoxa rusa y católica romana, así como la cooperación constructiva entre Rusia y la Santa Sede».^[54]​
•   San Marino: Los capitanes regentes Denise Bronzetti e Italo Righi emitieron un mensaje oficial expresando su «emoción y profunda participación en el duelo», destacando al papa como una «figura unánimemente reconocida que marcó una época». El secretario de Estado, Luca Beccari, escribió: «Con su vida y pontificado, el Santo Padre ha dejado una huella imborrable en la historia de la Iglesia católica y de toda la humanidad, distinguiéndose por su incansable compromiso con la paz, la justicia social, la dignidad de los más débiles y el diálogo entre los pueblos y las religiones».^[55]​^[56]​
• Uruguay  Uruguay: El presidente Yamandú Orsi expresó sus condolencias y expresó que el papa Francisco «se fue quizás en el momento en el que el mundo más lo necesitaba», y dejando «una huella nítida, un camino a seguir».^[57]​
•   Zambia: El presidente Hakainde Hichilema y su predecesor Edgar Lungu rindieron homenaje al legado del papa.^[58]​

• Lionel Messi, jugador de futbol argentino mando sus condolencias y le dio las gracias por "hacer del mundo un lugar mejor".^[59]​

• El Club Atlético San Lorenzo de Almagro, club del cual Francisco era fanático, subió un video muy emotivo en sus redes sociales en su alusión, ya que el sumo pontífice era el socio N° 88235.^[60]​

• El Club Atlético Boca Juniors recordó su carnet de socio N°1, una camiseta con su nombre y expresó en redes: «Lo recordamos con cariño y enviamos un fuerte abrazo a todos sus seguidores»^[61]​

• La AFA reprogramó todos los partidos que debían jugarse de la Liga Profesional de Fútbol Argentino de la Primera División de Argentina, como también la realización de un minuto de silencio previo al inicio de todos los encuentros previstos a disputarse.^[62]​

• Muchos equipos de España como la Unión Deportiva Las Palmas, Club Atlético de Madrid, Real Zaragoza entre otros más mandaron sus condolencias a toda la comunidad católica.

• Gianni Infantino presidente de la FIFA, expresó: «Sé lo mucho que significaba para la comunidad católica como líder de su iglesia en todo el mundo. El mundo del fútbol reza por él. Que descanse en paz.»^[63]​

• Rafael Nadal, el extenista español mandó sus sinceras condolencias y aseguró: «Hoy es un día triste»^[64]​

• Franco Colapinto, el piloto de carreras argentino, le dedicó unas sentidas palabras: «Un líder que nos inspiró a ser mejores personas. Gracias por ayudarnos a encontrar la fuerza y la inspiración.»^[65]​