En marzo de 1979, Jorge González, Miguel Tapia —ambos de catorce años de edad— y Claudio Narea —de trece años— se conocieron al cursar juntos el primer año de enseñanza media en el Liceo 6 de la comuna de San Miguel de Santiago (Chile). González y Narea descubrieron que ambos apreciaban al grupo Kiss, lo que constituyó la base de afinidad que los llevó a estrechar lazos de amistad.^[10]​ En 1980, junto con los hermanos Álvaro y Rodrigo Beltrán, crearon Los Pseudopillos, un cuarteto vocal con el que grabaron más de un centenar de canciones humorísticas para las que empleaban únicamente objetos caseros como percusión. El nombre surgió en clase de biología, cuando su profesora mencionó la palabra «pseudópodo».^[11]​

En paralelo, González tenía con Tapia un proyecto musical más ambicioso: querían ser tan famosos como The Beatles. Inspirados en la dupla Lennon-McCartney, sobre quienes, erróneamente, pensaban que se dividían las labores de composición, Tapia escribía la letra de las canciones, mientras que González componía la música en piano o guitarra, pero al poco tiempo decidió hacerse cargo también de los textos.^[12]​ Ya que Tapia se refería a los Beatles como «Los Escarabajos», Narea bautizó al grupo como Los Vinchukas que hacía referencia a la vinchuca, mencionada también en clase de biología.^[13]​ Posteriormente, lo invitaron a unirse a la banda,^[14]​ y poco después, se unió Álvaro Beltrán. Además, la banda consiguió una batería de segunda mano que le había pertenecido a un grupo de cumbia.^[15]​ El cuarteto debutó en su liceo el 14 de agosto de 1982, y dos meses más tarde, se presentaron en el Liceo 1 de Niñas.^[16]​ A pocos días de egresar de 4° medio, el grupo tuvo sus primeras diferencias serias, lo que motivó la división tanto de Los Vinchukas como de Los Pseudopillos.^[17]​

Tres meses después, Narea se reintegró mientras que Álvaro se mantuvo alejado.^[18]​ Ahora convertidos en un trío, estaban decididos a dedicarse profesionalmente a la música por lo que buscaron un nombre más serio y definitivo. Primero habían escogido «Los Criminales», pero pronto Tapia sugirió «Los Prisioneros», idea que finalmente prosperó.^[19]​ El baterista iría el 19 de diciembre de 1986 a registrar el nombre con el giro de «grupo musical» en el Ministerio de Economía, y quedó como marca de su propiedad.^[20]​ Debutaron como Los Prisioneros en el instituto Miguel León Prado, 1 de julio de 1983.^[21]​

En marzo de 1983, González ingresó en la Facultad de Artes de la Universidad de Chile para estudiar licenciatura en música, allí conoció a Igor Rodríguez (futuro miembro de Aparato Raro), Robert Rodríguez (futuro miembro de Banda 69) y a Carlos Fonseca, con el último entabló rápidamente una amistad y poco después, Fonseca lo invitó a conocer y escuchar música en su tienda de discos Fusión.^[21]​ Pronto, González deja la carrera para enfocarse en el grupo, Fonseca también lo haría para dedicarse a su tienda de música, además tenía un programa en Radio Beethoven llamado Fusión contemporánea y tenía pensado hacer un especial para fin de año con artistas chilenos nuevos, González le llevó uno demos que había grabado en una radio-casetera en su casa, más un tema en directo y quedó asombrado al escucharlas,^[22]​ entonces le propuso regrabarlas para incluirlas en el especial. Cuando Fonseca conoció al resto de la banda, sugirió reemplazar a Narea ya que consideraba que este no era un buen guitarrista, pero González y Tapia se negaron porque los tres formaban Los Prisioneros.^[23]​^[24]​

En noviembre Los Prisioneros grabaron los primeros demos en un estudio amateur armado por Fonseca en el segundo piso de Fusión.^[25]​ Al otro mes, presentó «La voz de los '80» y «Brigada de negro» en su programa radial. Además, habló favorablemente del grupo en la revista Wikén, suplemento de El Mercurio, para la nota sobre el especial, y en abril de 1984, escribió un artículo sobre la banda en la revista Mundo Diners Club, bajo el nombre de Alberto Velazco.^[26]​^[27]​^[a]​

El 13 de diciembre de 1984, bajo el sello independiente Fusión, lanzaron su primer álbum: La voz de los '80. Todos los temas estaban escritos, compuestos y cantados por González, a excepción de «¿Quién mató a Marilyn?», que estaba escrito y cantado por Tapia.^[29]​ Producido por el propio González, lo acreditó a nombre de la banda.^[30]​ Tuvo una primera tirada de únicamente 1000 copias agotadas apenas seis meses después.^[31]​ A mediados de 1985, Fonseca consiguió un contrato discográfico con EMI y lo lanzaron esta vez en todo Chile, con más de 100 000 copias vendidas.^[32]​^[33]​^[34]​ El disco apenas tuvo difusión en medios como Radio Galaxia, intervenciones televisivas en Sábados Gigantes, Canal 11 y la sexta edición de la Teletón, donde la banda sufrió su primer episodio de censura: mientras interpretaban el primer sencillo del álbum, «La voz de los '80», Televisión Nacional de Chile, controlado por la dictadura militar, sacó la señal del aire. Según Narea, los militares habían considerado que Los Prisioneros podían ser peligrosos para la estabilidad del régimen de Augusto Pinochet.^[35]​ «Sexo» tuvo mejor acogida en las radios aunque no llegó a los primeros lugares, de acuerdo con Vea, especializada en la época en las listas musicales de Chile;^[36]​ en cambio, la televisión prohibía la canción por su título, pese a tratarse de una crítica a la banalización del cuerpo, lo que a González le molestaba, ya que la estaban promocionando como segundo sencillo, a causa de esto, abandonaron el estudio de Martes 13 cuando no se les permitió tocarla; enemistándose con la estación televisiva Universidad Católica.^[37]​

El periodista Freddy Stock señaló en la revista Rolling Stone que La voz de los '80 es el disco más importante del rock de Chile, al asegurar que es el «primer álbum en la historia musical local en mezclar la ruptura social con la fuerza del rock». «Cada canción del disco es resentimiento. Es un álbum agnóstico en esencia, desconfiado, simple, directo e irónico y, por esto, intensamente rocanrolero. Llamó a no ir detrás de un líder ni creer en la representatividad ("No necesitamos banderas") en dictadura. Vaya osadía. Pero también disparó contra la cultura en masas ("Mentalidad televisiva"), el amor ("Paramar"), las tribus juveniles ("Brigada de negro"), el hedonismo machista ("Sexo"), o en los chantas acomodados ("Nunca quedas mal con nadie")».^[38]​

Bajo estado de sitio tras el atentado contra Augusto Pinochet, el 15 de septiembre de 1986 lanzaron su segunda producción, Pateando piedras, que destacó por su sonido mucho más sintético y elaborado, con la abundante utilización de teclados, sintetizadores, secuenciadores, samplers y baterías programadas.^[39]​ Narea en su autobiografía indicó: «Siete de los temas no tienen bajo, sino bajo teclado. Todas las baterías son programadas y tres de los temas no tienen guitarra».^[40]​ Es aquí donde tuvo sus primeras desavenencias musicales con González,^[41]​ además de no estar cómodo con la nueva forma de trabajar, solo grababa las guitarras y se iba con su novia Claudia Carvajal,^[42]​^[40]​ por lo que hubo temas en los que no participó.^[43]​^[44]​

De este trabajo salieron temas como «Muevan las industrias» (sobre la cesantía), «¿Por qué no se van?» (dedicado a los artistas esnob) y «El baile de los que sobran» (sobre la desigualdad en la educación),^[45]​ considerada una de las más emblemáticas de la música popular chilena de los ochenta,^[46]​ que resonó en América Latina.^[47]​^[48]​ El autor Fabio Salas Zúñiga dijo que Pateando piedras «es un álbum que establece un alegato sobre la juventud marginada de la política económica de la dictadura y una brillante reivindicación de clase».^[49]​ En cuanto a «El baile de los que sobran», junto con «Sucio policía» de Narcosis y «La gente del futuro» de Miguel Cantilo, propusieron testimonios «que la historia de nuestro continente recogió como elementos de vital libertad en una época de oscuridad y clausura social».^[50]​ Patricio Urzua en Rolling Stone, señaló que «lo más llamativo del álbum era el sonido electrónico que insinuaba “Estar solo” o los ladridos sampleados de “El baile de los que sobran”. En ciertos círculos, esto acarreó comparaciones inmediatas con Depeche Mode. Más allá de esta novedad que para entonces era cegadora, las guitarras seguían mandando en el sonido del trío: el riff de “Quieren dinero” no desentonaría en la banda sonora de un spaghetti western, lo que de nuevo habla de la inteligencia de la banda».^[51]​

A pesar de perder a algunos seguidores tras el cambio de sonido,^[52]​ el álbum vendió 5000 copias en los primeros diez días de distribución, un récord jamás alcanzado por un grupo musical juvenil de Chile, y, a dos meses y dos días de su lanzamiento, 20 000 copias vendidas certificadas con un segundo disco de platino, algo no logrado por ningún artista desde la Nueva Ola.^[53]​ Lanzaron el disco de forma oficial en noviembre con dos presentaciones en el Estadio Chile, con la asistencia de más de 11 000 personas, rompieron otro récord al llenar dos veces consecutivas el recinto.^[53]​ Ese mes tocaron en el Festival Internacional de Montevideo Rock de Uruguay, país al que no volvieron después de que sus álbumes pasaran desapercibidos.^[54]​ En diciembre actuaron en el programa infantil Patio Plum, en un episodio titulado «Los amigos rockeros», presentación significativa para Los Prisioneros ya que a pesar de su gran popularidad estaban prácticamente casi vetados de la televisión chilena.^[55]​ En febrero de 1987 son excluidos de la edición XXVIII Festival Internacional de la Canción de Viña del Mar, pese a ser el grupo más popular de Chile de acuerdo a informaciones especializadas.^[53]​ En esa edición estuvo el grupo argentino Soda Stereo, que tenía la misma popularidad de Los Prisioneros en Chile,^[56]​ con la diferencia de que ellos tenían acceso a los medios que censuraban a Los Prisioneros, esto provocaba que se burlaran y criticaran en conciertos y entrevistas al trío liderado por Gustavo Cerati,^[57]​ llegaron a decir que «Soda Stereo es el rock que le encanta a Pinochet».^[58]​^[b]​

Los Prisioneros viajaron a Argentina para participar en el Festival Chateau Rock, realizado el 28 de marzo en el Estadio Chateau Carreras de Córdoba. Luego fueron a Buenos Aires para participar el 4 de abril dentro del Festival Pepsi en el Estadio Obras Sanitarias. Según Narea, el saldo de este segmento de la gira fue a su entender que la banda casi no gustó al público, mientras que la prensa de ese país solo les preguntaba por Pinochet.^[63]​ La revista local Pelo los acusó de pecar de «localistas», y criticó duramente el primer concierto,^[64]​ aunque la reseña del segundo fue un poco más benigna,^[65]​ los continuó criticando para la nota donde los entrevistó previo al concierto, titulada «¿Por qué no se van?».^[66]​ Diferente era el escenario en Perú, donde tres de sus canciones estuvieron dentro de los diez primeros lugares, «El baile de los que sobran» ocupó el primer lugar por más de seis semanas.^[67]​ En septiembre tocaron ante 14 000 personas en la Plaza de toros de Acho de Lima.^[33]​ En Ecuador tuvieron un éxito similar al de Perú,^[67]​ tocaron en Guayaquil en un concierto multitudinario y otro gratuito por exigencia de una ley local, y aparecieron en la televisión en Quito.^[68]​

