Las elecciones de 2006 fueron las segundas elecciones para el CLP. Las primeras tuvieron lugar en 1996,^[7]​ pero las elecciones posteriores se pospusieron durante muchos años debido a desacuerdos entre Fatah y Hamás. Hamás era considerado una organización terrorista por países como Estados Unidos.^[8]​ Además, el gabinete de Yasir Arafat canceló las elecciones de 2003 alegando que la ocupación militar israelí de las ciudades de Cisjordania imposibilitaba un sufragio libre.^[9]​

Tras la muerte de Arafat en 2004,^[10]​ se celebraron nuevas elecciones. En marzo de 2005, doce facciones palestinas llegaron a un acuerdo, la Declaración Palestina de El Cairo, que exigía la celebración de elecciones mediante un sistema de votación mixto en lugar del sistema electoral mayoritario empleado en 1996.^[11]​

En junio de 2005, el PLC legisló para dar efecto a la Declaración de El Cairo, aumentando su membresía de 88 a 132, de la cual la mitad fue elegida por representación proporcional y la otra mitad por mayoría simple en distritos electorales tradicionales.^[12]​ ^[13]​ Los votantes palestinos, tanto de la Franja de Gaza como de Cisjordania (incluida Jerusalén Oriental), pudieron participar en las elecciones. Anteriormente, se habían celebrado las elecciones municipales de 2005 y las elecciones presidenciales del 9 de enero de 2005.

Las elecciones del PLC se programaron originalmente para el 17 de julio de 2005, pero el 9 de agosto Abbas anunció que se celebrarían en enero de 2006. El 20 de agosto, Abbas fijó el día de las elecciones para el 25 de enero.^[14]​ El 15 de enero de 2006, Abbas declaró que, a pesar de los disturbios en Gaza, no cambiaría la fecha de las elecciones a menos que Israel impidiera a los palestinos de Jerusalén Oriental votar.^[15]​ Israel ya había declarado que no permitiría la campaña en Jerusalén Oriental por parte de Hamás, que había llevado a cabo la mayoría de los ataques terroristas contra Israel en los cinco años anteriores y se negó a reconocer a Israel o los Acuerdos de Oslo^[16]​

Estados Unidos gastó 2,3 millones de dólares de USAID en apoyo a las elecciones palestinas, supuestamente con el objetivo de reforzar la imagen del presidente Abbas y su partido Fatah. Las oficinas de USAID utilizaron partidas de gastos discrecionales para diversos proyectos, como la plantación de árboles, la ampliación de aulas escolares, un torneo de fútbol, la limpieza de calles y la instalación de computadoras en centros comunitarios. USAID eliminó su requisito habitual de marca en sus actividades patrocinadas. Como resultado, Estados Unidos fue acusado de intentar influir en el resultado de las elecciones.^[17]​ La Unión Europea proporcionó observadores electorales para "evaluar todo el proceso electoral, incluyendo el marco legal, el entorno político y la campaña, los preparativos electorales, la votación y el recuento, así como el período postelectoral".^[18]​

En las elecciones de 1996, 88 miembros del PLC fueron elegidos de varias circunscripciones plurinominales mediante votación en bloque. Antes de las elecciones de 2006, se modificó la ley electoral para ampliar el PLC de 88 a 132 escaños e introducir un grado de representación proporcional mediante un sistema de votación paralela. El sistema de votación mixta dividió los escaños del PLC en dos grupos: 66 escaños (50%) elegidos por representación proporcional de los territorios palestinos como distrito único, y 66 escaños (50%) por el sistema mayoritario en distritos electorales.

Cada votante recibió dos papeletas. En la primera, eligió una de las listas de partidos registradas. 66 de los escaños se distribuyeron proporcionalmente (según el método de Sainte-Laguë) entre las listas que obtuvieron más del 2% del total de votos emitidos. Los candidatos de cada lista serían elegidos en el orden en que aparecían en la lista. Cada lista debía incluir al menos una mujer en los tres primeros nombres, al menos una mujer en los cuatro siguientes y al menos una mujer en los cinco siguientes.

