En una entrevista con Edward Luce de Financial Times en 2007, se declaró a sí mismo como un "conservador goldwateriano", en contraposición a ser un neoconservador.^[12]​También señaló que era seguidor de Edmund Burke. Además dijo: "Siempre he sido un conservador. La idea de un conservadurismo de gran gobierno tiene más adeptos neocon que conservadores sin modificaciones".^[12]​

El americanismo es la creencia central de Bolton, según The New York Times:

Mucho antes de que el señor Trump popularizara su lema de "América Primero", Bolton se definía a sí mismo como un "americanista" que priorizaba una visión fría de los intereses nacionales y la soberanía por encima de lo que ambos veían como una obsesión ingenua con la promoción de la democracia y los derechos humanos. Compartían un profundo escepticismo hacia el globalismo y el multilateralismo, una coincidencia que permitió a Bolton usar su tiempo en la Casa Blanca para orquestar la retirada de Estados Unidos de tratados de control de armas y otros acuerdos internacionales.^[13]​

Bolton es escéptico respecto a las organizaciones internacionales y al derecho internacional, pues considera que ponen en peligro la soberanía estadounidense, y no cree que tengan autoridad legítima bajo la Constitución de los Estados Unidos.^[14]​^[15]​Criticó la política exterior de la administración Obama por lo que percibió como una rendición de la soberanía estadounidense.^[16]​También prefiere el unilateralismo sobre el multilateralismo.^[14]​En un artículo de 2000 en el Chicago Journal of International Law, Bolton se describió a sí mismo como un "americanista convencido", prefiriéndolo frente a lo que describía como "globalismo".^[17]​Sin embargo, en sus funciones dentro del gobierno de Estados Unidos, Bolton ha sido más pragmático en sus acciones hacia las organizaciones internacionales,^[18]​aunque, según Foreign Policy, impulsó de manera efectiva sus posturas sobre este tema durante su mandato en la administración Trump.^[19]​

Bolton ha criticado a la Corte Penal Internacional, considerándola una amenaza para la soberanía de Estados Unidos.^[20]​Bolton dijo: "Si el tribunal viene tras nosotros, Israel u otros aliados de Estados Unidos, no nos quedaremos de brazos cruzados. Prohibiremos la entrada de sus jueces y fiscales a Estados Unidos. Sancionaremos sus fondos en el sistema financiero estadounidense y los procesaremos en el sistema penal de Estados Unidos".^[21]​

Bolton ha sido un fuerte crítico de la Organización de las Naciones Unidas durante gran parte de su carrera.^[22]​Su oposición a la ONU se basaba en un desdén hacia las organizaciones internacionales, que, según él, atentaban contra la soberanía de Estados Unidos.^[23]​^[24]​En 1994, declaró: "No existen las Naciones Unidas. Existe una comunidad internacional que ocasionalmente puede ser liderada por el único poder real que queda en el mundo, y ese es Estados Unidos, cuando conviene a nuestros intereses y cuando logramos que otros nos sigan".^[25]​

También declaró que "El edificio de la Secretaría en Nueva York tiene 38 pisos. Si hoy se perdieran diez pisos, no haría la menor diferencia".^[26]​Cuando se le presionó sobre esa afirmación durante el proceso de confirmación, respondió: "No existe burocracia en el mundo que no pueda hacerse más ágil".^[27]​Sin embargo, en un documento sobre la participación de Estados Unidos en la ONU, Bolton afirmó que "las Naciones Unidas pueden ser un instrumento útil en la conducción de la política exterior estadounidense".^[28]​

Bolton es un crítico de la Unión Europea. En su libro Surrender Is Not an Option, criticó a la UE por dedicarse al "interminable proceso de masticación diplomática" en lugar de resolver los problemas de manera satisfactoria, y calificó a los diplomáticos de la organización como "EUroids".^[29]​También ha criticado a la UE por impulsar lo que él considera políticas liberales.^[30]​En 2008, Bolton hizo campaña en Irlanda contra una mayor integración de la UE y criticó el Tratado de Lisboa por expandir los poderes de la Unión Europea.^[31]​En 2016, Bolton elogió el voto del referéndum del Reino Unido para salir de la UE,^[32]​y Axios informó en enero de 2019 que Bolton seguía defendiendo un Brexit duro como Asesor de Seguridad Nacional.^[33]​En una entrevista de marzo de 2019 con Sky News, Bolton criticó a la "clase política" del Reino Unido por no implementar el resultado del referéndum del Brexit.^[34]​