En octubre empezaron a grabar su tercer disco, titulado La cultura de la basura.^[33]​ Este trabajo contó por primera vez con Narea y Tapia como compositores; de la dupla salieron cuatro canciones: «Somos sólo ruido», «Algo tan moderno», «El vals» y «Lo estamos pasando muy bien», todas incluidas en el disco.^[70]​^[c]​ Cuando salió el 3 de diciembre, ya había vendido más de 10 000 copias,^[53]​ pero no agradó del todo a los fanáticos. Pese a haber recibido doble disco de platino,^[72]​ la prensa lo consideró el primer fracaso artístico y comercial de Los Prisioneros, Fonseca responsabilizó a Narea y Tapia, porque para el mánager, cuando asumieron la composición González tomó la labor con relajo.^[73]​ El principal creativo del grupo negó el fracaso, consideró que el álbum tuvo ventas aceptables y una calidad superior en comparación con otros discos salidos ese año, pero sí significó para ellos su punto bajo.^[74]​ Un crítico de la revista Rockaxis comentó: «El disco, que podríamos definirlo como de rock-pop, con mucha experimentación, es más extenso y complejo que los anteriores, lleno de rarezas, gritos, ruidos, trompetas, pero nunca dejando atrás su irreverencia e ironía frente a la sociedad. A pesar de que este disco no logró el impacto social de los otros dos, es quizás el elepé de mayor calidad, variedad y de madurez composicional por parte de Jorge González y en general de todos sus integrantes».^[75]​

Este trabajo marcó el debut de Narea como cantante, siendo vocalista principal en «Lo estamos pasando muy bien» y «El vals». Mientras grababa la última, el ingeniero Alejandro Lyon, que definió el procedimiento como un «parto»,^[76]​ le insistía en que debía que afinar más su voz, pero no podía.^[77]​ Lyon, que había trabajado en los álbumes anteriores,^[78]​ notó que el trío había perdido el orden interno tras el éxito precedido por Pateando piedras que los hizo reconocidos en América Latina, por lo que decidió no seguir y dejar en su lugar a su ayudante apenas un novato, lo que dio un sonido sucio.^[79]​^[d]​ En 1988, Los Prisioneros editaron con éxito en Perú, Ecuador y Colombia un álbum recopilatorio de sus dos primeros trabajos, titulado simplemente Los Prisioneros,^[81]​ en el que incluía varios temas regrabados, principalmente de La voz de los '80, tales como «Sexo», «Paramar», y «Latinoamérica es un pueblo al sur de Estados Unidos».^[82]​ Para la edición latinoamericana de La cultura de la basura, remezclaron algunos temas y regrabaron otros,^[83]​ como «Lo estamos pasando muy bien» en la voz de González,^[77]​ y agregaron como nuevo tema y sencillo «We are sudamerican rockers», debido a que la sede colombiana de EMI consideró el álbum débil.^[84]​

El 28 de marzo de 1988, hicieron una conferencia de prensa para anunciar la gira La cultura de la basura, que abarcaría cuarenta fechas de Arica a Punta Arenas y más tarde, en Sudamérica y México, instancia donde González declaró abiertamente: «En el plebiscito votaremos que no». Esto trajo como consecuencia que de los cuarenta conciertos programados en Chile, solo pudieran hacer siete. Los recintos controlados por los militares les cerraron sus puertas y lo mismo hicieron otros tantos por temor a represalias, por lo que solo pudieron actuar para particulares; la gira inició el 19 de abril en el Instituto Miguel León Prado de San Miguel, y terminó en mayo en Copiapó. La revista Análisis reveló que González era dos de los artistas amenazados de muerte por ser opositores de Pinochet. En aquella revista, declaró que recibió a través de su madre, amenazas por teléfono en más de diez oportunidades y una vez por carta, por lo que tuvo que solicitar recursos de protección. A pesar de eso y del acoso de la CNI, el grupo actuó gratuitamente en tres concentraciones a favor del «no», en La Bandera, Vicuña Mackenna y el cierre en Avenida Departamental.^[80]​^[85]​

El 14 de diciembre, poco después del plebiscito, volvieron a Argentina para participar en el concierto global Human Rights Now!, organizado por Amnistía Internacional para conmemorar los cuarenta años de la Declaración Universal de los Derechos Humanos, en el Estadio Mundialista de Mendoza. Mientras Los Prisioneros actuaban, los chilenos presentes alzaron banderas y carteles que decían «No» aludiendo al triunfo de la oposición democrática.^[86]​ Al cierre se unieron a Sting, Peter Gabriel, Tracy Chapman, Bruce Springsteen, Youssou N'Dour, el grupo mendocino Markama y los chilenos Inti Illimani, para cantar el tema «Get Up, Stand Up» de Bob Marley, ante más de 10 000 chilenos y 18 000 argentinos.^[53]​

Los Prisioneros a pesar de ser el grupo más popular en Chile, tenían un mal sustento económico empeorado con el pronto término de la gira y las malas ventas de La cultura de la basura, junto con la debacle del pop rock local, pero seguían como artistas prioritarios de EMI.^[87]​ En septiembre de 1988, participaron en Concierto de Conciertos, en el Estadio El Campín de Bogotá (Colombia). Eran los artistas más esperados para sorpresa de ellos, por primera vez una multitud de fanáticos los había recibido con delirio en un aeropuerto.^[88]​ Regresarían en dos giras más en noviembre y abril de 1989.^[1]​ Mario Ruiz, gerente de mercadeo de EMI para América Latina, aseguró que Los Prisioneros lograron abrir el rock en español en el mercado colombiano,^[53]​ y antes de irse después de su última visita, recibieron disco de platino.^[33]​ De acuerdo con Julio Osses, el rock argentino no impactó mucho cuando habían llegado, y de hecho, Soda Stereo hizo una gira antes y les había ido mal.^[89]​ Después, «Pa pa pa» sería la canción más vendida en semanas posteriores en tiendas de discos de Bogotá.^[53]​

La gira continuaría en Venezuela, pero cancelaron todas las fechas debido al Caracazo. En mayo llegaron a México, donde eran un grupo prácticamente desconocido, y sus canciones «¿Quién mató a Marilyn?», «La voz de los '80» y «Muevan las industrias» se difundían principalmente en emisoras no comerciales.^[53]​ En sus primeras presentaciones en el país azteca, Narea empezó a sentirse mal a causa de una hepatitis. Por órdenes del médico tuvo que regresar a Chile para tomar reposo y la banda debió cancelar el resto de su gira.^[90]​

En febrero de 1989, Narea descubrió que su esposa Claudia Carvajal mantenía un amorío con González,^[91]​ pero no dejó la banda porque era su única fuente de ingresos y estaban por iniciar su tercera gira en Colombia; no obstante, la relación entre los dos integrantes y la mujer del guitarrista se volvió cada vez más tensa. Todo esto le sirvió de inspiración a González para crear las canciones que plasmaría en el cuarto disco,^[92]​ y llegó a confesar que muchas de ellas no habrían existido de no haber probado éxtasis en 1988, a través de gente que venía de Goa o Poona (India).^[93]​ En agosto,^[e]​ Narea actuó por última vez en directo con Los Prisioneros, hasta el reencuentro en 2001, en una reunión privada con los ejecutivos del sello EMI Odeón.^[94]​

En octubre de 1989, gracias a los contactos en la trasnacional de EMI obtenidos por Fonseca, lograría la financiación de 70 000 dólares para grabar el cuarto álbum en Los Ángeles (Estados Unidos).^[95]​ A diferencia de los anteriores, no lo produciría González,^[96]​ sino Gustavo Santaolalla.^[97]​ Ni Narea ni Tapia participaron, el primero estaba alejado de la nueva dirección y del líder, mientras que el segundo no pudo viajar por problemas con la visa.^[98]​ La dupla había planeado repetir la experiencia de La cultura de la basura y compusieron tres temas, pero esta vez los dejaron fuera porque no encajaban con el estilo que el vocalista quería imprimir en el nuevo trabajo,^[98]​ motivo por el que quedó fuera «We are sudamerican rockers».^[99]​ El guitarrista diría después: «La ley decía que Jorge González era el compositor del grupo».^[100]​

En enero de 1990, Narea asistió al único ensayo de Corazones, momento en que tomó la decisión de irse de Los Prisioneros sin comunicárselo a nadie, sino hasta un mes después a Tapia.^[101]​ En sus declaraciones sobre su salida una vez pública, aseguró que se trató «de diferencias artísticas» con González, aunque muchos estaban especulando sobre el triángulo amoroso. Dos años más tarde, el ahora exguitarrista dijo: «la historia no tiene nombre de mujer, sino de un loco peligroso que es Jorge».^[102]​ Esto lo afirmó en su libro Los Prisioneros: Biografía de una amistad, en donde aseguró que se fue porque el vocalista estaba obsesionado con él.^[103]​ González declaró más tarde que el grupo se acabó con la partida de Narea.^[102]​

El 20 de mayo de 1990, el ahora dúo lanzó Corazones, considerado el primero disco solista de González.^[104]​Poco menos de un mes, consiguieron un contrato con Capitol Records para editar el álbum en formato CD en Estados Unidos.^[53]​^[105]​ Corazones tuvo un cambio radical que hizo que se distinguiera claramente de sus predecesores en cuanto a producción, música y temática. La utilización de teclados y sintetizadores, incorporados desde Pateando piedras, impregnaron por completo el disco con un sonido synth pop.^[106]​ El periodista Iván Valenzuela, primero en referirse de forma positiva al álbum,^[107]​ dijo en su reseña para Wikén que esperaba que «se convierta con los años —aunque es prematuro decirlo sin la perspectiva del tiempo— en una pieza clave de la música pop chilena».^[108]​ Por otro lado, destapó el lado más introvertido de González con letras llenas de romanticismo y melancolía, aunque la crítica social seguía presente. De acuerdo con las palabras de Javier Sanfeliú en la revista Rolling Stone: «La búsqueda de González esta vez fue por los surcos de nuestra intimidad, esa donde residen por ejemplo lugares tan oscuros y pantanosos como el machismo y el clasismo».^[106]​ Este es el trabajo más alabado por la crítica en toda la historia de Los Prisioneros. De acuerdo al sitio web Colombia.com, se llegó a asegurar que si hubiesen partido así desde un comienzo, habrían obtenido muchas ventas y diversos premios, aunque hubieran perdido su trascendencia final.^[47]​

