El 1 de mayo de 1844, Hildegarda contrajo matrimonio en la Iglesia de Todos los Santos de Múnich con el archiduque Alberto de Austria-Teschen, hijo del archiduque Carlos de Austria-Teschen y de la princesa Enriqueta de Nassau-Weilburg.^[1]​ El entonces archiduque Francisco José (futuro emperador Francisco José I de Austria) la describió en su diario en una entrada del 24 de mayo de la siguiente manera:

“Me gustó mucho, es bonita, tiene mejillas gruesas, una figura muy bonita, es bastante simpática, pero tiene, yo creo que, demasiado de la madre Emperatriz, especialmente la mirada larga y rígida."

Hildegarda y Alberto tuvieron 3 hijos:^[2]​

• María Teresa (1845-1927), que contrajo nupcias con el duque Felipe de Wurtemberg; de ellos desciende la casa ducal de Wurtemberg.
• Carlos Alberto (1847-1848).
• Matilde (1849-1867), comprometida con el futuro rey Humberto II de Italia, murió accidentalmente debido a las quemaduras causadas por un cigarro, que ocultó entre sus ropas, para que su padre no la viera fumar.^[1]​

Aunque fue al spa numerosas veces para tener más hijos después del nacimiento de su hija menor, no lo consiguió, por lo que el heredero de su esposo sería su sobrino Federico. Hildegarda era prima y amiga de la emperatriz Sissi. Fue una mujer religiosa, patrona de numerosas asociaciones solidarias.

Durante su estancia en Múnich para el funeral de su hermano, el rey Maximiliano II de Baviera, en marzo de 1864, Hildegarda se enfermo de una inflamación pulmonar y pleuresía, a causa de esto murió menos de un mes después al volver a Viena. Su corazón descansa en la Herzgruft de la Iglesia de los Agustinos. Su viudo la sobrevivió más de 30 años.

• Dama de primera clase de la Orden de la Cruz Estrellada.^[3]​^[1]​ (Imperio austrohúngaro)
• Dama de la Orden de Teresa.^[3]​^[1]​ (Reino de Baviera)

• Abadesa de la Institución de Damas Nobles de Santa Ana en Wurzburgo.^[4]​

1. ↑ ^{a b c d e} «BLKÖ:Habsburg, Hildegarde – Wikisource». de.wikisource.org (en alemán). Consultado el 14 de marzo de 2018. 
2. ↑ Hof- und Staatshandbuch der Österreichisch-Ungarischen Monarchie für das jahr 1918 (en alemán). 1918. p. 11. 
3. ↑ ^{a b c d} Nationalbibliothek, Österreichische. «ÖNB-ALEX - Staatshandbuch». alex.onb.ac.at (en alemán). Consultado el 14 de marzo de 2018. 
4. ↑ “Die” Ritter-Orden, Ehren-Verdienst-Zeichen ... im Königreiche Bayern mit ihren Sazungen (etc.) (en alemán). Königl. Reichsherolder-Amt. 1838. Consultado el 14 de marzo de 2018.