En septiembre de 2011, cuando la administración Obama declaró la muerte en Yemen del objetivo de Al Qaeda y radical estadounidense Anwar al-Awlaki, Bolton comentó: "Creo que es importante, a medida que figuras individuales de Al Qaeda y otros terroristas son eliminados, que no leamos más de lo que realmente hay. Consideren esta analogía: si estuvieran en la década de 1920 y alguien dijera, Dios mío, Vladímir Lenin ha muerto. Los bolcheviques nunca se recuperarán de esto... Así que, aunque la muerte de Al-Awlaki es significativa, no le daría consecuencias cósmicas".^[35]​

Bolton se opuso al acuerdo que George W. Bush hizo con el entonces líder libio Muamar el Gadafi para eliminar el programa de armas de destrucción masiva del país. Desempeñó un papel clave durante las negociaciones iniciales, pero su participación se fue limitando con el tiempo. Según un estudio de 2005, Bolton fue intencionalmente mantenido al margen para poder alcanzar un acuerdo final: "Se informó que Bolton desconocía el acuerdo sobre armas de destrucción masiva del 19 de diciembre hasta muy poco antes de su anuncio público. Y después de que inicialmente se le asignara un papel principal en su implementación, presionó tanto para retractarse del acuerdo que los británicos convencieron a la administración Bush de restringir su participación en el asunto de Libia".^[36]​

Bolton apoyó la intervención militar liderada por la OTAN en Libia que derrocó al régimen de Muamar el Gadafi.^[37]​^[38]​

Bolton es considerado un "arquitecto" de la guerra de Irak.^[39]​^[40]​^[41]​En 1998, fue firmante de una carta enviada al presidente Bill Clinton instándolo a remover a Sadam Huseín del poder utilizando el poder diplomático, político y militar de Estados Unidos.^[42]​Apoyó la invasión de Irak liderada por Estados Unidos que derrocó al régimen de Saddam Hussein y continuó manteniendo su apoyo a la invasión hasta 2018.^[43]​^[44]​En 2007, Bolton dijo que el único error que cometió Estados Unidos respecto a Irak fue no haberse retirado antes tras el derrocamiento de Saddam Hussein y decirle a los iraquíes: "Aquí tienen una copia de los Federalist Papers. Buena suerte".^[45]​

En marzo de 2023, Bolton defendió la decisión de invadir Irak, alegando que había preocupaciones de que Saddam Hussein buscara armas nucleares y se las proporcionara a grupos terroristas.^[46]​

Durante 2008, Bolton se opuso a la declaración de independencia de Kosovo.^[47]​En 2018 dijo: "La política de Estados Unidos es que, si las dos partes pueden resolverlo entre ellas y llegar a un acuerdo, no excluimos ajustes territoriales", y que Estados Unidos o Europa no "se interpondrían si las dos partes en disputa alcanzaran un acuerdo mutuamente satisfactorio".^[47]​

En julio de 2025, Bolton sugirió que Argelia ofreciera un regalo a Donald Trump para que él abandonara el reconocimiento estadounidense de la soberanía de Marruecos sobre el Sahara Occidental.^[48]​

Bolton es conocido por su firme apoyo a Israel. Se opone a la solución de dos Estados, que propone la creación de un Estado palestino independiente junto al Estado existente de Israel. Bolton apoyó el traslado de la embajada de Estados Unidos en Israel a Jerusalén, de acuerdo con la Ley de la Embajada en Jerusalén, y testificó ante el Congreso en 2017 sobre el asunto. En 2010, Bolton cofundó la Iniciativa Amigos de Israel junto con otras 12 figuras internacionales.

