Realizó sus estudios primarios y secundarios en el Colegio Cardenal Newman, donde egresó en 1994 como bachiller bilingüe.^[3]​

Luego realizó sus estudios como licenciado en Economía Empresarial con campo menor en Historia y Política en la Universidad Torcuato Di Tella. Se recibió en 1999.^[4]​

Con una Beca de Fundación Carolina,^[2]​realizó una Maestría en Administración de Empresas con especialización en empresas tecnológicas en la Universidad Nebrija en Madrid, España,^[5]​donde obtuvo la medalla de honor en 2004.^[2]​También hizo una diplomatura en Liderazgo en el Instituto Tecnológico de Buenos Aires (ITBA).^[6]​

Entre 1999 y 2008 trabajó en Telefónica como gerente regional^[7]​residiendo alternativamente en Brasil, España, Chile, Colombia y Perú.^[4]​

Fue Director General de Planificación Estratégica, cargo en el que realizó el Plan Anual del Gobierno 2009^[8]​y 2010.^[9]​Entre 2009 y 2011 fue designado Subsecretario de Estrategia y Desarrollo de Recursos Humanos en el Ministerio de Hacienda de la Ciudad. En enero de 2010 fue nombrado Subsecretario de Modernización de la Gestión Pública.^[10]​

En 2014 fue nombrado Presidente del Instituto de Vivienda de la Ciudad.^[11]​Durante su gestión, impulsó el programa "Primera Casa BA".^[12]​Además diseñó un plan de puesta en valor para complejos urbanos, en el que se realizaron nuevas obras de vivienda, se relocalizaron familias que estaban en emergencia ambiental.^[13]​Creó el programa "Mi Propiedad" para realizar la escrituración formal de viviendas.^[14]​

En 2015, Basavilbaso fue el encargado de coordinar un equipo de política social, junto con Carolina Stanley, Esteban Bullrich, Eduardo Amadeo, Jorge Lemus, entre otros.^[1]​Fue integrante del área social de la Fundación Pensar.^[15]​

En 2015 asumió como Director Ejecutivo de ANSES.^[15]​^[16]​^[17]​^[15]​

En mayo de 2016, se aprobó la Ley de Reparación Histórica (Ley 27.260), que actualizó los haberes de los jubilados y pensionados que tenían juicios contra el Estado por falta de actualización de haberes.^[18]​^[19]​^[20]​Se incluyeron a casi 1,5 millones de niños al sistema de Asignaciones Familiares y Asignación Universal por Hijo (AUH), bajo el DNU Decreto 593/2016.^[21]​Estos operativos fueron financiados por el Banco Mundial que, en marzo de 2016, acordó un préstamo de 6.300 millones de dólares para llevar adelante varios programas de Gobierno; entre ellos el Proyecto de Protección de Niños y Jóvenes que lleva adelante ANSES junto al Ministerio de Desarrollo Social.^[22]​

Durante su gestión se extendieron los Créditos Argenta a los titulares de la Pensión Universal para el Adulto Mayor y pensiones no contributivas, y a los padres y madres que cobran la Asignación Universal por Hijo y la Asignación Familiar.^[23]​^[24]​^[25]​

Entre diciembre de 2015 y mayo de 2017, la cobertura de asignaciones familiares y universales aumentó un 25%.^[25]​En 2018, la cobertura llegó a 9,1 millones de niños.^[26]​

En 2017, Basavilbaso presentó el libro Análisis y propuestas de mejoras para ampliar la AUH como resultado de la investigación realizada en conjunto por la ANSES, el Ministerio de Desarrollo Social de la Nación, UNICEF, la Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad de Buenos Aires, el Centro de Estudios Distributivos Laborales y Sociales (CEDLAS) de la Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad de La Plata (UNLP) y el CNCPS.^[27]​

En 2018 se creó la Libreta virtual de la Asignación Universal para completar en forma digital.^[28]​Posteriormente, organizó el Seminario Internacional "Asignación Universal por Hijo, presente y futuro del derecho en la niñez".^[29]​

Durante 2018, fue presidente de la comisión permanente de la Conferencia Interamericana de la Seguridad Social con sede en México.^[30]​Entre 2018 y 2019, fue presidente de la Organización Iberoamericana de la Seguridad Social con sede en Madrid, España.^[31]​^[32]​

