Gertrudis era hija del archiduque Francisco Salvador de Austria-Toscana, hijo de Carlos Salvador de Austria-Toscana y María Inmaculada de Borbón-Dos Sicilias, y la archiduquesa María Valeria de Austria, la hija menor del emperador Francisco José I de Austria e Isabel de Baviera.^[1]​ Su madrina fue su tía materna, la princesa de Baviera Gisela de Austria.^[2]​

El 29 de diciembre de 1931, en Bad Ischl, Gertrudis se casó con el conde Jorge de Waldburg-Zeil-Hohenems, hijo de Clemente Maximiliano, II conde de Waldburg-Zeil-Hohenems y de la princesa Clementina de Oettingen-Oettingen y Oettingen-Spielberg, viudo de su hermana Isabel Francisca, de esta unión nacieron dos hijos:^[1]​

• Sofía (María Sofía Josefa Isabel Walburga, Innsbruck, 5 de diciembre de 1932), se casó el 7 de mayo de 1957 con el barón Clemente Wessel Alberto Ciriaco José Huberto María von Loë (Wissen, 8 de agosto de 1928), hijo de Felix, conde de Loë y de la princesa Isabel de Salm-Salm.
• José (José Clemente Jorge Vitus Willibald Conrado de Parzham, Syrgenstein, 12 de abril de 1934), se casó el 8 de mayo de 1960 con la baronesa María Benedicta Redwitz (12 de abril de 1937), hija de Alfonso Baron von Redwitz y de la condesa Helga von Moy.

Gertrudis murió el 20 de diciembre de 1962, a la edad de sesenta y dos años, en Suabia Ravensburg.

• La historia de Austria online
• Historia de Baviera online
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