La creación del Colegio Nacional de la Capital data del 4 de enero de 1877 por ley, se le pone el nombre del General Bernardino Caballero, en honor al héroe de la guerra de la Triple Alianza y presidente del país entre 1880 y 1886.

El 29 de diciembre, pero de 1876, por ley del Congreso se crea el Colegio Nacional de la Capital (C.N.C.). Por esta ley, se autoriza al Poder Ejecutivo a que proceda a la fundación de un Colegio de Enseñanza Superior, costeado con el 4% adicional creado para este fin, en la nueva ley de aduanas. El presidente Gill dando cumplimiento al artículo 2º de la ley del 4 de enero de 1877, nombró por decreto, para integrar la comisión de fondos, e invertirlos en la fundación y sostenimiento del Colegio a las siguientes personas: Higinio Uriarte, José Falcón, Segundo Decoud, Dr. Benjamín Aceval y al Dr. Próspero P. Gamba.^[1]​ El presidente Gill recurrió a los conocimientos del educador francés Pedro Dupuy para la creación del colegio.

El 10 de junio de 1875, desde Buenos Aires, le escribe su hermano Pedro Gill, lo siguiente: «Para establecer en esa un Centro de Educación de primer orden, tengo en vista al educador Pedro Dupuy, antiguo profesor que tuvimos en el curso de matemáticas dos años, costeado por el Gobierno de don Carlos Antonio López».

En una carta datada el 21 de marzo de 1876, el Ministro de Buenos Aires, don Carlos Saguier, dice al Presidente Gill: «El señor Dupuy me ha encargado decir a V.E. que asuntos personales le privan hasta el presente ir a regentear el Colegio Nacional, pero que trata de arreglarlos, para ir a ocupar su puesto de labor».

En diciembre de 1876, el Poder Ejecutivo elevó al Congreso el proyecto de Ley para la creación del Colegio, con la correspondiente exposición de motivos, y refrendado por el ministro de Justicia, Culto e Instrucción Pública, Bernardino Caballero.

El Senado y la Cámara de Diputados satisfaciendo un largo anhelo, decidieron a fines del mes de diciembre de 1876 preparar la ley de creación del Colegio Nacional, la que fue promulgada por el entonces Presidente de la República Juan Bautista Gill, el 4 de enero de 1877.^[1]​

La ley promulgada el 4 de enero de 1877 estuvo refrendada por Benjamín Aceval, debido a que Caballero, ministro titular de la cartera, había sido enviado días antes, en misión oficial. En ella, afirmó que era necesario no sólo reconstruir a la patria de la gran hecatombe del 70, sino también promover culturalmente a los ciudadanos, para preservar los valores de la nacionalidad terriblemente desfigurados por los invasores, y que había que «culturizar» al pueblo para que no se perpetuara indefinidamente la dependencia.

En noviembre de 1877 el presidente de la República Higinio Uriarte, interino, promulgó a su vez la ley que reglamenta el funcionamiento del Colegio Nacional, y que aparece en el Registro Oficial como "Bases bajo las cuales debe fundarse el Colegio Nacional creado por ley de 4 de enero de 1877; cuyos principales artículos señalan que:

           1º. La Comisión dispone para todos sus gastos del producto del adicional establecido para creación y sostenimiento del Colegio Nacional.

           2º. La enseñanza será gratuita para todos los alumnos.      

           3º. La enseñanza que se dará en el Colegio es la que constituye los cursos preparatorios completos: de manera que terminados ellos, puedan ingresar en el país o en el extranjero a las facultades mayores.

           4º. Habrá cincuenta y dos becas, que deberán ser ocupadas a razón de dos niños por cada circunscripción electoral para diputados al Congreso, de las veinte y seis en que está dividida la República.

           5º. La Comisión proporcionará a los niños agraciados con beca, además de la enseñanza en los términos del artículo 2º, gratuitamente la alimentación, los vestidos, los libros y demás necesarios.

           Con las leyes arriba transcriptas y comentadas quedaba estructurado legalmente el Colegio Nacional.

Antes se encontraba donde en la actualidad se ubica el Colegio Asunción Escalada, en la calle Iturbe c/ Eligio Ayala. En el año 1950 se traslada a la propiedad donde se encuentra en la actualidad, sobre la Avenida Eusebio Ayala.

El primer maestro en nombrarse fue Gastón Riviere, el mismo fue nombrado para la clase de francés.

El C.N.C. apoyó la creación de la Escuela de Derecho (hoy conocida como Facultad de Derecho) los gastos del mantenimiento y creación de esta escuela fueron solventados por el C.N.C. También en esta institución se fundó el primer centro estudiantil del país, el 15 de mayo de 1899, denominado "23 de Octubre " desde el año 1936, en homenaje a los estudiantes caídos el 23 de octubre de 1931 en los jardines del Palacio de los López, en ocasión de una protesta estudiantil en la que exigían al presidente José P. Guggiari una política clara de defensa del Chaco, porque la guerra con Bolivia por la posesión de ese territorio ya era inminente, y de hecho estalló unos pocos meses después. El Centro Estudiantil "23 de Octubre" está integrado por todos los alumnos de la institución, y ha servido de inspiración para la creación de los múltiples centros estudiantiles del Paraguay.