Fue consultor Senior Internacional del Banco Mundial.^[33]​

En 2021, disertó en el foro de ACDE (Asociación de Empresarios Cristianos).^[34]​^[35]​

Desde 2021 es profesor en la Universidad Austral.^[2]​

Entre febrero de 2022 y mayo de 2024 fue COO (Chief Operating Officer) del Grupo Clarín.^[7]​^[36]​^[37]​

Desde 2024, se desempeña como Vicepresidente en Globant para el estudio de Inteligencia Artificial de Finanzas en Norteamérica.^[2]​

• Basavilbaso, Emilio; Demarco, Gustavo C.; Brodersohn, Ernesto; Abels, Miglena; Joubert, Clément (2023). «Social Insurance among Informal Workers in South Asia». En Maurizio Bussolo; Sidharath Sharma (eds.), ed. Hidden Potential: Rethinking Informality in South Asia (en inglés). Washington, D.C.: World Bank. pp. 249-318. 

• Basavilbaso, Emilio (2022). La batalla por la inversión social en la Argentina. Buenos Aires: Mastergraf. ISBN 978-987-86390-7-9.  ^[38]​

• Basavilbaso, Emilio; Apella, Ignacio Raúl (2021). «La Relación Nación-Provincias en el Financiamiento del Sistema Previsional Argentino». Washington, D.C.: World Bank Group. 

Para agosto de 2018 bajo la gestión de Basavilbaso el Fondo de Garantía de Sustentabilidad registró pérdidas ese año.^[39]​ ^[40]​^[41]​ ^[42]​^[43]​ En 2019 la Unidad Fiscal de la Seguridad Social inició una investigación del Fondo de Garantía de Sustentabilidad.^[44]​los haberes previsionales fue del 44%. Resultando una pérdida del 30 por ciento del poder adquisitivo.^[45]​^[46]​^[47]​^[48]​

Durante su gestión el Estado porteño tercerizó la adjudicación de viviendas a la Asociación Civil Casa Amarilla 2005, que preside Diego Ortiz Basualdo, un dirigente del PRO vinculado a la barrabrava de Boca Juniors,^[49]​ en la lista de adjudicatarios de viviendas sociales aparecieron personas vinculadas a la barrabrava de Boca Juniors, varias personas de una misma familia que recibían más de una vivienda, entre otras irregularidades.^[49]​ en la lista de adjudicatarios de viviendas sociales aparecieronen la lista de adjudicatarios de vibiendas sociales aparecieron personas vinculadas a la barrabrava de Boca Juniors, varias personas de una misma familia que recibían más de una vivienda, entre otras irregularidades. Sólo un 20 por ciento eran habitantes de La Boca. ^[50]​ A estas irregularidades se sumó que varios de los beneficiarios usaron el mismo domicilio, Irala 170. Entre los adjudicatarios se encontró gran cantidad de barrabravas del club Boca Juniors y familiares de funcionarios porteños.^[49]​^[51]​ Varias personas de una misma familia que recibían más de una vivienda. Solo un 20 por ciento eran habitantes de La Boca.^[50]​ A esto se sumó que varios de los beneficiarios usaron el mismo domicilio^[49]​^[51]​ Funcionarios del IVC fueron amenazados por ese entonces ^[52]​ Varios vecinos recibieron sus viviendas por parte de los distintos programas de vivienda.^[53]​^[54]​

En 2017 junto con el exministro de Finanzas, Luis Caputo; y otros dos exfuncionarios que condujeron el Fondo de Garantía de Sustentabilidad (FGS) se investigaron operaciones de lavado de activos con los activos financieros del Fondo de Garantía de Sustentabilidad de la Anses.^[55]​

En 2019 la Unidad Fiscal de delitos sobre la Seguridad Social inició una investigación contra Emilio Basavilbaso por irregularidades en el manejo del Fondo de Garantía de Sustentabilidad, incluyendo las graves fallas en la administración y control del dinero de los jubilados. Siendo acusado por defraudación y malversación agravada.^[44]​ También se vio involucrado en denuncias por evasión de aportes previsionales y negociados y transferencias de fondos a IECSA, la empresa que era del Grupo Macri, que pasó luego a manos de Ángelo Calcaterra, primo del presidente Mauricio u el empresario macrista Marcelo Mindlin.

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• Instituto de Vivienda de la Ciudad de Buenos Aires