De acuerdo a su estatuto: congrega de manera permanente a los Obispos de la República Argentina que, en comunión con el Romano Pontífice, ejercen conjuntamente algunas funciones pastorales al servicio del pueblo de Dios.

Integran la CEA:^[1]​

• Los arzobispos y obispos diocesanos y quienes se les equiparan en derecho, aunque no sean obispos;
• Los obispos coadjutores;
• Los obispos auxiliares;
• Los obispos de las Iglesias orientales católicas con sede en Argentina;
• Los obispos titulares sin gobierno de diócesis que por designación de la Santa Sede o por elección de la CEA tienen un oficio eclesiástico en Argentina.

La Conferencia Episcopal Argentina está constituida por los siguientes organismos:

• Asamblea Plenaria:

Es el organismo principal de la CEA y la integran todos sus miembros, con dos reuniones ordinarias al año. Con solo voz y sin voto pueden participar de la Asamblea Plenaria el nuncio apostólico en Argentina, los obispos eméritos y los obispos titulares residentes en Argentina que no tengan un oficio eclesiástico, así como también los obispos electos y los ordenados aunque no hayan tomado posesión de su oficio.^[2]​

• Comisión Ejecutiva:

Ejerce la conducción ordinaria de la CEA y determina el orden del día de las reuniones de la Comisión Permanente. La integran un presidente, dos vicepresidentes (1° y 2°) y un secretario general, quienes ejercen por un período de tres años con posibilidad de una reelección.^[3]​

• Comisión Permanente:

Se reúne al menos tres veces al año y está integrada por los miembros de la Comisión Ejecutiva, los cardenales que son obispos diocesanos, el arzobispo de Buenos Aires, los presidentes de las Comisiones Episcopales de la CEA designadas en su reglamento (diez), un obispo diocesano elegido por cada una de las regiones pastorales (regiones: Buenos Aires, Platense, Litoral, Noreste, Noroeste, Centro, Nuevo Cuyo, Patagonia) que no sea miembro de la Comisión permanente por otro título y el presidente del Consejo de Asuntos Económicos.^[4]​

• Secretariado General:

Cumple tareas de coordinación, comunicación e información. Lo integran un Secretario General del Episcopado (miembro de la Comisión Ejecutiva y de la Comisión Permanente) y un Subsecretario Ejecutivo. Está compuesto por la oficina general, la tesorería, la oficina de prensa, la Oficina del Libro y la oficina de informática.^[5]​

Otros organismos específicos de la CEA son las Comisiones Episcopales (21 en julio de 2013) compuestas por un presidente, un secretario ejecutivo y una serie de miembros designados por tres años. Existen también dos Consejos Episcopales (el de Asuntos Económicos y el de Asuntos Jurídicos) integrados por un presidente y varios miembros designados por 3 años.

El Programa FE es el Programa de Financiamiento Eclesial de la Iglesia Argentina. Nace de la reforma económica de la Conferencia Episcopal Argentina, y tiene como finalidad generar recursos propios para sostener la misión de la Iglesia en todo el país. Fue presentado el 30 de junio de 2020 en la sede de la institución en un evento en streaming. "En la Iglesia tenemos la misión de estar al servicio del Pueblo de Dios, llegar con nuestra presencia adonde muchos no pueden. Brindar un plato de comida, estar junto a los enfermos, promover la dignidad de todas las personas. Y asumimos, desde la acción pastoral, educar a los niños, jóvenes y asistir a los adultos mayores, siempre atentos a toda expresión de vulnerabilidad. Nuestra misión es universal, es hacer del mundo un lugar más justo y fraterno para vivir, siempre sembrando esperanza con la acción pastoral. Estamos felices de que nos ayudes a poder seguir estando junto a quien nos necesita, especialmente de los más vulnerables de nuestra Patria" fueron las palabras de Monseñor Guillermo Caride el día de la presentación del mencionado programa.

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