El Colegio Nacional de la Capital se encuentra en el barrio asunceno de Pinozá, sobre la Avda. Eusebio Ayala c/ Año 1811 a unos 300 metros de la Avda. General Santos.

El himno del Colegio Nacional de la Capital fue escrito por la profesora Rosario Gómez de Candia, la letra y composición de la música estuvo a cargo del conocido músico paraguayo Remberto Giménez.

En la actualidad cuenta con una cantidad importante de estudiantes, el colegio tenía un total de 1.143 alumnos en el año 2008,^[2]​ en los turnos mañana, tarde y noche, se implementa el Bachillerato Científico con énfasis en Ciencias Básicas, y Ciencias Sociales; y el Bachillerato Técnico con énfasis en Administración de Negocios, Contabilidad, e Informática.^[2]​ Hoy, el CNC sigue creciendo, teniendo 148 años de vida.

El uniforme escolar es obligatorio en todos los cursos. Se compone para los alumnos de un pantalón blanco, una camisa blanca, remera de la institución bajo la camisa, corbata gris, cinto tricolor, botas negras, insignia en la esquina superior derecha de bolsillo de la camisa ; en cuanto a las alumnas, usarán falda blanca cuatro dedos sobre la rodilla, cinto tricolor, camisa blanca, remera de la institución bajo la camisa, corbata gris, medias blancas hasta la rodilla, zapatos negros, insignia en la esquina superior derecha del bolsillo de la camisa.^[3]​ El uniforme diario consiste en pantalón azul, camisa blanca, remera de la institución bajo la camisa, zapato negro, insignia del colegio en la esquina superior derecha del bolsillo de la camisa, cinto negro, estas usan falda azul cuatro dedos sobre la rodilla, camisa blanca, remera de la institución bajo la camisa, insignia del colegio en la esquina superior derecha del bolsillo de la camisa, medias azules hasta la rodilla y zapatos negros. El uniforme deportivo consiste en un buzo, el pantalón rojo con dos rayas blancas bajo la rodilla de la pierna izquierda, y la campera de color blanco y rojo y en el lado izquierdo de esta las iniciales de la institución, "CNC"; debajo de la campera utilizan una Camiseta remera de la institución.^[3]​ Los alumnos miembros de la Comisión Directiva del Centro Estudiantil "23 de Octubre" utilizan una insignia bordada del CNC con la inscripción "CE 23 de Octubre" al lado izquierdo de la insignia de la institución y un brazalete tricolor en el brazo izquierdo cuatro dedos bajo el hombro. Los integrantes de la Bandalisa utilizan una insignia bordada con la inscripción "BANDALISA" en el brazo derecho dos dedos bajo el hombro. El uniforme del CNC es considerado sagrado por los alumnos y es utilizado impecablemente por cada uno de ellos.

Varias personalidades del mundo político, educativo, artístico, etc, incluyendo una lista de presidentes, pasaron por esta institución. Aquí una lista parcial de algunos egresados del CNC:

• Agustín Pío Barrios, artista.
• Alejandro Guanes, poeta.
• Arturo Alsina, escritor.
• David Galeano Olivera, lingüista.
• Delfín Chamorro, educador.
• Félix Toranzos, artista.
• Gabriel Casaccia, novelista.
• Lino Oviedo, general y político.
• Manuel Ortiz Guerrero, poeta y músico.
• Nicolás Leoz, dirigente de fútbol.
• Carlos Miguel Jiménez, Músico

• Andrés Héctor Carvallo Acosta (1902, ANR)
• Cecilio Báez (1905-1906, PLRA)
• Manuel Gondra (1910-1911 y 1920-1921 PLRA)
• Emiliano González Navero (1908-1909, 1912 y 1931-1932, PLRA)
• Albino Jara (1911, PLRA)
• Eduardo Schaerer (1912-1916, PLRA)
• Manuel Franco (1916-1919, PLRA)
• José Pedro Montero (1919-1920, PLRA)
• Eusebio Ayala (1921-1923 y 1932-1936, PLRA)
• Eligio Ayala (1923-1924 y 1924-1928, PLRA)
• José Patricio Guggiari (1928-1932, PLRA)
• Rafael Franco (1936-1937, PRF)
• Juan Manuel Frutos (1948, ANR)
• Tomás Romero Pereira (1954, ANR)

• Lista de Colegios de Asunción

• Página oficial del CNC
• Ministerio de Educación y Cultura