El videoclip del primer sencillo, «Tren al sur», tuvo una excelente rotación tras su estreno en Extra jóvenes,^[53]​ y obtuvo una nominación a «mejor vídeo latino» en los MTV Video Music Awards 1990.^[105]​ No tuvo la misma acogida en las radios, de hecho, hasta mayo de 1990, cuando se estrenó el videoclip, ninguna emisora quiso ponerlo al aire, que había sido enviado a las radios seis meses antes. «Nadie quería tocar a Los Prisioneros, porque Los Prisioneros eran del pasado. Los Prisioneros eran la banda de los 80, del rock latino. Y el rock latino ya no funcionaba», según explicó Fonseca.^[109]​ El disco tampoco tuvo un éxito inmediato, los primeros recitales promocionales tuvieron baja convocatoria,^[110]​ sin embargo, para finales de julio ya era disco de oro,^[111]​ y en diciembre triple disco de platino con 180 000 copias.^[112]​^[113]​ Corazones se consagró como el álbum más vendido en Chile en 1990, y González fue elegido el compositor del año por la Sociedad Chilena del Derecho de Autor.^[33]​ El éxito traspasó América Latina y Estados Unidos,^[114]​ incluso en Argentina, país, sobre todo en Buenos Aires, donde Los Prisioneros nunca obtuvieron un gran reconocimiento, Corazones tuvo un rotundo éxito en lugares como Córdaba o Rosario.^[115]​

Luego de la partida de Narea consideraron fichar en su reemplazo a Rodrigo Aboitiz (exmiembro de Aparato Raro y La Ley), incluso llegó a ensayar con ellos,^[116]​ pero no cuajó con la nueva línea pop que querían desarrollar, según Tapia.^[117]​ Finalmente, González se decantó por Cecilia Aguayo porque pensaba que solo una mujer podría reemplazar a Narea. «[Aguayo] era una estrella. Y necesitábamos a una estrella, no a un músico. «Era más notorio, más radical. Más revolucionario».^[118]​ Como no sabía tocar teclado, tuvo que aprender contra reloj.^[119]​^[120]​ Debido a una lesión que González sufrió en una muñeca y un tobillo, no pudo tocar la guitarra para una actuación en Calama, por lo que Robert Rodríguez, exintegrante de Banda 69, lo cubrió.^[112]​ Dada la buena relación que estrechó con la banda, quedó como bajista.^[121]​ Con esta nueva formación tocaron por primera vez en el XXXII Festival Internacional de la Canción de Viña del Mar, en febrero de 1991; para organizarse las dos noches en que iban a presentarse, hicieron una noche de rock y otra de techno, algo que no agradó a Fonseca, quien ya consideraba que la banda había perdido el rumbo desde la incorporación de Aguayo y un grupo de coristas, esto último solo estuvo al comienzo.^[122]​ Al día siguiente, dejó de representarlos. Con Óscar Larraín en su reemplazo, Los Prisioneros continuaron presentándose en Chile, Perú, Ecuador y Bolivia.^[123]​

En noviembre participaron en el Festival Rock Music '91 de Venezuela, el primer festival del rock iberoamericano, antes de iniciar la gira de despedida. El 24 de octubre anunciaron su separación en Santiago; de paso, lanzaron un álbum recopilatorio más un VHS titulado Grandes éxitos, que incluía «We are sudamerican rockers», tema que no se había editado en Chile;^[82]​ vendió 120 000 copias en Chile y 54 000 en el extranjero.^[33]​ La gira Adiós, Prisioneros inició el 15 de noviembre, siendo premiados con el Laurel de Oro como «mejor grupo rock pop»,^[102]​ y terminó el 5 de diciembre en el Estadio Chile, donde, al intentar tocar la última canción, el público empezó a corear «Narea».^[3]​ Como respuesta González llamó a la nueva banda de su excompañero como «Proxenetas y Flemáticos», pero fueron cada vez más insistentes, arrojó la guitarra al suelo y se retiró a camarines para poder llorar.^[124]​ El último concierto de Los Prisioneros tuvo lugar en el Estadio Playa Ancha de Valparaíso, a inicios de 1992.^[125]​^[3]​

Con Profetas y Frenéticos, Narea publicó dos álbumes: Profetas y Frenéticos (1991) y Nuevo orden (1992), aunque no obtuvo éxito comercial con ninguno de estos trabajos, es considerada una de las bandas más influyentes de la década de 1990 en Chile.^[126]​ En 2000 publicó su primer disco solista, Claudio Narea, que recibió buenas críticas, pero una tibia recepción del público. Tapia y Aguayo formaron el grupo tecno-pop Jardín Secreto con el que editaron dos álbumes que pasaron inadvertidos: Jardín Secreto (1993) y El sonido de existir (1997),^[127]​ este último con contribuciones de González.^[128]​ Este fue el más exitoso de los tres: su primer álbum solista, Jorge González (1993), que, si bien no vendió como se esperaba,^[f]​ tuvo un gran éxito con «Fe» en países como México, al punto de que Los Prisioneros tuvieron que tocar obligatoriamente la canción a su regreso al país,^[130]​ y quedaría en el repertorio del grupo en 2004.^[131]​ Luego vendrían altos y bajos en la carrera de González, con discos arriesgados que no tuvieron buena acogida del público: El futuro se fue (1994) y Mi destino (1999), y el proyecto experimental Gonzalo Martínez y sus congas pensantes (1997),^[132]​ un álbum de tecnocumbia editado en dupla con Martín Schopf «Dandy Jack», destrozado por la crítica en Chile pero elogiado en el circuito underground de Europa.^[133]​

En 1994 hubo un primer intento de reunir a la formación original, el empresario Luis Venegas les ofreció como adelanto a cada integrante 10 millones de pesos para hacer un concierto, y aumentaría la suma dependiendo de las veces que tocaran. Narea y Tapia aceptaron y discutieron juntos el asunto, mientras que González no respondió. El guitarrista lo visitó por pedido de Venegas, sin embargo, rechazó la proposición ya que quería potenciar su carrera solista y no estaba interesado en tocar con Los Prisioneros.^[134]​ Un primer arrimo entre los tres se produjo a finales de 1995, con motivo de colaborar juntos en un álbum recopilatorio. Fonseca había contactado a González, con la idea de hacerlo entre los dos, pero este último sugirió llamar también a Narea.^[135]​ En tanto, la contribución de Tapia estaría limitada únicamente en los comentarios escritos que incluiría el disco.^[136]​ Ese año, EMI había relanzado el catálogo de la banda con una versión digitalmente remasterizada en CD,^[82]​^[137]​ ninguno de los cuatro discos cuando salieron habían recibido este formato, a excepción de Corazones en Estados Unidos y México por Capitol Records,^[138]​ en Chile solo los publicaron en casete, ni siquiera fabricaban elepés,^[139]​ y recién, a partir de 1991, empezaron a aparecer en CD.^[140]​

El 12 de julio de 1996 lanzaron en CD doble Ni por la razón, ni por la fuerza, título que hace contradicción irónica al lema patrio chileno: «Por la razón o la fuerza», en la portada aparecen Los Prisioneros vestidos como próceres de la independencia y rebautizados como «Bernardo González», «José Miguel Narea» y «Manuel Tapia».^[141]​ Además de contener los éxitos, incluyeron algunas de versiones de ediciones extranjeras, remezclas, tomas en vivo, descartes, temas de Los Pseudopillos y Los Vinchukas, el «lado B» de Los Prisioneros: Los Apestosos y Gus Gusano, nombres que adoptaron entre 1987-1988 para grabar temas por entretenimiento, y la banda sonora de la película aficionada Lucho, un hombre violento.^[82]​^[142]​ Ni por la razón, ni por la fuerza vendió 100 000 discos dobles,^[143]​ en tan solo tres semanas recibieron doble disco de platino por 50 000 unidades,^[137]​ vendieron más que cualquier banda chilena activa en los años noventa, un fenómeno local que no había sucedido con Lucho Gatica, José Alfredo Fuentes, Violeta Parra o Los Jaivas.^[144]​^[g]​

A fines de 1996, González, Narea y Tapia tocaron juntos en una sala de ensayo de propiedad del guitarrista. A la reunión el momento estuvo como única espectadora la periodista Marisol García, quien no entregó los detalles a la prensa ni tampoco estos se enteraron.^[145]​ A inicios de 1997, Narea le sugirió a González reunir a la banda en un concierto en el Estadio Nacional, pero este descartó la propuesta.^[146]​ En 1998, González formó la banda Los Dioses junto a Tapia y el venezolano Argenis Brito (exmiembro de Los Chamos) con la que realizaron una gira por Perú y Chile subtitulada «Lo mejor de Los Prisioneros», en la que interpretaron clásicos de la banda y versiones de artistas como Los Tres, Leo Dan, Albert Hammond y Electrodomésticos, así como algunos temas propios y proyectos paralelos de cada integrante. En marzo de 1999, González decidió dejar el grupo al colapsar, mientras Tapia y Brito continuaron bajo el nombre Razón Humanitaria,^[53]​ pero el dúo se disolvió al poco tiempo sin ningún álbum publicado.

En 2000, González se internó en el Centro de Desintoxicación de Villa Quinqué en La Habana (Cuba) para superar su adicción a las drogas.^[147]​ Ese año, participó haciendo coros en la versión de «Estar solo» de Carlos Cabezas para el álbum homenaje Tributo a Los Prisioneros,^[148]​ que contó con versiones de dieciocho músicos chilenos, algunos fieles a los temas originales y otros con su propia lectura como Makiza, Pánico o Florcita Motuda, que cambió la letra y el título de «¿Por qué no se van?» a «Mejor yo me voy del país». Producido por Fonseca bajo el sello Warner Music, Narea expresó su molestia porque en la portada y el interior incluyeron fotos de la banda, en lugar de imágenes alusivas.^[149]​^[150]​ Solo un mes después, EMI Odeon lanzó el álbum en vivo El caset pirata con registros de la banda entre 1986 y 1992, producido por González.^[151]​ Vendió 20 000 copias.^[152]​

En los ochenta, Los Prisioneros habían firmado para ceder su catálogo de canciones a la editorial Sochem, asociada con EMI;^[153]​ González podía cobrar derechos de autor, pero ni él ni la banda podían acceder a los ingresos.^[154]​ A mediado de los noventa, Fonseca recuperó los derechos y se los regresó a González.^[153]​ Eso, y gracias a lo logrado como solista, le permitió vivir la década bien económicamente, a diferencia de sus excompañeros.^[155]​ Sin embargo, usaría todas sus ganancias para costear su tratamiento en Cuba, lo que le dejó en deuda con la SCD y sin ingresos. Para solucionarlo, llamó a Fonseca, y después a Tapia y Narea, para proponerles la idea de juntar a Los Prisioneros.^[156]​

El 5 de septiembre de 2001, la formación original de Los Prisioneros anunció su regreso después de doce años con el lanzamiento como «nuevo» sencillo «Las sierras eléctricas»,^[157]​ pero no logró tener mucha difusión en las radios.^[158]​ EMI aprovechó el retorno del grupo y lanzó el álbum doble recopilatorio Antología, su historia y sus éxitos, lo que significó el retiro de Grandes éxitos de los catálogos por tener menos duración.^[159]​ Más tarde, González acusó al sello de no pagarles ningún derecho por sus producciones.^[160]​

En octubre, Los Prisioneros hicieron su primera aparición pública en años en la Feria del Disco, para anunciar en una conferencia de prensa la realización de un concierto en el Estadio Nacional el 1 de diciembre, a la que concurrieron todos los medios locales y una multitud de fanáticos aglomerados en el Paseo Ahumada.^[161]​ El trío sanmiguelino también salió en el programa De pe a pa como única aparición televisiva antes del recital, hito que marcó 32 puntos de cuota de pantalla. Gracias a estos dos eventos que bastaron para promocionar el concierto y agotar las entradas que quedaban, decidieron fijar otro,^[162]​^[163]​ y, paradójicamente, el segundo quedaría asignado un día antes del primero: el 30 de noviembre.^[164]​ También la primera dama Luisa Durán los invitó al Palacio de la Moneda con el fin de apoyar la campaña Sonrisa de mujer.^[165]​

