Por mucho tiempo existió cierta controversia con el año exacto de nacimiento, ya que algunos autores mencionaron fechas como: 1790 (Carlos Roberto Centurión),^[3]​ 1779 (Julio César Chaves)^[4]​ y 1785 (Benigno Riquelme García),^[5]​ sin embargo, recientes investigaciones confirmaron que Rivarola nació en el año 1782 en Typychaty, Barrero Grande, Cordillera.^[2]​ El nombre de Typychaty proviene del guaraní (typycha + aty) que significa "el lugar donde hay muchas escobas", ya que antiguamente en ese lugar se fabricaban escobas artesanales con la vegetación de la zona.^[6]​^[7]​^[8]​

Era hijo del capitán español Juan Bautista Rivarola Pereira y de María Antonia Recalde Chaparro, quienes tuvieron 2 hijos: Juan Bautista y José Matías.

En 1820 Juan Bautista Rivarola se casó con María Gregoria Acosta Cortázar, hija del portugués Blas de Acosta Freyre, regidor, alcalde de Asunción y hacendado dueño de grandes extensiones tierras en la zona hoy conocida como «Acosta Ñu» (en español: 'campo de Acosta'). De este primer matrimonio nacieron 8 hijos: Juan Bautista Ramón, María Mercedes, Marcelina, José León, Manuel, Rosa Catalina, Vicenta y Juan José.^[9]​^[10]​

En 1831 falleció su esposa, por lo que en 1834 Juan Bautista Rivarola se casó con su cuñada María Felipa Acosta Cortázar y tuvieron 7 hijos: Cirilo Antonio, Juan Blas, Isabel, Fernando, Pedro Alejandro, María de la Cruz y Catalina.^[11]​

Uno de sus nietos fue el teniente Octaviano Rivarola Diaz de Bedoya, quien combatió a sus 20 años en la Guerra de la Triple Alianza como torpedero junto con el sargento Cuatí (José María Ortigoza) bajo el mando de José Eduvigis Diaz. También participó del intento de toma de los acorazados brasileños como segundo de Lino Cabriza y bajo el mando de Ignacio Genes, quien le salvó la vida.^[12]​^[13]​^[14]​

Una de sus hijas, Isabel Rivarola se casó en la posguerra de 1870 con el oficial brasileño João José de Bruce, hijo del conocido oficial naval de origen sueco João Guilherme de Bruce.^[15]​

Una de sus nietas, llamada Josefina Carmen Rivarola se casó en 1883 con Emilio Aceval, sobreviviente de la batalla de Acosta Ñu, quien posteriormente llegó a ser presidente de Paraguay.^[16]​

Entre sus descendientes se destacan también sus tataranietos: el escritor Juan Bautista Rivarola Matto, el periodista José María Rivarola Matto y el mayor José Efraín Infante Rivarola, caído en combate durante la Guerra del Chaco.^[17]​

Una de las nietas de su hermano José Matías, llamada Bienvenida Rivarola terminaría casándose con el conocido historiador, escritor y político Juan Silvano Godoy.^[18]​

Mientras que de la rama familiar de su tío Juan José Rivarola descienden el coronel Valois Rivarola y el músico Emiliano R. Fernández.^[19]​

Juan Bautista Rivarola inició sus estudios en su pueblo natal y luego en el Real Colegio Seminario San Carlos de Asunción.^[20]​^[21]​

Rivarola con 25 años de edad, como militar de caballería participó bajo el mando del gobernador Bernardo de Velasco en la lucha contra los ingleses durante la segunda invasión inglesa al Río de la Plata en el año 1807.^[22]​

En 1811, con 29 años Rivarola combatió en el bando realista (bando paraguayo) contra los invasores porteños de Manuel Belgrano en las batallas de Paraguarí y Tacuarí, donde tuvo una destacada actuación, de hecho, uno de sus cuñados el teniente Gervasio Acosta murió heroicamente en la batalla de Tacuarí durante una osada carga de la caballería paraguaya en contra de las fuerzas porteñas.