Bolton apoya lo que él llama la "Solución de Tres Estados" para determinar el estatus político de Gaza y Cisjordania. Según la Solución de Tres Estados de Bolton, Israel anexaría los asentamientos que ha construido en Cisjordania desde la conclusión de la Guerra de los Seis Días en 1967, Egipto anexaría y administraría la Franja de Gaza, y Jordania anexaría y administraría la porción restante de Cisjordania que no fuera anexada por Israel. La propuesta de Bolton no resultaría en la creación de un Estado palestino independiente.

Bolton se opuso al alto el fuego en la guerra de Gaza de 2023. En diciembre de 2023, propuso reubicar a los palestinos de Gaza. En abril de 2024, Bolton afirmó que la guerra de Gaza "es una guerra iraní contra Israel, librada a través de proxies terroristas", y que la única manera de poner fin al sufrimiento del pueblo de Gaza "es eliminar a Hamás, que es la causa del sufrimiento".

Bolton ha defendido ataques preventivos contra Corea del Norte e Irán. En marzo de 2018, sugirió que Corea del Sur tomara control de Corea del Norte y pusiera fin al régimen norcoreano como la única "opción diplomática", y afirmó que la guerra entre ambos países es su problema y no el de Estados Unidos.^[49]​

En 2006, Bolton intentó iniciar un proceso contra el presidente iraní Mahmud Ahmadineyad por incitación al genocidio en la Corte Internacional de Justicia, junto con Alan Dershowitz, Dore Gold y otros expertos de Estados Unidos, Canadá e Israel, basándose en los comentarios de Ahmadinejad de que "Israel debe ser borrado del mapa".^[50]​

En 2008, Bolton dijo: "La idea aquí no es generar hostilidades mucho mayores, sino impedir que los iraníes participen en las hostilidades que ya están realizando contra nosotros dentro de Irak. Y hacen algo muy parecido al apoyar a los talibanes en Afganistán. Así que esto no es provocativo ni preventivo, es totalmente una respuesta de nuestra parte".^[49]​En 2018, Bolton declaró: "Rusia, China, Siria, Irán, Corea del Norte. Estos son regímenes que hacen acuerdos y mienten sobre ellos. Una política de seguridad nacional basada en la fe de que regímenes como esos cumplirán sus compromisos está condenada al fracaso".^[51]​También afirmó: "Nuestro objetivo debería ser el cambio de régimen en Irán". The New Yorker describió que las personas que han trabajado con Bolton dicen que "está menos enfocado en Corea del Norte que en Irán". H. R. McMaster le dijo a Dexter Fikins que Bolton ha tenido "un enfoque obsesivo en Irán durante veinte años".^[52]​

A diferencia de varios de los primeros funcionarios de seguridad nacional del presidente Trump, como el asesor de Seguridad Nacional H. R. McMaster y el secretario de Estado Rex Tillerson, Bolton hizo campaña para presionar al presidente Trump a retirarse completamente del acuerdo nuclear con Irán de 2015 (el JCPOA) y rechazó la idea de que pudiera ser corregido. Al no poder presentar directamente su postura al presidente en ese momento, Bolton publicó su propuesta sobre cómo retirarse del acuerdo con Irán en un artículo del National Review el 28 de agosto de 2017.^[53]​Tras ser nombrado sucesor de McMaster como Asesor de Seguridad Nacional en abril de 2018, Bolton presionó al presidente para retirarse del acuerdo nuclear con Irán, decisión que el presidente Trump anunció un mes después.^[54]​Bolton ha sido uno de los halcones más fuertes contra Irán en la administración Trump.^[55]​

Hablando en una reunión del grupo de exiliados iraníes Mujahedin-e-Khalq en marzo de 2018, Bolton dijo que la administración Trump debería seguir el objetivo de un cambio de régimen en Irán y que "¡antes de 2019, aquí celebraremos en Teherán!".^[56]​

En 2019, Bolton, el primer ministro israelí Benjamin Netanyahu y el secretario de Estado Mike Pompeo sabotearon con éxito los intentos de Trump de abrir canales diplomáticos con Irán.^[57]​^[58]​