Más de 140 000 personas repletaron el Estadio Nacional las dos noches que se presentaron Los Prisioneros, siendo los únicos en llenar dos veces seguidas el recinto de Ñuñoa sin promociones ni entradas regaladas.^[158]​^[167]​ En la primera noche, González hizo alusión al pasado del Estadio Nacional como centro de detención tras el golpe de Estado en Chile de 1973, criticó a Joaquín Lavín y atacó a Estados Unidos por su complicidad en el golpe y por su hipocresía al declarar la guerra al terrorismo a pesar de patrocinar actos de terrorismo de Estado como los ocurridos en Chile.^[168]​^[169]​ El evento lo cubrieron más de trescientos medios acreditados, la mayoría locales pero también internacionales con sus corresponsales chilenos como BBC, CNN, MTV, Telemundo, el periódico Chicago Tribune y las revistas Billboard^[170]​ y Rolling Stone, otros vinieron especialmente como los canales Puma TV de Venezuela, Antena 3 y el diario La República de Perú.^[171]​

El 18 de febrero de 2002, el grupo firmó un contrato con Warner Music para editar un álbum en vivo doble en marzo y un DVD durante el año.^[172]​ Como registro eligieron la segunda noche, por lo que excluyeron las críticas a Lavín, además de las interpretaciones de «Estrechez de corazón» y «Pa pa pa».^[173]​ El 27 de febrero, realizaron una conferencia de prensa en las oficinas de su nuevo sello para anunciar su futuro lanzamiento del álbum y una gira por todo Chile. Sin embargo, la conferencia estuvo enfocada en los problemas de drogas de González al ser detenido unos días antes por portar papelillos de cocaína en su vehículo en Cajón del Maipo. Este alabó la piratería porque los discos eran caros, mientras Narea discrepó al decir que era una «mafia organizada» que podría afectar las industrias discográficas.^[174]​^[160]​

El álbum en directo Estadio Nacional recibió doble disco de platino por 30 000 copias vendidas en tan solo cinco días,^[175]​ lo que lo posicionó en el primer lugar en ventas en Chile,^[176]​ el diario popular La Cuarta lo declaró como «todo un récord» debido a la situación económica y el alto nivel de piratería que vivía en aquel entonces el país, «se hace doblemente relevante, puesto que se trata de un disco doble, que vale más caro que un álbum normal».^[177]​ Más tarde, los lectores de EMOL eligieron Estadio Nacional como el mejor disco nacional de 2002.^[178]​ La gira de reencuentro empezó en Osorno en marzo^[72]​ —solo en el sur de Chile congregaron a 61 000 personas—^[179]​ y cerraría en Viña del Mar en mayo.^[180]​ En junio actuaron en Estación Mapocho a beneficio de los damnificados a causa del temporal de Santiago,^[181]​ y en julio empezaron la gira internacional en Perú,^[182]​ donde los lectores del diario local El Comercio lo eligieron como el mejor concierto de rock ofrecido en el país en 2002.^[183]​

El 4 de septiembre, Los Prisioneros publicaron la versión audiovisual de Estadio Nacional en DVD doble, bajo el título Los Prisioneros: Lo estamos pasando muy bien, puesto en venta al día siguiente, incluyó además un documental realizado por la periodista Carmen Luz Parot, con entrevistas a cada uno de los integrantes, los ensayos para los recitales, imágenes de los entre telones y recitales dados en Concepción y Viña del Mar, entre otras cosas.^[184]​ Vendió 9000 copias en tan solo veinte días, Tabaré Couto, director de mercadeo de Warner Music Chile, comentó en una entrevista que tenía pensado hablar con la Asociación de Productores Fonográficos para ver cómo entregar un disco de oro, ya que nunca se había dado uno por este formato en Chile.^[185]​ De esta manera, con la entrega posterior de un disco de platino por 20 000 copias, la banda logró otro récord al conseguir la mayor cantidad de ventas a nivel local de un DVD,^[186]​ pero lo destronaría un año después 31 minutos.^[187]​ Más tarde, Fonseca comentó que cuando sacaron el DVD, de ahí en adelante lo empezaron a pasar mal.^[188]​ En noviembre, hicieron una serie de presentaciones en España, Estados Unidos y México.^[189]​

Justo un año después, Los Prisioneros regresaron al Estadio Nacional para estar en el cierre de la Teletón 2002; antes de ejecutar el primer tema, González comentó que era «lindo» que el «ego gigante» de los artistas que quieren figurar y «la avaricia y el buen sentido del negocio» de las empresas, que pueden subir los precios, pagar menos impuestos, hacerse publicidad, y, a través de sus consumidores, «ayudar», sirviera como aporte para los niños del evento caritativo. Mientras interpretaban «Quieren dinero», siguió con su ironía al modificar la letra con citas a los políticos Lavín y Hernán Büchi, más los empresarios Andrónico Luksic y Anacleto Angelini, y los Pinocheques.^[190]​ A pesar de los duros cuestionamientos a sus dichos, reiteró que era «bueno» que transformaran algo como Kike Morandé o Cecilia Bolocco, «en algo positivo que es la ayuda para los niños [...] [porque] todo el año no significan nada más que una cosa grosera, superficial, de avaricia, de malos ejemplos, que rebajan la cultura [...] [y] el nivel intelectual de todo el mundo por la televisión», y que también era una autocrítica porque formaban parte de eso.^[191]​

En febrero de 2003, tras tocar en el Bamboo Square de Perú, González concedió una entrevista al diario local Correo, donde dijo que los chilenos eran una «mierda», unos «flojos y ladrones», y remató que «a veces le daba vergüenza ser chileno»; antes del recital, en una conferencia de prensa de la banda, mencionó que los chilenos estaban dispuestos a usar sus armas contra Perú y Bolivia. Cuando regresaron, la cámara de diputados acusó al vocalista de cometer una infracción a la Ley de Seguridad del Estado y los diarios señalaban el descontento popular.^[192]​^[193]​ Las Últimas Noticias calificó a González como «antipatriota».^[165]​ El 6 de febrero, Los Prisioneros hicieron una conferencia de prensa en las oficinas de Warner Music, en donde el líder pidió disculpas al 99 % de los chilenos y afirmó que sus comentarios iban dirigidos a las grandes empresas económicas enriquecidas en la dictadura militar como Lucchetti.^[194]​

El 22 de febrero, Los Prisioneros se presentaron por primera vez como formación original en el XLIV Festival Internacional de la Canción de Viña del Mar luego de que el Monstruo silbara contra la banda las jornadas anteriores cuando eran nombrados.^[193]​ Por su parte, González fue obligado a firmar un contrato en el que se le prohibió expresamente hablar, sin embargo, fiel a su estilo irreverente, cuando subieron al escenario, entró desafiante pidiendo pifias (silbatinas) al público, y se las ingenió para lanzar sus críticas al improvisar en las canciones: en «Sexo» arremetió contra la hipocresía de los canales de televisión conservadores Canal 13 y Mega que decían defender los valores cristianos mientras se callaban los crímenes cometidos en la dictadura, o bien transmitían contenido subido de tono inmediatamente después del sermón religioso con el que cerraban el noticiero, y también contra la oposición de la Iglesia católica al uso del condón.^[45]​ En «No necesitamos banderas» y «Latinoamérica es un pueblo al sur de Estados Unidos» atacó duramente a George W. Bush, la guerra de Irak, el chauvinismo y la xenofobia, y en «El baile de los que sobran» criticó el segregacionismo del sistema educacional chileno, además, atacó directamente a la prensa, siendo premiados con las dos antorchas y la gaviota de plata.^[195]​ Las declaraciones del vocalista no solo repercutieron en Chile, también en medios de otros países de Latinoamérica como RPP y Peru.com de Perú, y el diario El Universal de México, este último señaló que el grupo pasó a la historia del Festival.^[196]​ Tuvieron el mayor nivel de audiencia de la edición festivalera, con 47 puntos de cuota de pantalla.^[179]​ La Cuarta señaló que la crítica los eligió de forma unánime como la mejor actuación de las seis noches,^[197]​ y los lectores de EMOL por amplia mayoría como «el mejor concierto popular del año».^[198]​

Los Prisioneros repletaron por tercera vez el Estadio Nacional,^[199]​ ante 60 000 personas, en un concierto que dieron el 29 de marzo con 65 músicos de la Orquesta Sinfónica Nacional Juvenil, financiado por el gobierno de Chile y bajo la gestión de la primera dama Durán, para recaudar fondos para becas y compras de instrumentos para la Fundación de Orquestas Juveniles e Infantiles y las Escuelas de Rock. González aprovechó de alabar al presidente Ricardo Lagos por no apoyar al gobierno de Estados Unidos en la guerra de Irak.^[200]​^[201]​

El 13 de mayo, Los Prisioneros liberaron el primer corte de su nueva placa, «Ultraderecha», desde la cancha del Estadio Nacional a través de un móvil para el programa Ciencia ficción de la radio Rock & Pop conducido por Sergio Lagos.^[202]​ Se posicionó en el primer lugar en las radios chilenas y tuvo buena difusión en las de Colombia.^[203]​ El 5 de junio publicaron su primer álbum con canciones originales en trece años, titulado simplemente Los Prisioneros que incluyó el tema «Canción del trabajo», una idea original de Narea y que permitió que González reescribiera.^[204]​^[205]​ A dos horas de su lanzamiento, obtuvo disco de oro con más de 10 000 copias vendidas,^[206]​ sin embargo, el disco no tenía el sonido característico del trío, por lo que fue recibido por los fanes con extrañeza y de forma negativa por la crítica, quienes lo catalogaron un álbum «techno», a pesar de que había temas que contaban con guitarras como «Europa» y otros estilos como funk en «El otro extranjero».^[207]​ Jaime Meneses de Rockaxis comparó el disco con una pintura: «es un cuadro hecho con pinturas de diversos colores que se ven bien de lejos, pero que de cerca irradian algunas fallas».^[208]​ Con solo 20 000 copias, se le consideró un pequeño fracaso.^[209]​ El 24 de julio, presentaron «San Miguel» como segundo sencillo en un recorrido en una micro amarilla que hicieron por la comuna que los vio crecer y forjar como grupo, nuevamente para Ciencia ficción, donde contaron sus vivencias en aquella localidad.^[210]​ La canción la compuso para La cultura de la basura, y su hermano Marco le recordó y decidió incluirla en el disco.^[211]​ Entre mayo y agosto se presentaron en Bolivia, Perú y Ecuador.^[212]​^[213]​

En agosto, dieron varios espectáculos llenos en Colombia.^[214]​ El 5 de septiembre, volvieron una vez más al Estadio Nacional para participar en un concierto El sueño existe a tributo de Salvador Allende, interpretaron cuatro temas más «Bailan sin cesar» de 31 minutos,^[215]​ que habían tocado durante la prueba de sonido sin darle aviso a Narea.^[216]​ Días después, estuvieron en el homenaje a Víctor Jara en el Estadio Chile, rebautizado en su honor como Estadio Víctor Jara.^[217]​

