Durante la época precolonial se conocía como Ambatomasina. Según la tradición oral, habría cambiado de nombre tras una batalla en la que los habitantes derrotaron a un jefe guerrero llamado Ndavaka, utilizando lanzas llamadas antsetra. De ahí derivaría el topónimo «Maroantsetra» (maro = muchos).

En el siglo XVIII, el aventurero Maurice Benyovszky fundó en la zona una colonia llamada Louisbourg. Posteriormente, bajo el dominio merina y colonial francés, la ciudad se consolidó como puerto regional.

En el siglo XX se integró en la provincia de Toamasina. Desde la reforma administrativa de 2004 forma parte de la región de Analanjirofo.

Maroantsetra se encuentra en la costa noreste de Madagascar, en el extremo septentrional de la bahía de Antongil, a unos 900 km por aire de Antananarivo. El río Antainambalana desemboca en las inmediaciones de la ciudad.

Se trata de una de las zonas más lluviosas del país, con una precipitación media de unos 3.500 mm anuales (138 in).

La ciudad constituye la principal puerta de entrada al Parque nacional Masoala y a la reserva natural integral de Nosy Mangabe.

La población de Maroantsetra ha experimentado un notable crecimiento en las últimas décadas. Se estimaba en 22 503 habitantes en 2005 y ascendía a 42 529 en 2018.^[1]​

La comuna urbana está compuesta por 17 fokontany (barrios):

• Ambatomasina
• Ambohitsara
• Amboditsoha
• Ambodivoafaho
• Ampantsona
• Anjahamarina I
• Ankiakabe
• Ankiaka Andrefana
• Ankiakalava I
• Ankiakalava II
• Androkaroka
• Antaimby
• Mangabe
• Morafeno
• Soanierana
• Tanambao
• Varingohitra

Desde la independencia de Madagascar en 1960, Maroantsetra ha tenido los siguientes alcaldes y responsables municipales:

La agricultura constituye la principal base económica de Maroantsetra, con especial relevancia para el clavo de olor y la vainilla, productos que integran la llamada «costa de la vainilla» junto con Antalaha y Sambava. También se cultivan arroz, café y litchi.

La pesca artesanal desempeña un papel destacado en la subsistencia y el comercio local. El puerto sirve de enlace para el transporte de mercancías y el abastecimiento de productos básicos, aunque su actividad se ve condicionada por la estacionalidad y la climatología.

En menor medida, el turismo ligado al Parque nacional Masoala y a la isla de Nosy Mangabe representa una fuente creciente de ingresos.

Maroantsetra constituye el extremo septentrional de la RN5, que la enlaza con Toamasina a lo largo de unos 400 km. El tramo septentrional de la carretera permanece sin asfaltar y se reduce a una pista de difícil tránsito, especialmente durante la estación de lluvias.

La ciudad cuenta con el aeropuerto de Maroantsetra, situado a unos 10 km, con vuelos regulares a Antananarivo y Toamasina operados por Tsaradia.

El transporte marítimo tiene un papel relevante, con conexiones en barco hacia Île Sainte-Marie, Mananara Avaratra, Soanierana Ivongo, Toamasina y, en ocasiones, Antalaha. No obstante, estas rutas dependen de las condiciones meteorológicas y presentan limitaciones de seguridad.

Maroantsetra es uno de los principales accesos al Parque nacional Masoala, célebre por su selva húmeda y diversidad de lémures, así como a la reserva natural integral de Nosy Mangabe, situada a pocos kilómetros mar adentro.

La ciudad también es conocida como punto de partida para la observación de ballenas jorobadas (Megaptera novaeangliae) en la bahía de Antongil, que cada año entre julio y septiembre utilizan sus aguas como zona de reproducción.

• Jacques Rabemananjara (1913-2005), político, poeta y dramaturgo, figura relevante de la literatura malgache del siglo XX.
• Johanita Ndahimananjara (1960-), médica y política, ministra de Medio Ambiente, Ecología y Bosques entre 2015 y 2019.

• Bahía de Antongil
• Parque nacional Masoala

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