El 3 de enero de 2020, el general iraní de alto rango Qasem Soleimani fue asesinado en un ataque con dron de Estados Unidos, lo que aumentó considerablemente las tensiones existentes entre ambos países. En un tuit, Bolton calificó el ataque aéreo como "un golpe decisivo largamente gestado contra las malignas actividades de la Fuerza Quds de Irán en todo el mundo. Espero que este sea el primer paso hacia un cambio de régimen en Teherán".^[59]​

Antes de que fuera eliminada por Estados Unidos de la lista de Organizaciones Terroristas Extranjeras en 2012, Bolton habló a favor de la Organización de los Muyahidines del Pueblo de Irán (también conocidos como Mujahedin-e Khalq o MEK).^[60]​^[61]​El MEK se ha opuesto al Estado teocrático iraní desde poco después de la Revolución Iraní de 1979. Según su declaración financiera, recibió 40,000 dólares por su discurso ante el MEK en 2016.^[52]​De acuerdo con el 'Informe de Divulgación Financiera Pública de EE. UU.' (2018) requerido por la Ley de Ética en el Gobierno, publicado por Al-Monitor, Bolton recibió 40,000 dólares por honorarios de conferencista por "Eventos Globales–Eventos Europeos Iraníes" el 1 de junio de 2017,^[62]​el mismo día en que dio un discurso para el MEK en una reunión en París, Francia.^[63]​^[64]​^[65]​En mayo de 2018, Joanne Stocker, periodista e investigadora que estudia al MEK, dijo a Richard Engel de MSNBC que estima que Bolton recibió "en el extremo bajo, 180,000 dólares". La oficina de Bolton se ha negado a comentar al respecto.^[66]​

En 2013, después de que al denunciante de la NSA Edward Snowden se le concediera asilo en Rusia, Bolton dijo: "Creo que, para enfocar la manera de pensar de Putin, necesitamos hacer cosas que también le causen dolor. Y aunque sé que no tener la oportunidad de mantener una reunión bilateral con su amigo Barack Obama hará que Putin pierda el sueño, eso no perjudica los intereses rusos".^[51]​

El senador ruso Alexéi Pushkov, expresidente del Comité de Asuntos Internacionales de la Duma Estatal, dijo tras el nombramiento de Bolton: "Bolton, junto con Bush, Cheney y Rumsfeld, fue un ferviente partidario de la guerra en Irak. Un partidario de los yihadistas con tal de derrocarlo [al presidente sirio Bashar al-Ásad]. Un gran especialista en intervenciones y agresiones, y hábil en el uso de la fuerza. McMaster es un general. Bolton es el ideólogo de una nueva guerra fría, un convencido opositor de Rusia".^[67]​

En un artículo de junio de 2017 titulado "Vladímir Putin miró a Trump a los ojos y le mintió. Negociamos con Rusia bajo nuestro propio riesgo", Bolton calificó la injerencia rusa en las elecciones de Estados Unidos de 2016 como "un verdadero acto de guerra".^[68]​Como asesor de seguridad nacional de Trump en julio de 2018, Bolton se refirió a la investigación sobre la injerencia rusa como "la caza de brujas rusa".^[69]​

En un artículo de diciembre de 2021 titulado "Ahora es el momento de que la OTAN se enfrente a Rusia", Bolton pidió una respuesta agresiva al despliegue de tropas de Moscú a lo largo de la frontera con Ucrania, antes de que comenzara la invasión a gran escala en febrero de 2022.^[70]​

El 6 de julio de 2023, el presidente de Estados Unidos, Joe Biden, aprobó el suministro de municiones de racimo a Ucrania.^[71]​Bolton calificó la decisión como "una idea excelente".^[72]​

En 2018, Bolton criticó la política de Una sola China de Washington, según la cual Taiwán, oficialmente conocida como la República de China, no es reconocido como un país independiente, otorgándose el reconocimiento únicamente a la República Popular China.^[73]​

Sobre la notoriedad de China en asuntos de propiedad intelectual, en 2018 comentó que "Simplemente no hay excusa para el robo de propiedad intelectual, transferencias forzadas de tecnología, como a veces se les llama".^[73]​