Las tensiones en Los Prisioneros ya estaban nuevamente presentes desde septiembre de 2002, luego de que Narea escuchara los demos del nuevo álbum que le entregó González, quedó defraudado a diferencia de lo entusiasmados que estaban Tapia y Fonseca.^[218]​ Durante la grabación no quería grabar las guitarras,^[30]​ ponía constantemente en duda que las canciones serían del agrado del público, cuestionando, además, que la capacidad del compositor del grupo, fuera la de antaño. Esto empezó a molestar a los demás, en especial a González, lo que detonó en la expulsión del guitarrista.^[219]​^[220]​

El 16 de septiembre, mediante un comunicado entregado por Warner Music, Fonseca hizo pública la partida de Narea.^[222]​ Al día siguiente, Los Prisioneros tocaron sin él en la apertura de La Yein Fonda, con el entonces líder de Pettinellis en su reemplazo, Álvaro Henríquez.^[223]​ No obstante, Fonseca había cerrado un trato para un último concierto con la formación original el 21, en el cierre de la Fiesta de la Pampilla de Coquimbo.^[224]​ El distanciamiento quedó reflejado cuando Narea llegó a la ciudad por separado del resto de la banda, y alojó en un hotel distinto al de ellos, incluso en el recital, instancia en donde González hizo oficial su salida: «Esta no es precisamente una actuación muy alegre para nosotros porque [...] es la última vez que tocamos con nuestro compadre Claudio».^[225]​ A la mañana siguiente, la página web de fanes de la banda dio a conocer una carta escrita por Narea, en la que exponía su destitución y las causales.^[226]​ Los Prisioneros ya tenían con antelación una conferencia de prensa programada para el 25 de septiembre con motivo de hablar sobre sus siguientes pasos y la participación de Henríquez.^[227]​ Al llegar ese día, pese a la negativa del nuevamente dúo de querer referirse sobre los recientes dichos del exguitarrista, los periodistas enfocaron la rueda de prensa en eso, lo que derribó en que Tapia admitiera el despido y finalizara en un exabrupto, cuando un furioso González abandonó el lugar tras arrojar los micrófonos al piso,^[228]​ lo que repercutiría negativamente en la gira con Café Tacuba en Chile y las ventas del álbum En las raras tocatas nuevas de la Rock & Pop,^[h]​ que no superó las 1000 copias.^[230]​^[231]​

El 5 de octubre, Los Prisioneros iniciaron una serie de conciertos en México, en el que incluyeron dentro de su reportorio el tema «Déjate caer» de Los Tres.^[232]​ Por esos días, la gente empezó a llamarlos «Los Prisionellis»,^[233]​^[234]​ nombre dado por Henríquez como broma para explicar esta nueva alineación durante la fallida conferencia de prensa.^[228]​ El 31 de octubre, partieron la gira con Café Tacuba en Antofagasta,^[235]​ luego por Santiago —en el Court Central del Estadio Nacional, con Ángel Parra, Roberto Lindl y los integrantes de Petinellis de invitados—,^[236]​ Concepción y Viña del Mar, sin lograr convocar en ninguno a más de 5000 personas por función,^[237]​^[238]​ apenas cerca de 20 500 en total.^[231]​ La banda quiso recuperar lo perdido en el marco de la gira en México, pero el nivel de producción era de menor calidad que el de Chile, y solo compartieron escenario con Café Tacuba en un festival de Monterrey. Durante esos días, González empezó a discutir con Henríquez, pues el último no llegaba a las pruebas de sonido y en lugar de eso iba a fiestas. En una presentación en Mexicali, llegó diez minutos antes de que empezara.^[239]​ A pesar de esto, la relación entre los dos no quedó afectada porque Henríquez era el líder de Los Tres.^[220]​ El 14 de diciembre, actuaron por última vez con Henríquez en Curicó. A principios de 2004, el sitio web de la banda confirmó que ya no seguía como invitado.^[131]​

Narea seguía como miembro de Los Cuatro Luchos Limitada, sociedad creada por Los Prisioneros y Fonseca para el reencuentro;^[231]​ para quedar desligado, interpuso una querella a la banda y al mánager en junio de 2004, en la que también exigía la suma de sesenta millones de pesos como pago de su parte, proceder que le criticaron tanto ellos como los seguidores.^[240]​ La demanda quedó en desistimiento gracias a un arreglo extrajudicial.^[241]​ Su salida produjo la venta de sus derechos, y en 2006, González pediría disolver la asociación para no seguir con el pacto comercial, y, aunque le pudo dar fin, no pudo concretar su liquidación al no llegar a un acuerdo con las demás partes, y no sería hasta 2016, que el vocalista solicitaría el término de giro ante el Servicio de Impuestos Internos, lo que dejó a la sociedad impedida de todo tipo de actividad desde entonces.^[242]​

El 30 de enero de 2004 es presentado Sergio «Coti» Badilla como integrante formal de Los Prisioneros en Calera de Tango. Badilla formó parte del proyecto de Tapia, Razón Humanitaria, y participó en el álbum Los Prisioneros. Incorporado en el grupo desde 2001 como técnico, los acompañó en las últimas treinta presentaciones, incluyendo las giras por México, Estados Unidos y España.^[243]​ González pasó a ser primer guitarra como en la época de Corazones, Badilla segunda guitarra —programando las bases y bajos— y Tapia batería. A finales de enero y principios de febrero hicieron una gira por Chile, para luego empezar a grabar un nuevo álbum.^[131]​ El 27 de marzo, participaron en el homenaje a Gladys Marín en Estación Mapocho y estrenaron un tema nuevo: «Mr. Right», con Gonzalo Yáñez como invitado en tercer guitarra.^[244]​ El 9 de junio, Yáñez es presentado miembro oficial en el Gimnasio Regional de Talca.^[245]​ Como adelanto al nuevo trabajo, el ahora cuarteto lanzó el primer sencillo «El muro», tema acerca de los problemas limítrofes entre México y Estados Unidos.^[246]​

El sexto y último álbum, Manzana, que contó con las colaboraciones de Henríquez y Beto Cuevas,^[115]​ Marisol García señaló que en este álbum recuperaron la fuerza roquera descuidada en el homónimo. «La guitarra eléctrica se utiliza aquí sin timidez (solos, rasgueos rápidos, ritmos ska, etc.)».^[247]​ El álbum incluyó además el tema «Azota», una versión en español de «Whip It» de Devo, y la canción «Acomodado en el rock and roll», una burla a Narea.^[248]​ Lo presentaron el 19 de agosto en el Teatro Providencia, y lo promocionaron en Estados Unidos, Canadá, Perú y México.^[249]​ El segundo sencillo «Manzana» contó con la participación de la cantante infantil Christell Rodríguez como protagonista del videoclip.^[250]​ Apenas vendió 9000 copias,^[251]​ pero logró un mayor reconocimiento en Perú, Colombia y México.^[252]​ Según Rodrigo Pérez Maldonado de La Nación, el haber realizado escasa difusión en suelo nacional, con una breve gira en regiones y dos conciertos en Santiago, redujo enormemente el impacto local.^[253]​

En diciembre, al hacerse oficial que Los Prisioneros se radicarían en México, tuvieron dos bajas. La primera de ellas la de Yáñez, quien dejó amistosamente la banda para enfocarse en su primer disco solista.^[254]​ A principios de 2005, le correspondió el turno a Fonseca, quien aseguró que era en buenos términos para priorizar su vida familiar.^[255]​ Años más tarde confesó que había tenido una gran pelea con González en el mismo año 2005 en Cali (Colombia), donde sentía que Los Prisioneros ya eran un «caballo muerto» y el cantante no quería admitirlo.^[256]​ Luego de ser reemplazado primero por Víctor Varela y después por Patricio Guzmán, el hermano de González: Marco, fue el último en tomar las riendas del grupo.^[257]​

El 9 de abril tuvo lugar la despedida en el estadio Santiago Bueras de Maipú con una asistencia de 8000 personas, solo la mitad de su capacidad.^[258]​ González ya tenía una vivienda en Ciudad de México, en tanto Tapia no concretaba su mudanza.^[259]​ En agosto el baterista regresó a Santiago a comprar sus bienes raíces, de esta manera la banda no podía hacer nuevo material ni ensayar los conciertos, por lo que pactaron terminar sus compromisos para separarse el 1 de marzo de 2006.^[257]​ El 3 de febrero, participaron en el Festival de La Serena y el 10 de ese mes tocaron en Coelemu, la última presentación de la agrupación en su país.^[260]​ El 18 de febrero actuaron en el Aula Magna de la Universidad Central de Venezuela, Tapia le reveló al diario local, El Mundo, que este era el último concierto de Los Prisioneros y que se disolvieron.^[261]​ Según la prensa, durante el espectáculo que duró apenas una hora, el vocalista se enfrentó duramente con el público, después se marchó al hotel mientras Tapia y Badilla seguían en el escenario y los asistentes los llamaban «traicioneros».^[260]​^[261]​ González le aseguró a la revista Rolling Stone, que los aplaudían.^[257]​ Marco lo logró convencer de que volviera para terminar el concierto.^[262]​ Cuando llegó, estaba solo en el escenario. Tras finalizar, los asistentes quedaron molestos y González y Tapia peleados, el primero volvió a México y el segundo a Chile con Badilla.^[260]​^[261]​^[263]​

Tras la disolución definitiva en 2006, ha habido múltiples ofertas para reunir al trío sanmiguelino, desde tentativas de privados hasta algunas de mayor perfil, como la del Maquinaria Festival 2012.^[264]​ En 2014, González rechazó una propuesta formulada por personeros del canal Chilevisión, que pretendía juntarlo solo con Tapia en un concierto en el Estadio Nacional.^[265]​ El baterista manifestó en varias oportunidades haber estado dispuesto a volver a tocar con Los Prisioneros,^[266]​ pero supuestamente abandonó para siempre esa idea debido a una negativa de Narea, de participar en una reunión de la banda que tenía planificada por el estallido social, algo que el guitarrista negó tener conocimiento. Siguiendo con este relato, González habría estado de acuerdo,^[267]​^[268]​^[242]​ pero en una entrevista en pleno estallido, cuando le preguntaron si estaba dispuesto a juntarse nuevamente con sus antiguos compañeros dadas las circunstancias del momento, respondió: «La verdad, no. Ya fue. Mejor dejarlo ahí. Hay que buscar a los nuevos Prisioneros».^[118]​

En enero de 2009, Narea y Tapia aparecieron juntos en La Cumbre del Rock Chileno II después de más de cinco años de separación, desde entonces conformaron con el que ofrecieron numerosos conciertos interpretando temas de la banda.^[118]​ En paralelo, González armó una banda que incluía a Gonzalo Yañez, para recrear en vivo en una gira por Chile a La voz de los '80 por su 26.º aniversario.^[269]​ Más tarde, haría lo mismo con Corazones en dos ocasiones en 2012 y en 2014, acompañado en ambas oportunidades esta vez de Aguayo.^[270]​ En noviembre de 2015, Tapia participó en el concierto Nada es para siempre, realizado en el Movistar Arena en homenaje a González, quien reaparecía tras haber sufrido nueve meses antes un accidente cerebrovascular. Juntos interpretaron «El baile de los que sobran», la primera vez en casi una década desde la violenta ruptura de Los Prisioneros.^[271]​ González se despediría definitivamente de los escenarios en La Cumbre del Rock Chileno, poco más de un año después.^[272]​ Lo más «cercano» a una reunión del trío sanmiguelino, sucedió unos meses después, cuando Narea y Tapia asistieron a la inauguración del primer paseo de la fama chileno, Boulevard de la Música, para ser homenajeados junto con otros artistas. González no pudo estar en la ceremonia, pero apareció en un vídeo grabado, que observaron sus excompañeros.^[273]​

A fines de 2010, bajo el nombre de Narea y Tapia, el dúo dispuso de tres canciones para bajar gratuitamente en su sitio web, y en tan solo dos meses superó el millón y medio de descargas en más de veinte países de los cinco continentes. Entre los temas incluyeron «Fiesta nuclear»,^[274]​ descartado de Los Prisioneros.^[204]​ Después de nunca concretar la grabación de un álbum por diferencias musicales, cada uno tomó su propio rumbo: Tapia formó la banda Travesía y Narea reanudó su carrera solista, aunque siguieron tocando juntos en vivo,^[275]​ hasta la pandemia de COVID-19.

