Pasó los años 1836-1838 en un seminario de enseñanza en Altdorf bei Nürnberg, seguido de tareas docentes en Leipheim, Neu-Ulm y Augsburgo. Se retiró prematuramente de la enseñanza en 1861 debido a problemas con la vista.^[2]​

Con Otto Sendtner (1813-1859), profesor de botánica en la Universidad de Múnich, participó en excursiones científicas en las proximidades de Augsburgo y en todas las montañas de Allgäu. La investigación botánica de Caflisch incluía lo que afectaba a la distribución geográfica de las plantas por las condiciones climáticas, altitud y suelo.^[3]​

Fue miembro fundador de la Naturhistorischen Vereins en Augsburgo (Sociedad de Historia Natural de Augsburgo) y hasta su muerte en 1882, fue el encargado de las colecciones botánicas en el Museo de Ciencias Naturales de Augsburgo.^[4]​

• 1850. Uebersicht der flora von Augsburg (Listado de la flora de Augsburg)

• 1867. Beiträge zur Flora von Augsburg (Aportes a la flora de Augsburg)

• 1881. Excursions-Flora für das südöstliche Deutschland (Excursiones botánicas en el sudeste de Alemania) 387 pp.^[5]​

Especies

• (Cyperaceae) Carex × caflischii Brügger^[6]​

• (Rosaceae) Rubus caflischii Focke^[7]​

• (Violaceae) Viola caflischii Woerl.^[8]​
• La abreviatura «Caflisch» se emplea para indicar a Jakob Friedrich Caflisch como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[9]​

• Esta obra contiene una traducción derivada de «Jakob Friedrich Caflisch» de Wikipedia en inglés, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.

• «Jakob Friedrich Caflisch». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.). 

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