Hizo sus estudios secundarios en el Seminario Menor de la Arquidiócesis de Buenos Aires, y los de Filosofía y Teología en el Seminario Mayor Inmaculada Concepción, de Villa Devoto, Buenos Aires.^[3]​

Fue ordenado sacerdote el 24 de noviembre de 1973 por el entonces cardenal Juan Carlos Aramburu.^[3]​ Entre 1973 y 1977 fue vicario parroquial de la parroquia Nuestra Señora del Carmen, en el barrio de Villa Urquiza. Luego ocupó cargos sucesivos como superior de comunidad en el Seminario Mayor (1977-83), secretario de la Vicaría Devoto (1978-1983), asesor arquidiocesano de las Jóvenes de Acción Católica (1981-1983), director del Instituto Vocacional San José (1983-1988), viceasesor de la Asociación de Mujeres de la Acción Católica (1989-1993) y juez del Tribunal Eclesiástico Interdiocesano Bonaerense (1988-1995).^[3]​

Entre 1988 y 1992 fue párroco de la parroquia San Juan Bautista.^[4]​ Fue decano y miembro del Consejo Presbiteral entre 1989 y 1996; miembro de la Comisión Arquidiocesana de Liturgia entre 1991 y 1995; miembro del Colegio de Consultores entre 1994 y 1995; y vicepresidente de Cáritas-Buenos Aires desde 1993.^[3]​

Entre 1992 hasta 2001 fue párroco de la parroquia y santuario de San Cayetano del barrio de Liniers.^[5]​ Maletti señaló que el concepto de santuario excede el de parroquia al indicar que recibe el nombre de santuario:

[...] cuando se cumplen ciertas características. Por ejemplo, lo más importante es que muchas personas van allí, procedentes de todas partes, es decir, que no solo recibe a la gente de este lugar, de este barrio, de esta ciudad.^[6]​

Fernando Maletti

El 28 de febrero de 1992, Juan Pablo II lo distinguió con el título honorífico de prelado de honor de Su Santidad.^[3]​

El 20 de julio de 2001, Maletti fue designado obispo de la diócesis de San Carlos de Bariloche, cargo en el que sucedió a Rubén Oscar Frassia. El 18 de septiembre tuvo lugar su ordenación episcopal en una celebración en la que Jorge Mario Bergoglio ofició de consagrante principal, y el propio Rubén Oscar Frassia (designado obispo de Avellaneda-Lanús), Raúl Omar Rossi (obispo de San Martín), Horacio Ernesto Benites Astoul (obispo titular de Lamzella y auxiliar de Buenos Aires) y Jorge Eduardo Lozano (entonces obispo titular de Furnos Mayor y más tarde obispo de Gualeguaychú) participaron en calidad de co-consagrantes.^[2]​

Siguiendo la línea pastoral de su antecesor Frassia, quien también había estado a cargo de la parroquia San Cayetano de Buenos Aires, el ministerio de Maletti tuvo un marcado anclaje popular: ambos obispos contaban con una extensa experiencia en la organización de procesiones, peregrinaciones y otras celebraciones de carácter comunitario, con llegada a las clases más sencillas de la sociedad.^[7]​ En su episcopado, Maletti puso énfasis en temas como la opción preferencial por los pobres y la unidad sin discriminación, que impregnaron todo su ministerio pastoral. De ello fue muestra la forma en que desarrolló las procesiones a la gruta de la Virgen de las Nieves:^[8]​

Para nuestra diócesis, es un modo de encontrarse todos los miembros del pueblo de Dios, de Bariloche y sus barrios, de El Bolsón y sus zonas y también de toda la zona de la Línea Sur.^[8]​

Fernando Maletti

En igual sentido desarrolló la peregrinación náutica del lago Nahuel Huapi, como una «nueva manifestación de fe y religiosidad popular» (Archivo del Obispado de Bariloche, Carpeta Virgen del Nahuel Huapi. Invitación de la comisión de la V Peregrinación) tendiente a generar una construcción de la identidad local más allá de la devoción.^[9]​ En palabras del propio Maletti, los temas de esa peregrinación náutica de la Iglesia barilochense respondían a:

...la búsqueda de las raíces coloniales con los jesuitas e indígenas poyas y puelches.^[9]​

Entrevista al obispo Fernando Maletti;
El cordillerano, 28 de enero de 2006.

Al subrayar a las etnias del lago en la misión colonial, se posicionó la acción evangelizadora de los jesuitas en «defensa y liberación de los indígenas» (Archivo del Obispado de Bariloche, Carpeta Virgen del Nahuel Huapi, Escrito sobre la V Peregrinación).^[9]​

Maletti ocupó su cargo en la diócesis de San Carlos de Bariloche hasta el 6 de mayo de 2013, cuando el papa Francisco lo designó obispo de la diócesis de Merlo-Moreno.^[3]​ A su vez, el 28 de septiembre de 2013 Maletti ofició de consagrante principal de Juan José Chaparro Stivanello, su sucesor en la diócesis de San Carlos de Bariloche.^[10]​

Monseñor Maletti fue miembro de la Conferencia Episcopal Argentina. Fue presidente de la Comisión Episcopal de Ayuda a las Regiones más Necesitadas, y miembro de la Comisión de pastoral aborigen.^[3]​^[11]​ En el período 2014-2017 se desempeñó como miembro de la Comisión Episcopal de Pastoral Social,^[12]​ y responsable de la Pastoral de Drogadependencias.^[13]​

A principios de 2022 fue internado debido a algunos problemas ocasionados por un nódulo en el páncreas, que le fue extirpado en febrero. Luego de la cirugía, su salud se fue deteriorando, y pese a que los médicos indicaron un tratamiento de quimioterapia, algunas complicaciones hicieron que no pudiera comenzarlo. Falleció el 8 de marzo en la Clínica San Camilo, en el barrio porteño de Caballito.

Fernando Maletti fue considerado un sacerdote con una visión progresista de la economía, defensor de los pueblos originarios, y crítico de las cifras de pobreza de la Argentina,^[14]​ y de la ausencia de políticas claras tendientes a dar soluciones sobre el manejo de la tierra y de las viviendas en los grandes conglomerados urbanos.^[15]​

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