En la revolución de mayo de 1811, Juan Bautista Rivarola, colaboró junto con otro de sus cuñados, el teniente Juan Bautista Acosta, quien era el oficial a cargo del Cuartel de la Rivera de Asunción para sumar sus fuerzas a favor de la revolución. Por lo que su participación fue muy importante para asegurar el éxito del golpe contra el gobernador Bernardo de Velasco que ocasionaría la independencia del Paraguay el 14 y 15 de mayo de 1811.^[23]​

Después de la revolución de mayo ocupó algunos cargos militares y sobrevivió a la purga de 1820 llevada a cabo por el Dr. Francia en contra de una supuesta conspiración. Al parecer se llevaba bien con el Dr. Francia, pues en 1837 el dictador le firmó un documento de compra de tierras sin mostrar ningún rencor o inconveniente.

Con 59 años de edad, Rivarola asistió como diputado representante del pueblo de Barrero Grande al congreso paraguayo del 12 de marzo de 1841, donde presentó un proyecto para crear una constitución para el país, pero que al final no se aprobó, debido a la oposición de Carlos Antonio López y sus partidarios, quienes argumentaron que aún no era tiempo de ello y que habían otras prioridades; en dicho congreso se estableció el consulado de Carlos Antonio López y Mariano Roque Alonso.^[24]​

Según autores como Benigno Riquelme García, la última aparición de Juan Bautista Rivarola fue con 80 años de edad en el congreso paraguayo de 1862, donde se proclamó presidente de la República al general Francisco Solano López.^[25]​

En sus últimos años se retiró a vivir tranquilamente con su familia en su estancia en Typychaty, Acosta Ñu, Barrero Grande, donde falleció el 9 de octubre de 1867, con 85 años de edad, aunque algunos autores afirman que en realidad falleció 10 años antes en 1857. Sea como fuere, sus restos fueron velados y enterrados en el oratorio de su estancia en Typychaty (actualmente llamada Villa las Mercedes).^[25]​^[26]​

Entre 1878 y 1879, luego de la Guerra de la Triple Alianza y luego de la muerte del presidente Cirilo Antonio Rivarola, los hijos restantes de Juan Bautista Rivarola vendieron todas las tierras y bienes que pertenecieron al prócer (entre ellas la estancia de Typychaty, Acosta Ñu) al señor Adolfo Saguier y a su familia.^[25]​

En 1893 sus descendientes trasladaron sus restos al cementerio municipal de Barrero Grande y la tumba del prócer siguió siendo fácilmente identificable gracias a informaciones dadas en 1956 por Enriqueta Rivarola, nieta del prócer que tenía 98 años en ese entonces.^[25]​

Durante el mandato del capitán Cipriano Martínez como intendente de Eusebio Ayala se decidió ampliar el área urbana de la ciudad y parte del cementerio iba a ser demolido, por lo que la tumba del prócer sería trasladada, fue entonces que el Dr. Carlos Teichman (profesor que visitaba frecuentemente el pueblo para investigaciones históricas sobre Acosta Ñu) solicitó llevar los restos del prócer (en nombre del reconocido profesor Andrés Aguirre) en una caja a Asunción para mostrarlos al profesor Juan Boggino (de la Facultad de Ciencias Médicas) para su identificación, este a su vez lo derivó con el profesor Carlos Alberto Pusineri Scala, que afirmó que revisó dichos restos, pero que no podía asegurar su autenticidad. En 1957 falleció el Dr. Teichman sin herederos, entonces, por mandato judicial se hacen cargo de sus cosas, el Dr. Víctor Vasconcellos (director del Colegio Nacional) y su secretario de apellido Echauri, quienes trasladaron todas las pertenencias (libros y piezas arqueológicas) del Dr. Teichman al Colegio Nacional de la Capital ese mismo año de 1957, según testimonio brindado por Roberto Neu, en cuya casa vivió el Dr. Teichman. Nada se sabe de los restos del prócer desde entonces.^[25]​^[27]​^[28]​^[29]​

Lo único que quedó es su tumba vacía y algunas pertenencias de su familia como un abanico y un arcón colonial (cofre) que hoy se exhiben en el Museo Casa de la Independencia de Asunción.^[30]​

El 14 de mayo de 1911, en la plaza Independencia ubicada en el centro urbano de su pueblo natal Barrero Grande fue colocado un obelisco en honor a Rivarola, con motivo del centenario de la independencia de Paraguay.

Una calle del barrio Ciudad Nueva de Asunción y otra calle en la ciudad de Luque llevan su nombre en su honor.^[31]​

La zona donde se ubicaba una de sus estancias en La Colmena (Paraguarí) es conocida como «Rivarola Kué» (en español: 'antigua propiedad de los Rivarola').^[32]​^[33]​