Nacido en el castillo de Gross-Seelowitz, era el cuarto hijo varón del matrimonio formado por los archiduques Carlos Fernando e Isabel Francisca de Austria.^[1]​^[2]​ El 30 de mayo de 1863 fue bautizado en la capilla del palacio, siendo sus padrinos los ex emperadores de Austria, Fernando y María Ana, que por aquel entonces residían en la cercana Praga. Sus padrinos estuvieron representados respectivamente por el archiduque Alberto y la condesa Schaffgotsch. Al recién nacido le fueron impuestos los nombres de Eugenio Fernando Pío Bernardo Félix María.^{[Nota 1]}​^[3]​

Comenzó su formación militar, carrera propia de los archiduques de Austria, a la edad de 14 años. En 1882 ingresó en la Imperial y Real Academia Militar de Wiener Neustadt.

En 1887, fue armado caballero de la Orden Teutónica y coadjutor del gran maestre de la Orden, su tío, el archiduque Guillermo Francisco de Austria. En 1894, tras la muerte de este, se convirtió en gran maestre de la orden.^[1]​

Tuvo un importante papel en el ejército austrohúngaro durante la Primera Guerra Mundial.

Tras la desaparición del Imperio austrohúngaro, pasó a residir en Suiza. En 1945, volvió a Austria, instalándose en Igls, cerca de Innsbruck.

Murió a la avanzada edad de 91 años en la ciudad italiana de Merano y está enterrado en la Catedral de Santiago (Innsbruck).

• Su Alteza Imperial y Real el archiduque Eugenio de Austria, príncipe real de Hungría y Bohemia.^[1]​

• 13 de abril de 1878: Caballero de la Orden del Toisón de Oro.^[1]​
• 30 de marzo de 1911: Caballero gran cruz de la Orden de San Esteban de Hungría.^[1]​
• 15 de enero de 1917: Caballero gran cruz de la Orden Militar de María Teresa.^[1]​
• Orden Teutónica
  • 1887: Caballero.^[1]​
  • 1894-1922: Gran maestre.^[1]​

• Caballero gran cruz de la Orden de San José.^[1]​ (  Gran Ducado de Toscana)
• Caballero de la Orden de San Andrés.^[1]​ (  Imperio ruso)
• Caballero de la Orden del Águila Blanca.^[1]​ (  Reino de Polonia)
• Caballero de la Orden de San Alejandro Nevski.^[1]​ (  Imperio ruso)
• Caballero de primera clase de la Orden de Santa Ana.^[1]​ (  Imperio ruso)
• Caballero gran cruz de la Real Orden Victoriana.^[1]​ (  Reino Unido)
• Caballero con cadena de la Orden del Águila Negra.^[1]​ (

  Reino de Prusia)

• Caballero gran cruz de la Orden de la Torre y de la Espada.^[1]​ (  Reino de Portugal)
• Orden de Carlos III. (  Reino de España)
  • 25 de junio de 1883: Caballero gran cruz.^[4]​
  • 18 de mayo de 1907: Caballero del collar.^[5]​^[1]​
• Caballero gran cruz de la Orden Militar de Max Joseph.^[1]​ (  Reino de Baviera)
• Caballero de la Orden de los Serafines.^[1]​ (  Reino de Suecia)
• Caballero gran cruz de la Orden de Leopoldo.^[1]​ (  Reino de Bélgica)
• Caballero gran cruz de la Orden de la Estrella de Rumania.^[1]​ (  Reino de Rumanía)
• Caballero de la Suprema Orden de Cristo.^[1]​ (  Estados Pontificios)
• Caballero gran cruz de la Orden del Santo Sepulcro.^[1]​ (  Estados Pontificios)
• Caballero gran cruz de la Orden de Luis.^[1]​ (  Gran Ducado de Hesse-Darmstadt)
• Caballero gran cruz con espadas de la Orden del Halcón Blanco.^[1]​ (  Gran Ducado de Sajonia-Weimar-Eisenach)
• Caballero gran cruz de la Orden de la Casa Ernestina de Sajonia.^[1]​ (      Ducados ernestinos)
• 23 de junio de 1897: Caballero de la Orden de la Casa Real de Chakri.^[6]​ (  Reino de Tailandia)