Bolton dijo en octubre de 2018 que la necesidad de Estados Unidos de contrarrestar el aumento armamentístico de China en el Pacífico, incluida el área del Mar de China Meridional, fue una de las razones para su decisión de retirarse del Tratado sobre Fuerzas Nucleares de Rango Intermedio con Rusia, ya que China no es signataria del tratado.^[74]​^[75]​

El 20 de enero de 2021, el gobierno chino impuso sanciones contra Bolton y otros 27 funcionarios de la administración Trump que "planearon, promovieron y ejecutaron una serie de movimientos absurdos, interfirieron gravemente en los asuntos internos de China, socavaron los intereses de China, ofendieron al pueblo chino y perturbaron seriamente las relaciones entre China y Estados Unidos". Las sanciones les prohíben ingresar a China, incluyendo Hong Kong y Macao, y restringen a las empresas e instituciones asociadas con ellos de hacer negocios en China.^[76]​

Bolton es considerado por los medios periodísticos americanos como un anticomunista acérrimo y de tendencia marcadamente belicista. En la década de los 80, Bolton se ganó la fama de personaje brusco y directo en sus relaciones al interior del Capitolio. Ex subordinados testimonian que Bolton es un abusador con su personal, en especial con el género femenino.^[77]​ Se le ha considerado más nacionalista que neoconservador.^[78]​ Afín en cualquier caso a los neoconservadores, se le ha presentado también como un nacionalista conservador comprometido con el unipolarismo estadounidense.^[79]​ Carl Ford le describió como adulador de sus superiores y abusivo con sus subordinados.^[80]​

Bolton quien trabajó en la administración Trump entre 2018 y 2019, es uno de los más tenaces opositores a la reelección de Donald Trump como presidente de los Estados Unidos.^[81]​Entre sus argumentos declaró que Trump es:

• Fundamentalmente egoísta.
• No posee filosofía política.
• Es de tendencia aislacionista.
• Contrario a la permanencia de EE. UU. en la OTAN.
• Afín a líderes totalitarios.

Trump asimismo declaró que John Bolton es:^[82]​

• Esencialmente estúpido.
• Pro-belicista-militarista.
• Sobrepasa los límites.

En los inicios de su segundo mandato en enero de 2025, Trump retiró la protección gubernamental de su exasesor quien tenía amenazas de atentado de parte de Irán.^[83]​

Bolton ha realizado publicaciones de sus vivencias en sus cargos, entre estos están los siguientes:

• En 2008 publicó Rendirse no es una opción (Surrender is not an option) donde relata su gestión ante las Naciones Unidas.

• En 2010 publicó Cómo Barack Obama está poniendo en peligro nuestra soberanía nacional (How Barack Obama is Endangering our National Sovereignty) donde describe su punto de vista de la gestión demócrata en política internacional.

• En junio de 2020, después que un juez fallará a favor, John Bolton publicó un polémico libro llamado La habitación donde ocurrió (The room where it happened). Dicho libro, recibió una gran oposición por parte del gobierno de Donald Trump. En él se indican las supuestas maniobras retorcidas en política internacional del presidente Trump para conseguir su reelección e incluye conversaciones con líderes considerados adversarios hegemónicos de los Estados Unidos. Bolton retrata a Trump como un personaje que no es apto para ocupar el cargo de presidente de los Estados Unidos. Bolton, además, señala en él cuatro hechos importantes y no compatibles con el cargo: (1) Trump buscó apoyo en China para asegurar su reelección, (2) su intención de invadir Venezuela, (3) su apoyo a dictadores del agrado del gobernante y (4) su obsesión por la reelección.^[84]​^[85]​^[86]​

• Bosco, David (2005). «The World According to Bolton». Bulletin of the Atomic Scientists 61 (4): 24-31. doi:10.1080/00963402.2005.11460899. 
• Ryan, Maria (2010). Neoconservatism and the New American Century. Palgrave Macmillan. ISBN 978-1-349-28930-1. doi:10.1007/978-0-230-11396-1.