La segunda votación se realizó para el distrito electoral local del votante, que puede tener más de un miembro para ser elegido. El votante podía emitir tantos votos para candidatos individuales como escaños hubiera en su distrito. Los votos no eran ponderados, y los candidatos con más votos eran elegidos. Por ejemplo, un votante en el distrito de Nablus podía emitir hasta seis votos; los seis candidatos con el mayor número de votos eran elegidos. En algunos distritos, uno o dos escaños se reservaban para los candidatos cristianos con más votos. Por ejemplo, en Ramallah, un distrito de cinco escaños, el candidato cristiano con más votos era elegido, incluso si el candidato no estaba entre los cinco primeros candidatos en general. Los seis escaños reservados para los cristianos se consideraban la cuota mínima para su representación en el PLC.^[19]​

Había 16 distritos electorales, y el número de escaños en cada uno estaba determinado por su población:

A estos distritos se suman concejales proporcionales por cada partido político para un total de 132.^[20]​ Cristianos y samaritanos tienen asientos reservados especiales.^[21]​^[22]​

Antes de las elecciones de 2006, el PLC estaba dominado por el movimiento Fatah, que tenía 68 de los 88 escaños. Sin embargo, Fatah se había visto acosado por conflictos internos, con figuras más jóvenes y populares como Mohammed Dahlan (quien participó en las negociaciones de los Acuerdos de Oslo de 1993) y Marwan Barghouti (cumpliendo cinco cadenas perpetuas en una cárcel israelí por cargos de terrorismo) presentando acusaciones de corrupción contra el liderazgo de Fatah. Fatah organizó elecciones primarias para determinar su lista de candidatos, pero los resultados fueron cuestionados y se impusieron listas centrales en algunas áreas. La facción más joven presentó una lista apodada Al-Mustaqbal ("el Futuro"), encabezada por Barghouti. Sin embargo, el 28 de diciembre de 2005, los líderes de las dos facciones acordaron presentar una lista única a los votantes, encabezada por Barghouti, quien hizo campaña activamente por Fatah desde su celda.^[23]​ A pesar de esto, los dos grupos no estaban en absoluto completamente reconciliados.

La lista Palestina Independiente estuvo encabezada por Mustafa Barghouti, pariente lejano de Marwan Barghouti. Mustafa Barghouti quedó en segundo lugar en las elecciones presidenciales palestinas de 2005. El principal componente de esta lista fue la Iniciativa Nacional Palestina . La lista prometió combatir la corrupción y el nepotismo, exigir el desmantelamiento del muro israelí de Cisjordania, al que denomina el "muro del apartheid", y proporcionar una "tercera vía" verdaderamente democrática e independiente para la gran mayoría de los votantes palestinos silenciosos y sin representación, que no favorecen ni la autocracia ni la corrupción del partido gobernante Fatah ni el fundamentalismo de Hamás.

Esta lista fue creada por el Frente Popular para la Liberación de Palestina y lleva el nombre de Abu Ali Mustafa, el Secretario General del FPLP que fue asesinado por las fuerzas israelíes en 2001.^[24]​^[25]​ El FPLP es el segundo miembro más grande de la Organización para la Liberación de Palestina (OLP), después de Fatah.

La lista Tercera Vía estuvo encabezada por el ministro de Finanzas Salam Fayyad y la exministra de Educación Superior e Investigación de la Autoridad Palestina, Hanan Ashrawi. Su plataforma se centró en la reforma de las fuerzas de seguridad, las mejoras democráticas y el progreso socioeconómico.^[26]​

La lista La Alternativa fue una coalición formada por el Frente Democrático para la Liberación de Palestina, el Partido del Pueblo Palestino, la Unión Democrática Palestina (FIDA) y varios partidos independientes. La lista estaba encabezada por Qais Abd al-Karim (Abu Leila), del FDLP. El candidato del PPP obtuvo el 2,67% de los votos en las elecciones presidenciales palestinas de 2005. En la votación por lista, su mejor resultado fue el 6,6% en Belén, seguido del 4,5% en Ramala y Al-Bireh, y el 4,0% en Nablus.

La Comisión Electoral Central publicó los resultados finales el domingo 29 de enero de 2006 y anunció que Cambio y Reforma (Hamas) había ganado 74 de los 132 escaños, mientras que Fatah se encontraba en segundo lugar con 45.

Según los resultados, Hamás obtuvo la gran mayoría de los escaños por circunscripción, pero obtuvo una ligera ventaja en las listas. Fatah venció a Hamás en las circunscripciones de Qalqilya, Rafah y Jericó. En Yenín, el resultado fue empatado, y Fatah obtuvo los escaños reservados para los cristianos en Belén, Jerusalén y Ramala.