Durante 2025, se promocionó la gira de Tapia por Colombia y Ecuador como una de Los Prisioneros,^[276]​^[277]​^[278]​ con su hijo Amaru como baterista, Marcelo Soto como guitarrista, Alexis Bugueño como bajista y el también exprisionero Coti Badilla como tecladista.^[278]​

El 31 de agosto de 2011, EMI relanzó los primeros cuatro álbumes bajo la premisa de contener nuevas remasterizaciones, algo negado tajantemente por los fanáticos, que denunciaron que eran las mismas de 1995.^[279]​ González afirmó que el sello no le consultó nada acerca de los másteres.^[96]​ A pesar de ello, los cuatro discos lograron entrar a los diez más vendidos en Chile.^[280]​ En 2012, todo el catálogo de EMI pasó a manos de Universal Music Group, incluido el de Los Prisioneros, con excepción de La voz de los '80, ya que a este solo lo distribuía y ese mismo año finiquitó el convenio.^[281]​ Por lo tanto, junto con Estadio Nacional, La voz de los '80 permaneció fuera de todo el catálogo de la banda.^[282]​^[i]​ En 2014, regresó a las tiendas tras haber desaparecido el año anterior, de la mano de Chilevisión Música con motivo de su trigésimo aniversario, primero salió en CD, y más tarde en casete y vinilo, además de debutar en plataformas de servicios de música streaming como Spotify y Deezer.^[284]​

En 2005, Los Prisioneros dieron su aprobación para la realización de una película biográfica sobre la banda, pero el proyecto pasó por varias productoras y quedaría abandonado tras la separación de la banda,^[263]​ hasta que finalmente pudo estrenarse en 2012 Miguel San Miguel, con Tapia como asesor en el guion.^[285]​ Para la serie televisiva de Chilevisión Sudamerican Rockers, ni González ni el baterista cedieron los derechos de las canciones ni del uso del nombre del grupo, respectivamente,^[282]​^[286]​ caso contrario con la serie Los Prisioneros de Movistar Play, donde sí brindaron todos los permisos.^[287]​ Narea, el único sin injerencias relacionadas con regalías ni dividendos por conceptos de marca,^[288]​ reclamó que solo Tapia recibió ingresos por esta última serie, al haber negociado en solitario con la productora como dueño del nombre Los Prisioneros.^[289]​

En 2019, surgió la sociedad San Miguel Spa —formada por González, Tapia, Fonseca y Alfonso Carbone— y en septiembre de ese año consiguió un acuerdo con la compañía española Altafonte, para cederles la distribución comercial, promoción y mercadotecnia del catálogo de Los Prisioneros; como adelanto por los derechos en territorio español, la empresa les dio 80 000 USD. A finales de 2019, cerraron otro trato con el sello discográfico Al abordaje, en la que esta recibía el 70 % de las regalías por ventas de fonogramas, mientras que San Miguel Spa el 30 %.^[242]​ En cuanto al material publicado tras el reencuentro, estos pertenecen a González, Tapia y Fonseca en la sociedad que formaron llamada San Miguel, la cual Narea abandonó pero que de igual manera recibe ingresos equitativos.^[153]​

En mayo de 2021, el baterista anunció su intención de jubilarse,^[290]​ En 2023, Tapia decidió salir de su retiro para interpretar en vivo todo Corazones.^[291]​

En octubre de 2023, Fonseca fallece producto de un cáncer de riñón, a la edad de 62 años. Los tres exprisioneros destacaron su importancia en el éxito del grupo.^[292]​

Según Álex Zapata en la revista digital Pensamiento Crítico, Los Prisioneros encarnaron un «estado anímico de quiebre con la generación anterior» tomando la herencia punk en su esencia básica, una preocupación por el individuo a que se debe ser auténtico —en oposición al Canto nuevo— manifestándose por medio del new wave, incluso, en la estética, «si el look [del Canto nuevo] incluía el pelo largo, la barba, las vestimentas e indumentarias artesanales, Los Prisioneros utilizaban el pelo corto, sin barba y las vestimentas que cualquier joven pobre podía encontrar en las tiendas de ropa de segunda mano».^[293]​ Sobre este movimiento, Tapia explicó que «lo que nos molestaba era que el Canto nuevo nos parecía muy adornado para lo que estaba pasando. Y lo que estaba pasando era que existían detenciones por sospechas, [...] torturas y matanzas. No era para estar diciendo metáforas. Creo que Jorge proyectaba y sintetizaba muy bien lo que estábamos viviendo como grupo, y lo que conversábamos».^[294]​

El Mostrador describió a González que «tiene esa sensibilidad característica, que se mueve entre la rebeldía adolescente, la opinión política contestataria, un sufrido viaje por el mundo de las drogas, la experimentación musical y el tenor del ídolo popular que a través de buenas canciones y elementos inexplicables se conecta directamente con el público», además de ser la voz y compositor principal de la banda.^[295]​

Cuando entraron al liceo escuchaban principalmente a The Beatles, Kiss, Queen, Bee Gees, Supertramp, entre otros.^[298]​ En marzo de 1981, escucharon un especial de The Clash y su reciente álbum Sandinista! (1980) en Radio Concierto, y quedaron sorprendidos por la diversidad de sonidos desde punk, rock, reggae, rap, jazz, disco e incluso vals, y todo esto con un toque humorístico, algo nuevo para ellos que estaban acostumbrados a un rock más tradicional.^[299]​ The Clash no solo tuvo una gran influencia en el aspecto musical, sino también lírico e ideológico: «Sus canciones mostraban una postura política definida, que nos hizo tomar conciencia de muchas cosas y decidimos que [...], si hacíamos música, no podíamos callarnos frente a lo que pasaba», declararía Narea tras la muerte de Joe Strummer.^[300]​ Esto se reflejó en los discos La voz de los '80 y La cultura de la basura, así como en la lírica y estética del videoclip «We are sudamerican rockers».^[297]​ El asombro por esta banda los llevó a escuchar otros artistas que también cultivaban estos géneros, como The Specials, The Stranglers, Bob Marley,^[301]​ The Cars, Adam and the Ants, Devo, entre otros.^[257]​^[302]​ Varios medios han señalado influencias de The Police, pero en diversas ocasiones lo negaron.^[301]​^[303]​

González dijo que La voz de los '80 tiene una alta influencia de Miguel Bosé, Cecilia, Nacha Pop o Florcita Motuda, mientras que Pateando piedras la influencia musical derechamente no era chilena, y que en su lugar escuchaba principalmente «gringerías» como Depeche Mode, Ultravox, Thomas Dolby, Heaven 17, y también de grupos de new wave como The Cure, o de indie rock como The Smiths y Aztec Camera.^[304]​^[305]​^[306]​^[307]​ Para Corazones, González reconoció influencia en artistas melodramáticos como Salvatore Adamo, Sandro, Camilo Sesto, Julio Iglesias, Nino Bravo, Los Ángeles Negros, Jeanette, Joe Dassin y Los Galos,^[j]​ y también de músicos electrónicos y pop como George Michael, Pet Shop Boys,^[270]​^[310]​ Rick Astley,^[98]​ The Human League, Mixmaster Morris, Inner City, A Guy Called Gerald, The KLF y Phuture.^[311]​

Bajo el seudónimo Los Apestosos, con influencias de bandas como Siniestro Total, La Polla Records, Gabinete Caligari, y el grupo pop Golpes Bajos, grabaron los temas: «Generación de mierda», «Invitado de honor», y las versiones de estudio de temas compuestos en la época de Los Pseudopillos y Los Vinchukas: «Policías y ladrones», «King Kong el mono» y «Dejen respirar», en los que imitaban a sus bandas favoritas.^[312]​ En 1988, luego de leer la biografía de The Beatles, empezaron a escuchar los artistas que influenciaron al cuarteto de Liverpool en sus inicios, como Elvis Presley, Bo Diddley, Gene Vincent, Buddy Holly, Chuck Berry, entre otros.^[313]​ Por recomendación escucharon a The Cramps, mientras que González leía relatos de H. P. Lovecraft. Con estas influencias, junto con Narea bajo el nombre de Gus Gusano y sus Necrofílicos Hemofílicos, comenzaron a experimentar con el rocanrol, haciendo canciones de tres acordes y letras dementes, solo por diversión. De todo este material emergió posteriormente «We are sudamerican rockers».^[314]​

Para Los Prisioneros, según el cantante, tuvo influencia de los trabajos anteriores de la banda, en cómo podían utilizarlos ahora. ^[303]​ De acuerdo con el diario en línea El Mostrador, el homónimo musicalmente es más cercano a Corazones que a cualquier otra producción, pero algo que recuerda a La cultura de la basura es la «dulzura» del coro de niños en «Canción del trabajo». Pero «San Miguel», «Concepción», «Mami» y «En el cementerio» están de alguna forma conectadas con el sonido de Los Tres.^[295]​ «Ultraderecha» tiene influencia de XTC.^[207]​

En sus inicios Los Prisioneros definieron su música como new wave.^[315]​^[316]​ González aclaró en más de una oportunidad que eran una banda pop y no de rock.^[317]​^[318]​^[319]​ Mediante una nota previa del primer recital en el Estadio Nacional, realizada por Alfredo Lewin para el programa MTV Rocks, González degradó este último género al decir que la palabra rock le sonaba sumamente «ridícula», que el rocanrol tuvo sentido en los años cincuenta, y que bandas como The Doors y Led Zeppelin eran en realidad «grandes negocios disfrazados de rebeldes», y para terminar dijo: «cuando nosotros partimos, [en] el año 83, ya la palabra rock era ridícula. Nunca nos hemos definido como una banda de rock. Creo que el culto al rocanrol es una estupidez con patas».^[320]​ En una entrevista en 2011, afirmó que creía que Los Prisioneros definitivamente fueron más una banda de techno pop que de rock.^[321]​ El Mostrador dijo que en realidad «Los Prisioneros nunca han sido puristas del rocanrol, al contrario, a lo largo de su carrera han unido elementos de la new wave, el techno, el punk, la música romántica latina y por supuesto el pop».^[295]​

La voz de los '80 ha sido señalado como un disco punk, pero González negó que cultivaron el género en el debut.^[322]​ Bajo Los Apestosos mostraron íntegramente su faceta punk.^[312]​ Según la banda chilena Bambú, que integraba Quique Neira, «No necesitamos banderas» es el primer reggae grabado en Chile,^[323]​ mientras que Salas Zúñiga dijo que fue «El ermitaño» de Banda Metro en 1983, y que entre las que siguieron estaba «Latinoamérica es un pueblo al sur de Estados Unidos».^[324]​

