Estudió filología vasca en la Universidad de Deusto. En su juventud trabajó en profesiones variadas, entre las que destacan la de profesor de euskera y castellano y traductor y adaptador de películas y series (a euskera y castellano). Entre 1978 y 1980 colaboró con el grupo literario Pott banda, del que eran miembros Bernardo Atxaga, Joxemari Iturralde y Joseba Sarrionandia. En 1983 creó la revista literaria Ttua-ttuá junto a Laura Mintegi.^[2]​ Es miembro de la asociación de escritores vascos EIE y de la asociación de literatura infantil y juvenil Galtzagorri.^[3]​

Ha colaborado, además en diversos periódicos y revistas: Euskadi Sioux, Anaitasuna, Pott, Argia, Susa, Egunkaria o Zehar.^[4]​

En 1980 ganó el premio Toribio Altzaga de teatro por Eta beharbada ispilu beltz bat (Bak, 1981), primera publicación de Joanes Urkixo.^[3]​ En 1983 ganó el premio literario Kirikiño de relatos cortos creado por el Gobierno Vasco por su obra Dragoia eta laberintoa.^[5]​ Más tarde publicó su primer y hasta ahora último poemario: Berbak legez aiztoak (Susa, 1990).^[2]​

Sin embargo, la trayectoria del autor está ligada sobre todo a la Literatura Infantil y Juvenil. Según Xabier Etxaniz y Marijose Olaziregi, la aventura y la acción son los principales ingredientes de este escritor, que impulsó la ciencia ficción en la literatura juvenil.^[6]​ Urkixo retomó la ciencia ficción a través de Zeruak erori zirenekoa (Ibaizabal, 1998) y posteriormente publicó Thule (Elkar, 1998) gracias a la beca literaria Joseba Jaka.^[2]​ En 2003 fue el ganador del V Premio Abril, entregado por Editores Asociados, con su obra Gerlari zuria (El guerrero blanco).^[7]​

De entre los trabajos que han sido estrenados destacan largometrajes como Goomer (1999) de Filmax, Premio Goya a la Mejor Película de Animación en 2000; Supertramps (2003) de Irusoin-Dibulitoon, candidato a los Premios Goya 2004, Premio de cine infantil del Festival de Gijón 2004; Nico (2004) de BRB Internacional; Payasos al rescate (2005) de Lotura Films; Cristóbal Molón (2006), de Irusoin-Dibulitoon; Querida Bamako (2007), estrenado en el Festival Internacional de Cine de San Sebastián.^[8]​^[3]​

Es también el guionista de la película Lasa y Zabala, estrenada en octubre de 2014.^[7]​^[8]​

En su trayectoria literaria ha trabajado varios géneros:

• Elur gainean (1984, Erein)
• Lurra deika (1991, Erein)

• Berbak legezko aiztoak (1990, Susa)

• Patxi Trumoik letrak ikasi nahi ditu (1985, Erein)

• Patxi eta txoriaren bahiketa (1986, Erein)

• Shangai Tom espazioko zaindari (1992, Elkar)

• Bihotz ausarta (1996, Zubia)
• Thule (1998, Elkarlanean)
• Zeruak erori zirenekoa (1998, Ibaizabal)
• Lur izeneko oihana (2000, Zubia)
• Gerlari zuria (2003, Elkar)

• Argitxo Santageda egunean (2003, Ikastolen Federakundea)

• Argitxo iratxoa (2003, Ikastolen Federakundea)

• Argitxo eta Olentzero (2003, Ikastolen Federakundea)

• Argitxo Sanjuanetan (2003, Ikastolen Federakundea)

• Nerabeak eta beste munstro batzuk (2005, Aizkorri)

• Eta beharbada ispilu beltz bat (1981, BAK)

• Cuentos Incombustibles II (1982, Bilboko Liburusaltzaileen Elkartea)
• Lore Kontu-Kontu Lore (1985, Ondarroako Kultur Etxea)

• Bilbao ipuin biltegia (2000, Bilboko Udala)

• Bilbao lerrorik lerro (2001, Bilboko udala)
• Bilbo inguruko ipuinak = Cuentos alrededor de Bilbao (2013, Bizkaiko Foru Adundia, Kultura Saila)

• Richard II (1985, Antzerti)
• SOS Lusitania (2016, Harriet)
• Autobusa berriro bera gabe abiatu zen egunekoa (2017, Harriet)
• Hegoak Astinduz (2017, Harriet)
• Wounded (2017, Harriet)
• Inozoen errua (2017, Harriet)

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