Pugsley hizo varios viajes de colectas de plantas por Francia, España, Alemania, Italia, y Austria.

En España recopila muestras de Narcissus haciendo revisiones de diferentes especies (N. asturiensis (Jord.) Pugsley). En Sierra Nevada, describe el endemismo Narcissus nevadensis Pugsley.

Publicó en 1930, una monografía sobre Euphrasia e identificó tres nuevas especies. Euphrasia pseudokerneri (1936)

Y una monografía sobre Narcissus en 1933, describiendo varias nuevas especies:

Otras especies descritas por Pugsley:

• Fumaria purpurea Pugsley (1902)
• Jasione montana L. var. latifolia Pugsley

Llevan su nombre las publicaciones:

• H. W. Pugsley Journal of Botany
• H. W. Pugsley The Naturalist

Especies

• (Papaveraceae) Fumaria pugsleyana (Pugsley) Lidén^[1]​

• (Amaryllidaceae) Narcissus × pugsleyi Fern.Casas^[2]​

• (Asteraceae) Hieracium pugsleyi P.D.Sell & C.West^[3]​

• h.w. Pugsley. 1930. A revision of the British Euphrasiae. J Linn Soc Lond Bot 48: 467−544
• ----------------. 1933. A monograph of Narcissus, sub-genus Ajax. Journ. Roy. Hort. Soc. 58:17-93
• ----. 1939. Notes on Narcissi. Journ. Bot.77: 333-337
• ----. 1941. New species of Hieracium in Britain. J. Bot. 79
• ----. 1946. List of British species of Hieracium. J. Ecol. 33 N.º 2
• ----. 1948. A prodromus of the British Hieracia. Bot. J. Linn. Soc. 54: 1–356

• La abreviatura «Pugsley o H.W.Pugsley» se emplea para indicar a Herbert William Pugsley como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[4]​

• «Herbert William Pugsley». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.). 

• http://www2.nrm.se/fbo/chk/ttlista/ref.htm Archivado el 23 de agosto de 2011 en Wayback Machine.
•   Wikispecies tiene un artículo sobre Herbert William Pugsley.