Pateando piedras y Corazones son propiamente techno.^[325]​ Eduardo Ibeas, líder de Chancho en Piedra, dijo que fue muy arriesgado para Los Prisioneros «haber hecho su segundo disco cambiando radicalmente el sonido de la banda, pasar de guitarras al estilo The Clash, al sonido de los sintetizadores, y así y todo seguían sonando como Los Prisioneros».^[326]​ De acuerdo con González, «Muevan las industrias» les dio identidad en América Latina en países como Colombia, Venezuela, Perú, porque sonaba diferente a las grandes potencias del rock en español y argentino.^[304]​ El productor musical Cristián Heyne la señaló como una de las canciones mejor logradas del trío: «[Es] una canción única. Hay una oscuridad allí, una solidez sonora que no se puede encontrar en ningún otro grupo chileno». El musicólogo Juan Pablo González dijo que «marcó un puente sonoro en los años ochenta, desde una sonoridad artesanal, donde prevalecían la lana de los chalecos chilotes y las guitarras arpegiadas [del Canto nuevo], hacia este mundo new wave, de sonidos tecnológicos y textos clarísimos, donde no había cabida a las metáforas y a la agenda política de la época».^[326]​

La cultura de la basura ha sido señalado como el álbum más roquero de la agrupación,^[327]​^[75]​ aunque en palabras de Marisol García es «un disco con mayor apoyo en secuencias electrónicas y un sonido más áspero».^[328]​ El sitio web Santiagocultura.cl afirmó que Corazones logró romper «preconceptos autoimpuestos por el rock y cambió definitivamente el rumbo de la canción pop».^[329]​ Gepe dijo que las canciones del álbum «son tan potentes como un riff de AC/DC: tienen un grado de síntesis, de fuerza y de verdad, que no se veía desde Las últimas composiciones, de Violeta [Parra]». Asimismo dice que para él y su generación «el disco Corazones es como la piedra angular de todo el electro algo, del electropop, del electro canción o de la canción linda no más, cuando la música deja de ser rock».^[108]​

Pese al paso del tiempo, las canciones de Los Prisioneros permanecen aún vigentes gracias al contenido de sus letras que se han acoplado hasta tiempos más recientes, lo que las ha llevado a ser analizadas así como utilizadas como protesta frente a algún descontento. En 2020, Andrés Panes en La Tercera señaló que las letras de La voz de los '80 han seguido repercutiendo, no solo por los comentarios de desprecio primermunistas a Latinoamérica o «las garras de la comercialización». «Veo a la gente pegada en sus pantallas y pienso que la antigua mentalidad televisiva ahora es una mentalidad 5G; celebro el éxito de Bad Bunny y J Balvin convencido de que el planeta necesita aún más sangre latina, roja, furiosa y adolescente». También señaló que los publicistas todavía usan el sexo como el mejor gancho comercial y que algunos nunca quedan mal con nadie en las redes sociales.^[330]​ A comienzos de los años 2010, González decía que ahora es «un barrio penca».^[331]​ Por otra lado, en 2017, el senador chileno Jorge Pizarro dijo que «Latinoamérica no es un pueblo al sur de Estados Unidos», ya que según él: «Ya no somos un pueblo [...] que acata las órdenes que emane el presidente de turno en la Casa Blanca. Ahora somos un conjunto de naciones que aprendió la dolorosa huella del intervencionismo de la Guerra Fría y que ante eso, ha optado por defender la institucionalidad y el imperio del derecho internacional».^[332]​

«¿Quién mató a Marilyn?» es la canción más antigua de La voz de los '80. Tapia hizo la letra en el liceo como crítica y sátira a la televisión chilena de esos años, que comentaba a diario acerca de la muerte de Marilyn Monroe, evadiendo las violaciones de los derechos humanos en la dictadura militar.^[333]​ La periodista de La Tercera Mónica Garrido aseguró que algunos versos como: «Dicen que fue un comunista, dicen que fue un sandinista» despertaron la alarma de la dictadura, siendo censurada.^[334]​

En 2006, año en que Pateando piedras cumplió veinte años, el actor Héctor Morales opinó que las letras del álbum seguían siendo actuales de «forma impresionante», y que encajaban en cualquier etapa de Chile.^[335]​ Poco antes del aniversario n.º 25, Jaime Bellolio analizó las letras con el Chile de 2011 en el blog de El Mercurio, tocando temas como HidroAysén y el movimiento estudiantil. «Y veinticinco años después vemos que parte del resentimiento —pero no la gracia, la novedad ni la melodía— sigue vigente».^[336]​ «El baile de los que sobran» se convirtió en un himno sobre las diferencias sociales en Chile,^[337]​^[46]​ utilizado para retratar la desigualdad en el sistema educativo de Chile en las últimas décadas,^[338]​^[339]​ así como también coreado por masas en diversas manifestaciones del país, como el movilización estudiantil de 2011^[340]​ y el estallido social en 2019.^[341]​ González declaró en ambas oportunidades que le daba tristeza que el tema siguiera vigente y que nada cambiara desde que la escribió.^[342]​^[343]​ «El baile de los que sobran» ha sido cantado en otros países de América Latina como Colombia, en el paro nacional universitario de 2018^[344]​ y las protestas iniciadas en 2019 extendidas hasta 2021,^[345]​^[346]​ las protestas en Perú de 2020,^[347]​ así como Argentina y México.^[348]​^[349]​ El cantautor Florcita Motuda dijo en 2001 que es un tema representativo para la época en que se escribió: «De hecho, es una canción atemporal porque funciona a la perfección en los tiempos que corren».^[116]​

Para la cantautora Javiera Mena, Corazones es un disco político así como un referente porque «Jorge hizo algo muy pionero y muy diferente, que es meter la crítica social con ironía, así como lo hace Pet Shop Boys. O sea, "Noche en la ciudad" es una canción muy política, el mismo "Tren al sur"». «Corazones rojos» habla del machismo desde esta perspectiva, lo que ha llevado a algunos a interpretarla literal.^[350]​^[351]​ Considerada adelantada a su tiempo, para González más bien está «atrasada».^[118]​ En 2016, el periodista Alejandro Ribadeneira del diario El Comercio de Ecuador citó uno de los versos finales de la canción para cerrar su análisis sobre Maluma y su controvertido tema «Cuatro babys», quien aseguró que por esos días la lucha de los derechos de la mujer vivía un retroceso: «Maluma, claro, no tiene la culpa. Es un hijo más del sistema, uno en que Dios, como dicen Los Prisioneros en su canción "Corazones rojos", también es hombre».^[352]​ Ese año, el diputado Gabriel Boric recitó algunos versos del tema en la Cámara de Diputados, como apoyo a la despenalización del aborto,^[353]​ mientras que para el aniversario n.º 30 de Corazones, el grupo performance feminista LASTESIS lo reversionó agregando nuevas estrofas y declararon que podían seguir incluyendo, con más evidencias a la violencia de género.^[354]​

Los Prisioneros son considerados una banda contestataria, algo que siempre rechazó González. En los años ochenta dijo que las canciones del grupo no estaban sustentadas en una base ideológica ni contestataria, sino que, una vez hechas, aparecía el trasfondo: «Sólo contamos lo que cualquiera siente. Hay gente que reclama contra la sociedad capitalista no porque se haya leído a Marx, sino porque simplemente no le alcanza la plata para comprar todo lo que la televisión le enseña que debiera tener para ser feliz. [...] Decir que somos contestatarios suena muy publicitario. Nosotros no reclamamos contra una persona sino contra el sistema como tal».^[355]​ En 1990, a tres meses de que asumió el gobierno democrático, desestimó que fueran un símbolo de lucha en contra de la dictadura, y se lo atribuyó a bandas como Sol y Lluvia e Inti-Illimani.^[356]​ Una década después, insistió nuevamente y dijo que Los Prisioneros eran un grupo pop que no estaba comprometido con causas sociales.^[357]​

Narea en Mi vida como prisionero dijo que si bien Los Prisioneros no era una banda política, simpatizaban con ideas de izquierda:

Recuerdo cuando Jorge comenzó a hablar de socialismo un día mientras caminábamos por San Miguel. [...] Pero en realidad no era tan común que al interior de la banda habláramos sobre política, pues la música era lo que nos llenaba. [...] No tuvimos presos políticos en nuestras familias, ni salíamos a protestar, [...] aunque igual llegamos a detestar a Pinochet observando las cosas que pasaban por esos días, como el caso de los profesionales degollados, por ejemplo.
Jorge González ha dicho muchas veces que la letra era un relleno en las canciones de Los Prisioneros. Él fue quien inventó aquellas canciones. [...] Nuestra banda será recordada siempre por los que vivieron la dictadura, precisamente por eso, porque había dictadura y no se podía hacer casi nada, salvo cantar canciones de Los Prisioneros. No tengo ni idea si la fama y la popularidad de la banda hubiesen sido igual sin los milicos, pero me da la impresión de que no. Creo que pertenecemos a esa época nos guste o no.^[358]​

Salas Zúñiga señaló que surgieron en un momento en que la mayoría del público buscaba un icono en el que creer «y que hasta ese momento no aparecía por ninguna parte. Por lo mismo, sus canciones sonaban tan originales y tenían tanta repercusión. [...] Los Prisioneros eran un grupo pop de características posmodernas que reflejaron el desconcierto vital de una década donde imperó el relativismo moral y el descreimiento».^[359]​Fonseca dijo que la visión del trío sanmiguelino era simplemente ser un grupo exitoso. «Por eso no circunscribían las letras a Chile. Ahora, con el tiempo, uno se da cuenta de que pese a eso la gente convirtió esas canciones en una herramienta de lucha contra la dictadura. Por eso, Jorge se incomoda cuando le preguntan sobre esto, porque él nunca sintió haciendo canciones de protesta».^[360]​

Los Prisioneros, en especial González, mantuvieron una pésima relación con la prensa de Chile dependiente con la derecha. En 2001, González explicó: «Gran parte de nuestra relación con los medios tiene que ver con que todo nuestro crecimiento ha sido de nosotros con el público. [...] Con qué autoridad negocia esa gente de El Mercurio, Copesa, que está interesada en poner un gobierno de ultraderecha para poder pagar pocos impuestos y tener más billete».^[361]​

En sus comienzos, la prensa por entonces controlada por Pinochet, acostumbraba a censurarlos y a criticarlos a lo largo de su carrera. En septiembre de 1987, mientras actuaban en Plaza de toros de Acho de Lima, unas personas arrojaron proyectiles al escenario.^[362]​ Al día siguiente, la prensa chilena destacó ese hecho en lugar de referirse al éxito que estaban teniendo en Perú.^[363]​ El Mercurio tituló «Los Prisioneros agredidos en Perú» con el subtítulo «Una experiencia inolvidable vivieron los integrantes del conjunto rock contestatario chileno Los Prisioneros, durante el concierto que ofrecieron ante más de 7000 frenéticos jóvenes, que agredieron a los músicos con diversos objetos».^[53]​ Años más tarde, González declaró que a partir de ahí asumieron como los trataría la prensa de su país cada vez que tocaran fuera de Chile.^[364]​

A pesar del retorno de la democracia, a principios de la década de 1990, y de la banda en 2001, la relación no pareció mejorar, los medios de prensa criticaron severamente las declaraciones del vocalista en la Teletón 2002 y en el Festival de Viña en 2003,^[45]​ en este último el grupo acusó a la prensa de querer hacer una campaña de desprestigio contra ellos en los días previos a su presentación.^[202]​ De acuerdo a Fonseca para Radio Cooperativa, la conferencia en la que González botó los micrófonos, marcó un «punto final» y un «comienzo» de su nueva relación entre la prensa.^[365]​ En octubre de 2003, Tapia dijo a los periodistas en Ciudad de México, que tenían mala relación con la prensa chilena; estaban cansados de las cosas que inventaban y solo querían salir de su país.^[366]​ En abril de 2005, antes de subir al escenario en el concierto de despedida de Chile para partir a tierras aztecas, González se acercó a la prensa y les dijo irónicamente: «Este adiós no es tan emotivo porque seguiremos tocando en México».^[258]​

Tras el despido de Narea, González lo acusó de asociarse con la prensa derechista y de hablar mal de Tapia y de él desde su primer retiro de la banda, diciendo que era el «alma» y el «auténtico», y que ellos se vendieron. Incluso, durante el reencuentro, aseguró que siguió hablando mal de ellos a sus espaldas, criticando sus composiciones en el álbum Los Prisioneros, y que después de abandonar el grupo por segunda vez, continuó desprestigiándolos.^[367]​ El guitarrista desmintió todas esas acusaciones y aseguró que la prensa de ultraderecha les dio harta difusión cuando sacaron el disco Manzana, y que no querían destruir a la banda como tanto afirmaba el cantante.^[368]​

En la última etapa, la prensa chilena ni siquiera mencionaba las giras que Los Prisioneros realizaban entre 2004 y 2005 en Estados Unidos, Canadá, México, Bolivia, Ecuador, Venezuela, Colombia, Perú y Chile, o las reducían como un fracaso.^[252]​ Solo se refirieron al último concierto en Caracas en 2006, que según los medios chilenos, fueron «pifiados y se pelearon», siendo esto desmentido por González en la revista Rolling Stone.^[257]​

Para la reunión de Los Prisioneros en 2001, el suplemento Icarito del diario La Tercera indicó que a pesar del éxito internacional de La Ley y del prestigio artístico de Los Tres, Los Prisioneros eran los músicos chilenos más influyentes de las últimas dos décadas. Florcita Motuda dijo: «Ningún grupo encajó mejor en el perfil de la banda clásica de rock como Los Prisioneros».^[116]​En 2006, el locutor radial Sergio Cárcamo, dijo: «En Chile siempre hemos tenido tribus. Nunca ha habido movimientos musicales ni unidad. Se habla el "movimiento" de la Nueva ola, del "movimiento" de la Nueva canción chilena, se tiraban mierda para cada lado. [...] No hay ningún grupo que catalice todo eso. Yo creo que los que catalizaron, que reflejaron el sentir de su época: Los Prisioneros en los ochentas, Los Tres fueron lo más importante de los noventas, y no ha reventado el de esta década».^[369]​ Otros músicos chilenos como Beto Cuevas, han reconocido la importancia que tuvieron Los Prisioneros.^[370]​ Salas Zúñiga dijo que tal vez Los Prisioneros y Los Jaivas fueron las únicas bandas chilenas que compitieron de igual a igual con los grupos argentinos y extranjeros en el gusto del público.^[359]​

Cuando Los Prisioneros visitaron por primera vez Concepción, el diario El Sur los presentó como la «piedra inicial de un nuevo movimiento musical chileno».^[371]​ Según los periodistas Óscar Contardo y Macarena García, la publicación de La voz de los '80 marcó el inicio de la historia del pop chileno.^[372]​ EMOL dijo que Los Prisioneros con La voz de los '80 «dejaron a largo plazo una marca indeleble en el recorrido de la música rock en Chile [...] No era habitual escuchar sonidos como los de esas canciones en un medio atrasado de noticias si se trataba de rock. Palabras y ritmos como reggae, ska, punk, rockabilly, new wave o techno pop sonaban de por sí atractivos y novedosos [...] Tampoco era habitual escuchar verdades como las de esas diez canciones, entre el entretenimiento dictado sobre todo por la televisión local de la época».^[373]​ Tapia dijo que La voz de los '80 influenció a varios músicos chilenos de la época que hacían música jazz rock a atreverse a hacer rock y pop,^[374]​ pero para González esto vino de antes y no era una influencia musical como tal:

Cuando comencé a estudiar [en la Facultad de Artes de la Universidad de Chile], la música que yo hacía con mis influencias, no había nadie más que hiciera lo mismo. [...] los demás que después crearon bandas de un género parecido a Los Prisioneros, hacían o gustaban de algo bastante distinto [...].
Justamente, creo que por haber estudiado yo ahí, quizás influenció un poco a los demás, porque ellos vieron a Los Prisioneros de inmediato. No los conocieron cuando ya eran famosos, sino que nosotros tocábamos con ellos, con la diferencia que ellos tenían bandas de jazz-rock y usaban el pelo largo.
De todas maneras la influencia nuestra es en cuanto a que ellos nos vieron como tipos que lo lograron, no es una influencia musical, porque para la mayoría, la influencia musical era Charly García, el de Clics modernos.^[375]​

Los Prisioneros redefinieron el rock chileno, que estaba automarginado tras el golpe de Estado de 1973, siendo un éxito comercial —pese a no tener el apoyo de medios masivos en sus inicios— gracias a la contingencia social de sus letras y su independencia de la política partidista.^[376]​ Fueron fundamentales para que el rock chileno saliera de la clandestinidad poniéndolo en los medios masivos,^[293]​ permitiendo así que entraran bandas como Aparato Raro, Cinema, Upa!, Valija Diplomática, Aterrizaje Forzoso, Electrodomésticos, Banda 69, Fulano, entre otras.^[377]​^[378]​

Los militares demoraron un tiempo en descubrir el impacto de Los Prisioneros, en su lugar, les preocupaba el Canto nuevo. Cuando Fonseca pegaba afiches de la banda, los Carabineros le preguntaban el motivo del nombre, entonces él les respondía que se sentían «prisioneros de la música, de sus problemas», y nunca lo detuvieron.^[360]​ Narea comentó que tomaron conciencia de las posibles repercusiones poco después, al ser aconsejados por productores de cambiárselo porque sonaba un «poco fuerte».^[379]​ En 1987, la Comandancia de la Guarnición Militar de Victoria les prohibió tocar en la ciudad al aplicar la Ley de Seguridad del Estado por «promover el sexo libre y atentar contra la moral y las buenas costumbres» y «ser negativos para la juventud».^[80]​^[328]​ Cuando tocaban en vivo «¿Quién mató a Marilyn?» el público respondía «los pacos», en un recital en Lota coreaban insistentemente eso que la policía intervino para impedir que el concierto siguiera.^[333]​«¿Por qué no se van?» que era dedicado a los artistas esnob, el público pensaba que iba dirigido a los militares.^[380]​ Igualmente en conciertos la gente coreaba «Pinochet» mientras interpretaban este tema.^[379]​ Los periodistas Óscar Contardo y Macarena García comentaron que la censura al grupo no hizo sino aumentar su reconocimiento, dotándolos de autenticidad que los acompañó por años. «Eran el correlato pop de las jornadas de protesta de esos meses».^[37]​

Álex Zapata dijo que se convirtieron en la voz de la generación hija de la dictadura, un canal de difusión de la juventud que se sentía atada de manos y que iba contra todo lo que significara poder, sistema establecido o establishment.^[293]​ Salas Zúñiga los situó a la altura de Los Jaivas y Congreso, por traspasar generaciones con un discurso vivo y un sonido reconocible en la historia musical chilena:

En el caso de Los Prisioneros es retroactiva, muy interesante, ellos desde que aparecieron causaron un impacto impresionante, un desborde masivo y popular que no se había visto en una banda de rock chileno. Han permanecido en la memoria colectiva porque representan algo muy real, de los 80, una masa de jóvenes excluidos del sistema de la bonanza económica y obligada a vegetar en empleos de semi esclavos o condiciones de la mayor discriminación educativa y social. Creo que lo demostraron y representaron con canciones brillantes, muy orejas, bien realizadas para lo que era lo que era el público chileno. Los Prisioneros llegaron con mucho valor a fuera de las fronteras chilenas, concretamente en Perú y Colombia lograron un impacto muy fuerte que les valió una canonización inmediatamente en el espacio radial y comunicacional en esos países urbanos. En Perú hay seguidores que son casi masivos y mayoritarios como los que hay en Chile.^[381]​

De acuerdo con Radio Futuro, Violeta Parra y Víctor Jara ayudaron a los chilenos a descubrir y amar sus raíces, mientras que Los Jaivas los enseñó a viajar sus mentes, Los Prisioneros les dio como lección «resumir un mundo entero en tres minutos y medio», además: «Condensar voces e ideas en canciones inolvidables, de esas que nos quitan la palabra de la boca y hablan por ti, por mí y por todos nosotros».^[382]​

Los medios chilenos empezaron a tomar más en cuenta a Los Prisioneros tras el éxito de su segundo álbum, Pateando piedras.^[102]​ La revista Super Rock los eligió como el mejor grupo de Chile, a Pateando piedras como mejor álbum, a Jorge González como mejor compositor y a «El baile de los que sobran» como la mejor canción del año, igualmente recibirían premios por el tema, el álbum y el conjunto en Perú y Colombia, mientras que en Ecuador por «Sexo».^[33]​ En 1991 son premiados con el premio Laurel de Oro como «mejor grupo rock pop».^[102]​ En sus presentaciones en el Festival Internacional de la Canción de Viña del Mar en 1991 y 2003, el público los premió con antorcha y gaviota.^[383]​ En octubre de 1993 la cadena latinoamericana de MTV elige abrir sus transmisiones con el videoclip de «We are sudamerican rockers».^[6]​ En 1998, el videoclip de «Sexo» dirigido por Cristián Galaz, es premiado con el Coral Negro en el Festival de Cine de La Habana (Cuba).^[384]​

De los cuatro álbumes publicados en la primera etapa de la banda, la versión chilena de Rolling Stone incluyó a tres de ellos dentro de los 50 mejores discos chilenos de la historia: La voz de los '80 (n.º 3), Corazones (n.º 9) y Pateando piedras (n.º 15).^[385]​ Entre el receso y la reunión, vendieron más de 700 000 copias,^[137]​^[170]​ cifra solo superada por «El rock del Mundial» de Los Ramblers, como los artistas que más han vendido dentro de la música chilena.^[94]​ Ya en el segundo período superaron las 800 000 unidades,^[k]​ más de cuarenta discos de platino en Chile, un millón de discos en el extranjero, además, una convocatoria de 200 000 espectadores en su gira de reencuentro chilena.^[186]​

La canción «Tren al sur» ha sido elegida por los lectores de la revista digital Satélite Natural, como la séptima mejor canción del rock latino de todos los tiempos,^[386]​ por la revista Billboard, dentro de las 25 obras maestras del rock en español en la misma posición,^[387]​ y por la revista estadounidense Rolling Stone en el puesto número dieciocho de las 50 canciones más importantes de pop latino.^[388]​

Asimismo en septiembre de 2023, la edición estadounidense de la revista Rolling Stone ubicó a Corazones como el 23° mejor disco de rock latinoamericano de la historia.^[9]​

• 1984 - La voz de los '80
• 1986 - Pateando piedras
• 1987 - La cultura de la basura
• 1990 - Corazones
• 2003 - Los Prisioneros
• 2004 - Manzana

• Sitio web oficial
• Los Prisioneros en Discogs
• Especiales La Tercera - Los Prisioneros: 15 años del Estadio Nacional